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Écologie microbienne > Examen 1 > Flashcards

Examen 1 Flashcards

1
Q

Définir le terme écologie

A

comprendre les différents degrés d’organisation du monde vivant ainsi que les interactions existant entre les divers organismes vivants entre eux et avec leur environnement

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2
Q

l’écologue englobe trois types de sciences fondamentales, lesquelles?

On peut alors affirmer que l’écologie est une science _____?

A

biologie, chimie, physique

intrégrative

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3
Q

l’écologie est un notion très simple, vrai ou faux

A

faux

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4
Q

Synonyme de écophysiologie

A

autoécologie

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5
Q

Définir autoécologie aussi appelé écophysiologie

Donner des exemples

A

une espèce vivant avec son environnement
capacités de survie et de résistance, habitudes alimentaire, conditions de subsistance

Effet des facteurs écologiques sur l’espèce

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6
Q

Donner un synonyme de dynamique des populations

A

démoécologie

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7
Q

Définir démoécologie aussi appelé dynamique des populations

A

étude de l’évolution et de la structure des populations dans l’espace et dans le temps

Les facteurs qui déterminent cette évolution sont aussi étudiés

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8
Q

Définir synécologie

A

étude des rapports entre les diverses espèces d’une même ensemble

C’est l’étude des écosystèmes

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9
Q

Définir biocénose

A

synonyme de communauté

Totalité des êtres vivants présents dans un écosystème donné

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10
Q

Mettre en ordre croissant de grandeur ces mots: biocénose, population, paysage, individu, écosystème, cellule, écosphère, éconosphère, biosphère

A 
cellule
individu 
population 
biocénose 
écosystème 
paysage
biosphère 
éconosphère
écosphère
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11
Q

Définir biodiversité

A

richesse des espèces vivantes qui peuplent la biosphère dans son ensemble ou dans un écosystème en particulier

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12
Q

Définir biosphère

A

région de la planète dans laquelle la vie est possible en permanence et qui renferme l’ensemble des êtres vivants (lithosphère, hydrosphère, atmosphère)

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13
Q

Définir biotope

A

Composante d’un écosystème constitué par ses dimensions physico-chimiques et spatiales

Concerne une communauté/biocénose

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14
Q

Définir chaine alimentaire

A

chaine trophique

relation trophiques qui unissent les organismes de niveaux trophique différent à l’intérieur d’une même communauté

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15
Q

définir cycles biogéochimiques

A

processus qui caractérise la transformation de la matière et la circulation des éléments dans les écosystèmes et entre les divers compartiments de la biosphère

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16
Q

Définir écosystème

Donner des exemples

A

unité écologique de base à laquelle peuvent se réduire les systèmes écologiques complexes.
Unité structurale et fonctionnelle en laquelle on peut subdiviser la biosphère tout entière
Biotope + communauté (plusieurs populations)
estomac, lac, forêt

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17
Q

Définir facteurs abiotiques

donner des exemples

A

facteurs de nature physico-chimique (indépendants des êtres vivants)
paramètres non biologiques
température
hygrométrie

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18
Q

Définir facteurs biotiques

donner des exemples

A

Ensemble des facteurs écologiques liés aux êtres vivants

prédation, compétition, parasitisme, mutualisme

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19
Q

Définir habitat

A

entité écologique =/ biotope
Correspond au lieu où vit l’espèce et à son environnement immédiat à la fois biotique et abiotique

Concerne une espèce ou sa population

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20
Q

Définir niche écologique

A

ensemble des paramètres qui caractérise les exigences écologiques (climatique, alimentaire, reproductive)
propres à une espèce vivante
Représente la fonction d’une espèce dans un écosystème, sa profession
une espèce = une niche

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21
Q

Définir pollution

Décrire ce qui peut être affecté

A

modification défavorable du milieu naturel causée directement ou indirectement par l’action humaine en causant des altérations de divers types

répartition des flux d’énergie, niveaux de radiation, constitution physico-chimique de l’environnement, abondance des espèces vivantes

