Final - La génétique médicinale Flashcards
Nommez les trois domaines de professions reliées à la génétique médicinale.
- Laboratoires cliniques
- Clinique (Contact patient)
- Chercheur
Quelles sont les 5 étapes du séquençage de la nouvelle génération en clinique?
- ADN : Source et qualité
- Sélection ou non
- Séquençage : parallèle
- Informatique
- Interprétation
Quels sont les standards attendus de l’ADN lors du séquençage en clinique?
On veut la qualité et la méthode optimale pour la technique utilisée.
Quels sont les choix de tissu pouvant être utilisés pour trouver de l’ADN pour le séquençage de l’ADN? (2)
- Tissu contenant de l’ADN génomique
- L’ADN d’un tissu affecté, par exemple, un tissu un ayant subit des mutations somatiques, donc cancéreux.
À quoi sert un “ panel “ dans la sélection de l’ADN pour le séquençage?
Il permet d’enrichir tous les gènes connus qui sont impliqués dans une maladie.
Exemples : Cardiomyopathies ou défficience intellectuelle.
A panel genetic test looks for changes in many genes in one test.
À quoi sert les exomes dans la sélection de l’ADN pour le séquençage?
Ils permettent d’enrichir toutes les séquences codantes.
L’ensemble des exons de notre génome est appelé EXOME
Décrivez l’enrichissement du génome pour la sélection de l’ADN.
Il y a moins d’enrichissement pour les génomes. Il y a beaucoup de séquences hautements répétées non-étudiées.
Que permet l’informatique dans le séquençage de l’ADN?
L’informatique permet de rassembler et d’analyser des millions de séquences.
L’interprétation des données informatiques du séquençage de l’ADN permet de déterminer quelles informations sur l’ADN?
Elle permet de déterminer si une mutation est réellement présente ou s’il s’agit simplement d’un artéfact.
Elle permet de savoir si la profondeur du séquençage est suffisante.
Et elle permet de déterminer la signification des mutations.
Quelles sont les deux premières analyses à faire pour déterminer si une variante dans la séquence est délétère? (qui met la santé ou la vie en danger)
- On analyse les signes cliniques chez le patient
- On se demande s’il serait raisonnable de penser que le gène puisse être responsable de la maladie du patient.
Après avoir analyser les signes cliniques du patient, que faut-il déterminer sur la séquence?
Si elle est délétère.
Quels sont les signes indiquant qu’une mutation est délétère? (6)
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
- La mutation est déjà décrite et démontrée comme délétère
- Changement d’un résidu démontré comme essentiel pour la fonction
- Mutation d’un résidu hautement conservé dans l’évolution : mutation sévère (bioinfo)
- Prévalence dans les bases de données ( Personnes atteintes > personnes non-atteintes)
- Mutation de novo
- Co-ségrégation avec la maladie.
Comment détermine-t-on qu’une mutation est sévère? (Mutation d’un résidu hautement conservé dans l’évolution)
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
À l’aide de la bioinformatique.
La prévalence dans les bases de données varie selon le mode de transmission et la quantité de données. Vrai ou faux?
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
Vrai.
La co-ségrégation avec la maladie a toujours la même valeur peu importe la quantité des données familiales. Vrai ou faux?
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante (Diapo 22/81).
Faux, la valeur de ce critère augmente avec la quantité des données familiales.
La génétique médicale d’aujourd’hui porte seulement sur l’étude des gènes, donc l’épigénétique. Vrai ou faux?
Faux, la génétique médicale porte sur l’étude du gène, de l’ARNm, de la protéine et de ses fonctions et de la maladie/santé chez le patient. C’est la génétique biochimique.
Qu’est-ce qui altère l’expression des gènes?
Les modifications et les protéines comme les histones, retrouvées au niveau de l’ADN.
Qu’est-ce que l’épigénétique
Il s’agit de l’étude des changements (chimiques) dans l’activité des gènes.
En épigénétique, la séquence de l’ADN demeure inchangée, donc A avec T et C avec G. Vrai ou faux?
Vrai.
Nommez et décrivez la modification épigénétique principale de l’ADN.
