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Écologie microbienne > Examen 2 > Flashcards

Examen 2 Flashcards

1
Q

Les bactéries communiquent entre eux, vrai ou faux?

A

vrai

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2
Q

Comment les bactéries communiquent-elles entre elles?

A

Via des molécules qui agissent sur la signalisation cellulaire, autoinducteur

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3
Q

Définition du Quorum sensing (QS) (3 aspects)

A

Nombre minimum de mo dans un volume donné pour initier des actions concertées
Systèmes de détection leur permettant de mesurer leur concentration et de se communiquer cette information
Permet d’adopter certains comportements et/ou de s’agréger en biofilms

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4
Q

Environ combien de pourcent de bactéries seraient sous contrôle du QS?

A

5-25%

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5
Q

Il y a qu’un seule type de molécules de signalisation, vrai ou faux

A

faux, il y a plusieurs type classes de ces molécules

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6
Q

Les réponses des molécules de signal varient selon la molécule, vrai ou faux

A

vrai (selon la nature et le contexte)

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7
Q

Concernant les molécules de signalisation, les molécules et les mécanismes sont semblables entre les Gram + et les Gram -, vrai ou faux

A

faux, mécanismes et molécules différents

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8
Q

Conditions pour être une molécule de QS (4)

A

Production durant des stades spécifiques de la croissance

Signal s’accumule dans le milieu et est détecté par des récepteurs spécifiques

L’atteinte d’une concentration seuil génère une réponse concertée

La réponse est plus importante que celle qui est nécessaire pour métaboliser la molécule signal

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9
Q

Est-ce qu’une molécule comme l’O2 ou le pyruvate pourrait être des exemples de molécules de QS? Justifiez

A

Non puisque ce sont des molécules non spécifiques.

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10
Q

Comment se nomme une des molécules e signalisation dans les bactéries à Gram -

A

Homosérines lactones (HSL)

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11
Q

La communication se fait entre les bactéries, mais aussi entre _______

A

les bactéries et leur hôte

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12
Q

Le HSL est caractérisée comme une molécule ______

A

auto-inducteur, messagers

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13
Q

Lors que la concentration de HSl augmente, il y a formation d’un ______ ou modification d’un _________ de ________

A

complexe

facteur de transcription

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14
Q

Quelle est la conséquence du point plus haute pour le HSL?

A

Activation de gènes

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15
Q

Quelle est l’allure général des HSL?

A

Groupement lactone avec une chaîne de lactone

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16
Q

Quelle est la caractéristique qui est reliée à la structure des HSL?

A

hydrophobe

capacité de traverser la bicouche lipidique

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17
Q

Description du processus des molécules de signalisation dans les bactéries Gram -

A

La réponse se produit lorsque la concentration de ces molécules est élevée

les molécules se lient aux récepteurs formant ainsi un complexe

Activation du gène –> régulation du gène –> transcription –> traduction –> effet de la protéine ressentie

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18
Q

Les bactéries à Gram + ont aussi des protéines de signalisation de type HSL, vrai ou faux? Justifiez

A

Faux, ils ont plutôt de courts peptides sauf exception

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19
Q

Combien a-t-il de mécanismes pour les molécules de signalisation des bactéries Gram +? Leur nom?

A 
2, 
Autoinducer peptide (AIP)
Internalisation via des effecteurs intracellulaires
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20
Q

Description de l’autoinducer peptides (AIP)

A

Formation du peptide de la même façon que HSL (récepteur –> régule transcription –> traduction)
Le peptide va ensuite se lier sur His kinase
Induction d’une cascade de phosphorylation
Agit sur la transcription via l’ARN polymérase III
Régulation de certains gènes par son activité (opéron)

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21
Q

Quelle est la propriété des peptides de signalisation des Gram + en lien avec sa conformation

A

hydrophile

ne traverse pas à travers la bicouche lipidique

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22
Q

Plusieurs protéines différentes sont impliquées dans le mécanisme AIP, vrai ou faux

A

vrai

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23
Q

Expliquer le mécanisme 2 : internalisation via des effecteurs intracellulaires (Gram +)

A

Le peptide phéromone agit directement sur les ribosomes afin d’augmenter l’efficacité de la traduction

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24
Q

En quoi le Qs est-il complexe?

Décrire les deux systèmes

A

1) plusieurs molécules HSL peuvent activer le même système

1) Deux systèmes se complémentent : le premier produit des molécules pour le deuxième

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25
Q

Quels sont les quatre principales implications du QS dans la cellule?

A

bioluminescence
essaimage
formation de biofilms
pathogenèse

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26
Q

Expliquez le concept de bioluminescence via le QS

A

les bactérie vivent en association avec la sèche (poisson)
accumulation de la bactérie dans l’organe de la sèche
Perte de la flagelle une fois dans la membrane (incapable de sortir)
Production de lumière décrit ici : activateur transcriptionnel –> luxR activé par autoinducteur –> transcription de l’opéron lux –> production de lumière

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27
Q

N’importe quelle bactérie qui produit une molécule de signalisation est nécessaire pour que l’association sèche-bactérie fonctionne et qu’il y ait production de lumière, vrai ou faux

A

faux : on a besoin de la bonne bactérie qui produit la bonne molécule pour la signalisation (association fonctionne)

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28
Q

Pourquoi la sèche produit de la lumière?

A

Illusion des reflets de la lune sur l’eau
accumulation des bactéries dans le jour lors de son camouflage
fluorescence la nuit (reflet)
éjection des bactéries à la fin de la nuit et retourne se camoufler
accumulation des bactéries

et ainsi de suite!

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29
Q

Description de l’essaimage et QS

A

Comportement coordonnés
Cellules en périphérie d’une colonie se transforment (expression de gènes) sous l’action des HSL : s’allonge, flagelle, surfactant (traction par ce composé qui rend la surface glissante)
Se déplace en gang

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30
Q

Description du QS dans les biofilms

A

Atteinte de concentrations cellulaires beaucoup plus élevées
HSL présentes dans les biofilms à la surface de rochers immergés aussi bien que dans les biofilms de cathéters urétaux
réactions beaucoup plus efficaces dans les biofilms

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31
Q

Différence entre Pseudomonas aeruginosa mutant et sauvage en ce qui concerne la formation du biofilm (mutation dans le système las)

A

mutant: plats non différentiés
sauvage: pourvus de microcolonies séparées par des canaux

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32
Q

Quel système est nécessaire au développement de la structure d’un biofilm

A

système las

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33
Q

Plus de 60% des _________ impliqueraient des biofilms

A

infections microbiennes

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34
Q

Les antibiotiques pourraient agir comme des ______ ou des _______ de la signalisation en ce qui concerne les biofilms. Ces derniers permettraient de ____ ou de _______ les communication s

A

activateurs
inhibiteurs
traiter
couper

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35
Q

Décrire un antibiotique qui prolongerait l’effet/diminuerait l’effet

A

lien non covalent
si on diminue la constante d’association, le lien serait moins important
On peut créer des molécules semblables pour avoir une réponse plus longue

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36
Q

Les plantes et les champignons détectent les _______ bactériennes et utilisent des _____ _______ pour interférer avec le QS bactérien

A

HSL

médiateurs chimiques

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37
Q

Pourquoi les plantes ont avantage à s’associer avec les bactéries

A

Les bactéries ont un effet sur les bactéries autour, mais aussi sur les plante pour leur croissance, leur feuillage.

Protection contre infections

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38
Q

Nommez une molécule qui inhibe le QS, décrire comment on fait pour remarquer cette inhibition sur une gélose

A

furanones halogénées

pas d’essaimage, d’augmentation de la biomasse bactérienne

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39
Q

à retenir

A

Les furanones inhibe l’infection de souris

Mais toxique pour l’humain

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40
Q

Vrai ou faux, les inhibiteurs du QS inhibe la croissance comme un antibiotique

A

faux, il inhibe les facteurs de virulence (désarmement de la bactérie)
bloque l’action du QS (exemple: production facteurs de virulence, essaimage)

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41
Q

On remarque le phénomène de QS que chez les bactéries, vrai ou faux

A

faux, parmi toutes les espèces même les humains

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42
Q

Nommez des facteurs influencés par le QS

A 
essaimage 
virulence 
toxines 
production de matrice extracellulaire 
gènes nécessaires à la symbiose
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43
Q

Le contrôle du QS est une avenue alléchante pour ________

A

traiter les infections

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44
Q

Qu’est ce que des molécules de QS «quasi universelles»?

A

qui ont un effet sur plusieurs espèces bactériennes

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45
Q

La meilleure façon d’élucider et de comprendre les rôles des microorganismes dans un environnement respectif est de les sortir de cet environnement et de les cultiver en laboratoire, vrai ou faux

A

faux

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46
Q

Comment a appelé Paracelsus au Moyen Âge la première ‘‘chose’’ qui pouvait ressembler à une matrice de polysaccharides extracellulaires?

A

mucilagino

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47
Q

Qui aurait regarder en premier au microscope des biofilms provenant de ses dents?

A

Leeuwenhoek

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48
Q

Qu’est-ce qu’on s’est rendu compte concernant le taux d’utilisation des substrats dans le domaine des biofilms?

A

le taux est beaucoup plus élevé pour les cellules planctoniques que sessiles.

