Final - La génétique médicinale Flashcards
1
Q
Nommez les trois domaines de professions reliées à la génétique médicinale.
A
- Laboratoires cliniques
- Clinique (Contact patient)
- Chercheur
2
Q
Quelles sont les 5 étapes du séquençage de la nouvelle génération en clinique?
A
- ADN : Source et qualité
- Sélection ou non
- Séquençage : parallèle
- Informatique
- Interprétation
3
Q
Quels sont les standards attendus de l’ADN lors du séquençage en clinique?
A
On veut la qualité et la méthode optimale pour la technique utilisée.
4
Q
Quels sont les choix de tissu pouvant être utilisés pour trouver de l’ADN pour le séquençage de l’ADN? (2)
A
- Tissu contenant de l’ADN génomique
- L’ADN d’un tissu affecté, par exemple, un tissu un ayant subit des mutations somatiques, donc cancéreux.
5
Q
À quoi sert un “ panel “ dans la sélection de l’ADN pour le séquençage?
A
Il permet d’enrichir tous les gènes connus qui sont impliqués dans une maladie.
Exemples : Cardiomyopathies ou défficience intellectuelle.
A panel genetic test looks for changes in many genes in one test.
6
Q
À quoi sert les exomes dans la sélection de l’ADN pour le séquençage?
A
Ils permettent d’enrichir toutes les séquences codantes.
L’ensemble des exons de notre génome est appelé EXOME
7
Q
Décrivez l’enrichissement du génome pour la sélection de l’ADN.
A
Il y a moins d’enrichissement pour les génomes. Il y a beaucoup de séquences hautements répétées non-étudiées.
8
Q
Que permet l’informatique dans le séquençage de l’ADN?
A
L’informatique permet de rassembler et d’analyser des millions de séquences.
9
Q
L’interprétation des données informatiques du séquençage de l’ADN permet de déterminer quelles informations sur l’ADN?
A
Elle permet de déterminer si une mutation est réellement présente ou s’il s’agit simplement d’un artéfact.
Elle permet de savoir si la profondeur du séquençage est suffisante.
Et elle permet de déterminer la signification des mutations.
10
Q
Quelles sont les deux premières analyses à faire pour déterminer si une variante dans la séquence est délétère? (qui met la santé ou la vie en danger)
A
- On analyse les signes cliniques chez le patient
- On se demande s’il serait raisonnable de penser que le gène puisse être responsable de la maladie du patient.
11
Q
Après avoir analyser les signes cliniques du patient, que faut-il déterminer sur la séquence?
A
Si elle est délétère.
12
Q
Quels sont les signes indiquant qu’une mutation est délétère? (6)
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
A
- La mutation est déjà décrite et démontrée comme délétère
- Changement d’un résidu démontré comme essentiel pour la fonction
- Mutation d’un résidu hautement conservé dans l’évolution : mutation sévère (bioinfo)
- Prévalence dans les bases de données ( Personnes atteintes > personnes non-atteintes)
- Mutation de novo
- Co-ségrégation avec la maladie.
13
Q
Comment détermine-t-on qu’une mutation est sévère? (Mutation d’un résidu hautement conservé dans l’évolution)
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
A
À l’aide de la bioinformatique.
14
Q
La prévalence dans les bases de données varie selon le mode de transmission et la quantité de données. Vrai ou faux?
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
A
Vrai.
15
Q
La co-ségrégation avec la maladie a toujours la même valeur peu importe la quantité des données familiales. Vrai ou faux?
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
A
Faux, la valeur de ce critère augmente avec la quantité des données familiales.
16
Q
La génétique médicale d’aujourd’hui porte seulement sur l’étude des gènes, donc l’épigénétique. Vrai ou faux?
A
Faux, la génétique médicale porte sur l’étude du gène, de l’ARNm, de la protéine et de ses fonctions et de la maladie/santé chez le patient. C’est la génétique biochimique.
17
Q
Qu’est-ce qui altère l’expression des gènes?
A
Les modifications et les protéines comme les histones, retrouvées au niveau de l’ADN.
