Final Flashcards

1
Q

Définition de métabolite primaire ?

A

Impliqué dans de nombreux reactions débits élevée

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Q

Définition de métabolite secondaire ?

A

Métabolite qui ne sert plus à des réactions (et qui est souvent excrété ) débit faible

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3
Q

Généralement, que sont ces métabolites secondaires ?

A

Colorants , toxines , odorants

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4
Q

Comment sont produits les métabolites de luxe et comment sont ils hiérarchisés ?

A

Produits en petite quantité
Hiérarchisés après les métabolites centraux , primaires

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5
Q

En quelle phase les bactéries produisent elles des métabolites de luxe ?

A

En phase stationnaire

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6
Q

Quels sont les métabolites de luxe que les bactéries produisent ?

A

Alcaloïdes, composés phénoliques , huile essentiel, stéroïde

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7
Q

Quand est ce que les antibiotiques sont produits ?

A

Lorsque les bactéries sont en competition avec d’autres microorganismes

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8
Q

Caractéristiques des anti-biotiques béta- lactame ( groupe chimique , réagit contre quelles bactéries , comment , produites par quel microorganisme)?

A

Groupe chimique beta lactame
Surtout contre les bactéries gram +
Inhibe la formation de la paroi bactérienne en se fixant aux enzymes de synthèse de la paroi
Produites pas le champignon pénicillium

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9
Q

Caractéristiques des tétracyclines ? ( groupe chimique , réagit sur quelles bactéries , comment , produites par quoi ? )

A

Groupe chimique polycétides , réagit contre les bactéries gram+ et gram- en inhibant la traduction de fixant à la sous unité 30s du ribosome , produites par les bactéries streptomyces (gram+)

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10
Q

Caractéristiques des macrolides ( groupe chimique , réagit sur quelles bactéries , comment , produites par quoi ? ) quand est ce qu’elle est appliquée ?

A

Groupe chimique polycetides couplé par glucides , contre les bactéries (gram-, spectre plus large que penicilline), inhibe la traduction en se fixant sur la sous unité 50s , produites par les streptomyces , appliquée en cas d’allergie contre les b- lactame a

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11
Q

C’est quoi FAS?

A

Fatty acid synthase , acide gras synthase , est une grande enzyme avec de multiples sites actives dans des domaines différentes , dont l’activité comprend plus ou moins toutes les étapes

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12
Q

Le fait que la FAS effectue 7 tours pour du substrat acetyl-CoA/malonyl-CoA d’un acide gras , l’acide palmitique , l’enzyme fait partie de quel type d’enzyme ?

A

C un enzyme itératif

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13
Q

Quels sont les autres enzymes à multiples domaines , de façon itératives, fonctionnent comme FAS?

A

Il y a le NRPS (non ribosomal peptide synthase)
PKS( polyketidesynthase)

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14
Q

Quels types de métabolismes synthétisent les NRPS et comment sont ils , s’ils sont synthétisés de façon itérative ?

A

Des métabolismes secondaires circulaires
Ils sont aussi symétriques

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15
Q

Au lieu de passer plusieurs fois par la même enzyme de façon itérative , qu’est ce qu’on peu faire d’autre ?

A

On les enchaînes plutôt dans une chaîne de production linéaire modulaire , on obtient plus de possibilité de variations
Le produit peut alors être irrégulier comme la cyclosporine

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16
Q

Quelle enzyme utilise aussi le système de chaine modulaires et qu’est ce qu’elle synthétise?

A

Le PKS , synthetises les tetracycline et macrolides

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17
Q

Exemple de modules d’enzymes à multiples domaines ?

A

DEBS qui synthétisent le précurseur de l’erythromycine

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18
Q

Quels sont les antibiotiques que synthétisent les NRPS et les PKS ?

