Final Flashcards
Définition de métabolite primaire ?
Impliqué dans de nombreux reactions débits élevée
Définition de métabolite secondaire ?
Métabolite qui ne sert plus à des réactions (et qui est souvent excrété ) débit faible
Généralement, que sont ces métabolites secondaires ?
Colorants , toxines , odorants
Comment sont produits les métabolites de luxe et comment sont ils hiérarchisés ?
Produits en petite quantité
Hiérarchisés après les métabolites centraux , primaires
En quelle phase les bactéries produisent elles des métabolites de luxe ?
En phase stationnaire
Quels sont les métabolites de luxe que les bactéries produisent ?
Alcaloïdes, composés phénoliques , huile essentiel, stéroïde
Quand est ce que les antibiotiques sont produits ?
Lorsque les bactéries sont en competition avec d’autres microorganismes
Caractéristiques des anti-biotiques béta- lactame ( groupe chimique , réagit contre quelles bactéries , comment , produites par quel microorganisme)?
Groupe chimique beta lactame
Surtout contre les bactéries gram +
Inhibe la formation de la paroi bactérienne en se fixant aux enzymes de synthèse de la paroi
Produites pas le champignon pénicillium
Caractéristiques des tétracyclines ? ( groupe chimique , réagit sur quelles bactéries , comment , produites par quoi ? )
Groupe chimique polycétides , réagit contre les bactéries gram+ et gram- en inhibant la traduction de fixant à la sous unité 30s du ribosome , produites par les bactéries streptomyces (gram+)
Caractéristiques des macrolides ( groupe chimique , réagit sur quelles bactéries , comment , produites par quoi ? ) quand est ce qu’elle est appliquée ?
Groupe chimique polycetides couplé par glucides , contre les bactéries (gram-, spectre plus large que penicilline), inhibe la traduction en se fixant sur la sous unité 50s , produites par les streptomyces , appliquée en cas d’allergie contre les b- lactame a
C’est quoi FAS?
Fatty acid synthase , acide gras synthase , est une grande enzyme avec de multiples sites actives dans des domaines différentes , dont l’activité comprend plus ou moins toutes les étapes
Le fait que la FAS effectue 7 tours pour du substrat acetyl-CoA/malonyl-CoA d’un acide gras , l’acide palmitique , l’enzyme fait partie de quel type d’enzyme ?
C un enzyme itératif
Quels sont les autres enzymes à multiples domaines , de façon itératives, fonctionnent comme FAS?
Il y a le NRPS (non ribosomal peptide synthase)
PKS( polyketidesynthase)
Quels types de métabolismes synthétisent les NRPS et comment sont ils , s’ils sont synthétisés de façon itérative ?
Des métabolismes secondaires circulaires
Ils sont aussi symétriques
Au lieu de passer plusieurs fois par la même enzyme de façon itérative , qu’est ce qu’on peu faire d’autre ?
On les enchaînes plutôt dans une chaîne de production linéaire modulaire , on obtient plus de possibilité de variations
Le produit peut alors être irrégulier comme la cyclosporine
Quelle enzyme utilise aussi le système de chaine modulaires et qu’est ce qu’elle synthétise?
Le PKS , synthetises les tetracycline et macrolides
Exemple de modules d’enzymes à multiples domaines ?
DEBS qui synthétisent le précurseur de l’erythromycine
Quels sont les antibiotiques que synthétisent les NRPS et les PKS ?
NRPS: vancomycine, actinomycine, cyclosporine, cyclostatique ou Bleomycine, des pigments et des toxines
PKS : tétracycline, macrolides , antifongiques (amphotericine), rapamycine , lovastatines , aflatoxines
Caractéristiques d’aminoglycosides / aminosides ? (Groupe chimique , réagit contre quoi , comment , produit par quoi )
Groupe chimique :2à 5 glucides aminés , réagit contre les bactéries gram - et mycobacterium tuberculosis
Inhibe la traduction en se fixant sur la sous unité 30s , produites par les actinomycètes
Par quoi est favorisé l’apparition des souches résistantes ?
Par l’utilisation inadéquate de l’antibiotique ( sous-dosage)
Par l’utilisation très répandu de l’antibiotique , par exemple dans l’élevage du bétail
Qu’expriment les gènes de résistance et qu’est ce que cela permet ?
Ils expriment des protéines permettant d’extraire l’antibiotique, détruire l’antibiotique ou modifier la cible de l’antibiotique
Dans le cas de destruction de l’antibiotique , de quoi il s’agit ?