18
Q
Qu’est-ce que l’épigénétique
A
Il s’agit de l’étude des changements (chimiques) dans l’activité des gènes.
19
Q
En épigénétique, la séquence de l’ADN demeure inchangée, donc A avec T et C avec G. Vrai ou faux?
A
Vrai.
20
Q
Nommez et décrivez la modification épigénétique principale de l’ADN.
A
- Il s’agit de la méthylation
- Elle n’arrive qu’aux nucléotides C dans la séquence CG
- Les dinucléotides CpG ne sont pas tous modifiés, il s’agit d’un processus sélectif.
21
Q
La méthylation de l’ADN est importante dans quels processus/domaines? (3)
A
- La régulation tissu-spécifique
- La génétique des cancers
- Le développement prénatal
22
Q
Le séquençage de l’ADN permet de détecter les méthylation de l’ADN. Vrai ou faux?
A
Faux.
23
Q
Pourquoi est-ce que le séquençage de l’ADN ne permet pas de trouver la méthylation de l’ADN?
A
Car la séquence d’ADN n’est pas altérée. Les techniques de séquençage ne détecte pas les changements épigénétiques.
24
Q
Quelles sont les erreurs menant aux maladies monogéniques?
A
Les erreurs innées du métabolisme.
25
Combien y a-t-il d'enzymes et de transporteurs, environ, dans le génome humain?
~ 2000 enzymes
~ 2000 transporteurs
26
Nommez l'exemple classique d'une maladie métabolique héréditaire.
La phénylcétonurie (PCU).
27
Décrivez ce qui cause la phénylcétonurie.
Il s'agit d'une augmentation de l'acide aminé phénylalanine, causée par une déficience de l'enzyme phénylalanine hydroxylase (PAH).
28
La maladie PCU est transmise par quel mode de transmission?
Il s'agit d'une maladie à transmission autosomique récessive.
29
Quelle est l'expression de la PAH? (Quel organe?)
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante
L'expression de PAH est à prédominance hépatique. (*foie*)
30
Décrivez la réaction de l'enzyme phénylalanine hydroxylase (PAH).
Elle ajoute un groupement hydroxyle sur la phénylalanine, la transformant en tyrosine.
Il s'agit d'une oxydoréductase à fonction mixte.
Son nom formel est : L-phenylalanine-4-monooxygénase.
31
Le dépistage de la phénylcétonurie se fait seulement lorsque les symptômes apparaissent. Vrai ou faux?
Faux, le dépistage de la phénylcétonurie se fait avant que les symptômes ne se développent.
Entre 70 000 et 100 000 enfants sont testés chaque années. (99% des naissances)
32
Expliquez pourquoi la phénylalanine n'est pas accumulée lors du développement du foetus atteint de la phénylcétonurie dans l'utérus de la mère.
Les taux de phénylalanine augmentent au fil du temps seulement lorsque le bébé atteint nait, car elle n’est pas dégradée par le fœtus, mais avant la naissance, le sang de la mère (foie) contient cette enzyme qui métabolise la Phe, ainsi le sang de la mère dégrade la Phe du foetus.
33
Un dépistage ne veut pas nécessairement dire un diagnostique. Vrai ou faux?
Vrai.
34
Comment fait-on le diagnostique de la phénylcétonurie?
Par chromatographie des acides aminés. On voit que la phénylalanine est beaucoup plus intense chez un individu atteint de la phénylcétonurie
35
L'enzyme PHA est exprimée dans le foie. Vrai ou faux?
Vrai.
36
Un individu atteint de la phénylcétonurie est capable de dégrader la phénylalanine par son foie, mais moins rapidement, ce qui cause une accumulation de cet acide aminé. Vrai ou faux?
Faux, le foie ne peut pas du tout dégrader la phénylalanine.
37
Quel problème physiologique apporte une accumulation de phénylalanine? Quel est le traitement?
Un taux élevé de phénylalanine est toxique pour le cerveau, engendrant ainsi une déficience intellectuelle. Le traitement est de maintenir un taux normal de Phé dans le sang.