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49
Q

Quel type de microscopie a permis de regarder en profondeur les biofilms? Quel est l’avantage

A

microscopie confocale à balayage laser
utilisation de fluorochromes
éliminer la lumière provenant des plans défocalisés qui parasitent la plan focal

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50
Q

Physiquement, de quoi à l’air un biofilm

A

hétérogène
micro-colonies
matrice de polysaccharides
canaux et pores permettant une espèce d’irrigation du biofilm

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51
Q

Quel méthode/technique a permis de mettre en évidence des concepts comme la distribution de l’oxygène, les gradients de pH et les différents activités métaboliques présentes dans un biofilms

A

micro-électrodes

sondes fluorescentes

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52
Q

Quels sont les deux modes de croissance ou de développement des mo, description

A

planctonique: liberté, sans association, sans adhérence à un support solide, la plupart sont capables de vivre ainsi
sessile: mais en milieu naturel, cette forme est la plus populaire

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53
Q

Nommer des avantages pour les mo de vivre en biofilms

A

protection contre l’environnement et les prédateurs
résistances aux antibiotiques, biocides
environnement hospitalier
plus grande inertie face aux changements
coopération
métabolisme syntropique
facilité à échanger horizontalement du matériel génétique
trapper de la nourriture disponible en faible concentration
gérer les déchets
diminution de la charge polluante dans les eaux usées
augmenter les rendements dans la récupération des métaux
en biotechnologies, augmenter la productivité
symbiose avec les racines des végétaux (augmente la productivité)

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54
Q

Où se retrouve les biofilms

A 
eaux cristallines des lacs
bouche 
système de bio-rémédiation des eaux usées 
tractus urinaire 
intestins prothèse
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55
Q

Les biofilms sont responsables de 65 à 80% des ________ chez l’humain

A

infections

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56
Q

Le film peut devenir un réservoir de _________

A

bactéries pathogènes

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57
Q

Environ 55% des bactéries vivent dans des biofilms, vrai ou faux

A

faux, 99%

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58
Q

Donner d’autres inconvénients des biofilms

A

diminution de la qualité de l’eau propre
corrosion accélérée
réduction des performances
détérioration des surfaces

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59
Q

Sous quelle forme peut se retrouver les biofilms

A

interface solide-liquide
interface air-eau
agrégats de cellules en suspensions (FLOCS)
sous forme sèche, déshydratée dans le sol

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60
Q

Quelles sont les 5 grandes étapes de la formation des biofilms

A
  1. attachement initial, réversible
  2. production de polysaccharides extracellulaires, stabiliser attachement initial, irréversibles
  3. formation de micro-colonies, initiation du développement
  4. maturation du biofilm
  5. essaimage
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61
Q

Explication des étapes 1 et 2 de la formation d’un biofilm

A

adsorption
s’accroche à la surface par hasard et grâce à des interactions favorables
régulations positives et négatives de nombreux gènes conduiront à un attachement irréversible

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62
Q

Adsorption des mo influencée par :

A

charge électrique de la surface des mo
forces de Van der Waals
attraction électrostatique entre la cellule et la surface

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63
Q

Facteurs à considérer dans le processus d’adsorption

A

Contribution de la surface d’implantation et de son conditionnement
propriétés hydrodynamiques du milieu liquide
caractéristiques de ce milieu liquide
différentes propriétés de surface des mo

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64
Q

Expliquer la contribution de la surface d’implantation et son conditionnement

A

meilleure lorsque rugueux
force de cisaillement moins grandes
surface de contact plus grande
meilleur sur des surfaces hydrophobes et non polaires
surface exposée dans un milieu humide (formation pellicule) = conditionnement des surfaces

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65
Q

De quoi est constitué la pellicule qui se forme sur une surface exposée à une surface liquide

A

dépend de l’environnement

très protéique pour les dents, mais moins riche et diversifié pour les Rocheuses

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66
Q

Explication des propriétés hydrodynamiques du milieu liquide

A

présence d’une zone particulière
région à l’extérieur caractérisée par la présence de turbulence
impaction dépend vitesses (faible vitesse –> zone

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67
Q

Nommer la zone dans laquelle la vitesse d’écoulement immédiatement adjacente à l’interface surface liquide est négligeable

A

couche frontière hydrodynamique

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68
Q

l’épaisseur de cette zone est ________ proportionnelle à la vitesse linéaire de la portion liquide

A

inversement

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69
Q

Explication des caractéristiques du milieu liquide (4) en ce qui concerne l’adhérence des mo à une surface

A 
le pH
quantité de nutriments disponibles 
force ionique 
température
augmentation de la concentration de plusieurs cations --> réduction des forces de répulsion --> meilleur attachement au verre
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70
Q

Explication des propriétés des microorganismes en ce qui concerne leur adhérence à une surface (3)

A

hydrophobicité
présence de fimbriae et de flagelle
production de polysaccharides

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71
Q

Les bactéries sont chargées _______

A

négativement

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72
Q

Quelle structure des bactérie favorise l’hydrophobicité, comment?

A

fimbriae
contiennent une grande proportion d’AA hydrophobes
surmonter la répulsion électrostatique initiale

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73
Q

Quelles autres composantes de la composition de la surface des bactérie favorise l’adhérence? (2)

A

acides mycoliques
antigènes
fibrilles polymérique

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74
Q

Comment se nomme la structure des bactéries motrices qui permet une meilleure adhérence? Que permet-elle plus précisément?

A

flagelle

surmonter la répulsion électrostatique

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75
Q

L’augmentation de la température ne permet pas une meilleure adhérence à une surface, vrai ou faux

A

faux, augmente l’attachement

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76
Q

Que se passe-t-il lors de la formation des micro-colonies (étape 3)

A

liens stables cellules-cellules
contrôlée par la présence de nutriments adéquats
régulation génétique importante : expression d’une panoplie de nouvelles protéines
formation de pili : formation de micro-colonies sous certaines conditions environnementales

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77
Q

vrai ou faux, la seule propriété de pouvoir former un lien stable avec une surface n’est pas suffisante en soi pour permettre le développement de micro-colonies

A

vrai

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78
Q

COmment se nomme le type de mobilité des biofilms sur une surface

A

contraction décontraction

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79
Q

La formation des pili est-elle régulée? Si oui comment?

A

oui

par la présence d’acides tricarboxyliques (source de carbone préférée)

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80
Q

Description de la maturation (étape 4)

A 
continuation de la croissance 
structure finale mature 
structure comprise dans un matrice de polysaccharides 
structures complexes
canaux, pores
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81
Q

Que permet la structure complexe sous forme de canaux et de pores des biofilms

A

apport des nutriments
excrétion des déchets
redistribution des cellules loin de la surface

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82
Q

Le profil protéique des biofilms matures est le même que celui des cellules planctoniques, vrai ou faux

A

faux

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83
Q

Quel type de protéines se retrouvent que dans les cellules sessiles

A

du métabolisme
biosynthèse des phospholipides et des LPS
du transport membranaire et de l’excrétion
reliées à des mécanismes d’adaptation
reliées à des mécanismes de protection

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84
Q

Que remarque-t-on de différents dans l’ARN polymérase des cellules sessiles

A

facteurs sigma différent
stratégie de régulation transcriptionnelle fréquemment mise en œuvre en réponse à des changements de conditions de croissance ou d’état de développement

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85
Q

Le contrôle de l’épaisseur du biofilm se fait par _______

A

répression catabolique via un facteur de transcription

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86
Q

L’architecture des biofilms est hétérogène dans le ________ et dans l’_________

A

temps

espace

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87
Q

Description de l’essaimage (étape 6)

A

détachement

dispersion

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88
Q

Quel serait le facteur inducteur de l’essaimage des biofilms

A

baisse importante de la concentration en nutriments
augmentation de la vitesse d’écoulement
perte de cellules filles issues de cellules en croissance active
surexpression d’un gène conduisant à une dégradation de la structure du biofilm

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89
Q

Trois mécanismes de détachement

A

érosion: enlèvement continu de petite portions

mue: détachement rapide et massif
abrasion: collision des particules présentes dans la portion aqueuse avec le biofilm

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90
Q

Quel est le premier indice de la présence de biofilm?

A

matrice extracellulaire

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91
Q

La matrice d’EPS est dynamique et peut varier en fonction de différents paramètres _________

A

abiotiques

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92
Q

La cellule s’ajuste aux variations chimiques et physiques en sécrétant des ________ biologiques spécifiques

A

macromolécules

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93
Q

Quels sont les principaux constituants de la matrice d’EPS?

A

eps : exo polysaccharides
protéines
acides nucléiques

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94
Q

La quantité de le type d’eps varie en fonction de ? (2)

A

espèces

conditions environnementales

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95
Q

Les eps associés à la cellule sont désignés par le terme : ?

A

eps capsulaires

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96
Q

Les eps qui ne sont pas lié à la cellule forme un ?

A

mucus

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97
Q

Nommez deux exemples d’eps présentes dans la matrice extracellulaire des biofilms

A

alginate

adhésine intracellulaire polysaccharides (PIA)

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98
Q

Nommez certains rôles de PIA

A

hémagglutination
adhésion intracellulaire
augmentation de l’adhésion
pathogénie

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99
Q

Nommez des rôles/conséquences de l’alginate

A

forme mucoïde –> infection chronique pulmonaire
facteurs de virulence
augmentation de l’adhérence de la bactérie
protection contre antibiotiques
échapper au système immunitaire et à la phagocytose

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100
Q

Qu’est-ce qui régule la formation de PIA

A

gène de régulation
présence de glucose nécessaire
T, osmolarité, éthanol, sans O2, antibio –> augmente expression

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101
Q

Qu’est-ce qui régule la formation d’alginate

A

éthanol, manque de nutriments, augmentation osmolarité, moins d’O2 –> augmente expression

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102
Q

Quel type de caractère permet aux protéines de se lier à la matrice d’EPS?