A

NRPS: vancomycine, actinomycine, cyclosporine, cyclostatique ou Bleomycine, des pigments et des toxines
PKS : tétracycline, macrolides , antifongiques (amphotericine), rapamycine , lovastatines , aflatoxines

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19
Q

Caractéristiques d’aminoglycosides / aminosides ? (Groupe chimique , réagit contre quoi , comment , produit par quoi )

A

Groupe chimique :2à 5 glucides aminés , réagit contre les bactéries gram - et mycobacterium tuberculosis
Inhibe la traduction en se fixant sur la sous unité 30s , produites par les actinomycètes

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20
Q

Par quoi est favorisé l’apparition des souches résistantes ?

A

Par l’utilisation inadéquate de l’antibiotique ( sous-dosage)
Par l’utilisation très répandu de l’antibiotique , par exemple dans l’élevage du bétail

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21
Q

Qu’expriment les gènes de résistance et qu’est ce que cela permet ?

A

Ils expriment des protéines permettant d’extraire l’antibiotique, détruire l’antibiotique ou modifier la cible de l’antibiotique

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22
Q

Dans le cas de destruction de l’antibiotique , de quoi il s’agit ?

A

Il s’agit d’enzymes Comme or exemple les penicillinases ( beta- lactamase)

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23
Q

Quel inhibiteur choisir pour bloquer l’action des beta-lactamase ?

A

L’acide clavulanique ( il n’a pas d’activité d’antibiotique directe )

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24
Q

Quel anti biotique est résistant contre les b-lactamase ?

A

Imipenem

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25
Q

C’est quoi le noyau b-lactame ?

A

Azetidinone

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26
Q

Quel est l’avantage des pompes pour l’extraction de l’antibiotique ?

A

Elles transportent tout une classe de métabolites et de xénobiotiques , même principe que celui des transporteurs ABC connu comme MDR

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27
Q

Que fait ABC connu comme MDR ?

A

Rend les cellules tumorales résistantes à la chimiothérapies

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28
Q

Comme se fait la résistance par modification des cibles ?

A

Cela peut être une mutation ( par exemple cibles ARN) , une protéine protectrice (bloque l’accès à l’antibiotique) ou l’utilisation d’autres composes dans la paroi bactérienne

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29
Q

C’est quoi un microbiome ?

A

La totalité des microorganismes associés à un hôte

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30
Q

Que peut être un microbiome ?

A

Il peut être symbiotique, commensal ou pathogénique

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31
Q

De quoi est composé le microbiome ?

A

De 10.000 espèces , qui contiennent 100 fois plus de gène que le génome humain

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32
Q

Quel est l’état du microbiome ?

A

Il est plastique mais retourne à un état de base qui diffère selon les espèces et les individus peut-être

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33
Q

Quelles sont les espèces qui dominent dans le microbiome ?

A

Les firmicutes et les bacteroidetes

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34
Q

Que sont les firmicutes ?

A

Souvent gram positive , aerobes , don’t clostridia, bacilli

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35
Q

Que sont les bacteroidetes?

A

Souvent gram negatives , ne forment pas de spores , anaerobes ou aerobes , présent dans l’environnement, eau , sol , animaux ….

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36
Q

Le microbiome adulte est stable et retourne à l’état de base suite à des modifications passagers? Vrai ou faux

A

Vrai

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37
Q

Qu’est ce qui joue un rôle dans la stabilité du microbiome?

A

Cecum/appendix

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38
Q

Que contient l’appendice en cas de diarrhée?

A

Inoculum pour la reconstitution d’un microbiome sain

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39
Q

Quelles sont les fonctions du microbiome gastro-intestinal?

A

Fonctions bénéfiques (colonisation , métabolisme , pres digestion, éducation immune , production de vitamines )
Fonctions nuisibles ( pas de colonisations , microbes pathogéniques, modulation immune

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40
Q

Quels sont les principaux aspects métaboliques du microbiome ?

A

Production de vitamines
Modulation du métabolisme des acides biliaires
Digestion des carbohydrates non digestifs
Production de SCFA

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41
Q

C’est quoi vitamine ?