38
Nommez les deux traitements diététiques pour la phénylcétonurie.
1. On calcul la tolérance du bébé et on donne la quantité de lait qui correspond à cette tolérance
2. On donne des aliments thérapeutiques plus riches en d'autres acides aminés et d'autres aliments où la Phe est absente ou peu présente.
39
La tolérance en phénylalanine chez tous les bébés atteints de la phénylcétonurie est la même, ainsi les traitements diététiques impliquent la même quantité des différents aliments thérapeutiques. Vrai ou faux?
Faux, les quantités du lait maternisé est ajustée selon la tolérance individuelle de chaque enfant.
40
Par quel processus les acides aminés peuvent-ils être absorbés par l'organisme?
Le métabolisme protidique.
41
L'apport diététique est le seul élément qui affecte le métabolisme protidique, et donc le taux de phénylalanine. Vrai ou faux?
Faux, l'apport diététique est un élément critique mais ce n'est pas le seul déterminant du métabolisme protidique.
42
Combien de flux majeurs affecteront le métabolisme protidique?
4-5 flux majeurs. Chacun représente un phénotype complexe qui dépend de l'interaction de nombreux gènes et l'environnement.
43
Une modification dans l'un des flux majeurs aurait un impact majeur sur la tolérance en phénylalanine. Vrai ou faux?
Vrai.
44
Que peut-on donc conclure sur la tolérance de phénylalanine? (3)
La tolérance pour la phénylalanine variera selon l'état physiologique et selon les gènes autres que la PAH qui pourraient exercer une influence majeure.
Différents patient auront différentes tolérances.
45
Quelles sont les variables physiologiques de la phénylcétonurie? (2)
1. Infections : Cataboliques
2. Croissance : Anaboliques
46
Nommez les deux variantes cliniques de la phénylcétonurie.
1. Hyperphénylalaninémie
2. La PCU atypique (maligne)
47
Brièvement, qu'est-ce qui caractérise l'hyperphénylalaninémie?
On ne retrouve aucune corrélation entre la concentration en phénylalanine et l'activité enzymatique (phénylalanine hydroxylase PAH).
(Pas de relation linéaire)
48
L'hyperphénylalaninémie est une maladie dominante ou récessive?
Maladie récessive.
49
Quel est le problème au niveau de la PCU atypique?
Il s'agit d'un problème au niveau du cofacteur bioptérine (BH4) nécessaire à la transformation de la Phe en Tyr. Sa synthèse et sa regénération comportent plusieurs étapes, chacunes associées à une erreur innée spécifique.
50
Tous les enfants dépistés pour la PCU sont évalués pour des concentrations des précurseurs de la BH4. Vrai ou faux?
Vrai.
51
Tous les individus atteints de la PCU ont un taux en phénylalanine plasmatique anormal. Vrai ou faux?
Faux, il arrive que le taux de phénylalanine plasmatique soit normal.
52
Les individus atteints de quelle variante clinique de la PCU répondent à une supplémentation en tetrahydrobioptérin (BH4) pour les signes périphériques?
Hyperphénylalaninémie.
53
Les signes neurologiques reliés à la PCU ne répondent pas à l'administration systémique de BH4. Quelle autre supplémentation est alors utilisée?
Une supplémentation en DOPA.
54
Nommez à quels niveaux il est possible de traiter une enzymopathie. (6)
1. Diète
2. Protéines tissulaires
3. Cofacteurs
4. Enzyme
5. Voie alternative
6. Un supplément de produit
55
Serait-il pertinent de faire un "panel" ou un dépistage ou des tests génétiques à tout le monde même sans symptômes?
(Réflexion faite en classe jsp si ça sera à l'exam)
Les séquençages ne sont pas toujours faits car on pourrait trouver une séquence « anormale » qui ne cause aucun problème mais en le disant au patient, on peut causer une inquiétude inutile.
56
Qu'est-ce qui caractérise les maladies génétiques complexes comparativement aux maladies mendéliennes?