Il s’agit d’enzymes Comme or exemple les penicillinases ( beta- lactamase)
Quel inhibiteur choisir pour bloquer l’action des beta-lactamase ?
L’acide clavulanique ( il n’a pas d’activité d’antibiotique directe )
Quel anti biotique est résistant contre les b-lactamase ?
Imipenem
C’est quoi le noyau b-lactame ?
Azetidinone
Quel est l’avantage des pompes pour l’extraction de l’antibiotique ?
Elles transportent tout une classe de métabolites et de xénobiotiques , même principe que celui des transporteurs ABC connu comme MDR
Que fait ABC connu comme MDR ?
Rend les cellules tumorales résistantes à la chimiothérapies
Comme se fait la résistance par modification des cibles ?
Cela peut être une mutation ( par exemple cibles ARN) , une protéine protectrice (bloque l’accès à l’antibiotique) ou l’utilisation d’autres composes dans la paroi bactérienne
C’est quoi un microbiome ?
La totalité des microorganismes associés à un hôte
Que peut être un microbiome ?
Il peut être symbiotique, commensal ou pathogénique
De quoi est composé le microbiome ?
De 10.000 espèces , qui contiennent 100 fois plus de gène que le génome humain
Quel est l’état du microbiome ?
Il est plastique mais retourne à un état de base qui diffère selon les espèces et les individus peut-être
Quelles sont les espèces qui dominent dans le microbiome ?
Les firmicutes et les bacteroidetes
Que sont les firmicutes ?
Souvent gram positive , aerobes , don’t clostridia, bacilli
Que sont les bacteroidetes?
Souvent gram negatives , ne forment pas de spores , anaerobes ou aerobes , présent dans l’environnement, eau , sol , animaux ….
Le microbiome adulte est stable et retourne à l’état de base suite à des modifications passagers? Vrai ou faux
Vrai
Qu’est ce qui joue un rôle dans la stabilité du microbiome?
Cecum/appendix
Que contient l’appendice en cas de diarrhée?
Inoculum pour la reconstitution d’un microbiome sain
Quelles sont les fonctions du microbiome gastro-intestinal?
Fonctions bénéfiques (colonisation , métabolisme , pres digestion, éducation immune , production de vitamines )
Fonctions nuisibles ( pas de colonisations , microbes pathogéniques, modulation immune
Quels sont les principaux aspects métaboliques du microbiome ?
Production de vitamines
Modulation du métabolisme des acides biliaires
Digestion des carbohydrates non digestifs
Production de SCFA
C’est quoi vitamine ?
Metabolite essentiel qui ne peut pas être synthétisé par l’organisme, doit être pris avec la nourriture
Quelles vitamines sont produites par le microbiome ?
Le microbiome produit presque toutes les vitamines hydrosolubles ( vitamine B surtout vitamine B12 , la cobalamine) et la vitamine K
Où se trouvent les vitamines de la nourriture et celles produites par le microbiome ?
Les vitamines de la nourriture sont absorbés dans l’ileum, celles produites par le microbiome sont dans le colon (sauf chez les ruminants
Où est localisé les acides biliaires primaires et les acides biliaires secondaires ?
Les acides biliaires primaires dans le foie
Secondaires dans l’intestin ?
Qu’est ce qui effectue la transformation d’acide biliaire primaire à secondaire ? Où?
Par le microbiome dans le colon
Quels sont les acides biliaires primaires ?
Ca ( acide cholique)
UDCA( acide chenodesoxycholique)
Quels sont les acides biliaires secondaires ?
Dca ( acide desoxycholique )
Lca (acide lithocholique)
UDCA ( acide ursodesoxycholique)
Que sont ces acides biliaires?
Des ligands de récepteurs de signalisation TGR5( transmembranaire) et FXR( nucléaire) qui influent l’expression génique
Que ciblent les différents acides biliaires primaires ou secondaires ?
D’autres récepteurs supplémentaires donc ils ont des propriétés de signalisation différentes
Où peuvent entrer les acides biliaires secondaires ?
La recirculation entherohepatique
Où sont exprimés les récepteurs ?
Au système nerveux central
Exemple de fibres solubles ou insolubles ( non-digestibles carbohydrate)
B- glucane , cellulose , pectine , chitine , gommes naturelles
Qu’est ce qui fait du rumen un bio réacteur ?
Il contient un microbiome capable de digérer la cellulose
La cellulose est dégradée en quoi par quoi ? Où?