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22
Q

Définir population

A

ensemble des individus appartenant à une même fraction de biotope et qui échangent librement entre eux leurs gènes dans les processus reproductifs

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23
Q

l’énergie est perdu sous forme de :

Ce qui signifie une augmentation de _____

A

chaleur

l’entropie

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24
Q

Écrire l’équation définissant la production de la matière organique

A

CO2 + 2H2A + énergie –> (CH2O) + H2O + A2

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25
Q

Source la plus évidente d’énergie

A

soleil pour les autotrophes

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26
Q

Autre type de source d’énergie

A

chimiosynthèse:

oxydation - réduction de composés

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27
Q

Qu’est ce qui crée un flux d’énergie et de matière

A

la chaine alimentaire aussi appelée chaine trophique

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28
Q

Objectifs de l’écologie microbienne (3)

A

mettre en lumière la biodiversité des mo présents dans toute la biosphère
déterminer comment les différents mo interagissent entre eux et avec les autres organismes vivants dans différents écosystèmes (biotiques et abiotiques)
Mesurer l’activité des mo dans leur microenvironnement

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29
Q

La microbiologie de l’environnement est comme l’écologie microbienne, vrai ou faux

A

FAUX

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30
Q

Définir microbiologie de l’environnement

A

ne s’intéresser pas directement aux mo comme tels ni à leur place dans leur microenvironnement
Plus au processus microbiens globaux pour l’utilisation de ceux-ci pour le développement humain

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31
Q

La Terre primitive avait quel type de roches à sa surface

A

sédimentaires

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32
Q

Que signifie la présence de roches sédimentaires

A

la présence d’eau liquide (car on a besoin de sédiments pour faire de l’eau liquide)
eau liquide = vie possible

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33
Q

L’atmosphère contenait des gaz ______

Exemples?

A

non oxydants
H2O, CH4, CO2, NH3, H2, CO, H2, HCN, H2S, FeS
Pas d’oxygène, oxygène absorbés par les autres éléments pour réagir

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34
Q

Que contenant les océans en gaz, ions et métaux

A

H2S, Fe2+, métaux lourds

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35
Q

l’apparition de la vie correspond à mette de l’ordre dans le désordre, vrai ou faux
explication

A

vrai

création de molécules complexes (diminution de l’entropie pour former des éléments plus complexes

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36
Q

Au début de la Terre, quelles étaient les source d’énergie (la plus dominante?)

A

UV (plus dominante)
chaleur
éclairs
radioactivité

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37
Q

Pourquoi les UV étaient en grande quantité?

A

Puisqu’il n’avait pas de O2 donc pas de couche d’ozone donc pas de protection contre les UV

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38
Q

Description de l’expérience de Miller pour expliquer la terre primitive

A 
ballon avec de l'eau 
É = éclairs électriques 
Condensation des molécules organiques 
vont dans la chambre 
synthèse d'AA (22)

Des chercheurs vont faire d’autres variantes pour obtenir de l’acide nucléique et des polymères

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39
Q

Décrire un environnement qui fait partie d’un des scénarios pour expliquer l’apparition des molécules organiques pour la formation de la vie

A

Environnement Fer/soufre
Description:
surfaces minérales offrant un environnement avec diffusion limitée (pas de perte des molécules organiques)
Surfaces hydrophobes permettant la concentration des composés organiques
FeS et NiS peuvent provoquer la formation de ponts C-C (catalyseur à la base des molécules organiques)
FeS + H2S = FeS2 + H2 + énergie (H2 = donneur d’électron)

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40
Q

Donner un autre site pour l’apparition de la vie et décrire

A

argile

capacité d’autocalyser sa formation

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41
Q

Ce qu’on tire des différents scénarios décrivant l’apparition des molécules organiques

A

soupe organique

la vie peut provenir d’un assemblage de molécules qui viennent de plusieurs endroits

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42
Q

Le vie proviendrait de l’ADN? vrai faux?

A

faux, de l’ARN

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43
Q

Pk l’ARN sera à l’origine de la vie

A

thermorésistant
peur s’autorépliquer
activité catalytique (ribozyme)

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44
Q

l’ARN pourrait provenir de quel environnement?