Les maladies génétiques complexes démontrent des allèles répandus et souvent prévalents dans la population et des gènes de prédisposition, alors que les maladies mendéliennes démontrent des allèles qui sont rares et dont leur effets individuels sont très forts.
57
Les maladies génétiques fréquentes, comme les maladies génétiques complexes, (exemples : Hypertension, diabète de type 2) sont dues aux effets de nombreux allèles répandus et de l'environnement. Vrai ou faux?
Vrai.
58
Qu'est-ce qu'une maladie monogénique?
Une maladie où un seul gène suffit pour déterminer si l'individu sera malade.
59
Comment nomme-t-on une maladie dont plusieurs influences génétiques sont nécessaires pour le développement de cette maladie.
Une maladie polygénique.
(Maladie génétiques complexes)
60
Est-ce qu'un gène seul d'une maladie génétique complexe (polygénique) est déterminant?
Non.
61
Nommez d'autres facteurs qui peuvent jouer un rôle sur les maladies polygéniques. (3)
1. Habitudes de vie
2. Conditions de travail saines/malsaines
3. L'adhésion aux prescriptions des médicaments
62
L'environnement est-il un facteur important au niveau des maladie génétique complexe?
Oui, il s'agit d'un facteur important.
63
Les variantes génétiques de maladies génétiques complexes peuvent seulement prédisposer l'individu au développement de la maladie. Vrai ou faux?
Faux, elles peuvent également protéger l'individu contre la maladie. (Résistance)
64
Dans toutes les maladies génétiques, complexes ou mendéliennes, seules les séquences permettent de déterminer la sévérité de l'atteinte de la maladie. Vrai ou faux?
Faux, plusieurs influences génétiques et environnementales entrent en jeux pour déterminer la sévérité de l'atteinte.
65
Le génotype des maladies monogéniques classiques permettent de déterminer le phénotype. Vrai ou faux?
Vrai.
66
Donnez un exemple d'une maladie monogénique classique.
L'anémie falciforme : Prédiction du génotype à partir du phénotype et du phénotype à partir du génotype.
67
Que signifie les phénocopies?
Qu'il y a plusieurs génotypes possibles pour un phénotype donnée.
68
Les phénotypes/génotypes des maladies multifactorielles (génétiques complexes) peuvent-ils être déterminés?
Non, des prédispositions ne permettent pas une prédiction du phénotype à partir du génotype.
(La pénétrance est incomplète)
69
Rappel : Qu'est-ce qu'une pénétrance incomplète?
**Dr. Mitchell a mis de l'emphase sur la pénétrance
Lorsque seulement la moitié des individus expriment le gène.
70
Nommez un exemple d'une mucopolysaccharidose (MPS).
Le syndrome d'Hurler : signes multi-systémiques variables.
(Pas de questions sur les symptômes/clinique des maladies)
71
Décrivez brièvement les maladies MPS.
Ce sont des maladies héréditaires, des erreurs innées du métabolisme, impliquant des polymères de sucres modifiés au niveau de la matrice extracellulaire.
72
La maladie de Hunter et de Hurler implique un défaut au niveau de quelle enzyme?
- Hunter : l'iduronate sulfate sulfatase
- Hurler : Iduronidase
73
Comment est fait le diagnostique de la MPS : maladie de Hurler?
Il s'agit d'un dépistage par un test urinaire simple et les résultats sont analysés sur un graphique.
- Personne saine : Excrétion faible de glycosaminoglycans
- Personne atteinte : Excrétion élevée de glycosaminoglycans = maladie de Hurler
* La quantité d'enzyme (iduronidase) est variable chez les personnes saines mais la quantité chez les personnes atteintes est beaucoup plus faible.
*Pas de question sur le mécanisme
74
Quelle molécule permet de faire le diagnostique du syndrome d'Hurler grâce à sa fluorescence?
La 4-methylumbelliferone.
75
Lors du dosage de l'activité enzymatique lors du dépistage de la maladie de Hurler, l'activité est-elle la même chez les individus normaux et les individus hétérozygote?