Dégradée en SCFA par les bactéries du microbiome avant l’intestine ce qui facilite l’absorption des produits bactériens efficaces
Chez les humains , c’est plutôt l’effet des fibres sur le microbiome qui est important ? Qu’est ce qui explique cela ?
Un des aspects bénéfiques du microbiome nourrit par les fibres protège des bactéries pathogéniques
Quel est l’autre aspect important concernant les fibres chez les humains ?
Des microbes vivant des fibres produisent des acides gras volatiles à chaîne courte ou SCFA
Quels sont les principaux produits du métabolisme microbien intestinal ?
SCFA: propionate , butyrate, acetate
Quel pourcentage des besoins énergétiques des ruminants sont dérivés des SCFA ? Et chez les humains ?
75-80% , chez les humains 10%
Quelles sont les utilites du SCFA ?
SCFA est utilisé pour alimenter la gluconeogenese , la synthèse de lipides et le TCA
Dans le foie , les SCFA sont utilisés pourquoi ?
Pour la synthèse du cholestérol ou acide gras , ils servent aussi à alimenter la gluconeogenese ( propionate , propionyl-coA, succinyl-COA, oxaloacetate-gluconeogenese)
Que promeut la fermentation?
D’autres produits sous forme gazeuse tel-que , H2s, NH4 et CH4
Où encore influe l’effet des SCFA ?
Sur l’axe intestin-cerveau
À quelle famille appartiennent les recepeteurs des SCFA identifiés ?
À la famille des RCPG
Comment les effets des récepteurs SCFA pourraient être direct en ce qui concerne l’axe intestin cerveau ?
Ces récepteurs sont exprimés en grande quantité sur les cellules du cerveau ( neurone , microglie…)
Le liquide cérébro-spinal contient des SCFA
Comment les effets des recepeteurs SCFA pourrait être indirect ?
Via le colonocyte/système nerveux autonome , le foie , le système immun
Au niveau clinique , on trouve des corrélation entre microbiome et un nombre de santé mentale . Quelles sont ces troubles mentaux ?
Dépression, Alzheimer’s, trouble du spectre de l’autisme , Parkinson’s, sclérose en plaque
Les acides biliaires et SCFA ne sont pas impliqués dans la corrélation entre microbiome et un nombre de santé mentale ?
Faux
C’est quoi orthosterique , allostérique et pseudosterique ?
Un substrat se lie au site orthosterique , un régulateur allostérique se lie ailleurs , un pseudo stérique se lie au site orthosterique mais n’est pas convertit , reste donc à l’orthosterique et le bloque
Le fructose-1,6-biphosphate , produit des premières étapes de la glycolyse . Elle se lie à quoi et où exactement et qu’est ce que cela entraîne ?
Elle se lie à la pyruvate kinase (pk) , sur un site distinct de la fixation du substrat et ceci entraîne un changement de conformation de la pk et augmente son activité
La liaison FBP et pk est quel type de liaison ?
Liaison allostérique
Ce type de régulation allostérique d’enzyme peut avoir lieu entre métabolite/enzyme de voies différentes et ainsi permettre une adéquation de différentes voies de métaboliques entre elles. Vrai ou false ?
Vrai
Que permet la régulation à distance ?
Une adaptation des activités enzymatiques aux changements de condition , par rétroaction dans le sens négatif comme positif
C’est quoi ligands de récepteurs et pourriez vous donner un exemple ?
Des métabolites en tant que petits composés , les stéroïdes comme ligand professionnel est un exemple.
Que permet la reconnaissance de RCPG par des métabolites ?
Une signalisation rapide avec effet rapide (cytosquelette) ou lent ( régulation de la transcription )
Quelques exemples de ligand de récepteur ?
Acides biliaires, SCFA , butyrate, beta-hydroxybutyrate
C’est quoi le récepteur du beta-hydroxyburate? Quand est ce qu’il réagit en quoi faisant ?
1-HCA2
2-il réagit à ses concentration proches de la céto-acidose
3-en inhibant la lipolyse et la beta-oxydation
C’est quoi la cetoacidose et qu’est ce qui l’alimente ? L’intervention du récepteur HCA2 est quel type de rétroaction?
1- c’est lorsque le Ph du sang change, c’est une urgence
2- alimenter par la cetogenese
3 une rétroaction négative
Les RCPG/GPCR ne sont pas des cibles de médicaments par excellence. True or false ?
False
Quels autres métabolites comme agoniste de récepteurs ?
