bio mol Flashcards
calcul Tm
Tm = 2 x (AT) + 4 x (GC)
facteurs influençant Tm
compo en bases
concentration en cations
longueur des fragments
mésappariement
mésappariement sur Tm
- 1°C par %
inhibiteur de PCR (2)
héparine, Hb
PCRq
PCR en temps réel, plus il y a de fluorescence, plus il y a de molécules amplifiées
efficacité PCRq
pente de Ct=log(nb de copies/microL)
matériel Taqman
ADN matrice + 2 amorces + 4 dNTP + polym avec activité exonucléase
+ sonde qui s’hybride sur la matrice entre les amorces
sonde Taqman
3’: quencher, bloqué (xOH)
5’: fluorochrome
matériel SyberGreen
comme PCR classique
+ molécule intercalante qui se fixe sur le petit sillon de l’ADN double brin
LAMP
Loop mediated isothermal amplification
matériel LAMP
4 amorces (2 externes simples , 2 internes doubles) reconnaissant 6 régions
méthode de Sanger
ADN polym + 1 amorce + dNTP + ddNTP + ADN à séquencer
agents recherchés en hygiène alim
flore d’altération
bactéries patho
PCR nichée
2 PCR avec 2 couples d’amorces différents:
- 1 pour ext du segment
- 1 pour segment cible
PCR
amplification spécifique in vitro d’un segment d’ADN à partir d’un mélange de séquence
PCR multiplex
plusieurs couples d’amorces pour amplifier plusieurs séquences
transgénèse
insertion d’une séquence d’ADN exogène dans le génome d’un animal ou d’une plante
insertion d’ADN dans cellule
1) micro-injection
2) électroporation
3) rétrovirus
4) transfo biolistique
structure gène intégré au hasard
enhancer / promoteur / ADNc / intron ext /dépolyadenylation
efficacité intégration au hasard
2 à 4%
transgène recombinaison homologue
séquence correspondant à l’exon, au niveau d’un locus contenant la séquence intéressante
types de recombinaison homologue
utilisation de cellules souches embryo
clonage somatique
knock-in / knock-out
CRISPR
clustered regularly interspersed shot palindromic repeats
coupure par Cas 9 + ARN guide
ADN double brin
réparation ADN ap Crispr Cas 9
NHEJ : mutation INDEL
HDR : ajout d’une séquence comportant des homologie
lieu de coupure Cas9 -ARN guide
à côté des PAM
thérapie génique
utilisation des AN en thérapeutique