A

Fer soufre

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45
Q

Pourquoi on stipule que l’ARN est thermorésistant, mais qu’ajd il ne dure pas plus que quelques minutes

A

Aujourd’hui, il y a des bactéries qui ont ARNase pour dégrader

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46
Q

Description des premières cellules

A

Dans environnement Fer/soufre hydrophobe des fonds marins
(pk? surfaces catalytiques, force hydrodynamiques, milieu alcalin)
Assemblage en micelle des acides gras (vésicules membranaires)
Auraient absorber les premiers ARN
éventuellement –> protéines
puis ADN –> ARNm

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47
Q

En quoi l’encapsulation est avantageux?

A

protection

rétention et concentration de composés et de macromolécules

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48
Q

que signifie photosynthèse anoxigénique

A

production de matière organique sans rejet d’O2

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49
Q

première vie cellulaire?

A

stomatolites composés de bactéries phototrophes filamenteuses anoxigéniques

Nouvelle théorie sur l’origine de l’ARN, AA, lipides : proviendrait du HCN

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50
Q

Autre théorie qui pourrait expliquer la première forme de vie

Explication

A

Panspermie

La vie venu d’ailleurs (Mars, ALH84001)

On a trouvé des bactéries sur une roche
extrêmophiles

Mais ça explique pas comment ça été créer ailleurs

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51
Q

Décrire une nouvelle forme de vie

A

avec arsenate
similaire à phosphate
découverte de bactéries avec accumulation de ++ arséniate

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52
Q

Description de la production primitive d’énergie:
accepteur d’électrons, donneur d’électrons, but,
reliés à quelle types de bactéries

A 
accepteur : soufre (S^0) 
donneur: H 
production d'ATP 
(FeS + H2S --> FeS2 +H2)
(2 H2O + S^0 --> H2S + 2OH-)
chimio-organotrophe, chimiolitotrophe, phototrophes

Réaction de FeS avec H2S
à la surface des océans par la réaction des ions ferriques (Fe2+) avec H+ grâce au UV
H2S: source d’énergie

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53
Q

Comment était créé le carbone?

A

de façon abiotique dans le monde Fe, S
CO2
découverte de roches avec isotopes légers du carbone = signe de processus vivants

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54
Q

Comment est apparu l’abondance de l’oxygène dans l’atm?

A

oxygène produit par cyanobactéries

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55
Q

Dans le monde oxygéné, il y a un changement du donneur d’électron de H+ à _____
Ceci permet la :

A

H2O

production de O2 à partir de la photosynthèse

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56
Q

l’O2 réagit avec des molécules réduites comme le FeS formant ainsi un ruban de Fer dans les roches, est-ce toujours le cas?

A

Non, car au fur et à mesure que l’O2 s’accumule, il réagit avec le Fe. Il n’y a donc plus de sédiments puisqu’il n’y a plus de fer

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57
Q

Notre dernier ancêtre commun était donc surement ______

A

acellulaire

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58
Q

Notre planète est âgée de : ______

A

4,6 milliards d’années

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59
Q

Les premières formes de vie étaient vraisemblablement psychrophiles, vrai ou faux

A

faux, la terre était très chaude

Les bactéries étaient donc thermophiles ou hyperthermophiles

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60
Q

Qui est l’ancêtre des mt?

A

bactéries aérobies

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61
Q

Qui est l’ancêtres des chloroplastes?

A

bactéries phototrophe oxygénique

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62
Q

caractéristiques d’un chronomètre moléculaires

A

même fonction dans toutes les cellules
distribué universellement
possède des régions conservées et d’autres modifiées
la séquence reflète l’ensemble des changements évolutifs de l’organisme
Évolution lente (pour aller le plus loin possible en arrière)

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63
Q

Exemples de chronomètres moléculaires

A

ARNr
protéines ATPase
RecA

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64
Q

Pk ARNr est le meilleur chronomètre moléculaire?