Non, l'activité enzymatique est en moyenne plus élevée chez les individus normaux que les individus hétérozygotes.
76
Nommez les fonctions de la mitochondrie. (8)
1. **Production d'énergie (aérobie)**
2. Production d'espèces réactives d'oxygène
3. Oxydation des acides gras, cétegenèse et cétolyse
4. Apoptose (cytochrome C)
5. Dégradation des acides aminés (partie)
6. Cycle de l'urée (partie)
7. Synthèse de l'hème/porphyrine
8. Stéroïdogénèse (partie).
77
Quelle est la quantité de protéome mitochondrial?
Plus de 1000 protéines.
78
La production d'énergie dans la mitochondrie apporte combien d'ATP par glucose grâce à la chaîne respiratoire?
30 ATP.
79
Quels sont les substrats principaux de la chaîne respiratoire?
NADH et FADH.
80
Quels processus permettent la production d'énergie par la chaîne respiratoire dans la mitochondrie?
1. Le gradient de protons
2. La phosphorylation oxydative
81
Quels sont les deux types génétiques (gènes) des maladies mitochondriales héréditaires?
1. Gènes nucléaires
2. Gènes à transmission mitochondriale (maternelle)
82
La majorité des maladies génétiques mitochondriales sont du type gènes nucléaires. Vrai ou faux?
Vrai.
83
Décrivez brièvement des maladies génétiques mitochondriales du type gènes nucléaires.
Maladies autosomiques ou liées au chromosome X.
84
Décrivez comment le génome mitochondrial est transmis.
Le génome mitochondrial est présent dans des centaines de copies dans la plupart des cellules. À la fertilisation, seulement l'oeuf (donc provenant de la mère) transmet des mitochondries à la progéniture.
85
La grande majorité des protéines mitochondriales sont de quelle origine?
Origine nucléaire.
86
La transcription et la traduction des protéines mitochondriales se font à partir de quel gène?
D'un gène nucléaire.
87
Décrivez la séquence des protéines mitochondriales.
La protéine a une séquence de tête (leader sequence) en N-termianal.
88
La séquence de tête des protéines mitochondriales est reconnue par quelle enzyme? Décrivez comment cette séquence se retrouve dans la matrice mitochondriale.
Des translocases des membranes mitochondriales. Lorsque'elle est reconnue par les translocases, la séquence gagne la matrice mitochondriale grâce aux complexes Translocase of the Outer Membrane (TOM) et Translocase of the Inner Membrane (TIM).
89
La séquence tête est conservée lorsque la proétine mitochondriale atteint la matrice mitochondriale. Vrai ou faux?
Faux, la séquence tête est clivée lors de l'entrée à la matrice motichondriale.
90
Décrivez les chromosomes mitochondriaux et le nombre de copies de ceux-ci. (gènes)
*Important
Le chromosome est circulaire (et ~ 16,5 Kb).
Il y a 1000 copies par cellule et entre 2 et 10 copies par mitochondrie.
91
Décrivez les gènes mitochondriaux. (2).
*Important
Ils possèdent 13 sous-unités de la chaîne respiratoire en plus de la machinerie tranductionelle (tRNAs, r RNAs)
92
Nommez une distinction dans la code génétique chez les gènes mitochondriaux.
*Important
TGA code pour Tryptophan et non pour STOP.
93
Quelle mutation ponctuelle est associée au syndrome "MELAS".
Mutation ponctuelle hétéroplasmique, dans le gène de l'ARNt mitochondrial de la Leucine (UUR).
94
Décrivez la ségrégation mitotique lors de la transmission des gènes mitochondriaux.
*Important
Toutes les cellules ne receveront pas le même bagage génétique, dépendemment si elles sont homoplasmique ou hétéroplasmique.
95
La transmission des gènes mitochondriaux et de ces mutations pendant la méiose peut se faire par transmission maternelle ou paternelle. Vrai ou faux?
*Important (explication arbre généalogique aussi)
Faux, seulement par transmission maternelle.