A

caractère poly anionique

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103
Q

Nommez les deux classes de protéines présentes dans un biofilms

A

lectine

lyases/polysaccharases

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104
Q

Les lectines sont des protéines qui peuvent se lier aux sucres de façon ______

A

réversible

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105
Q

On retrouve les lectines chez (3)

A

mo
plantes
animaux

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106
Q

Comment les lectines contribuent à la virulence des bactéries?

A

production du biofilm
adhérence
effets pathogéniques

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107
Q

Vrai ou faux, les lectines sont habituellement associées aux structures de surface

A

vrai (pili, PG, mbr externe)

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108
Q

Fonctions des lectines

A

rapprochement d’espèces spécifiques

faciliter les interactions métaboliques

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109
Q

Quel est le rôle des lyases et polysaccharases

A

scinder les polysaccharides
régulation de l’élongation du polymère dans la biosynthèse de l’eps
utilisation de l’eps comme source de carbone et d’énergie
différencitation des cellules végétatives en cellules kystiques
moduler détachement des bactéries des biofilms

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110
Q

On croit que l’ADN présent dans l’EPS provient des vésicules membranaires ou des cellules lysées

A

vésicules

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111
Q

Rôle de l’ADN dans l’EPS

A

favorise un terrain fertile pour les transferts horizontaux de gènes

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112
Q

Contribution de la matrice d’EPS au développement et au fonctionnement du biofilm

A

attachement : positivement ou négativement
structure et architecture : réguler espacement, influence partition entre état planctonique et sessile
protection : physique, chimique, antimicrobiens, métaux libres, radicaux libres
pathogénie

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113
Q

Les microorganismes tirent leur énergie des _____

A

polluants

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114
Q

Lorsque les forces de cisaillement sont élevées, la structure est très _______

A

dense

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115
Q

Le transport du substrat dans les biofilms se fait par ______

A

diffusion

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116
Q

La cinétique des réactions à la surface dépend du ___________

A

flux du substrat

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117
Q

Les mo à croissance lente se retrouve en profondeur ou en surface

A

profondeur

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118
Q

Comment appelle-t-on une eau qui contient un concentration de donneurs d’électrons significatives?

A

eau biologiquement instable

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119
Q

Définition de l’encrassement

conséquences physiques

A

détérioration à cause d’une activité microbiologique (bactérienne)
baisse qualité de l’eau, baisse débit eau, dépôt rouges ou noirs

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120
Q

Quel est le principal type de bactérie retrouvée dans les puits/tuyaux encrassés

A

sufato-réductrices

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121
Q

Comment prévenir l’encrassement

A

chloration à forte dose (1-2 fois/an)
contrôle régulier des bactérie (sulfato-réductrices)
rénovation

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122
Q

Comment se nomme le phénomène relatif aux biofilms dans les milieux marins

A

biofouling

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123
Q

4 étapes du biofouling

A

fouling moléculaier
microfouling
macrofouling
détachement

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124
Q

Quel est l’écosystème le plus densément peuplé de la planète

A

microbiote intestinal

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125
Q

Quel type de mo retrouvons nous dans l’intestin (le principal?)

A

bactérie, le principal
archée
eucaryotes

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126
Q

les deux principaux phyla retrouvés dans l’intestin

A

Firmicutes (Gram +)

Bacteroidetes (Gram -)

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127
Q

La flore intestinal varie en fonction de l’_____ et les _______

A

âge

conditions

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128
Q

Comment nomme-t-on l’ensemble qui représente la composition de base du microbiote de l’intestin? Combien il y en a? Indépendant de?

A 
entérotypes
3
géographie
couleur de la peau 
état de santé 
diète à court termine
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129
Q

Il y a plus de génome humain que de génome dans l’intestin, vrai ou faux

A

faux

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130
Q

Pour les obèses, plus le microbiome est appauvri, plus les risques d’avoir des paramètres altérés sont élevés, vrai ou faux

A

vrai

moins de gènes

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131
Q

Quelle est la différence entre holobionte et hologénome

A

hôte et sa flore intestinale : holobionte

hologénome : génome de l’hôte et ceux de la flore intestinale

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132
Q

L’holobionte et l’hologénome agissent de _____ et fonctionnent comme une _______

Quels sont les aspects qui nous permettent de dire ceci (4)

A

concerte
seule entité biologique

raisons:
1. toutes les plantes et les animaux hébergent une microflore variée
2. le microbiote et son génome sont transmis fidèlement d’une génération à l’autre en compagnie du génome de l’hôte
3. Les symbiotes microbiens et l’hôte interagissent de façon à influence la physiologie et la santé de l’holobionte
4. Variation génétiques dans l’hologénome peuvent être apportées aussi bien par des modification du génome de l’hôte que du microbionte. Le micobiome peut s’ajuster rapidement et favoriser l’évolution de l’holobionte

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133
Q

Quelles types de fonctions a l’intestion

A

métaboliques
immunologiques
endocrinienne

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134
Q

Il y a t il un système nerveux intestinal?

A

oui

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135
Q

Comment analyser les bactéries présentes dans l’intestin

A

culture limitnte

méthodes moléculaires (PCR, métagénomique, métatranscriptomique, 16S, proétomique, séquençage)

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136
Q

Comment appelle-t-on des souris stériles nés par césarienne dans des conditions d’aseptie totale

A

souris anéxiques ou germ-free

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137
Q

Lorsqu’on ajoute une flore connue à des souris anéxiques, elle se nomme

A

souris gnotobiotes

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138
Q

Que contiennent les souris SPF (specific pathogen free)

A

flore intestinale diverse

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139
Q

Pourquoi utiliser un modèle murin

A 
interventions impossibles chez l'humain 
même background génétique 
modèle d'études adaptés (CRISPR-Cas) 
peu dispendieux
omnivore
physiologie intestinale semblable à l'humain 
environnement contrôlé
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140
Q

Quels sont les inconvénients d’utiliser des souris?

A

résultats pas 100% transposable chez l’humain
multitude de lignées de souris –> résultats différents
dialogue flore-hôte propre à la souris, pas à l’humain
homogénéité génétique des souris ne représente pas l’hétérogénéité humaine

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141
Q

Autres modèles animaux

A

rat
porcs miniatures
chimpanzé

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142
Q

Discutez de l’influence globale du microbiote pour le corps

A

composés dans le sang qui sont dérivés ou dépendants de la présence du microbiote
produits similaires aux hormones, neurotransmetteurs, signaux immunologiques

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143
Q

Fonctions potentielles dans le maintien de la santé grâce au microbiote (3)

A

métaboliques
protectrices
structurale et histologiques

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144
Q

Transfert d’un microbiote d’une souris normale à une souris germ-free, résultats

A

augmentation de 60% de la masse graisseuse en 2 semaines

raisons: supression activité angiopoëtine, inhibe plus la lipoprotéine lipase –> accumulation de lipoproétines favorisant le transport des lipides exogènes

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145
Q

Il y a plus de ______ (type de bactéries) dans les obèses

A

firmicute que de bacteroidetes

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146
Q

vrai ou faux, la biodiversité microbienne est plus grande chez les obèse

A

faux, elle diminue

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147
Q

transfert flore obèse chez mince, résultat?

A

devient grosse

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148
Q

transfoert flore mince chez mince, résultat?

A

mince

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149
Q

Est-ce que le phénomène de l’obésité est le même chez les humains?

A

oui! plus de Firmicutes que de bacteriodetes

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150
Q

Pourquoi les Firmicutes sont en plus grande importance chez les obèses?

A

mieux adaptés pour extraire les calories de la nourriture

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151
Q

Si les obèses perdent du poids, que devient leur flore microbienne

A

augmentation de la quantité de bacteriodetes

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152
Q

à part l’extraction efficace des calories, nommez deux autres mécanismes chez obèse

A

rôle de la flore intestinale dans la signalisation de l’inflammation, un élément clé dans le développement du syndrome métabolique
Rôle de la flore intestinale dans la régulation de l’axe «Intestin - Cerveau»

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153
Q

Quelques résultats suite à un pontage gastrique de patient obèse

A

augmentation de la diversité du microbiote
perte de poids
amélioration du leur métabolisme

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154
Q

Quel est l’effet de la prise d’antibiotique pour l’intestin

A

diminution de la flore –> obésité

induction d’un déséquilibre de l’écosystème

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155
Q

Résultat des antibiotiques sur des animaux germ-free

A

aucune effet

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156
Q

Que fait les antibiotiques sur la population d’Helicobacter

A

augmentation –> plus de sécrétion de la ghreline –> augmentation du sentiment de l’appétit –> prise de poids

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157
Q

Autres facteurs à part la flore intestinale qui a un rôle sur l’obésité

A

alimentation

gènes et protéines

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158
Q

Nommez deux types de maladies inflammatoires intestinales

A

maladie de Crohn

Colite ulcéreuse

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159
Q

Dans les deux maladies inflammatoires intestinales, quelles étaient les premières évidence du rôle de la flore intestinale

A

soulagement suite à la prise d’antibiotiques
colonisation par la flore intestinale essentielle au développement de la maladie dans plusieurs modèles animaux
la flore intestinale des malades était très différente de celle des personnes en santé

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160
Q

Que contient la diète occidentale qui peut provoquer de l’inflammation de l’intestin en interférant avec ‘intégrité e la muqueuse intestinale

A

additifs alimentaires

particulièrement les agents émulsifiants

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161
Q

Disparition des bactéries productrices de butyrate

A

???? à retenir hahahah!