A 
régions conservées et non
grand mais pas trop 
universellement distribué 
même fonction partout
pas une évolution rapide
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65
Q

Expliquer le séquençage

A

amplification par PCR

produit séquencé

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66
Q

Le cycle biogéochimique fait le lien entre biocénose et biotope, vrai ou faux

A

vrai

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67
Q

Le cycle biogéochimique ne comprend que des processus biotiques, vrai ou faux

A

faux, comprend des processus abiotiques et biotiques

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68
Q

Quel type de réactions composé les cycles biogéochimique

A

oxydation-réduction

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69
Q

Est-ce que l’eau a un cycle biogéochimique?

A

NON, ne fait que condenser, se liquéfier

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70
Q

Plus grand cycle

A

du carbone

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71
Q

plus grand réservoir de carbone

A

sédiments et roches de la croûte terrestre

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72
Q

à l’échelle biologie, le cycle du carbone est _____, à l’échelle géologique, il est ______

A

ouvert

fermé

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73
Q

le carbone organique est principalement dans ____

A

mo et plantes

matériel organique mort (humus)

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74
Q

décrire le cycle du carbone au niveau de la chaine trophique

A

producteur primaire mangé par consommateur primaire mangé par consommateur secondaire

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75
Q

les transferts les plus dynamiques sont au niveau du carbone_________

A

au niveau du carbone atm (CH4 en CO2)

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76
Q

Nommer trois phénomènes qui se passe avec le carbone dans l’ATM et la lithosphère

quel phénomène est le plus abondant

A

photosynthèse (plantes mo)
CO2 + H2O –> (CH2O) + O2

respiration
CH2O + O2 –> CO2 + H2O + chaleur

chimiosynthèse
Fixation du CO2 par chimiolithotrophes

photosynthèse le plus abondant

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77
Q

Dans le cycle du carbone, que se passe-t-il au sol?

A

décomposition par les mo
minéralisation du carbone (organique en inorganique, pas une roche)
méthanogène en milieu anoxique : CO2 + 4H2 –> CH4 + 2H20
Chimio-organotrophe = CO2 (fermentation, respiration ana ou aérobie)
Méthanotrophe : CH2 en CO2, en milieu oxique, décomposition du pergélisol

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78
Q

Que se passe-t-il dans le l’eau avec le cycle du carbone?

A

dissolution du gaz carbonique dans les océans
trois formes dissoutes: carbonate, bicarbonate, CO2
dans la zone photonique, il y a du phytoplancton qui fixent le CO2
Formation de carbonate de calcium avec le carbonate de l’eau : coquille protectrice, diminution de CO2 dans atm

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79
Q

à quoi sert le carbonate de calcium (3)

A

exosquelette
coraux
sédiments

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80
Q

Nommer des puits de carbone

A

forêts, océans, pétrole

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81
Q

Nommer des sources de carbone

A

feux de forêts, combustions, dégel du pergélisol

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82
Q

Tous nos puits de carbone deviendront une source, vrai ou faux

A

vrai

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83
Q

Quels sont les trois processus de transformation de l’azote

A

fixation
nitrification
dénitrification

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84
Q

Quelle est la principale forme de d’azote sur Terre

quels sont les organismes vivants qui sont les seuls à pouvoir faire de la fixation

A

N2 pour les fixateurs (procaryotes)

N2 + 8H –> 2NH3 + H2

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85
Q

Comment s’appelle la réaction qui permet d’obtenir de l’ammoniac (NH3)

A

ammonification

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86
Q

La plus importante contribution en CO2 vers l’ATM est : ____

A

la décomposition microbienne

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87
Q

Décriver le cycle de l’azote

A

N2 –> NH3 (NH4) –> NO2 –> NO3 –> Plantes –> plantes mortes –> NH3 –> NO2 –> NO3 –> N2
fixation –> nitrification –> ammonification –> assimilation –> décomposition –> dénitrification

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88
Q

Sous quelle forme est assimilée l’azote par les mo et les plantes pour former des AA?