Sur un arbre généalogique, on peut voir que la transmission d'une mutation dans les gènes mitochondriaux se fait seulement par la mère atteinte et que les pères atteints de transmettent pas la mutation.
96
Une mère atteinte d'une mutation mitochondriale peut la transmettre à sa progéniture peut importe s'il s'agit d'une fille ou d'un garçon. Vrai ou faux?
*Important
Vrai.
97
Qu'est-ce que l'atrophie optique de Leber : LHON, Leber hereditary optic neuropathy? (Brève description)
Il s'agit d'une maladie à transmission génétique mitochondriale qui implique la perte indolore de a vision centrale d'un oeil ou des deux yeux.
98
Décrivez l'importance de l'ADN mitochondrial dans la chaîne respiratoire.
La chaîne respiratoire contient 5 complexes, 4 d'entres eux intègrent des sous-unités provenant de l'ADNmt et de l'ADN nucléaire. La synthèse des sous-unités mtichodriales requiert de mRNA, rRNA et tRNA mitochondriaux et des facteurs d'assemblage.
99
Par quoi commence le diagnostique d'une maladie génétique? Que peut-on faire afin d'obtenir efficacement de l'information sur un individu?
Par l'examen clinique des patients, on observe les traits inhabituels démontrés. Il est utile de faire l'arbre généalogique afin d'avoir les aspect familial de l'individu.
100
Nommez les deux modes classiques de transmission génétique et spécifiez s'ils sont récessif ou dominant.
1. Autosomique : Récessive ou dominante
2. Liée au chromosome X : Récessive ou dominante
101
Quelles sont les trois catégories de variantes dans le génome?
1. Grosses délétions, dupplications et réarrangements
2. Petites délétions et duplications
3. La substitution d'un nucléotide pour un autre à une position dans le génome
102
Est-ce que les variantes de longueur dans le génome causent des maladies?
En général, elles ne causent pas e problème.
(Mentionné en classe)
103
Les variantes de séquence dans le génome causent des maladies. Vrai ou faux? Donnez un exmeple de variantes de séquence.
Vrai.
Exemple : Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ou délétion d'un seul segment d'un chromosome (copy number variant CNV.
104
Qu'est-ce qu'un locus?
Une position dans le génome.
105
Quels sont les effets fonctionnels d'une mutation?
1. Mutation neutre
2. Mutation délétère
106
Que signifie une mutation VUS?
Variant of unknown significance, on ne sait pas si cette mutation est délétère.
107
Associez le type de gènes similaires à sa définition : (Chiffre à sa lettre)
1: Homologue
2: Paralogue
3: Orthologue
A : Même espèce, gène différent (résultat d'une duplication génique suivi par l'évolution)
B : Espèces différentes, même gène
C : Même espèce, même gène (l'autre chromosome)
1 : C
2 : A
3 : B
108
Nommez une maladie causée par une mutation connue et répandue.
L'anémie falciforme.
109
Dans certaines régions de l'Afrique, il y a une haute prévalence d'une forme sévère d'anémie. Vrai ou faux?
Vrai.
110
Y a-t-il une incidence familiale faible de cette forme d'anémie?
Non, une incidence familiale élevée.
111
Qu'est-ce qu'une anémie?
Un taux bas de globules rouges résultant en une diminution de l'hémoglobine.
112
Décrivez ce qui cause l'anémie falciforme au niveau génétique.
Un changement spécifique dans l'ADN, le codon 6 du gène de la β-globine, glutamine muté en une valine, mène à un changement spécifique dans le globule rouge. Ils se replient, prenant la forme d'une faucille.
(GAG -> GTG)
113
D'autres conditions que l'anémie falciforme sont connues pour avoir un phénotype similaire. (Repliement caractéristique des globules rouges) Vrai ou faux?
Faux, aucune autre condition a ce phénotype, ainsi connaître de phénotype permet de connaître le génotype et vice-versa.
= Maladie monogénique.
114
Quel phénomène mène aux changements de conformation des globules rouges?