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162
Q

Qu’est-ce que la réinitialisation du microbiote?

A

transplants fécaux

transférer la flore intestinales d’une personne saine à une personne malade

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163
Q

Le transfert fécal est efficace pour (3) ?

A

infection chronique à C.difficile
maladie de Crohn
colite ulcéreuse

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164
Q

à quel moment l’infection par C.difficile se produit-elle?

A

Suite à un traitement aux antibiotiques peu importe sur la concentration initiale de cette population est forte ou faible

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165
Q

L’axe intestin-cerveau est unidirectionnel. C’est-à-dire que les informations circulent du cerveau à l’intestin, vrai ou faux?

A

faux

bidirectionnel

166
Q

Série d’intermédiaire entre le système nerveux central et le système gastro-intestinal (4)

A

systèmes nerveux afférent et efférent
système endocrinien
nutrition
signaux immunologiques

167
Q

Comment se nomme le nerf qui part du l’intestin et qui se rend au cerveau

A

nerf vague

168
Q

Le système nerveux central influence la flore, mais comment?

A

quantité de nutriments et ainsi donc sa composition
peptides de signalisation de la satiété
péristaltisme, sécrétion de molécules dans le lumen, perméabilité de la muqueuse, relargage de cytokines ou de peptides antimicrobiens

169
Q

Quels sont les quatre mécanismes qui permet au système nerveux central d’influencer la flore

A

neuronaux: nerf vague
endocrinien : via axe HPA (hypothalamus)
métaboliques : molécules de signalisation
immunologiques

170
Q

Qu’est-ce qu’un probiotique

A

mo vivant qui, lorsque consommé en quantité suffisante procure un effet bénéfique sur la santé de l’hôte

171
Q

Qu’est-ce que les prébiotique

A

propriété d’accroitre la croissance et l’activité des probiotiques
substrat des probiotiques

172
Q

probiotique + prébiotique = ?

A

symbiotique

173
Q

Quels sont les éléments constants dans la majorité des études sur les probiotiques

A

on ne note jamais de profondes modifications de la composition du microbiote à long terme
différences significatives au niveau des métatranscriptomes
production de métabolites de la flore intestinale modifiée (augmentation du butyrate)
Différences dans L’expression de différentes enzymes du métabolisme, la plupart reliées au catabolisme des sucres
Production par les probiotiques de plusieurs molécules affectant l’axe intestin-cerveau

174
Q

Rôles direct et indirect des probiotiques

A

direct: compétition pour les nutriments, production de bactériocines, mort via le système de sécrétion de type VI
indirect: bactéries commensales, production de molécules anti-microbienne, bactéries filamenteuses, production accrue d’IgA sécrétées

175
Q

Caractéristiques globales des champignons

A 
eucaryotes 
croissance rapide 
besoin en eau plus faible que les bactéries 
carbone et azote nécessaire 
aérobies 
pH variables 
macroscopique
176
Q

La classification est très simple chez les champignons, vrai ou faux

A

faux,
controversées
certains avec plusieurs noms
très complexes

177
Q

Pourquoi est-il important de s’intéresser à l’étude des moisissures? (médicalement et industriellement)

A

médical :
maison et édifice, hôpitaux, air extérieur, mycotoxines
industriel:
salles blanches, procédés alimentaires, décontamination des sols, nuisance

178
Q

Quelles sont les deux phases de croissance des moisissures

A

végétative: hyphes mycélium

reproductive : organes fructifères, spores ou conidies, assure dispersion, survie à long terme

179
Q

Comment manipuler les moisissures

A

avec soin
jamais ouvrir les couvercles
ne pas bouger les Pétris incubés

180
Q

Comment se fait le repiquage des moisissures

A

par piqûre

181
Q

Comment observer les moisissures

A

technique du scotch tape

lactophénol bleu

182
Q

Comment fait-on pour identifier au genre la moisissure

A

critères morphologiques : couleur, odeur, aspect, structures reproductrices au microscope

183
Q

Comment fait-on pour identifier à l’espèce la moisissure

A

biochimie
température de croissance
PCR, séquençage
avec des clés d’identification

184
Q

Description Cladosporim

A

colonies vert olive, noir-brun
conidies en chaînes
cellules en bouclier

185
Q

Description Alternaria

A

colonies veloutées/ouatteuses
colonies brunes, vert olive avec des zones plus claires
conidies en forme de raquettes

186
Q

Description Aspergillus

A 
forme sexuée présente 
colonie très pigmentée
beaucoup de conidies 
tête aspergillaire 
colonie verte, noir, solide
187
Q

Description mucorales

A

hyphes non septées
hyalines
zygospores dans sporange

188
Q

Description Penicillium

A

en forme de pinceaux simples ou complexes

189
Q

Différence entre anamorphe et télémorphe

A

anamoprhe : forme asexuée

téléomorphe: forme sexuée

190
Q

Comment fait-on les culture de moisissures pour un analyse macroscopique

A

trois piqûres sur un Pétri et comparaison

191
Q

Comment faire un diagnostique moléculaire pour les moisissures

A

sur les cultures isolées : sondes d’hybridation, PCR, séquençage
sur les échantillons : PCR

192
Q

Les techniques moléculaires sont très courantes en laboratoire, vrai ou faux

A

faux, pas encore une routine en laboratoire

193
Q

Quelles technique moléculaire a une faible spécificité de réactions croisées

A

hybridation d’acides nucléiques

194
Q

Quelle est la technique en développement pour les moisissures?

A

spectrométrie de masse

195
Q

L’environnement buccal est un environnement dont les conditions sont très stables., vraou au faux

A

faux, fluctuations physique et chimique (température, humidité, nutriments)

196
Q

D’où provient les mo qui se retrouvent dans la bouche?

A

eau, nourriture, air, objet, mains et humains

197
Q

Les fluctuations importantes dans la bouche impliquent que les mo doivent s’_______. C’est pourquoi ils colonisent et perdurent.

A

adapter

198
Q

La bouche peut se diviser en deux grandes parties qui sont caractérisées par d’importantes divergences au niveau de la microflore bucale, quelles sont-elles?

A

dents

muqeuses

199
Q

Description des dents

A

tissus dur et minéralisé

variation des conditions micro environnementales

200
Q

La microflore humaine et la même que celle des animaux, vrai ou faux

A

faux, différentes

201
Q

Vrai ou faux, la bouche a des bactéries dites permanentes et d’autres dires transitoires

A

vrai

202
Q

Description des muqueuses

A

langue, palais, gorge, gencive
baignées par la salive
desquamation

203
Q

Comment se nome la région étroite entre la gencive et la dent?

A

sillon gingival

204
Q

Comme nomme-t-on un sillon gingival qui subit l’assaut des mo et qui se détruit (s’agrandit)? Quelle est la principale conséquence de cette destruction par les mo?

A

poche parodontale

faible soutien de la dent

205
Q

Décrire quelques paramètre physicochimiques de la bouche

A

Débit salivaire : 0,25-2 ml/min (750ml/jour)
T : 0-60°C
humide
pH = 7 (carie, 3,5)
Aérobie sur la langue, mais anaérobie dans la poche parodontale

206
Q

Nommer des facteurs nutritionnels exogènes et endogènes

A

exo : alimentation (type de régime, discontinue festin/famine)
endo: salive, fluide gingival, débris de cellules épithéliales

207
Q

Il existe des interactions _______ et _______ chez les bactéries de la bouche

A

intraspécifiques

interspécifiques

208
Q

à la naissance, a cavité bucale est _____

A

stérile

209
Q

Quelles sont les espèces de bactéries retrouvées chez les nouveaux-nés sans dent

A

Steptococcus salivarius et mitis

210
Q

Comment les bactéries peuvent-elles se transmettre de façon horizontale?

A

par les parents, leur soignant (infirmière)

211
Q

Il n’y a que de la transmission horizontale dans la bouche, vrai ou faux?

A

faux, au fil des mois, il y a aussi de la transmission verticale

212
Q

Combien y a-t-il de genre commun sur la partie muqueuse de la bouche?

A

15 genres

213
Q

Quel est le genre bactérien dominant dans la bouche?

A

streptococcus

214
Q

La microflore est la même entre les différents sites anatomiques, vrai ou faux

A

faux, différences

215
Q

La majorité du virome est des ______

A

phages

216
Q

Il n’y a que des bactéries dans la bouche, vrai ou faux?

A

faux
mycobiome: levure, moisissure
protozoaires

217
Q

Comment se nomme le structure qui abritent plusieurs populations microbiennes dans la bouche et qui adhèrent les unes aux autres ou à une surface?

A

biofilms!

