Examen 3 Flashcards
Les groupes taxonomiques sont définis comme des ____________
Taxons
Le but de la taxonomie est d’(a) ___________ des (b) ___________ naturels d’organismes présentant des (c) caractères (c) ______________
a) établir
b) groupes naturels
c) communs
Sur quoi est basée la taxonomie ?
sur la proportion des caractères communs
Vrai ou faux? Un organisme peut faire partie de deux taxons.
Faux, un seul taxon –> taxonomie = non-chevauchante
Donner les taxons du plus grand au plus petit.
Domaine règne sous-embranchement embranchement classe ordre famille espéce
Quels sont les utilités de la taxonomie ? (3)
- identification (description + caractérisation)
- nomenclature (noms)
- classification (arrangements et relations inter-groupes)
Qu’est-ce qu’une souche (isolat) ? + exemple
Tous les descendants d’une culture pure, ex.: culture pure de Legionella pneumophila provenant d’un cas de Légionellose à Québec (2013)
Une espèce est un groupe de souches dont les caractéristiques sont _________ identiques
presque
Qu’est-ce qu’un taxon de base?
groupe homogène différent des autres groupes
Comment nomme-t-on la 1re souche qui possède toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce?
souche-type
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type morphologique? + exemples (4)
- taille, forme, arrangement
- structure cellulaire
- membrane (types de lipide, alcools…)
- paroi cellulaire (polysaccharides, peptidoglycanes)
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type physiologique? + exemples (2)
- éléments nutritifs: exigences nutritionnelles = milieu de culture, source de C, facteur de croissance
- conditions d’incubation = Température, O2, lumière
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type métabolique? + exemples (2)
- produits finaux de la fermentation (indentification et qté)
- enzymes extracellulaires (protéases, exotoxines, hémolysines)
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type génétique? (7)
- composition G+C% (G+C% augmente = Tm [température de fusion] augmente)
- Spectrophotomètre UV (260 nm)
- Séquences nucléotidiques
- nombre de chromosomes
- plasmides
- taille, nombre, gènes plasmidiques
- caractéristiques non-essentielles ( ex.: production toxines, résistance antibiotiques)
Donnez deux exemples de composition G+C%
plantes et animaux = 30-50%
M-O = 25-80%
La composition G+C% est-elle exclusive à l’espèce?
Non, valeur typique mais pas exclusive
Vrai ou faux? Les valeurs intragenre de G+C% peuvent varier beaucoup ?
Faux, elles sont très similaires
Qu’est-ce qu’une plasmide?
molécule d’ADN extrachromosomique circulaire chez les organismes bactériens et archae
Une plasmide est une molécule ____________
autoréplicative
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type “interactions avec l’hôte? + exemples (2)
- pathogénicité (capacité de provoque maladie chez différents hotes, spécificité d’hôte)
- symbiose (plantes, poissons)
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type écologique? + exemples (2)
- habitat d’où provient l’isolat
- niche écologique
(NOMENCLATURE –> IDENTIFICATION) Quels sont les différents caractères de type moléculaire + exemples (5)
- comparaison de séquences protéiques et nucléiques
- gènes conservés
- protéines conservées
- homologie des séquences–> organismes apparentés
- Hybridation d’acides nucléiques (ADN-ADN) (même espèces, espèces apparentées)
Qui s’occupe de l’attribution des noms aux nouveaux organismes?
le comité international
La nomenclature linnéenne (Carl Von Linnaeus) est dite ___________ car elle utilise 2 mots
binominale
Quels sont les deux taxons utilisés dans la nomenclature linnéenne ?
le genre et l’espèce ex.: Mycobacterium tuberculosis
La classification des organismes se fait selon les (a)______________ et permet de voir les (b) _____________
a) caractères communs
b) liens évolutifs (déduits)
La classification des organismes peut être _______ (4 réponses)
1) naturelle
2) phénétique
3) numérique
4) phylogénétique
Sur quoi se base la classification “naturelle”?
la nature biologique des organismes et l’anatomie
Sur quoi se base la classification “phénétique”?
Ce qui “parait” = similarité des caractères phénotypiques (morphologiques, métaboliques, génétiques)
Sur quoi se base la classification “numérique”?
- comparaison de plusieurs organismes
- 2 par 2
- nb de caractères minimum = 50
- coefficient d’appariement
- pourcentages de similarité
- – >nb caract. similaires/nb total de caract. X 100
Quelles sont les caractéristiques de la classification numérique? Quelle est sa limite?
- uniforme
- pertinence biologique
- non-équivalente
- présence de capsule vs similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase
- Limite = pondération des caractères
Sur quoi se base la classification “phylogénétique”?
- ancêtre commun
- comparaison d’espèces distantes
- procaryotes: fossiles utiles rares
- relations évolutives probables
- comparaison de séquences de gènes/ protéines conservées
- chronomètres moléculaires
- mutations = au hasard
- ARN ribosomique (régions conservées = essentielles à la fonction) (régions variables = mutations–>n’altérent pas la fonction–> nb de différences proportionnelles au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.