A

Metabolite essentiel qui ne peut pas être synthétisé par l’organisme, doit être pris avec la nourriture

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42
Q

Quelles vitamines sont produites par le microbiome ?

A

Le microbiome produit presque toutes les vitamines hydrosolubles ( vitamine B surtout vitamine B12 , la cobalamine) et la vitamine K

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43
Q

Où se trouvent les vitamines de la nourriture et celles produites par le microbiome ?

A

Les vitamines de la nourriture sont absorbés dans l’ileum, celles produites par le microbiome sont dans le colon (sauf chez les ruminants

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44
Q

Où est localisé les acides biliaires primaires et les acides biliaires secondaires ?

A

Les acides biliaires primaires dans le foie
Secondaires dans l’intestin ?

45
Q

Qu’est ce qui effectue la transformation d’acide biliaire primaire à secondaire ? Où?

A

Par le microbiome dans le colon

46
Q

Quels sont les acides biliaires primaires ?

A

Ca ( acide cholique)
UDCA( acide chenodesoxycholique)

47
Q

Quels sont les acides biliaires secondaires ?

A

Dca ( acide desoxycholique )
Lca (acide lithocholique)
UDCA ( acide ursodesoxycholique)

48
Q

Que sont ces acides biliaires?

A

Des ligands de récepteurs de signalisation TGR5( transmembranaire) et FXR( nucléaire) qui influent l’expression génique

49
Q

Que ciblent les différents acides biliaires primaires ou secondaires ?

A

D’autres récepteurs supplémentaires donc ils ont des propriétés de signalisation différentes

50
Q

Où peuvent entrer les acides biliaires secondaires ?

A

La recirculation entherohepatique

51
Q

Où sont exprimés les récepteurs ?

A

Au système nerveux central

52
Q

Exemple de fibres solubles ou insolubles ( non-digestibles carbohydrate)

A

B- glucane , cellulose , pectine , chitine , gommes naturelles

53
Q

Qu’est ce qui fait du rumen un bio réacteur ?

A

Il contient un microbiome capable de digérer la cellulose

54
Q

La cellulose est dégradée en quoi par quoi ? Où?

A

Dégradée en SCFA par les bactéries du microbiome avant l’intestine ce qui facilite l’absorption des produits bactériens efficaces

55
Q

Chez les humains , c’est plutôt l’effet des fibres sur le microbiome qui est important ? Qu’est ce qui explique cela ?

A

Un des aspects bénéfiques du microbiome nourrit par les fibres protège des bactéries pathogéniques

56
Q

Quel est l’autre aspect important concernant les fibres chez les humains ?

A

Des microbes vivant des fibres produisent des acides gras volatiles à chaîne courte ou SCFA

57
Q

Quels sont les principaux produits du métabolisme microbien intestinal ?

A

SCFA: propionate , butyrate, acetate

58
Q

Quel pourcentage des besoins énergétiques des ruminants sont dérivés des SCFA ? Et chez les humains ?

A

75-80% , chez les humains 10%

59
Q

Quelles sont les utilites du SCFA ?

A

SCFA est utilisé pour alimenter la gluconeogenese , la synthèse de lipides et le TCA

60
Q

Dans le foie , les SCFA sont utilisés pourquoi ?

A

Pour la synthèse du cholestérol ou acide gras , ils servent aussi à alimenter la gluconeogenese ( propionate , propionyl-coA, succinyl-COA, oxaloacetate-gluconeogenese)

61
Q

Que promeut la fermentation?

A

D’autres produits sous forme gazeuse tel-que , H2s, NH4 et CH4

62
Q

Où encore influe l’effet des SCFA ?

A

Sur l’axe intestin-cerveau

63
Q

À quelle famille appartiennent les recepeteurs des SCFA identifiés ?

A

À la famille des RCPG

64
Q

Comment les effets des récepteurs SCFA pourraient être direct en ce qui concerne l’axe intestin cerveau ?

A

Ces récepteurs sont exprimés en grande quantité sur les cellules du cerveau ( neurone , microglie…)
Le liquide cérébro-spinal contient des SCFA

65
Q

Comment les effets des recepeteurs SCFA pourrait être indirect ?