A

ammoniac (NH3), mais à pH neutre c’est de l’ammonium (NH4) (se lie à particules chargées négativement –> difficilement accessible)

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89
Q

L’ammoniac est une forme dominante dans les sédiments ____

A

anoxiques

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90
Q

L’ammoniac est volatil, vrai ou faux

A

vrai, perte dans atm

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91
Q

Comment est produit l’ammoniac dans le cycle de l’azote

A

par ammonification

lors de la décomposition des produits organiques azotés

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92
Q

Quel est le rôle du nitrate dans la respiration anaérobie?

A

accepteur final d’électrons alternatif

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93
Q

Sous quelle forme est facilement assimilée l’azote par les plantes, pas nécessairement pour former AA

A

nitrates

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94
Q

Les nitrates sont solubles et donc facilement lessivable, vrai ou faux

A

vrai

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95
Q

Qu’est ce que la dénitrification

A

NO3 –> N2

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96
Q

Quelle étape du cycle d’azote est utile pour enlever les nitrate des eaux usées lors de leur traitement?

A

dénitrification

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97
Q

Comment se nomme l’étape qui permet de passer du NH3 –> NO3

qui fait cette étape?

A

nitrification

bactéries nitrifiantes

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98
Q

La nitrification augmente en présence de ______, pk?

A

matière organique puisqu’il y a plus de substrats pour la réaction

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99
Q

Que permet la nitrapyrine

A

évite la nitrification pour éviter la dénitrification
donc pas de perte d’azote dans le sol, mais si trop de NO3 soluble –> lessivage dans l’eau (pollution) Alors on coupe ces deux étapes
On a NH3 sans le sol

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100
Q

Comment faire pour ne pas que le NH3 soit liés à des particules négatives (Car NH4+)?

A

ammoniac anhydride

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101
Q

Le cycle de soufre est possible seulement grâce à des actions biologiques?

A

faux, grâce à des réactions chimiques aussi

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102
Q

Le soufre à plusieurs niveaux d’oxydation qui sont:

A

-2, 0, +6

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103
Q

L’essentiel du soufre se retrouve dans :

A

roches et sédiments sous forme de minéraux sulfatés ou sulfurés (gypse, pyrite)

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104
Q

Quels est le réservoir le plus important de soufre pour la biosphère (sous forme de sulfates)

A

océans

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105
Q

Que font les sulfo-oxydantes

A

H2S ou HS- –> SO4
milieu oxygéné
S^0 –> SO4 + H+ (diminution du pH)

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106
Q

Que font les sulfato-réductrices,
quel est le rôle du sulfate ici ?
Qu’est ce qui peut faire cette même réaction

A

SO4 –> H2S
accepteur d’électron dans la respiration anaérobie
milieu anoxique
meilleur si fortes quantités de matière organique (donneur d’électrons)
volcan et sources chaudes

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107
Q

HS- est toxique, vrai ou faux

A

vrai

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108
Q

Avec quoi réagit les ions sulfure (HS-)

A

fer pour donner FeS, FeS2 (insoluble et noir)

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109
Q

Le S^0 est instable, vrai ou faux

A

faux

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110
Q

Dans un même habitat contenant S^0, il y a sulfo-oxydantes et sulfato-réductrices, vrai ou faux

A

vrai, coexistence des deux

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111
Q

Il y a pas juste des composés soufrés inorganiques, vrai ou faux

A

vrai, il existe des composés organiques

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112
Q

Le composé soufré organique le plus abondant )

A

diméthylsulfure (DMS)

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113
Q

Les composés organiques soufrés sont volatils à forte ordeur, vrai ou faux

A

vrai

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114
Q

Le DMS est surtout produit où?