Les noeuds dans l’arbre phylogénétique sont des ____________________
événements de divergence
Les outils bioinformatiques sont en (a) __________ constant et fonctionnent avec la (b) ____________ des séquences génomiques.
a) développement
b) disponibilité
Classification polyphasique
- informations __________ et ___________
- plus complètes
- remaniements _____________
- ______________ de la notion d’espèce (ex.: % d’identité des séquences génomiques)
- informations PHÉNÉTIQUES et PHYLOGÉNÉTIQUES
- plus complètes
- remaniements CONTINUS
- RÉ-ÉVALUATION de la notion d’espèce (ex.: % d’identité des séquences génomiques) –> bonobo/chimpanzé/humain = > 99% séquences semblables
Linnaeus (1753) = (a) ___ règnes
Haeckel (1865) = (b) ___ règnes
a) 2 = animaux, plantes
b) protistes –> bactéries, levures, protozoaires, algues
Whittaker (1969): nutrition + organisation cellulaire nutrition: - - - - organisation cellulaire - - 5 \_\_\_\_\_\_ = évolution originelle unidirectionnelle
Whittaker (1969): nutrition + organisation cellulaire nutrition: - photosynthèse - absorption (soluble) - ingestion (solide) - organisation cellulaire - eucaryotes, procaryotes - 5 RÈGNES = évolution originelle unidirectionnelle
Woese = 3 domaines, quels sont-ils?
1) Eucarya
[ 2) Bacteria 3) Archaea ] = procaryotes
voies évolutives divergentes
Origine des organelles
Donnes les caractéristiques des mitochondries et chloroplastes (4)
- autoréplicatives
- chromosomes circulaires, uniques
- Gènes ARNr
- apparentés aux eubactèries
Théorie de l’endosymbiose
Des (a) __________ seraient ancêtres des mitochondries
alors que des (b) __________ seraient ancêtres des chloroplastes
a) bactéries (respiration cellulaire)
b) cyanobactéries (photosynthèse)
Vrai ou faux ? Les archaes ont une diversité morphologique et physiologique élevée
vrai
Nommes les types de reproduction des archaes (3)
fission binaire, bourgeonnement, fragmentation
les archaes vivent dans des environnements __________ et _________ extrêmes
aquatiques et terrestres
Les archaes sont faciles ou difficiles à cultiver?
difficile
La paroi cellulaire des archaes
- fonctions similaires
- pseudomuréine, autres ________ ou ___________
- Gr+ : _________ , _________ , ___________
- Gr- :
- Couche de protéine ou de ___________
- présence de __________ externe (sauf exception)
La paroi cellulaire des archaes
- fonctions similaires
- pseudomuréine, autres POLYSACCHARIDES ou PROTÉINES
- Gr+ :ÉPAISSE , UNIFORME , RIGIDE
- Gr- : COUCHE S ATTACHÉE À MEMBRANE CYTO
- Couche de protéine ou de LIPOPROTÉINES
- présence de MEMBRANE externe (sauf exception) –> quelques espèces sans paroi
Nommez les caractéristiques de la membrane cytoplasmique des archae ? (5)
- fonctions similaires
- lipides différents
- alcools
- monocouche augmente rigidité
- lipides diff –> ex.: thaumarcéol indicateur de thaumarceota dans le picoplancton
Génétique et biologie moléculaire chromosomes
1) unique, _________
2) taille est > ou < que eubactéries ?
3) G+C% = ?
4) gênes _______ des eubactéries ( fonctions ________ )
5) Quelques __________
6) Mécanisme d’ _________ d’ADN
Génétique et biologie moléculaire
1) unique, CIRCULAIRE
2) taille est < que eubactéries
3) G+C% = 21-68%
4) gênes DIFFÉRENTS des eubactéries ( fonctions INCONNUES )
5) Quelques PLASMIDES
6) Mécanisme d’ ÉCHANGE d’ADN
Génétique et biologie moléculaire ribosomes
1) 70S = __________
2) traduction –> _________
3) Abio s –> ribosomes = _________
4) sensibles : ___________
5) résistants : __________ et __________
6) transcription et ___________ = eucaryotes —> supporte arbre de la vie
Génétique et biologie moléculaire ribosomes
1) 70S = EUBACTÉRIES
2) traduction –> EUCARYOTES
3) Abio s –> ribosomes =EUCARYOTES
4) sensibles : ANISOMYCINE
5) résistants : KANAMYCINE et CHLORAMPHÉNICOL
6) transcription et RÉPLICATION = eucaryotes —> supporte arbre de la vie
Génétique et biologie moléculaire des archaes
Les acides aminés sont ______ et ________
rares et uniques
Archées ---> Crenarchaeota Thermophiles - \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_ (source d'O2) - Habitats = - Sulfolobus - Pyrodictium: \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_ = 105-110 degrés - Geogemma = 121 degrés
Psychropiles
Archées —> Crenarchaeota
Thermophiles
- ANAÉROBIES STRICTES(source d’O2)
- Habitats = SOURCES SULFUREUSES, PICOPLANCTONS OU SOLFATARES (VOLCANS)
- Sulfolobus
- Pyrodictium: FOSSE ABYSSALE = 105-110 degrés
- Geogemma = 121 degrés
Psychrophiles