- Il s’agit de la méthylation
- Elle n’arrive qu’aux nucléotides C dans la séquence CG
- Les dinucléotides CpG ne sont pas tous modifiés, il s’agit d’un processus sélectif.
La méthylation de l’ADN est importante dans quels processus/domaines? (3)
- La régulation tissu-spécifique
- La génétique des cancers
- Le développement prénatal
Le séquençage de l’ADN permet de détecter les méthylation de l’ADN. Vrai ou faux?
Faux.
Pourquoi est-ce que le séquençage de l’ADN ne permet pas de trouver la méthylation de l’ADN?
Car la séquence d’ADN n’est pas altérée. Les techniques de séquençage ne détecte pas les changements épigénétiques.
Quelles sont les erreurs menant aux maladies monogéniques?
Les erreurs innées du métabolisme.
Combien y a-t-il d’enzymes et de transporteurs, environ, dans le génome humain?
~ 2000 enzymes
~ 2000 transporteurs
Nommez l’exemple classique d’une maladie métabolique héréditaire.
La phénylcétonurie (PCU).
Décrivez ce qui cause la phénylcétonurie.
Il s’agit d’une augmentation de l’acide aminé phénylalanine, causée par une déficience de l’enzyme phénylalanine hydroxylase (PAH).
La maladie PCU est transmise par quel mode de transmission?
Il s’agit d’une maladie à transmission autosomique récessive.
Quelle est l’expression de la PAH? (Quel organe?)
**Dr. Mitchell a mentionné que cette partie est importante
L’expression de PAH est à prédominance hépatique. (foie)
Décrivez la réaction de l’enzyme phénylalanine hydroxylase (PAH).
Elle ajoute un groupement hydroxyle sur la phénylalanine, la transformant en tyrosine.
Il s’agit d’une oxydoréductase à fonction mixte.
Son nom formel est : L-phenylalanine-4-monooxygénase.
Le dépistage de la phénylcétonurie se fait seulement lorsque les symptômes apparaissent. Vrai ou faux?
Faux, le dépistage de la phénylcétonurie se fait avant que les symptômes ne se développent.
Entre 70 000 et 100 000 enfants sont testés chaque années. (99% des naissances)
Expliquez pourquoi la phénylalanine n’est pas accumulée lors du développement du foetus atteint de la phénylcétonurie dans l’utérus de la mère.
Les taux de phénylalanine augmentent au fil du temps seulement lorsque le bébé atteint nait, car elle n’est pas dégradée par le fœtus, mais avant la naissance, le sang de la mère (foie) contient cette enzyme qui métabolise la Phe, ainsi le sang de la mère dégrade la Phe du foetus.
Un dépistage ne veut pas nécessairement dire un diagnostique. Vrai ou faux?
Vrai.
Comment fait-on le diagnostique de la phénylcétonurie?
Par chromatographie des acides aminés. On voit que la phénylalanine est beaucoup plus intense chez un individu atteint de la phénylcétonurie
L’enzyme PHA est exprimée dans le foie. Vrai ou faux?
Vrai.
Un individu atteint de la phénylcétonurie est capable de dégrader la phénylalanine par son foie, mais moins rapidement, ce qui cause une accumulation de cet acide aminé. Vrai ou faux?
Faux, le foie ne peut pas du tout dégrader la phénylalanine.
Quel problème physiologique apporte une accumulation de phénylalanine? Quel est le traitement?
Un taux élevé de phénylalanine est toxique pour le cerveau, engendrant ainsi une déficience intellectuelle. Le traitement est de maintenir un taux normal de Phé dans le sang.
Nommez les deux traitements diététiques pour la phénylcétonurie.
- On calcul la tolérance du bébé et on donne la quantité de lait qui correspond à cette tolérance
- On donne des aliments thérapeutiques plus riches en d’autres acides aminés et d’autres aliments où la Phe est absente ou peu présente.
La tolérance en phénylalanine chez tous les bébés atteints de la phénylcétonurie est la même, ainsi les traitements diététiques impliquent la même quantité des différents aliments thérapeutiques. Vrai ou faux?