A

milieu marin

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115
Q

LE DMS peut être transformé en plusieurs autres composés par action : (2)

A

photochimique ou biologique

116
Q

Il y a des composantes atmosphériques dans le cycle du phosphore, vrai ou faux

A

faux

117
Q

Dans quelles molécules les organismes ont-ils besoin de phosphore

A

lipides, acides nucléiques, polysaccharides

118
Q

Le phosphore est en grande quantité dans la croute terrestre, vrai ou faux

A

faux, en faible quantité

119
Q

Quel est l’élément limitant à la croissance

A

phosphore

120
Q

Comment le phosphore est introduit dans le cycle

A

désagrégation des roches

cycle de l’eau (érosion, ruissellement, lessivage)

121
Q

Quelles sont les deux formes de phosphore dans le sol

A

inorganique : minéral, minerai, assimilable par les plantes, forme libre
organique

122
Q

On perd présentement du phosphore pour rien, vrai ou faux

justifier

A

vrai,
on l’utilise pour des savons qui se solubilise et se retrouve dans les océans et sédimente (perte inutile, au lieu de l’utiliser pour les plantes)

123
Q

Sous quelle forme est le phosphore inorganique

A

PO43-

124
Q

Le phosphore inorganique s’associe avec :

A

cations de fer, aluminium et calcium

125
Q

le phosphore inorganique se convertit rapidement en phosphore organique, vrai ou faux

A

vrai

126
Q

intervalle de pH dans lequel les mo sont capable d’assimiler le phosphore inorganique

A

entre 6 et 7

127
Q

le phosphore organique est présent dans (4)

A

biomasse (vivante)
déchets animaux
fèces
matière en décomposition

128
Q

Les plantes sont capables d’utiliser le phosphore organique, vrai ou faux

A

faux

doit passer par un processus de décomposition sous forme libre

129
Q

Quels sont les trois processus dans lesquels les mo sont impliqués dans le cycle du phosphore

A

solubilisation : minéral –> organique
minéralisation : organique –> inorganique (dispo pour les plantes)
immobilisation : inorganique –> minéral (pas accessible pour les plantes et les mo)

130
Q

le phosphore inorganique est insoluble selon pH, vrai ou faux

A

vrai

131
Q

Effets négatifs de l’homme sur les cycles biogéochimique

A

industrialisation : smog
augmentation du CO2: augmentation de la température, fonte des glace, acidification des océans (plus de coraux, plus de calcaire pour les coquilles)
épuisement des sources de phosphates

132
Q

Comment est fabriquée la matière organique nouvelle dans la nature

A

photosynthèse

133
Q

Nommez un autre gaz carboné ayant 25x plus d’effet sur le réchauffement planétaire

A

méthane

134
Q

qu’est ce que la fixation d’azote et pourquoi est- e important

A

N2 –> NH3

pour entrer l’azote dans le sol

135
Q

Comment se nomme le processus correspondant à cette réaction : NO3 –> N2

A

dénitrification

136
Q

En quoi le nitrapyrine est-elle bénéfique à l’agriculture

A

empêche la nitrification, permet de garder l’azote dans les champ

137
Q

Pourquoi l’oxydation des sulfures produit-elle une chute de pH?

A

production de H= –> diminution du pH

138
Q

Quel composé organique soufré est le plus abondant dans la nature

A

DMS

139
Q

synonyme d’artefact

A

biais

140
Q

Il est facile de définir avec certitude la vraie nature d’une communauté microbienne, vrai ou faux?

A

faux, c’est difficile

141
Q

Qu’est ce que le principe de Heisenberg?

A

à l’échelle microscopique, l’action de mesurer un objet affecte et peut même le modifier
Plus les mo sont analysés en détail, plus il y a des risques d’introduire des biais

142
Q

à ne pas perdre de vue

A

l’analyse se fait sur un échantillon pas sur l’environnement

143
Q

à ne pas perdre de vue

A

l’échantillonnage, les manipulations subséquentes et les mesure doivent tous être considérés lors de l’interprétation des résultats (introduction de biais)

144
Q

Discuter de l’échantillonnage

A

représentatif
refléter la densité et la diversité des mo
utiliser technique d’échantillonnage appropriées
éviter les contaminations

145
Q

Que faut il inclure le plus possible lors de l’analyse

A

contrôle négatif et positif

analyse en duplicata ou +

146
Q

Que faut il considérer dans une analyse quantitative?