A

Via le colonocyte/système nerveux autonome , le foie , le système immun

66
Q

Au niveau clinique , on trouve des corrélation entre microbiome et un nombre de santé mentale . Quelles sont ces troubles mentaux ?

A

Dépression, Alzheimer’s, trouble du spectre de l’autisme , Parkinson’s, sclérose en plaque

67
Q

Les acides biliaires et SCFA ne sont pas impliqués dans la corrélation entre microbiome et un nombre de santé mentale ?

A

Faux

68
Q

C’est quoi orthosterique , allostérique et pseudosterique ?

A

Un substrat se lie au site orthosterique , un régulateur allostérique se lie ailleurs , un pseudo stérique se lie au site orthosterique mais n’est pas convertit , reste donc à l’orthosterique et le bloque

69
Q

Le fructose-1,6-biphosphate , produit des premières étapes de la glycolyse . Elle se lie à quoi et où exactement et qu’est ce que cela entraîne ?

A

Elle se lie à la pyruvate kinase (pk) , sur un site distinct de la fixation du substrat et ceci entraîne un changement de conformation de la pk et augmente son activité

70
Q

La liaison FBP et pk est quel type de liaison ?

A

Liaison allostérique

71
Q

Ce type de régulation allostérique d’enzyme peut avoir lieu entre métabolite/enzyme de voies différentes et ainsi permettre une adéquation de différentes voies de métaboliques entre elles. Vrai ou false ?

A

Vrai

72
Q

Que permet la régulation à distance ?

A

Une adaptation des activités enzymatiques aux changements de condition , par rétroaction dans le sens négatif comme positif

73
Q

C’est quoi ligands de récepteurs et pourriez vous donner un exemple ?

A

Des métabolites en tant que petits composés , les stéroïdes comme ligand professionnel est un exemple.

74
Q

Que permet la reconnaissance de RCPG par des métabolites ?

A

Une signalisation rapide avec effet rapide (cytosquelette) ou lent ( régulation de la transcription )

75
Q

Quelques exemples de ligand de récepteur ?

A

Acides biliaires, SCFA , butyrate, beta-hydroxybutyrate

76
Q

C’est quoi le récepteur du beta-hydroxyburate? Quand est ce qu’il réagit en quoi faisant ?

A

1-HCA2
2-il réagit à ses concentration proches de la céto-acidose
3-en inhibant la lipolyse et la beta-oxydation

77
Q

C’est quoi la cetoacidose et qu’est ce qui l’alimente ? L’intervention du récepteur HCA2 est quel type de rétroaction?

A

1- c’est lorsque le Ph du sang change, c’est une urgence
2- alimenter par la cetogenese
3 une rétroaction négative

78
Q

Les RCPG/GPCR ne sont pas des cibles de médicaments par excellence. True or false ?

A

False

79
Q

Quels autres métabolites comme agoniste de récepteurs ?

A

Les récepteurs nucléaires

80
Q

Les récepteurs nucléaires ont un spectre assez large de ligands. Ils lient des métabolites variés surtout de quel chemin ?

A

Surtout des chemins de synthèse des lipides

81
Q

Quels sont les types de récepteurs qui sont le plus souvent liés ?

A

Rxr, lxr, fxr , ppar

82
Q

Que permet les principaux mécanismes epigenetiques ? Et que sont ces mécanismes ?

A

Établir et maintenir les schémas d’expression des gènes spécifiques aux tissus et l’extinction globale des gènes .
Ces mécanismes sont la modification de la chromatine

83
Q

Quelles sont les différentes modifications de la chromatine?

A

Methylation de l’ADN et modification des histones

84
Q

Quelles sont les différentes modifications des histones ?

A

L’acetylation , la phosphorylation , methylation et ubiquitilation

85
Q

La modification de la chromatin régule la transcription ? Comment ?

