génétique Flashcards

1
Q

gène

A

séquence nucléotidique transcrite

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Q

locus

A

région particulière d’un génome

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3
Q

locus polymorphe

A

plr allèles

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4
Q

loi d’eqb de Hardy-Weinberg

A

Dans une pop d’effectif infinie, non soumise à la sélection, fermée et sans mutation : les fréq alléliques restent cstes d’une géné à une autre
De plus : si panmixie, alors p², 2pq, q²

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5
Q

sélection directionnelle

A

w hétérozygote est intermédiaire => fixation d’un allèle

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6
Q

sélection équilibrante

A

maintien du polymorphisme

1) surdom de w hétérozygote pe = (w2-w3)/(2w2 -w1 -w3)
2) sélection fréquence dépendante
3) hétérogénéité spatiale

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7
Q

coef de consanguinité

A

proba que les deux gènes qui se trouvent en un locus soient identiques par descendance

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8
Q

coef de parenté de Malécot

A

entre A et B : proba que 2 gènes du même locus tirés au hasard soient identiques par descendance

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9
Q

valeur coef de parenté de Malécot

A
frères : 1/4
demi-frères : 1/8
cousins germains: 1/16
parent / enfant: 1/4
oncle/ neveu: 1/8
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10
Q

calcul Fx = Phi AB

A

0,5^(n1 + n2 +1)x(1+ Fac)

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11
Q

consanguinité dans pop

A
p(AA) = p²+Fpq
p(Aa) = 2pq(1-F)
p(aa)= q²+ Fpq
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12
Q

dérive génétique

A

fluctuation aléatoire des fréquences alléliques par effet d’échantillonnage

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13
Q

effectif génétique

A

taille d’une pop idéale présentant une évolution relative de consanguinité par généation de delta F = (1/2Ne)*(1-F(t-1))

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14
Q

pop idéale

A

autant de mâle et de femelle repro et chaque ind participe de façon équitable à la repro

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15
Q

effectif génétique si peu de mâles repro

A

Ne=4Nm

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16
Q

haplotype

A

groupes d’allèles de différents loci d’un même chromosome et habituellement transcris ensemble

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17
Q

établir un objectif de sélection

A

1) critères de sélection selon contexte éco et stratégie de prod
2) hiérarchiser les caractères
3) prendre en compte l’évolution future des caractères

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18
Q

hiérarchisation des caractères

A

1) modéliser les différents caractères par une fonction de revenu
2) calculer le poids relatif (dérivée partielle)
3) comparaison €/écart-type

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19
Q

objectifs de sélection et races

A

espèces à intervalle de gestation long: ts les caractères pour toutes les races
espèces à intervalle de gestation court: spé par lignée

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20
Q

croisement le plus fréquent PC

A

truie : Large White x Landrace F

verrat: Pietrain

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21
Q

différence objectif de sélection et critères de sélection

A

objectif : ce que l’on cherche à améliorer

critères : ce que l’on mesure

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22
Q

contrôle de performance

A

1) phénotypage

2) pointage

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23
Q

identification bovins

A

bouclage des 2 oreilles avant 21j

code pays+ 10 chiffres enregistrés dans BDNI

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24
Q

base de sélection

A

% de femelles de la pop qui sont inscrites aux dispositifs officiels de contrôle de performance

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25
nombre brebis laitière
2 millions
26
nombre brebis allaitantes
4 millions
27
nombre chèvres
800 000
28
origine de la distribution continues des caractères quantitatifs
1) influence de l'env | 2) intervention de nbx gènes
29
hypothèse polygénétique infinitésimal
chaque caractère quantitatif est gouverné par une infinité de gènes, chacun ayant un effet infinitésimal
30
QTL
région de génome polymorphe qui selon l'allèle présent provoque une différence importante du caractère
31
premier modèle de décomposition P = G + E
``` Var(P) = Var(G)+Var(E) = Var(G) + Var(e) E= e + F ```
32
deuxième modèle de décomposition P = G + E
G = A + D + I
33
index génétique
E(Gdesc) = E(Adesc) = 1/2 (Apère +Amère)
34
stratégie de sélection
améliorer A : sélection par variabilité intra-race | améliorer D: croisement entre races
35
ppe sélection
indexation | accouplement des meilleurs individus
36
modèle simplifié P= G + E
P = A + E
37
héritabilité
part de variation phénotypique d'un caractère quantitatif que l'on peut attribuer aux différences de valeurs génétiques additives entre les ind de la pop
38
calcul héritabilité
h²=var(A)/var(P)
39
coefficient de régression
parents / descendant = 0,5h² | moyenne parent/descendant = h²
40
perf descendants
Py = h² x Pxbarre + c
41
progrès génétique
trouver une supériorité chez les descendants par rapport aux parents R=h²xS
42
sélection massale
repro des meilleurs reproducteurs selon leurs perf | - si caractère avec h² forte, mesurables sur vivants des 2 sexes
43
sélection par ascendance
perf des parents
44
sélection par descendance
selection des mâles sur perf des enfants
45
mesurer héritabilité
1) quantifier ressemblance entre ind apparentés | 2) exp de sélection : montrer que h² forte
46
gène pléniotrope
a des effets sur différents caractères
47
index
valeur génétique additive estimée
48
progrès génétique moyen entre 2 générations
deltaG = i x rho x sigmaA - i : intensité de sélection - rho : précisions des A estimés - sigmaA : écart type des A
49
progrès génétique par an
deltaGa= deltaG / t | - t = intervalle de génération
50
intervalle de génération
age moyen des repro lors de la naissance de leurs descendants eux mêmes choisis comme repro
51
contribution de la voie des mères à taureaux et des pères à taureaux dans le progrès génétique
1/3
52
stratégie historique pour améliorer le schéma de sélection
étape 1 du programme : choix uniquement des vaches confirmées (2 lactations)
53
schéma MOET
sélection des femelles à 15m sur ascendance + super-ovulation + implantation des embryons dans vaches receveuses
54
schéma OPU-FIV
ponction d'ovocyte dans les follicules ov puis maturation IV et transfert sur receveuse
55
couverture
nombre de lecture de chaque Nu
56
évaluation génomique
estimation de A uniquement par info moléculaire
57
population de réf
ensemble d'ind pour lesquels on a une info génomique et phénotypique
58
équation de prédiction
équation permettant d'estimer l'effet des SNP
59
déséquilibre de liaison
asso préférentielle entre certains allèles d'une première région et ceux d'une deuxième région
60
prix génotypage BV
environ 50€
61
mammites
40% des V en prod | 30€/ 1000 L de lait
62
patho 1 PC, modif ciblée des génomes
SDRC (120-300€ / truie / an), inactivation prot CD163