Examen 4 (Biologie moléculaire) Flashcards
Synonymes d’ADN inséré:
Insert
ADN exogène
ADN étranger
Banque d’ADN complémentaire:
Collection d’ADNc recombinant (ne possède pas les introns)
Banque génomique:
Représente la totalité du génome (incluant les introns)
Quelle banque doit-on utiliser pour connaitre la structure d’un gène:
Une banque génomique
Quelle banque doit -on utiliser pour connaitre les régions non transcrites d’un gène:
Banque génomique
Quels sont les différences entre une banque d’ADNc et une banque génomique:
- La banque d’ADNc ne contient pas les introns
- La banque d’ADNc est beaucoup moins grande (100 fois moins d’information)
Origine des enzymes de restrictions:
De bactéries
Taxonomie des enzyme de restriction:
- 1e lettre en majuscure, la première lettre du nom de genre
- 2e et 3e en lettre minuscule, premières lettres de l’espèce bactérienne
- 4e lettre la souche bactérienne où est extrait l’enzyme
- R: endonucléase
- M: méthylase
La classification des enzymes de restriction se fait en fonction de:
- leur site de reconnaissance
- du lieu de coupure
Types d’enzymes de restrictions:
- type I: coupe l’ADN à 1000 pb du site de reconnaissance
- type II: reconnait les palindromes
- type III: coupe l’ADN à 20 nucléotides plus loin
Isoschizomères:
Enzymes de restrictions
Quels enzymes de restriction sont complémentaires:
On peut insérer au site de BamHI d’un vecteur, un fragment d’ADN humain provenant de la digestion par Sau3A.
Rôle du DNase:
Peut couper une molécule d’ADN double brin au hasard.
Rôle de la nucléase S1:
N’attaque que l’ADN simple brin.
Origine de la DNase:
Bovine (pancréas)
Origine de la nucléase S1
Aspergillus niger
Rôle des exonucléases:
Ils grugent les extrémités libres des molécules d’ADN en libérant les nucléotides de l’extrémité 3’.
Rôle des ligases:
Sert à lier ou souder deux fragments d’ADN
Rôle des phosphates alcalines:
Ils catalysent l’élimination d’un groupement phosphate en 5’ d’une chaine d’ADN:
Origine des phosphates alcalines:
Crevettes
Rôle des kinases:
Permettent le transfert d’un groupement phosphate à partir d’une molécule d’ATP.
Rôle des polymérases:
Ils permettent la synthèse d’une chaine d’ADN à partir d’un modèle.
Quels sont les enzymes qui recopient ADN à ARN:
- polymérases
- Taq polymérases
Stringence:
La rigueur des conditions du controle de la température de la réaction d’hybridation.
Je suis un petit morceau d’ADN circulaire double brin retrouvé chez certaines bactéries:
plasmide
Technique qui permet de purifier l’ADN plasmidique contenant l’insert.
Minipreps
Processus qui permet d’obtenir des quantités illimitées de molécules d’ADN de séquence homogène:
Clonage
Molécule d’ADN dans laquelle des séquences qui ne sont pas naturellement contigues sont juxtaposées par manipulation in vitro.
ADN recombinant
Processus durant lequel la bactérie est mise en contact avec le virus:
Infection
Je viens du pancréas bovin et je coupe l’ADN au hasard:
Dnase
L’enzyme EcoRI provient de ce micro-organisme:
E. coli
Processus durant lequel un plasmide entre dans une bactérie:
Transformation
Enzyme dont la dénomination vient du fait qu’il modifie l’ADN au niveau de séquences spécifiques:
Restriction
Mbol et Sau 3A sont des:
Isoschizomères
Vecteur artificiel dans lequel il est possible de cloner de grands fragments d’ADN étranger:
Cosmides
Synonyme de multiple cloning site:
Polylinker
Section du phage qui contient l’ADN:
Tête
Est formée de toute une collection d’ADN recombinant correspondant aussi bien à des séquences codantes qu’à des séquences non codantes. Elle représente la totalité du génome.