L'hypoxie (Diminution de la quantité d'oxygène distribuée par le sang au tissu).
Ceci cause des crises vaso-occlusives.
115
L'anémie falciforme implique quel mode de transmission génétique?
Il s'agit d'une maladie autosomique récessive.
116
Il est possible d'être hétérozygote et d'être atteint de l'anémie falciforme. Vrai ou faux?
Faux, les homozygotes sont atteints d'anémie sévère.
117
Les porteurs sains de l'anémie falciforme sont asymptomatiques mais détectable par l'életrophorèse de quelle molécule?
L'hémoglobine.
118
Quel pourcentage de la population de race noire est porteur asymptomatique de l'anémie falciforme?
8%.
119
Quelle a été la première technique qui a permis le diagnostique de l'anémie falciforme?
Le buvardage Southern (Southern Blot).
120
À partir de quelle molécule le buvardage Southern permet-il le diagnostique des maladies génétiques?
L'ADN génomique.
121
Quels sont les composants importants d'un diagnostique moléculaire qui sont présent dans la technique Southern Blot? (3)
1. Spécificité pour une séquence
2. Hybridation d'une chaîne d'acides nucléiques avec une autre chaîne à séquence complémentaire
3. Utilisation d'échantillons témoins comme contrôle interne pour la qualité du test
122
Quelles sont les différences entre la technique Southern génomique et PCR? (5)
** = point plus important
- Southern Génomique :
1. Quantité d'ADN nécessaire plus grande (micro)**
2. Prend plus longtemps (> 3jrs)
3. L'ADN étudié est natif**
4. Les changements épigénétiques sont détectables (méthylation)
5. Le risque de contamination est moins présent
- PCR :
1. Besoin de moins d'ADN (nano à pico)**
2. Prend moins longtemps (heures)
3. L'ADN étudié est amplifié**
4. Les changements épigénétiques sont non-détectable (à moins d'utiliser des techniques spéciales)
5. Le risque de contaminsation est plus présent
123
Les principes diagnostiques adaptés aux tests d'amplification de l'ADN sont identiques au Southern Blot. Vrai ou faux?
Vrai.
124
Qu'indique la présence d'un fragment non-digéré chez un individu sur le contrôle de qualité?
(PCR)
Elle suggère que la digestion était incomplète, ce qui peut fausser le résultat et donc invalider le test. Il faut alors répéter le test.
125
Pourquoi est-ce que le diagnostique moléculaire est si important alors qu'il est plus facilement déterminé par d'autres techniques comme l'observation des cellules sous le microscope?
Parfois le gène est exprimé seulement dans un tissu inaccessible.
126
Donnez un exemple où il n'est pas nécessaire d'avoir du sang pour faire un diagnostique et expliquez pourquoi c'est possible.
Exemple : Diagnostique prénatal : l'amniocentèse (prise de liquide amniotique = amniocytes d'origine fœtal)
N'importe quel tissu avec de noyaux cellulaires contient toutes l'information nécessaire pour détecter les maladies génétiques. (Donc pas nécessaire d'avoir du sang).
127
Les mutations ne changent pas toutes un site de restriction. Comment est-il donc possible de les détecter?
Une approche via les oligonucléotides qui hybrident à une séquence complémentaire.
128
Nommez les facteurs qui peuvent affecter (augmenter) l'hybridation de l'ADN. (3)
*Dr Mitchell a mis de l'emphase sur ce point dans le cours.
1. La concentration de l'ADN : [AND] aug. = hybridation augemente
2. La température : T faible = plus d'hybridation
3. Les [cations] : [Na+] élevée = plus d'hybridation et [Mg2+] très élevée = + d'hybridation.
129
Dans quel cas utilise-t-on le séquençage pour détecter les mutations?
Lorsque la maladie est dues à des mutations distribuées le long du gène responsable pour la maladie.
130
Quelles sont les analyses effectuées lorsque de multiples mutations sont impliquées? (4)
1. Séquençage de l'ADN
2. Identification d'une mutation
3. Évaluation de l'impact de la mutation
4. Recherche chez les autres membres de la famille
131
Quel type de mutation causant les maladies génétiques humaines est la plus fréquente?