Faux, les quantités du lait maternisé est ajustée selon la tolérance individuelle de chaque enfant.
Par quel processus les acides aminés peuvent-ils être absorbés par l’organisme?
Le métabolisme protidique.
L’apport diététique est le seul élément qui affecte le métabolisme protidique, et donc le taux de phénylalanine. Vrai ou faux?
Faux, l’apport diététique est un élément critique mais ce n’est pas le seul déterminant du métabolisme protidique.
Combien de flux majeurs affecteront le métabolisme protidique?
4-5 flux majeurs. Chacun représente un phénotype complexe qui dépend de l’interaction de nombreux gènes et l’environnement.
Une modification dans l’un des flux majeurs aurait un impact majeur sur la tolérance en phénylalanine. Vrai ou faux?
Vrai.
Que peut-on donc conclure sur la tolérance de phénylalanine? (3)
La tolérance pour la phénylalanine variera selon l’état physiologique et selon les gènes autres que la PAH qui pourraient exercer une influence majeure.
Différents patient auront différentes tolérances.
Quelles sont les variables physiologiques de la phénylcétonurie? (2)
- Infections : Cataboliques
- Croissance : Anaboliques
Nommez les deux variantes cliniques de la phénylcétonurie.
- Hyperphénylalaninémie
- La PCU atypique (maligne)
Brièvement, qu’est-ce qui caractérise l’hyperphénylalaninémie?
On ne retrouve aucune corrélation entre la concentration en phénylalanine et l’activité enzymatique (phénylalanine hydroxylase PAH).
(Pas de relation linéaire)
L’hyperphénylalaninémie est une maladie dominante ou récessive?
Maladie récessive.
Quel est le problème au niveau de la PCU atypique?
Il s’agit d’un problème au niveau du cofacteur bioptérine (BH4) nécessaire à la transformation de la Phe en Tyr. Sa synthèse et sa regénération comportent plusieurs étapes, chacunes associées à une erreur innée spécifique.
Tous les enfants dépistés pour la PCU sont évalués pour des concentrations des précurseurs de la BH4. Vrai ou faux?
Vrai.
Tous les individus atteints de la PCU ont un taux en phénylalanine plasmatique anormal. Vrai ou faux?
Faux, il arrive que le taux de phénylalanine plasmatique soit normal.
Les individus atteints de quelle variante clinique de la PCU répondent à une supplémentation en tetrahydrobioptérin (BH4) pour les signes périphériques?
Hyperphénylalaninémie.
Les signes neurologiques reliés à la PCU ne répondent pas à l’administration systémique de BH4. Quelle autre supplémentation est alors utilisée?
Une supplémentation en DOPA.
Nommez à quels niveaux il est possible de traiter une enzymopathie. (6)
- Diète
- Protéines tissulaires
- Cofacteurs
- Enzyme
- Voie alternative
- Un supplément de produit
Serait-il pertinent de faire un “panel” ou un dépistage ou des tests génétiques à tout le monde même sans symptômes?
(Réflexion faite en classe jsp si ça sera à l’exam)
Les séquençages ne sont pas toujours faits car on pourrait trouver une séquence « anormale » qui ne cause aucun problème mais en le disant au patient, on peut causer une inquiétude inutile.
Qu’est-ce qui caractérise les maladies génétiques complexes comparativement aux maladies mendéliennes?
Les maladies génétiques complexes démontrent des allèles répandus et souvent prévalents dans la population et des gènes de prédisposition, alors que les maladies mendéliennes démontrent des allèles qui sont rares et dont leur effets individuels sont très forts.
Les maladies génétiques fréquentes, comme les maladies génétiques complexes, (exemples : Hypertension, diabète de type 2) sont dues aux effets de nombreux allèles répandus et de l’environnement. Vrai ou faux?
Vrai.
Qu’est-ce qu’une maladie monogénique?
Une maladie où un seul gène suffit pour déterminer si l’individu sera malade.
Comment nomme-t-on une maladie dont plusieurs influences génétiques sont nécessaires pour le développement de cette maladie.
Une maladie polygénique.
(Maladie génétiques complexes)