218
Q

Décrire les étapes de formation d’un biofilm dans la bouche

A

initiation: colonisateurs primaires, servent de substrats pour les colonisateurs secondaires, bactéries-surface, reconnaissent la surface
croissance : colonisateurs secondaires, bactéries-bactéries

219
Q

Comment se nomme l’interaction nutritionnelle que l’on retrouve dans les biofilms de la bouche, décrire

A

syntrophie

un produit un composé pour le second qui fait un composé pour le second, etc.

220
Q

Nommer les interactions que l’on observe chez les mo de la bouche et les décrire

A

syntrophie
communication : quorum sensing, comportement multicellulaire
transformation (recombinaison)
inhibition par des bactériocines (inhibition intra-espèces ou d’espèces apparentées)

221
Q

Qu’est-ce que la plaque dentaire?

A

un biofilm : surface des dents ou sillon gingival

222
Q

Il y a deux types de plaques dentaires, quelles sont-elles? Décrire!

A

plaque supragingivale : couronne dentaire, baigne dans la salive, haut taux d’oxygène
plaque sous-gingivale:sillon gingivale ou poche parodontale, baignée par fluide créviculaire, taux d’oxygène bas

223
Q

Quels sont les trois constituants de la plaque dentaire

A

pellicule exogène acquise
fraction cellulaire
matrice

224
Q

décrire la pellicule exogène acquise de la plaque dentaire

A

surface de l’émail
protéines et glycoprotéines salivaires et du fluide crévivulaire
Formation quelques minutes post-curettage

225
Q

description de la fraction cellulaire de la plaque dentaire

A

plaque supragingivale: plaque jeune (aérobie stricte ou anaérobie facultatif) et plaque mature (anaérobie facultatives et strictes)
plaque sous-gingivale: anaérobie facultatives et strictes

226
Q

Description de la matrice de la plaque dentaire et origine

A

polysaccharides, protéines, lipides, acides nucléiques (origine : bactérienne et hôte)

227
Q

Qu’est-ce que le tartre

A

plaque dentaire vieillie minéralisée constituée majoritairement de cristaux (phosphates de calcium) recouverts de bactéries vivantes (en surface) non-minéralisées

228
Q

Caractéristiques de la tartre

A

coucle blanche, jaune
en raison du tabc, des produits sanguins et de l’alimentation
constitué de sels inorganiques à >80% (cristaux) d’origine salivaire
stable
conservation à long terme
informations sur les conditions de vie

229
Q

Qu’est-ce qu’une carie?

A

déminéralisation acide, d’origine bactérienne, de l’émail de la dent
maladie infectieuse chronique la plus répandue

230
Q

Quels sont les trois facteurs qui influence la formation de la carie

A

hôte génétique
microbiote
alimentation, sucres fermentescibles

231
Q

Quel est le procédé qui mène a la carie

A

sucres fermentescibles + bactéries cariogènes –> acides organiques (acide lactique) –> diminution du pH

dent (hydroxylapatite) + acides organiques –> Ca2+ + PO4- (déminéralisation de l’émail)

232
Q

Qu’est-ce qui influence la zone de pH critique (5,5)

A

variation inter-individu

influencée par la [calcium] et la [phosphate] de la salive et de son débit

233
Q

Les acides produits par la fermentation des sucres sont ensuite emprisonnée par la plaque, quelles sont les conséquences?

A

augmentation de la déminéralisation

diminution du lavage et de la neutralisation par la salive

234
Q

Quel est l’effet de la salive sur la formation de la crie dentaire?

A

effet tampon, augmentation du pH et lavage

Le calcium et les phosphates de la salives réintègrent la dent (augmentation de la reminéralisation)

235
Q

Streptococcus mutans est l’agent étiologique principal de la carie dentaire. Quelle propriété physique doit-elle avoir?

A

survie à des pH acide

fermentation des sucres

236
Q

Comment peut-on diminuer la prévalence de la carie dentaire?

A

conscientisation
accessibilité aux soins préventifs
utilisation du fluor

237
Q

qu’est-ce que des maladies parodontales, exemples

A

des maladies des tissus de soutien des dents

gingivite: inflammation de la gencive, abs d’agent étiologique unique, réversible, transitoire
parodontite: destruction tissus de soutien de la dent, du ligand parodontal et de l’os alvéolaire, infection mixte (synergie)

238
Q

Quelles sont les facteurs de risques des maladies parodontales :

A

âge, médicaments, tabagisme, déficience immunitaire, diabète, stress, présence d’espèce parodontopathogènes (transmission verticale)

239
Q

Que nous informe la pyramide de Socransky sur les maladies parodontales?

A

colonisateurs primaires forment d’abord la plaque subgingivale puis les colonisateurs tardifs pathogènes arrivent

240
Q

Quelles sont les étapes d’implantation de maladies parodontales

A

invasion des sites sous-gingivaux
action des protéases sur les protéines tissulaires -`> nutriments
destruction et invasion des tissus parodontaux
activation des protéases latentes de l’hôte par les protéases bactériennes
stimulation des médiateurs de l’inflammation

241
Q

vrai ou faux, possibilité d’une nouvelle infection par le même génotype (réservoir)

A

vrai

242
Q

comment traiter les maladies parodontales

A

curetage, détartrage, surfaçage radicalaire

antibiotiques

243
Q

Le sol est rempli de ____, milieu optimal pour la croissance étant donné la mince couche _____ à la surface des particules

A

pores

d’eau

244
Q

Le sol est un milieu homogène, vrai ou faux

A

faux, il est hétérogène

245
Q

Lorsque le sol est détrompé, on obtient un milieu ____

A

anoxique

246
Q

Comment appelle-t-on la surface de la racine de la plante après un lavage minutieux de celle-ci?Donnez un exemple

A

rhizoplan

légumes AVEC ses racines (carottes avec ses racines)

247
Q

Comment appelle-t-on une zone du sol qui entoure le rhizoplan et qui est directement ou indirectement sous son influence

A

rhizosphère

248
Q

Comment appelle-t-on la zone du sol qui entoure les racines d’une plante et qui est sous leur influence et sous celle du champignon mycorhizateur

A

mycorhizosphère

249
Q

Décrit la région de l’hyphosphère

A

zone du sol en contact avec les hyphes du champignons mycorhizateur
s’étale sur de très grandes zones sous forme d’hyphes

250
Q

L’hyphosphère est-elle incluse dans la mycorhizophère

A

oui!

251
Q

Comment appelle-t-on les microorganismes qui vivent à la surface des plantes? Et celles qui colonisent le tissu végétal interne (envahissement)?

A

ectophytes

endophytes

252
Q

Apprendre l’image présenter dans le power point sur la rhizosphère diapo 7

A

Allez vas la voir! ;)

253
Q 
BACTÉRIORHIZE: 
nature des symbiotes microbiens: 
plantes impliquées: 
structures microbiennes: 
pourcentage des espèces de plantes : 
structure de l'hôte: 
fonctions acquises ou améliorées:
A

nature: bactéries des genres rhizobium et bradyrhizobium
plantes impliquées: légumineuses
structures microbienne: bactéroïdes, dans les cellules corticales des racines
pourcentage: 5%
structure de l’hôte : nodules racinaires, production de leghémoglobine
fonctions: fixation de N2 de l’atm

254
Q 
MYCORHIZES
nature des symbiotes microbiens: 
plantes impliquées: 
structures microbiennes: 
pourcentage des espèces de plantes : 
structure de l'hôte: 
fonctions acquises ou améliorées:
A

nature: champignons, ascomycètes, basidiomycètes, gloméromycètes
plantes: nombreuses plantes vasculaires
structures microbiennes : mycélium associé aux racines
pourcentage : >85%
structure de l’hôte : complexe racine-champignon

255
Q

Les microorganismes du sol sont autotrophes, vrai ou faux

A

faux, hétérotrophes

256
Q

Les plantes fournissent le ____ aux mo dans le sol

A

plantes

environ 54% du C fixé par les plantes est rejeté dans le sol

257
Q

Pour quelle raison les plantes vont nourrir les mo qui les entourent

A

ces derniers vont pouvoir leur fournir quelque chose en retour

258
Q

Exemples de substances excrétées par des mo

A

composés volatils: CO2, éthanol, composés de faible poids moléculaire : sucres, AA, vitamines, acides organiques, nt
composés de poids moléculaire levé: polysaccharides, enzymes

259
Q

Comment est produit l’humus, matière organique du sol

A

modification chimique des métabolites microbiens dans le sol

260
Q

Deux types de fractions de matière organique du sol, quels sont-ils?

A

humique et non humique

261
Q

L’humus est une matière organique facilement dégradable

A

faux

262
Q

Qui s’occupe du métabolisme des glucides et des protéines solubles

A

bactéries

263
Q

Qui s’occupe du métabolisme de la cellulose?

A

champignons

bactéries

264
Q

Qui s’occupe du métabolisme de la lignine

A

champignons et actinomycètes

265
Q

Décrire la boucle microbienne du sol

A

animaux micro/macro –> matière organique + plantes –> microorganismes –> protozoaires prédateurs

plantes –> consommée par animaux –> mort –> mo + protozoaires –> matières organiques pour les plantes

266
Q

la boucle microbienne de la zone photique des océans est semblable à celle du sol, vrai ou faux

A

faux

267
Q

La concentration de mo dans la rhizosphère est toujours plus _____ que dans le sol éloigné. pk?