A

LID : limite instrumentale de détection
LDM: limite de détection de la méthode
LQM: limite de quantification de la méthode
LL: limite de linéarité

147
Q

Selon CEAEQ, le graphique avec LL’ LID, LDM, LQM, on veut travailler dans quel intervalle?

A

entre LQM et LL

148
Q

Si on obtient des résultats au dessus de LL, que fait-on pour en obtenir dans la zone appréciable?

A

dilution

149
Q

Quelles sont les deux informations que l’ont peut obtenir sur les réactions métaboliques

A

types

taux

150
Q

Que faut -il optimiser pour avoir la meilleure chance d’enrichir l’organisme souhaité

A

ressources et conditions

151
Q

Comment se nomme l’instrument qui permet de mesurer la quantité d’un produit produit ou d’un réactif consommé

A

microélectrode

152
Q

Quels sont les biais des cultures d’enrichissement?

A

enrichissement d’un organisme qui n’est pas nécessairement abondant ou significatif

153
Q

Quelle méthode est utilisée pour mesurer le taux de renouvellement, le devenir d’une molécule, à une très forte sensibilité? Le tout en marquant des molécules.

A

radio-isotope

154
Q

Qu’est ce qui est vraiment important dans une méthode utilisant des radio-isotopes?

A

des témoins
car plusieurs réactions peuvent être dues à un processus strictement chimique (et non biologique)

Témoin mort: avec du formol pour tuer les mo. S’il y a des réactions, ce sont des réactions non biologiques

155
Q

Comment s’appelle la méthode qui combine la technique FISH et l’utilisation de radio-isotopes. Qui permet en fait d’identifier et de repérer les mo qui effectuent une réactions biochimiques en particulier

A

FISH-MAR

156
Q

Quest-ce qu’un bon enrichissement

A

un enrichissement qui considère les conditions de la niche écologique de l’organisme à cultiver

157
Q

Comment appelle-t-on l’objet microscopique qui permet de séparer physiquement le mo du reste?

A

micromanipulateur

158
Q

Décrire les microcapsules

A

capsules microscopiques

grande ressemblance avec l’environnement de départ

159
Q

Nouvelle méthode révolutionnaire qui consiste à avoir une plaque avec des petits trous dans lesquels une bactérie s’y coincera. une membrane sera mis entre les plaques et le tout sera déposé dans le sol.
Elle a même perms l’identification de 25 antibiotiques

A

Ichip

160
Q

Décrire l’antibiotique nommé Teixobactin

A

contre Gram + et mycobactéries
Se lie à des précurseurs de la paroi cellulaire
pas de bactéries résistantes à l’antibiotique
test chez les humains en cours

161
Q

Nommer les quatre techniques de coloration utilisées

A

DAPI
coloration de viabilité
anticorps fluorescent
protéine fluorescente verte

162
Q

Quels sont les trois méthodes d’isolement

A

étalement sur boites
inclusion dans un tube de gélose molle
dilution en milieu liquide

163
Q

Synonyme de la méthode d’inclusion dans un tube de gélose molle

A

agitation-dilution

164
Q

explication de la méthode de dilution en milieu liquide

Autre nom de la méthode

A

série de dilution jusqu’à un dernier tube sans croissance

Nombre le plus probable

165
Q

Peu importe la méthode d’isolement, on doit :

A

obtenir une culture pure

Étaler sur une gélose riche sur laquelle la plupart des bactéries croissent

166
Q

Description du DAPI et ses limites

A

couleur bleue
lié à l’ADN
dénombrement de toutes les cellules (réagit peu avec la matière inerte)
Tout ce qui a de l’ADN fluoresce (virus, eucaryotes, procaryotes, mt, chloroplastes)
Limite: pas de distinction entre mort ou vivant
pas spécifiques, tout est colorié

167
Q

Description de la coloration viable

A

repose sur l’intégralité de la membrane cytoplasmique
2 colorants
vert: colore tout, vivant ou mort
rouge: cellules dont la membrane est endommagée (mort)
DONC cellules vertes vivantes et cellules rouges mortes