Banque génomique
Enzyme qui permet de souder deux fragments d’ADN en présence d’aTP:
Ligase
Est une copie d’ADN double brin d’un ARNm et ne possède pas d’intron:
ADNc
Processus durant lequel un ADN entre dans une cellule de mammifère:
Transfection
Section du phage qui sert d’ancrage:
Queue
Enzyme utilisée dans la réaction PCR:
Taq polymérase
Est destinée à recevoir un vecteur, phage ou plasmide si elle répond à certaines conditions:
Cellule hôte
Laquelle des affirmations suivantes ne correspond pas au rôle d’une enzyme de restriction:
- elle peut couper l’ADN en créant une liaison covalente entre les deux brins complémetnaires
- elle peut couper l’ADN en créant des bouts collants avec une extrémité 5’ plus longue que celle en 3’
- elle peut couper l’ADN en créant des bouts collants avec une extrémité 3’ plus longue que celle en 5’
- elle peut couper l’ADN en créant des bouts francs
1
Vous voulez couper un segment d’ADN avec quel enzyme vous remplacer (G/GATCC):
- HindIII (A/AGCTT)
- Sau3A (/GATC)
- Smal (CCC/GGG)
- EcoRI (G/AATTC)
2
Les enzymes de restrictions:
- peuvent être des endonucléases
- coupent toujours au niveau de séquences palindromiqeus
- sont généralement isolées de bactéries
- donnent toujours des bouts asymétriques
1 et 3
Parmi les enzymes de restriction, certaines produisent des coupures franches ou bouts francs, comme:
- AluI
- BamHI
- SmaI
- XhoI
1 et 3
Pour insérer (cloner) un fragment d’ADN dans un plasmide, on peut:
- couper ce fragment et le plasmide avec la même enzyme de restriction
- ne pas utiliser d’ADN ligase
- digérer le plasmide en différents fragments
- utiliser une enzyme qui crée des bouts collants
1 et 4
Quels sont les étapes de la PCR:
- dénaturation: séparation des deux brins à 90oC
- réagencement: hybridation des amorces à 55oC (primer)
- extension des amorces: addition de l’ADN polymérases à 70oC
Quels marqueurs sont utilisés pour le real time PCR:
- marqueur R (reporter) émetteur de la fluorescence
- marqueur Q (quencher) qui absorbe la fluorescence émise par l’émetteur
Rôle des didésoxynucléotides:
Comparable au désoxynucléoside triphosphate mais l’extension est stoppé.
Quel est l’enzyme utilisé durant la réaction de séquencage:
L’enzyme de Klenow
Quel tampon d’électrophorèse est le plus utilisée:
TAE
Quel colorant est il utilisé:
Bromure d’éthidium
Choix des gels:
- polyacrylamide: migration verticale et de petits fragments
- agarose: migration horizontale et de gros fragments
Southern blot:
Électrophorèse suite à la digestion de l’ADN par un ou plusieurs enzymes de restriction.
Blot:
Transfert sur une membrane de nylon ou de nitrocellulose
Northern blot:
Séparation des ARN
Western blot:
Détection de protéines spécifiques
RFLP:
Technique de restriction fragment length polymorphisme qui permet de comparer les ADN
Formule pour le calcul du melting time (moins de 14 nucléotides):
TM = (wA + xT)2 + (yG + zC)4
Comment se nomme la méthode de transfert de fragments d’ADN, préalablement séparés par électrophorèse, sur une feuille de nitrocellulose:
Southern blot
Combien de fois la molécule d’ADN est-elle amplifiée après 10 cycles de PCR:
1024 fois
Quelles sont dans l’ordre les 3 températures utilisées dans un cycle de PCR:
95
50
72
Quelles molécules jouent le rôle de terminateur dans la technique de Sanger;
Les didésoxyribonucléotides
Par quelle technique peut on vérifier qu’un gène est exprimé dans une cellule:
Northern blot
Dans le séquencage par la méthode de Sanger:
- on peut ne pas faire d’électrophorèse
- il existe une méthode automatisée
- on peut ne pas utiliser de didNTP
- on peut ne pas utiliser de dNTP
2
Sous quelle lumière peut-on visualiser les fragments d’ADN après l’électrophorèse avec le bromure d’éthidium:
- Infrarouge
- ultra-violet
- rayons X
- visible
2
Quelle affirmation est exacte concernant la sonde nucléotidique:
- elle peut être simple ou double brin
- elle doit s’hybrider sur toute la longueur de la molécule d’ADN
- plus elle est courte plus elle est spécifique
- elle peut être radioactive
4
Lors du real-time PCR:
- la sonde doit comprendre un marqueur R émetteur de radioactivité et un marqueur Q qui absorbe la réactivité
- on quantifie l’ADN grace à la fluorescence émise par une sonde3
- les cyles d’amplification sont difféernts des PCR classique
- la Taq polymérase est utilisée
2
Quels sont les facteurs intervenant dans la migration d’un fragment d’acide nucléique lors de l’électrophorèse d’un gel d’agarose:
- la taille du fragment
- la conformation spatiale de ce fragment
- la puissance du champ électrique
- la concentration du gel d’agarose
- toutes ces réponses
5
Lesquelles de ces étapes sont de la technique Southern blot:
- digéerer l’ADN de départ avec des endonucléases
- séparer les fragments d’ADN dans un champ électrique
- transférer l’ADN sur une membrane de nylon
- incuber l’ADN avec une sonde oligonucléotidique marquée
- toutes ces réponses
5
A propos des avantages d’utiliser le real time pcr
- plus rapide
- permet la quantification d’agents pathogènes
- l’ensemble du processus se déroule dans le même tube et dans le même appareil
- permet l’étude de l’expresssion des ARNm
- toutes ces réponses
5
Dans la technique de séquencage de Sanger, les échantillons d’ADN à analyser sont introduits dans 4 tubes contenant chacun:
- les 4 désoxyribonucléides
- l’un des 4 didésoxyriboncléotides
- l’ADN polymérase
- l’ARN polymérase
1,2 et 3
On peut faire une PCR à partir d’ADN:
- simple brin
- double brin
- génomique
- ADNc
2 et 3 et 4
A propos de l’hybridation moléculaire:
- la stringence conssite en les conditions expérimetnales de température, de pH et de force ionique permettant l’hybridation moléculaire
- lorsqu’on augmetne la température on augmente la stringence et ainsi on diminue la spécificité
- plus la sonde est longue, plus on augmente la spécificité
- la perfection de la complémentarité est en corrélation avec la spécificité
1 3 et 4
Quelles affirmations sont vraies à propors dde la Taq polymérase:
- elle résiste à une température de 95oC
- elle excétue la réaction de plymérisation à une température optimale de 37oC
- elle provient d’une source d’eau chaude
- elle digère l’ADN
1 et 3
Si notre sonde possède un Tm inférieur à 20oC à la tempréature de la réaction d’hypbridation:
- il n’y aura pas d’hybridation
- il y aura hybridation de facon très spécifique
- il y aura hybridation, mais de facon non spécifique
- il y aplus de chance que notre sonde s’hybride à un autre endroit que sur la région désirée
3 et 4
Dans le séquencage par la méthode de Sanger:
- les fragments d’un même tube se tgermineront par la même base azotée celle correspondants aux didNTPs introduits dans le tube
- les fragments d’un meme tube se termineront par la meme base azotée soit celle correspondant aux dntp introduits dans le tube
- les fragments d’un meme tube ne se termineront pas par la meme base azotée
- la polymérase ne fera pas de distinction entre les dntp et les didntp
1 et 4
Quel est le principe du master mix:
On mélange les composants nécessaires pour l’amplification sans la matrice d’ADN et les amorces qui seront ajoutées par la suite.
Technique de laboratoire qui est utilisée pour différencier ou comparer des molécules d’ADN. Cette technqiue est utilisée pour la réalisation d’empreintes génétqiues et dans les tsets de paternité:
RFLP
Permet de réparer une séquence particulière (sonde) dans un égnome entier (cible) out tout autre mélange complexe d’ADN:
Southern
Permet de repérer une séquence particulière (sonde) dans un mélange d’ARN:
Northern
Lors de l’électrophorèse, l’ADN migre en direction de ce pôle…
anode
Méthode la plus utilisée pour effectuer le séquencage d’ADN:
Sanger
Substance utilisée pour séparer des fragments d’ADN de 0.5-50 kb:
Un gel d’agarose
D’où provient la Taq polymérase:
Thermus Aquaticus
Substance utilisée pour séparer de petits fragments d’ADN:
Un gel de polyacrilamide
Substance qui permet de visualiser l’ADN.
BET
Méthode qui permet in vitro d’amplifier en grand nombre, une séquence d’ADN connu à partir d’une faible quantité d’acide nucléqque:
Polymerase chain reaction
Technique qui permet de séparer des mocléuels en fonction de leur taille et de leur charge en utilisant un courant électriuque:
Électrophorèse
Fragment d’ADN simple brin dont la séquence est complémetnaire à une séquence recherchée:
Sonde nucléotidique
Étape de la PCR durant laquelle la molécule d’ADN se sépare:
Dénaturation
Étape d ela PCR, lorsque la Taq polymréase fonctionne:
Extension
Le ________ d’une banque implique de disposer d’une sonde capable de reconnaitre le clone recherché parmi des milliers d’autres clones.
Criblage
Est l’appariement par complémentarité des bases de deux chaines d’acides nucléiques simple brin pour former des doubles brins:
Hybridation
Technologie très puissante qui utilise des hybridations multiples, des millions de sondes sont rassemblées sur une petite surface:
Microarray
Purification classique des acides nucléiques:
Phénolchloroforme
Introduction d’une mutation précise dans un fragment d’ADN cloné, et ensuite de la réinsertion de la séquence mutée dans le gène original en remplacement de l’ADN sauvage correspondant:
Mutagénèse dirigée
Quelle affirmation décrit la réaction d’électrohpororèse:
- l’ADN qui est de charge positive migre vers la cathode
- l’ADN qui est de charge positive migre vers l’anode
- on peut voir l’ADN sur le gel
- on peut suivre le migration grace au tampon de charge
4
Quelle affirmation ne correspond pas à une analyse PCR:
- le Tm est important
- le MgCl2 facilite la séparation des brins d’ADN
- une quantité d’ADN trop importante peut générer des signaux aspécifiques
- les dNTP sont en excès
2
Quelle affirmation ne correspond pas à l’attitude à abopter pour éviter la contamination lors de la technique de PCR:
- on utilise des embouts cotonnées
- on utilise un masque
- on change de gants fréquemment
- on stérilise le matériel
2
Quelles affirmations décrivent le mieux le thermocycleur:
- est un appareil programmable
- est constitué d’un bloc chauffant
- effectue de multiples analyses par exemple la centrifugation des échantillons
- n’est pas essentiel pour réaliser le PCR
1 et 2
Quelles affiramtions décrivent la préparation du gel d’agarose:
- on utilise le micro-onde pour dissoudre l’agarose
- un peigne forme les puits de gel
- on enfonce doucement notre pipette dans le gel pour former les puits
- il faut stériliser le gel avant de procéder à l’électrophorèse
1 et 2