A

grande

La plante offre des nutriments au mo en échange de service de leur part

268
Q

La diversité de la microflore de la mycorhizophère est influencé par ______

A

le type de champignon mycorhizateur

269
Q

Il y a des ______ dans tous les endroits où les plantes poussent. Quel est le rôle de l’humain dans tout ça?

A

mo

Il impose ces limites. S’il n’avait pas de maison, de rues ou autres, il aurait des plantes partout

270
Q

Quels sont les trois gros facteurs qui influencent la colonisation de la rhizosphère? Les décrire

A

facteurs microbiens: besoins nutritifs, antibiotiques, tolérance chimique, etc.
caractéristiques de la plantes: espèce, âge, OGM (rejette une substance inhibant les mo)
sol et son environnement: texture, type de sol, atm, traitements, T, H

271
Q

Nommez deux types de mycrothizes. Leur grande différence?

A

arbusculaires : associer aux plantes directement, ectomycorhizes: en surface des plantes

272
Q

Expliquez plus en détails le type arbusculaires

A

s’infiltre dans le tissu, envahit par les structures du champignon, sacs de spores (cellules en dormance pour la colonisation d’une future plante), les ramifications augmentent la surface de contact, échange par des contacts directs
plante a besoin: N, P, eau
plante donne: sucre (glycogène) pour la paroi de chitine des champignons, sous forme d’hyphes

273
Q

Expliquez plus en détails le type ectomycorhizes

A

gainé, pas de pénétration, sous forme d’hyphes, fructification de la mycorhize associé à la plante (production commerciale de truffes)

274
Q

Nommez des modifications physiologiques et écophysiologiques dues aux mycorhizes

A 
modification du métabolisme des plantes 
absorption des nutriments (N et P) 
Absorption de l'eau 
Activités hormonales et autorégulation 
Résistance aux stress 
Relation avec les insectes pollinisateurs (plantes plus attirantes, en santé) 
agrégation des sols 
gout des aliments et parfum des fleurs
275
Q

Décrire l’influences mycorhiziennes

A

les sols sans champignon entraîne la non croissance des plantes

276
Q

Discutez de la fixation de l’azote par les mo du sol

A

N2 en NH3
contribue signification à la croissances des plantes
bactéries associées aux plantes légumineuses (rhizobium ou autres)

277
Q

Comment l’association bactérie - plante se fait (nodule)? Comment se nomme les composés faisant partie de la communication chimique entre ces deux organismes

A

processus infectieux
La plante produit des flavonoïdes (les bactéries fixatrices sont en mesure de résister à ces composés) et la bactérie des facteurs Nod
Modification des cellules pour ‘‘ramasser’’ les bactéries

278
Q

Décrire la symbiose des racines en symbiose avec des mo

A

voie de signalisation entre les cellules
échanges de nutriments
système de ligands et de récepteurs
échange dans les deux sens

279
Q

Description générale du cycle du phosphore

A

phosphore dans les roches ignées
altération des roches permet le transport du phosphore vers les océans
Une petite fraction seulement est accessible aux êtres humains (mais en grande quantité sous forme minérale inaccessible)
Seulement disponible s’il y a de l’érosion et du ruissellement

280
Q

entre ____ et ___ % de la réserve de phosphore du sol est sous forme organique (a.nucléiques, phospholipides)

A

entre 30 et 50%

dans le matériel vivant ou en décomposition

281
Q

L’absorption du phosphore est grandement facilitée par ______

A

différents mo

282
Q

La plupart du phosphate ajouté est lessivé ou se retrouve sous forme insoluble, vrai ou faux

A

vrai

283
Q

Qui sont là pour rendre le phosphate assimilable (favorise la dissolution et la croissance des plantes)

A

mycorhize et bacériorhize (rhizobactérie)

284
Q

Les engrais sont bon à long terme, vrai ou faux

A

faux, de courte durée

285
Q

Exemple de forme du phosphate peu solubles (phosphate s’associant à divers cations)

A

hydroxyapatite Ca5(PO4)2

286
Q

Pourquoi on ne booste pas les champs en champignons

A

trop long pour notre consommation actuelle

287
Q

Quel est la solution au manque de phosphate?

A

changement du mode de vie
insectes
(PAS l’aquaculture, on doit aller pêcher dans les océans des petits poissons pour nourrir les gros….)

288
Q

Les virus infectent tous les ____

A

êtres vivants

289
Q

Vrai ou faux, nous répliquons des génomes viraux dans le cadre de la réplication de notre propre matériel génétique

A

vrai

290
Q

Pourquoi s’intéresser aux virus?

A

plus nombreux que la vie cellulaire
plus grande biodiversité sur Terre
influencent les cycles biogéochimiques mondiaux
peuvent être bénéfiques
les virus inconnus peuvent devenir de nouveaux agents pathogènes
comprendre l’effet des changements climatiques rapides sur les virus

291
Q

océanographie englobe l’étude de:

A

biologie marine
océanographie chimique
océanographie physique

292
Q

que signifie étude microbienne

A

étude des microbes (pas seulement les bactéries)

293
Q

Rôles des mo marins:

A

production et consommation de la matière organique
établissent le pH/redoc
contrôle la disponibilité de N (fixation de N2 - nitrification et dénitrification)
potentiel génomique énorme

294
Q

Nommez des exemples de microbes (acellulaire, procaryotes, eucaryotes)

A

acellulaire: virus
procaryotes: bactéries, archées
eucaryotes: algues, protozoaires, micro métazoaires

295
Q

Les bactéries et les eucaryotes ont un ancêtre commun

A

faux il s’agit des archées et des eucaryotes

296
Q

Nommez des producteurs primaires (autotrophes)

A

cyanobactéries

protistes photosynthétiques

297
Q

Nommez des consommateurs (hétérotrophes)

A

prédateurs

décompositeurs

298
Q

les transformations importantes de l’océan se font par des mo qui ont une taille de ____ à ____

A

0,02 à 200 um

299
Q

Les cyanobactéries sont responsables de la plupart de la _______ dans la majorité de l’océan

A

productivité primaire

300
Q

Nommez des autotrophes eucaryotes

A

picoeuraryotes
dinoflagellés
diatomées
coccolithophores

301
Q

Les picoeucaryotes sont les plus______ eucaryotes libres

A

petites

302
Q

Les diatomés forment des

A

frustule de silicate

303
Q

Les coccolithophore forment des

Présents dans les sous forme de ____ dans le nord

A

plaques de carbonate de calcium

blooms

304
Q

Les consommateurs primaires sont microscopiques étant donné que :

A

les organismes qui font la production primaire sont aussi microscopiques

305
Q

Types de protistes prédateurs (protozooplancton)

A

flagellés : ramassent tout sur leur passage
ciliates
amiboïbes

306
Q

Quand la taille diminue, l’abondance ____

A

monte

307
Q

l’océan fournit toutes les composantes nécessaires à la vie, qui sont? (3)

A

source d’énergie : matière organique et la lumière
source d’électrons : matière inorganique ou organique
source de carbone : CO2, matière organique

308
Q

Les microbes sont très diversifiés sur les plans de :

quelle est la variable critique pour ces trois propriétés

A

phylogénétique
métabolique
habitat et a niche qu’ils occupent

le temps

309
Q

Les microbes marins sont les plus anciens organismes de la Terre, vrai ou faux

A

vrai

310
Q

La composition la communauté microbienne est déterminée par la _______

A

structure de l’habitat marin

311
Q

Si on fluorescence les organismes dans l’eau on voit:

A

petite lumière: virus

grande lumière: procaryotes

312
Q

Quelle est la profondeur maximale où la lumière se retrouve

A

200m

313
Q

La profondeur moyenne de l’océan

A

3800m

314
Q

à la lumière ont retrouve quels types de mo:

à l’obscurité:

A

autotrophes

hétérotrophes

315
Q

On retrouve plus de nutriments dans le fond ou à la surface de l’eau

A

dans le fond

316
Q

Le plus grand habitat de l’eau est:

A

la plaine abyssale

317
Q

l’océan couvre ____% de la Terre

A

71

318
Q

Nommez des facteurs physicochimiques ayant un impact sur l’océan

A 
T 
vent 
salinité 
pH 
qte de nutriments 
profondeur 
pression 
qte de lumière
319
Q

La majorité de l’espace viable de la Terre est ___, ____ et soumis à une ______élevée

A

froid
sombre
pression élevée

320
Q

l’océan se caractérise par des relations spatiales complexes entre : (4)

A

microbes
nutriments
lumière
productivité

321
Q

Description du upwelling

A

eau froide profonde, riche en nutriments, monte vers la surface
en raison du vent
introduction de nutriments dans les zones des hétérotrophes
productivité plus élevées en surface (abondance des microbes marins augmente)

322
Q

mettre en ordre croissance les entités suivantes:

poissons, phytoplancton, zooplanton

A

phytoplancton (autotrophe)
zooplancton (microbes hétérotrophes)
poissons (prédateurs)

323
Q

Plus grand production de pollution en 2017?

