génétique Flashcards
gène
séquence nucléotidique transcrite
locus
région particulière d’un génome
locus polymorphe
plr allèles
loi d’eqb de Hardy-Weinberg
Dans une pop d’effectif infinie, non soumise à la sélection, fermée et sans mutation : les fréq alléliques restent cstes d’une géné à une autre
De plus : si panmixie, alors p², 2pq, q²
sélection directionnelle
w hétérozygote est intermédiaire => fixation d’un allèle
sélection équilibrante
maintien du polymorphisme
1) surdom de w hétérozygote pe = (w2-w3)/(2w2 -w1 -w3)
2) sélection fréquence dépendante
3) hétérogénéité spatiale
coef de consanguinité
proba que les deux gènes qui se trouvent en un locus soient identiques par descendance
coef de parenté de Malécot
entre A et B : proba que 2 gènes du même locus tirés au hasard soient identiques par descendance
valeur coef de parenté de Malécot
frères : 1/4 demi-frères : 1/8 cousins germains: 1/16 parent / enfant: 1/4 oncle/ neveu: 1/8
calcul Fx = Phi AB
0,5^(n1 + n2 +1)x(1+ Fac)
consanguinité dans pop
p(AA) = p²+Fpq p(Aa) = 2pq(1-F) p(aa)= q²+ Fpq
dérive génétique
fluctuation aléatoire des fréquences alléliques par effet d’échantillonnage
effectif génétique
taille d’une pop idéale présentant une évolution relative de consanguinité par généation de delta F = (1/2Ne)*(1-F(t-1))
pop idéale
autant de mâle et de femelle repro et chaque ind participe de façon équitable à la repro
effectif génétique si peu de mâles repro
Ne=4Nm
haplotype
groupes d’allèles de différents loci d’un même chromosome et habituellement transcris ensemble
établir un objectif de sélection
1) critères de sélection selon contexte éco et stratégie de prod
2) hiérarchiser les caractères
3) prendre en compte l’évolution future des caractères
hiérarchisation des caractères
1) modéliser les différents caractères par une fonction de revenu
2) calculer le poids relatif (dérivée partielle)
3) comparaison €/écart-type
objectifs de sélection et races
espèces à intervalle de gestation long: ts les caractères pour toutes les races
espèces à intervalle de gestation court: spé par lignée
croisement le plus fréquent PC
truie : Large White x Landrace F
verrat: Pietrain
différence objectif de sélection et critères de sélection
objectif : ce que l’on cherche à améliorer
critères : ce que l’on mesure
contrôle de performance
1) phénotypage
2) pointage
identification bovins
bouclage des 2 oreilles avant 21j
code pays+ 10 chiffres enregistrés dans BDNI
base de sélection
% de femelles de la pop qui sont inscrites aux dispositifs officiels de contrôle de performance
nombre brebis laitière
2 millions
nombre brebis allaitantes
4 millions
nombre chèvres
800 000
origine de la distribution continues des caractères quantitatifs
1) influence de l’env
2) intervention de nbx gènes
hypothèse polygénétique infinitésimal
chaque caractère quantitatif est gouverné par une infinité de gènes, chacun ayant un effet infinitésimal
QTL
région de génome polymorphe qui selon l’allèle présent provoque une différence importante du caractère
premier modèle de décomposition P = G + E
Var(P) = Var(G)+Var(E) = Var(G) + Var(e) E= e + F
deuxième modèle de décomposition P = G + E
G = A + D + I
index génétique
E(Gdesc) = E(Adesc) = 1/2 (Apère +Amère)
stratégie de sélection
améliorer A : sélection par variabilité intra-race
améliorer D: croisement entre races
ppe sélection
indexation
accouplement des meilleurs individus
modèle simplifié P= G + E
P = A + E
héritabilité
part de variation phénotypique d’un caractère quantitatif que l’on peut attribuer aux différences de valeurs génétiques additives entre les ind de la pop
calcul héritabilité
h²=var(A)/var(P)
coefficient de régression
parents / descendant = 0,5h²
moyenne parent/descendant = h²
perf descendants
Py = h² x Pxbarre + c
progrès génétique
trouver une supériorité chez les descendants par rapport aux parents
R=h²xS
sélection massale
repro des meilleurs reproducteurs selon leurs perf
- si caractère avec h² forte, mesurables sur vivants des 2 sexes
sélection par ascendance
perf des parents
sélection par descendance
selection des mâles sur perf des enfants
mesurer héritabilité
1) quantifier ressemblance entre ind apparentés
2) exp de sélection : montrer que h² forte
gène pléniotrope
a des effets sur différents caractères
index
valeur génétique additive estimée
progrès génétique moyen entre 2 générations
deltaG = i x rho x sigmaA
- i : intensité de sélection
- rho : précisions des A estimés
- sigmaA : écart type des A
progrès génétique par an
deltaGa= deltaG / t
- t = intervalle de génération
intervalle de génération
age moyen des repro lors de la naissance de leurs descendants eux mêmes choisis comme repro
contribution de la voie des mères à taureaux et des pères à taureaux dans le progrès génétique
1/3
stratégie historique pour améliorer le schéma de sélection
étape 1 du programme : choix uniquement des vaches confirmées (2 lactations)
schéma MOET
sélection des femelles à 15m sur ascendance + super-ovulation + implantation des embryons dans vaches receveuses
schéma OPU-FIV
ponction d’ovocyte dans les follicules ov puis maturation IV et transfert sur receveuse
couverture
nombre de lecture de chaque Nu
évaluation génomique
estimation de A uniquement par info moléculaire
population de réf
ensemble d’ind pour lesquels on a une info génomique et phénotypique
équation de prédiction
équation permettant d’estimer l’effet des SNP
déséquilibre de liaison
asso préférentielle entre certains allèles d’une première région et ceux d’une deuxième région
prix génotypage BV
environ 50€
mammites
40% des V en prod
30€/ 1000 L de lait
patho 1 PC, modif ciblée des génomes
SDRC (120-300€ / truie / an), inactivation prot CD163