A

Seule l’euchromatine est transcrit

86
Q

L’acetylation de la lysine en position 4 de l’histone 3 (H3K4) , ou encore H3K36ou H3K79 sont associés à quoi ?

A

Transcription /expression active

87
Q

La methylation H3K9, H3K27 ou H420( methylation de l’ADN ) suggèrent quoi ?

A

Une chromatine silencieuse

88
Q

Quelles sont les enzymes concernées dans les modifications de la chromatine/ des histones? Et qui sont sensibles à leur action ?

A

Les writers et les erasers , les lecteurs sont sensibles à leur action

89
Q

Par quoi est régulée l’activité des writers et des erasers ?

A

Par la signalisation intracellulaire (récepteurs) mais aussi par la disponibilité de leur substrat et des cofacteurs des enzymes impliquées

90
Q

Quels sont les métabolites qui peuvent servir comme substrats plutôt que comme cofacteur à la modification des histones ?

A

Acetyl-COA , succinyl-COA , benzoyl-COA , S-adenosylmethionine , lactate, beta-hydroxybutyrate , homocysteine

91
Q

Des métabolites peuvent être également des co-facteurs allostériques requis au bon fonctionnement d’une enzyme . C’est le cas de quel metabolite ?

A

C’est le cas de l’alpha keto-glutarate (alpha-kg)

92
Q

Quels sont les deux demethylases (erasers) que l’alpha kg régule ? En couplant quoi et quoi ?

A

Histones demethylase et , DNA demethylases , en couplant TCA , à la modification de la chromatine

93
Q

Dans le cycle de krebs , quelle enzyme est responsable de la production de l’alpha keto glutarate ? À partir de quoi

A

IDH ( isocitrate déhydrogenase ) à partir d’isocitrate

94
Q

L’importance de a-KG dans la modification de chromatine est souligné par les mutations de IDH dans de nombreux cancers. Que produisent ces mutant à la place d’alpha keto glutarate? Et que fait ce produit ?

A

Ces mutants produisent le 2-hydroxyglutarate , D-2HG , ce produit inhibe l’action des erasers de type KDM et TET

95
Q

Le D-2HG est un metabolite rare/inexistant , il est plutôt ?

A

Un oncometabolites

96
Q

Où est ce qu’on retrouve le plus souvent les mutations d’IDH ?

A

Dans les cancers

97
Q

C’est quoi un oncometabolites ?

A

Un metabolite associé à des cancers

98
Q

Il y’a quels autres oncometabolites, résultant de mutations d’autres enzymes du cycle de krebs ?

A

Succinate dehydrogenase , fumarate dehydrogenase

99
Q

Quels sont les extrêmes ?

A

Ph , sel , température , pression, rareté d’eau , de nutriments ou de la présence de métaux toxiques

100
Q

Quelles espèces sont identifiés dans les environnements extrême ? Aussi reconnu comme troisième branche de la vie et tiennent des records d’extremophilie?

A

Les archees

101
Q

Qu’est ce qui est indispensable pour la génération d’ATP ?

A

La PMF

102
Q

Sel chaotrope?

A

Dénaturant , brisé les ponts d’hydrogéne , lac Kyros très peu d’eau disponible et pas d’oxygène

103
Q

Solutes organiques compatibles ,définition ?

A

petites molécules organiques métabolique ment inertes

104
Q

Thermogenèse se produit dans les adipocytes brun , riche en mitochondrie et alimenté par la beta-oxydation . Vrai ou faux

A

Vrai

105
Q

Risque d’ischémie-re perfusion si l’eveil ne se fait pas de manière ordonnée ? Vrai ou faux

A

Vrai

106
Q

Ischémie-re perfusion ?

A

Intoxication par des ROS , qui déclenchent des réponses apoptiques et inflammatoires

107
Q

Succinate dehydrogenase fait partie du TCA ET DE LA CHAÎNE RESPIRATOIRE . Vrai ou faux ?

A

Vrai

108
Q

Intégrer un ion métallique par ?

A

Chelation