Les récepteurs nucléaires
Les récepteurs nucléaires ont un spectre assez large de ligands. Ils lient des métabolites variés surtout de quel chemin ?
Surtout des chemins de synthèse des lipides
Quels sont les types de récepteurs qui sont le plus souvent liés ?
Rxr, lxr, fxr , ppar
Que permet les principaux mécanismes epigenetiques ? Et que sont ces mécanismes ?
Établir et maintenir les schémas d’expression des gènes spécifiques aux tissus et l’extinction globale des gènes .
Ces mécanismes sont la modification de la chromatine
Quelles sont les différentes modifications de la chromatine?
Methylation de l’ADN et modification des histones
Quelles sont les différentes modifications des histones ?
L’acetylation , la phosphorylation , methylation et ubiquitilation
La modification de la chromatin régule la transcription ? Comment ?
Seule l’euchromatine est transcrit
L’acetylation de la lysine en position 4 de l’histone 3 (H3K4) , ou encore H3K36ou H3K79 sont associés à quoi ?
Transcription /expression active
La methylation H3K9, H3K27 ou H420( methylation de l’ADN ) suggèrent quoi ?
Une chromatine silencieuse
Quelles sont les enzymes concernées dans les modifications de la chromatine/ des histones? Et qui sont sensibles à leur action ?
Les writers et les erasers , les lecteurs sont sensibles à leur action
Par quoi est régulée l’activité des writers et des erasers ?
Par la signalisation intracellulaire (récepteurs) mais aussi par la disponibilité de leur substrat et des cofacteurs des enzymes impliquées
Quels sont les métabolites qui peuvent servir comme substrats plutôt que comme cofacteur à la modification des histones ?
Acetyl-COA , succinyl-COA , benzoyl-COA , S-adenosylmethionine , lactate, beta-hydroxybutyrate , homocysteine
Des métabolites peuvent être également des co-facteurs allostériques requis au bon fonctionnement d’une enzyme . C’est le cas de quel metabolite ?
C’est le cas de l’alpha keto-glutarate (alpha-kg)
Quels sont les deux demethylases (erasers) que l’alpha kg régule ? En couplant quoi et quoi ?
Histones demethylase et , DNA demethylases , en couplant TCA , à la modification de la chromatine
Dans le cycle de krebs , quelle enzyme est responsable de la production de l’alpha keto glutarate ? À partir de quoi
IDH ( isocitrate déhydrogenase ) à partir d’isocitrate
L’importance de a-KG dans la modification de chromatine est souligné par les mutations de IDH dans de nombreux cancers. Que produisent ces mutant à la place d’alpha keto glutarate? Et que fait ce produit ?
Ces mutants produisent le 2-hydroxyglutarate , D-2HG , ce produit inhibe l’action des erasers de type KDM et TET
Le D-2HG est un metabolite rare/inexistant , il est plutôt ?
Un oncometabolites
Où est ce qu’on retrouve le plus souvent les mutations d’IDH ?
Dans les cancers
C’est quoi un oncometabolites ?
Un metabolite associé à des cancers
Il y’a quels autres oncometabolites, résultant de mutations d’autres enzymes du cycle de krebs ?
Succinate dehydrogenase , fumarate dehydrogenase
Quels sont les extrêmes ?
Ph , sel , température , pression, rareté d’eau , de nutriments ou de la présence de métaux toxiques
Quelles espèces sont identifiés dans les environnements extrême ? Aussi reconnu comme troisième branche de la vie et tiennent des records d’extremophilie?
Les archees
Qu’est ce qui est indispensable pour la génération d’ATP ?
La PMF
Sel chaotrope?
Dénaturant , brisé les ponts d’hydrogéne , lac Kyros très peu d’eau disponible et pas d’oxygène
Solutes organiques compatibles ,définition ?
petites molécules organiques métabolique ment inertes
Thermogenèse se produit dans les adipocytes brun , riche en mitochondrie et alimenté par la beta-oxydation . Vrai ou faux
Vrai
Risque d’ischémie-re perfusion si l’eveil ne se fait pas de manière ordonnée ? Vrai ou faux
Vrai
Ischémie-re perfusion ?
Intoxication par des ROS , qui déclenchent des réponses apoptiques et inflammatoires
Succinate dehydrogenase fait partie du TCA ET DE LA CHAÎNE RESPIRATOIRE . Vrai ou faux ?
Vrai
Intégrer un ion métallique par ?
Chelation