A

industrie alimentaire

324
Q

Définition de polluant :

A

substance ou processus physique, chimique ou biologique qui dégrade un milieu donné et provoque une nuisance ou ne contamination

325
Q

Xénobiotique?

donnez des exemples

A

se dit d’une substance étrangère à l’organisme vivant (provient pas de son alimentaire, métabolisme)
presticides, médicaments, antibiotiques

326
Q

Il existe de la pollution ______ et _______

A

olfactive et auditive

327
Q

Qu’est-ce que la bioaccumulation

A

processus selon lequel la concentration d’une substance présente dans un biotope augmente tout au long d’une chaîne alimentaire (résultat de ce processus)

328
Q

Définition de bioconcentration

A

Accumulation d’une substance dans un organismes vivant, à des concentrations parfois supérieures à celles auxquelles elles se rencontrent dans le milieu dans lequel cet organismes évolue

329
Q

Nommez des exemples de pollutions les plus fréquentes

A

Pollution au mercure provenant de l’extraction de l’or
Pollution par le plomb des parcs industriels
Pesticides de l’agriculture
Fusion du plomb
Pollution de chrome de tannage du cuir
Résidus de mercure provenant d’autres mines
Pollution par le plomb de l’exploitation minière
Pollution au plomb provenant du recyclage incorrect de batteries
Arsenic dans les eaux souterraines
Fabrication de pesticides et leur stockage

330
Q

Comment se nomme le phénomène de dissolution et de transport par l’eau d’infiltration des matières solubles ou colloïdales d’un sol, d’un rocher ou d’un béton?

A

lessivage

331
Q

COV équivaut à ?

A

composés organiques volatils

332
Q

Qu’est-ce exactement les COV?

A

produits chimiques à abse de C et H qui deviennent facilement des gaz à la Tamb (produits domestiques)

333
Q

Exemples de COV

A

benzène

toluène

334
Q

Qu’est-ce que la bioremédiation

A

Utilisation d’organismes pour réduire ou éliminer des polluants spécifiques (acides, hydrocarbures, insecticides) dans différents milieux par biodégradation

335
Q

Synonyme de bioremédiation

A

dépollution biologique

biodégradation accélérée et assainissent biologique

336
Q

Quels sont les aspects positifs de la bioremédiation

A

moins coûteux

moisn destructeur que les méthodes traditionnelles de dépollution (traitements chimiques, dilutions)

337
Q

Définition de la biodégradation

A

décomposition de la matière organique due à l’action de mo aérobies ou anaérobies

338
Q

Il y a trois catégories de biodégradation, qu’elles sont-elles?

A

changement mineur
fragmentation
minéralisation

339
Q

Exemple de changements mineurs dans la biodégradation

A

Déhalogénation
Halogène: groupe d’éléments de la famille du chlore rendant la biodégradation difficile lorsqu’associé à des composés organiques (F, Cl, Br, I, At)

340
Q

Exemple de fragmentation dans la biodégradation

A

déacétylation

Les fragments peuvent se réassembler

341
Q

Description de la minéralisation dans la biodégradation

A

Passage des éléments constitutifs d’une molécule organique (C, N, P, S) à l’état minéral par voie microbienne et pour simplification progressive de la molécule d’origine (CO2, H2)

342
Q

Quel type d’interaction est présent dans le phénomène de biodégradation, pourquoi?

A

cométabolisme
dégradation de composés complexes nécessitant plusieurs mo et une coopération.
Un mo produit un composé métabolisé par un second

343
Q

Quels sont les trois catégories de mo qui font de la bioremédiation

A

bactéries
champignons
plantes

344
Q

De quelle nature, type sont les mo utilisés pour bioremédiation

A

indigènes: déjà dans enviro
exogènes: ajoutés à enviro
prélevés et réintroduits après manipulation

345
Q

Quelles sont les principales limitations des processus biotiques

A

élimination qu’un des deux isomères des composés chiraux
effet meta
produit de la biodégradation sont souvent autant ou plus toxiques que le produit initial

346
Q

Définition de chiralité

A

propriété géométrique d’un objet, en particulier d’une entité moléculaire, non superposable à son image sans un miroir

347
Q

énantiomères, définition?

A

chacune des deux entités moléculaires qui sont des images l’une de l’autre dans un miroir et qui ne sont pas superposables.

348
Q

Quelles sont les positions des élément dans un dérivé benzoïque

A

en haut : ortho
milieu: meta
en bas: para

349
Q

Quelle position des dérivé benzoïque rend la biodégradation difficile

A

meta

350
Q

en quelles positions (en chiffre) se retrouve la position meta dans un dérivé benzoïque

A

3 et 5

351
Q

Exemple d’un produit autant sinon plus toxique que le produit intial suite à la biodégradation

A

DDT en DDE

DDE: liposoluble, accumulation, perturbateur endocrinien, cancer du sein

352
Q

Quels sont les facteurs qui influence l’efficacité de la biodégradation

A

populations microbiennes de départ
biodisponibilité du contaminants
conditions environnementales
De façon générale, si le contaminant n’est pas dans la fraction disponible (soluble, aqueuse), il ne pourra pas être dégradé par les mo
co-contamination de produits chimiques (synergie dans la toxicité)
acclimatation

353
Q

Qu’est-ce que l’acclimatation

A

processus d’adaptation de populations d’organismes aux changements d’environnement naturels ou aux changements à long terme imposés par l’homme (tels que causés par le rejet continu de résidus industriels ou d’eaux usées)
Lorsque les mo sont acclimatés, le % de polluant diminue plus rapidement (plus efficace)

354
Q

Nommez deux situations dans lesquelles la biodégradation est parfois trop performante

A

communauté microbienne trop efficace : dégradation d’un produit sans qu’il n’est le temps d’être efficace (herbicide)
Corrosion des métaux : canalisation de fer en milieu anoxique, les méthanogènes utilisent le fer comme donneur d’électrons

355
Q

Qu’est-ce que la biostimulation

A

Ajout d’oxygène et d’éléments nutritifs dans le milieu à traiter - effectué afin d’accroître la population microbienne et d’intensifier la biodégradation des contaminants
utiliser les capacités de biodégradation de la microflore indigène qui est adaptée à son enviro
stimuler les voies de dégradation par modification du milieu

356
Q

Qu’est-ce que la bioaugmentation

A

Ajout de mo sélectionnés dans le milieu à traiter - effectué afin de favoriser la biodégradation des contaminants
Accroître la diversité génétique microbienne de l’enviro: introduire mo + introduire des gènes utiles à la biodégradation ou à la survie des mo
prélèvement et

357
Q

Qu’est-ce que la biofiltration

A

procédé d’épuration biologique des eaux sous l’action d’une culture microbienne fixée sur un milieu filtrant de granulométrie variable

358
Q

Qu’est-ce que la phytoremédiation

A

procédé de décontamination basé sur l’utilisation de plantes, lesquelles peuvent accumuler certaines substances toxiques dans leurs tissus ou sécréter des enzymes permettant de neutraliser certains contaminants

359
Q

Quels sont les aspects (3) à réfléchir/analyser avant l’élaboration d’une technique pour biodégrader un sol

A

biotope du sol : type de sol, granulosité, O2, présence d’eau
in situ ou ex situ?
considérer la concentration de polluants et la biomasse disponibles

360
Q

Qu’est-ce que la biomasse

A

masse totale de l’ensemble des êtres vivants subsistant en équilibre sur une surface donnée du globe terrestre

361
Q

Quelles sont les 8 points à considérer lors de l’élaboration d’une technique pour biodégrader un sol

A
  1. structure chimique du polluant
  2. Quantité de polluant
  3. Source du polluant
  4. Accessibilité du polluant pour les mo
  5. Cycles biogéochimiques (intermédiaires et produits)
  6. Niches écologiques (effet sur composants de l’écosystème
  7. Tests in vitro (environnement contrôlé)
    8 Tests in vivo (section délimitée lorsque possible)
362
Q

à retenir

A

force la biodégradation, l’accélérer: on impose quelques chose qui n’est pas un équilibre, il y a des effets sur les niches

363
Q

Quels types de modifications pourrait-on effectuer pour biostimuler un sol

A

ajustement du pH
ajout de nutriments (O2, N, C,P)
ajout accepteur/donneur d’électrons
ajout d’autres substrats divers (exemple du méthane pour les méthanogènes)

364
Q

Nommez trois procédés de biostimulation et les décrire

A

biosparging: injection d’air/gaz directement dans la zone polluée

traitement séquentiel anaérobie/aérobie
ana: agent biochimique + agent réducteur
aéro: augmentation de l’O2 + nutriments

électrostimulation: appliquer un courant électrique par des électrodes

cathode: électrons
anode: oxygène

365
Q

Description des accepteurs d’électrons dans les sol

A

généralement des chimioorganotrophes
facilite l’oxydation des polluants et le bris des liaisons chimiques
aérobie: dioxygène
anérobie: sulfate ou nitrate

366
Q

Qu’est-ce qu’un surfactant

A

une substance amphiphile
biologique ou chimique
modifie la tension entre deux surfaces et facilite l’accès aux agents récalcitrants ou aux polluants plus hydrophobes (diminue hydrophobicité et formation de micelles)
modification du microhabitat (polluant accessible aux mo)

367
Q

Dans le concept de bioaccumulation, les mo sont disponibles sous diverses formes, lesquelles (2)

A

liquide

matière sèche réhydraté avant utilisation

368
Q

Quelles sont les trois étapes pour effectuer une bioaugmentation

A
  1. prél;evement et enrichissement des mo indigènes
  2. introduction de consortiums exogènes: compléter ou créer des voies métaboliques
  3. introduction de bactéries génétiquement modifiées : nouvelles enzymes, gènes de résistance, biosurfactants, biologie de synthèse
369
Q

Dans la technique de bioaugmentation, d’où provient les mo utilisés

A

collection : commerciale (ATCC), gouvernementale (USDA, Agricultural Research Service) ou recherche (Collection Félix d’Hérelle)
obtenus suite à la remédiation d’un milieu pollué similaire
adaptés cocktails commerciaux
génétiquement modifiés en laboratoire (OGM)

370
Q

à savoir

A

Autochtonous: on ne fait qu’enrichir un extrait du milieu

371
Q

Est-ce qu’il est possible d’utiliser une combinaison de bioaugmentation et de biostimulation pour biodégrader un sol?