Mutation faux-sens.
132
Il existe peu de types de mutations qui causent les maladies génétiques humaines. Vrai ou faux?
Faux, il en existe une variété qui peut changer la fonction du gène.
133
Comment est-ce que l'épissage peut causer une maladie génétique?
Une mutation dans l'intron peut causer des problème au niveau de l'épissage.
Les 2 nucléotides aux extrémités d'un intron sont conservés à presque 100%, ainsi, une mutation à ce niveau sera fort probablement délétère.
*Il existe d'autres mutations qui affecte l'éppissage mais il est plus difficile de prédire leur effets.
134
L'ADN est instable et l'ARN est stable. Vrai ou faux?
**Important
Faux, l'ADN est stable et l'ARN est instable.
L'ADN est le matériel de choix pour les diagnostique.
(L'ARN peut quand même être utilisé dans certains cas)
135
Les maladies génomiques implquent quelle variante de séquence?
Les grosses délétions, insertions et réarrengements.
(Recombinaison anormales)
136
Les recombinaisons anormales causant les maladies génomiques se produisent quand?
Quelles erreurs peuvent se produire à ce moment? (3)
Lors de l'échange génétique pendant la méiose.
1. Chromatines/chromosomes mal-alignés au niveau des paralogues = échange non équilibré
2. Copy number variant (CNV)
3. Erreurs de recombinaison (mutations)
137
L'idiogramme des chromosomes humains démontre quoi?
22 autosomes et 2 chromosomes sexuels.
138
Quelle est la façon traditionnelle de voir des gros changements dans les chromosomes?
La microscopies des chromosomes arrêtés à l'étape de la métaphase du cycle cellulaire.
139
Quelle a-été la première anomalie chromosomique décrite chez l'humain? Quelle est la cause majeure de cette maladie?
Le syndrome de Down (trisomie 21), qui implique 3 chromosomes 21 au lieu de 2.
Causée par une disjonction méiotique lors de la méiose maternelle.
140
Quelle est la technique utilisée pour analyser l'intensité des copies permettant de trouver une délétion?
(CGH) Comparative Genome Hybridizaiton.
141
Décrivez la technique CGH. Pourquoi est-elle utile?
On compare l'hybridation d'un ADN témoin avec l'hybridation de l'ADN du patient. On peut détecter une région délétéé qui est trop petite pour être vue au microscope.
Il est possible de regrouper différente analyses de divers patients ayant des réarrangements dans cette région plus intense (région critique**) et des signes cliniques similaires, permettant de déterminer une région critique responsable pour les signes cliniques observés et déterminer les gènes repsonsables.
142
Lequel de ces énoncés est faux :
1. La majorité du génome est fait de séquences répétées
2. La plupart de l'ADN codant se trouve dans l'ADN à séquence unique ou faiblement répété
3. L'ADN codant compte pour une grande partie du génome.
3. L'ADN codant ne compte pour une faible fraction du génome.
143
La transcription d'euchromatine est possible. Vrai ou faux?
Vrai.
144
Quelles sont les trois catégories d'euchromatine?
1. Gènes codants (~ 22 000 gènes)
2. ARN transcrits mais non-codant
3. Régions hautement conservés mais non transcrites
145
La variabilité de l'ADN entre les individus se retrouve surtout dans les régions codantes. Vrai ou faux.
Faux, dans les régions non-codantes, introniques ou intergéniques.
146
Nommez deux régions non-codantes importantes des chromosomes.
1. Télomères
2. Centromères
147
À quoi servent les télomères?
À maintenir la longueur des chromosomes.
148
Les centromères sont important dans quel processus cellulaire?
La divison cellulaire (mitose et méiose).
149
Quelles sont les deux sortes d'hétérochromatine?
1. Constitutives (toujours dans cet état)
2. Facultatives (réversible : exemple : l'inactivation du chromosome X lors de la méiose, la suppression du chromosome X inactif est effacé.