A

oui

372
Q

Qu’est-ce qu’un bioréacteur

A

dispositif pour traiter des substances contaminées
bioremédiation ex situ
composés de cuves(s) fermée(s) ou non
transformation du matériel à traiter en boue
système d’arrosage + système de brassage mécanique
récupération et traitement des gaz dégagés (optionnel)
augmente le contact entre les contaminants et les mo

373
Q

Qu’est-ce que le lichen

A

Association d’un champignon et d’une algue ou une cyanobactérie

374
Q

Qu’est-ce que chacune des organismes du lichen apporte à l’autre?

A

algue: production de matière organique
champignons: protection contre dessiccation + production d’acide lichenique qui favorisent la dissolution et la chélation des nutriments pour l’algue

375
Q

Dans le lichen l’algue s’appelle un phycobionte et le champignon, un ________

A

mycobionte

376
Q

Vrai ou faux, les endomycorhizes sont encore plus fréquentes que les ectomycorhizes

A

vrai

377
Q

Pour les mycorhizes,
leur source de carbone provient de:
leur source d’éléments minéraux :

A

exsudat des racines

directement dans le sol

378
Q

Vrai ou faux, la majorité des plantes terrestres ont leurs racines mycorhizées.

A

vrai

379
Q

Quel est l’avantage pour les racines et les champignons d’être en symbiose?

A

meilleure capacité d’absorption des nutriments en raison d’une augmentation de la surface d’échange due à la présence du champignon

380
Q

Dans le concept des mycorhize, il y a une corrélation poisitve entre ______ et la ______ des espèces mycorhiziennes présentes dans le sol et l’_______de la _______ des espèces végétales qui s’y développent

A

abondance et la diversité

étendue de la diversité

381
Q

Qu’est ce que chacune apporte à l’autre dans les mycorhize

A

champignon: aptitude physiologique plus performante

plante/racine: apport régulier en nutriments organiques

382
Q

Comment se nomme l’héoprotéine qui permet de tamponner la [O2] dans les nodules

A

leghmoglobine

383
Q

Quel protéine des bactéries fixatrices d’azote est affecté par la [O2]?

A

nitrogénase

384
Q

Quelles sont les 6 étapes de formation de nodules

A
  1. reconnaissance et attachement de la bactérie au niveau des poils absorbants
  2. Excrétion des facteurs nod par la bactérie
  3. invasion des poils absorbants par la bactéries
  4. formation d’un cordon d’infection et transfert vers le cortex racinaire
  5. transformation des cellules bactériennes en bactéroïdes et développement de l’aptitude à fixer de l’azote
  6. prolifération des bactéroïdes qui s’accompagne d’une division mitotique des cellules corticales (nodules)
385
Q

Quels sont les deux facteurs important pour l’activité microbienne des sols?

A

disponibilité de l’eau

teneur en nutriments

386
Q

L’excès de matière organique conduit à un épuisement de l’oxygène et à des concentrations anoxiques, vrai ou faux

A

vrai

387
Q

Quels sont les effets d’une forte pression sur les cellules?

A

affecte physiologie des cellules: diminution de la capacité des enzymes à se fixer à leurs substrats
enzymes repliées différemment
effet sur la synthèse des protéines et leur transport
plus forte proportion d’acides gras insaturés : garder fluidité
synthèse de porines particulières qui permettent la diffusion de petites molécules à travers la membrane
effet sur paroi, protéine de structure et protéines de transport

388
Q

Qu’est-ce que la biofiltration?

A

forcer le passage de fluide à travers un biofiltre afin de dépolluer des gaz et de l’eau

389
Q

Qu’est-ce qu’un biofiltre?

A

filtre + biofilm capable de bioremédiation

390
Q

Nomemr des types de polluants que l’on voudrait enlever des fluides?

A 
composés organisques volatils (COV) ou halogénés
MAH
PAH
certains alcool 
Contrôle des odeurs 
nitrites/nitrates (eaux usées)
391
Q

Nommer des méthodes permettant d’effectuer la bifiltration

A

microsphère percée (augmentation de la surface de contact)

rhizofiltration : les racines récupèrent les polluants

392
Q

Quelles sont les paramètres importants d’une bon biofiltre

A 
porosité du filtre 
type de filtre (solide, libre ou vivant) 
teneur en humidité constante 
alimentation en O2/gaz
débit adéquat (t de contact)
T optimale 
âge du biofilm (regénération) 
obstruction du biolfiltre (biofilm)
393
Q

Vrai ou faux, les biofiltres sont maitrisés en laboratoire ainsi que sur le terrain

A

faux, application sur le terrain incertaine. Il manque d’outils adaptés pour le suivi

394
Q

Nommer les deux aspects caractéristiques de la biologie de synthèse

A

création de composante et de systèmes biologiques qui n’existent pas naturellement

Modification de systèmes biologiques existants

395
Q

Nommer quatre méthodes permettant la synthèse synthétique d’ADN

A

synthèse d’oligonucléotides sur colonne
synthèse groupé d’oligonucléotides sur microarray
photolithographie
synthèse sur phase solide

396
Q

Comment se nomme le concours faisant appel à la biologie de synthèse

A

iGEM

397
Q

Nommer des biobricks que les étudiants ont le droit de commander dans le concours iGEM?

A 
promoteurs 
site de liaisons du ribosome (RBS) 
domaines protéiques 
séquences codant pour des protéines (ORF) 
unités traductionnels (RBS + ORF) 
terminateurs 
squelettes plasmidiques
398
Q

Il y a trois phases au concours iGEM, quelles sont-elles? Petite description

A

biobricks
optimisation de codon : Si on transfert les protéines, il faut changer les codons pour qu’ils soient tout autant efficaces dans un second organisme
assemblage de génome

399
Q

Qu’est-ce qu’un organisme transgénique?

A

Se dit d’un organisme animal ou végétal dans les cellules duquel on a introduit de l’ADN étranger. La modification introduite dans le génome de l’organisme se traduit par l’apparition d’un caractère nouveau, qui est transmissible à la descendance de cet organisme

400
Q

Dans un contexte de bioremédiation, que peut-on faire avec la biologie de synthèse? Nommer quelques exemples

A

détection des polluants avec biosenseurs
décontamination des sols
traitement des eaux
traitement des déchets solides
désallage de l’eau avec des membranes biologiques
captage du CO2

401
Q

Nommer les quatre types de modifications que l’on peut effectuer dans le contexte des biosenseurs?

A

enzyme biosenseurs
immunobiosenseurs
biosenseurs basés sur des acides nucléiques
biosenseurs à cellule entière

402
Q

Description des enzymes biosenseurs.

A

mesurent l’inhibition de l’activité d’une enzyme sensible au substrat
oxido-reductases et hydrolases

403
Q

Description de immunobiosenseurs

A

détection basés sur une interaction anticorps-antigène

404
Q

Description basés sur des acides nucléiques

A

oligonucléotides (séquence ou structure)

détection de fragments d’A.nucléique ou molécules pouvant s’y lier (polluants)

405
Q

Quelles sont les deux types de biosenseurs basés sur des A.nucléiques? description

A

biosenseurs à ADN : affinité de la molécule cible avec de l’ADN immobilisé, mutagènes ou carcinogènes
biosenseurs à ARN: T, ligand divers, transduction de signal par couplage moléculaire (activation voie de signalisation)

406
Q

Description des biosenseurs à cellule entière

A

principalement mo
utilisation de gènes rapporteurs (lux, GFP, lacZ) avec un promoteur inductible
permet de tester la demande biologique en O2, toxicité, taux d’estrogène

407
Q

Nommer des types de biosenseurs à cellule entière

A

biosenseur transcriptionnels: similaire au quorum sensing (arabinose, salicylate)
biosenseurs traductionnels: ARN aptamère couplé à un ARN régulateur, inhibition d la traduction, riboswitch (si conformation ok –> traduction) biosenseur post-traductionnels: voie de signalisation
système hybride: voie de signalisation + riboswitch

408
Q

Quelles sont les différentes considérations dans le domaine de la biologie de synthèse

A 
sécurité
efficacité des nouveaux mo créés par rapport à la communauté réceptrice 
compétition - adaptabilité des mo 
risque de propagation 
devenir du mo après la remédiation 
transfert horizontaux de gènes 
apparition de mutants et de révertants
409
Q

L’oxygène dissous se retrouve en plus grande quantité dans un océan super froid et profond? Et dans un lac chaud et peu profond?

A

froid: dans le fond (augmentation de l’O2 par les froides T et les fortes pressions)
chaud: en surface

410
Q

Comment se nomme la couche intermédiaire qui sépare les deux couches (chaudes et froides) dans l’eau

A

thermocline

Écologie microbienne (2 decks)

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