168
Q

Décrire la méthode anticorps fluorescent

A

plus spécifique
préparation d’anticorps spécifique contre l’organisme
pas besoin de culture ¸2 types : primaire (anticorps fluorochrome) et secondaire (anticorps 1 + anticorps 2 avec fluorochrome)

169
Q

Qu’est ce qui interfère avec les anticorps fluorescent

A

autofluorescence

170
Q

Quest ce qu’on a besoin dans la technique avec anticorps fluorescent

A

contrôle négatif: utilisation d’un second anticorps seulement
observation d’autofluorescence et s’il colle partout

171
Q

Décrire la technique avec GFP

A

gène d’une protéine fluorescente inséré dans le génome
lorsqu’exprimé –> fluorescence
permet d’étudier la compétition entre les communautés dans un habitat (exemple: racines d’une plante) + effets de perturbations environnementales
gène rapporteur: si exprimé, le gène couplé aussi (indice de transcription)

172
Q

Limite de la microscopie

A

procaryotes parfois trop petits
proche limites de résolution
difficile de différencier cellules vivantes des mortes/ cellules vs matière
cellules facilement mis de côté
permette pas de mesurer la diversité des mo d’un environnement
pas une très bonne méthode pour dénombrer (les cellules se ressemblent toutes)

173
Q

Décrire la technique FISH

A

fixation (perméabilité)
sonde nucléotidique avec cible spécifique
incubation avec sonde
lavage pour enlever excédent
compte par cytométrie en flux et observation par microscopie en épifluorescence

174
Q

Avec quel type de microscopie FISH peut être jumelé pour explorer les épaisseur d’un biofilm par exemple?

A

microscopie confocale à balayage laser

175
Q

Quelles sont les deux techniques dérivées de FISH? Les décrire

A

colorations du chromosome : cible un gène ou une séquence spécifique, un ensemble de gène ou le génome en entier (exemple: trouver bactérie qui codent la protéine nitrogénase)
la transcription inverse in situ: transcription inverse de l’ARNm en ADNC. ADNc amplifié par PCR réagit avec une sonde fluorescente

176
Q

Explication de la méthode CARD-FISH , but?

A

méthode pour amplifier le signal
reconnaissance des peroxidases
la réaction enzymatique va amplifier le signal
peroxidase liée à la sonde FISH, lorsqu’en présence du substrat (tyramide), la fluorescence est augmenté

177
Q

Dans la méthode du DGGE, on obtient deux gel électrophorèse, pourquoi

A

Le premier correspond à l’ARN 16S (une bande sera présente sur le gel par échantillon)
Le second correspond à DGGE: électrophorèse sur gel en gradient dénaturant, selon la séquence nucléotidique ( plusieurs bandes seront présentes)

178
Q

Quelles sont les deux algorithmes utilisés pour construire des arbres phylogénétiques à partir du séquençage, décrire

A

distance évolutive : détection des différences par comparaison, construction d’un arbre avec des distances évolutives (Ed) en corrélation avec la longueur des branches de l’arbre
parcimonie: fondée sur la supposition qu’un minium de changements nécessaires pour que deux lignes divergent à partir d’un ancêtre commun se sont produits au cours de la divergence évolutive

179
Q

Comment se nomme les séquences propres à chaque domaine ou genre de mo?

A

séquences signatures

180
Q

Pourquoi, dans les trois domaines, il y a des séquences conservées

A 
ancêtre commun 
transferts horizontaux (latéraux) avant que les domaines divergent
181
Q

Quelle la différence majeure de la paroi cellulaire entres les bactéries et les archées

A

bactéries: peptidoglycane

archées: pseudopeptidoglycane, polysaccharides, protéine ou glycoprotéines

182
Q

Quelle est la différence dans la composition des lipides entre les différents domaines

A

bactéries et eucaryotes: acide gras avec lien ester, bicouche
archées: lien éther, monocouche

183
Q

Différence en ce qui concerne l’ARN polymérase

A

bactéries; 4 SU

archées et eucaryotes: +++ SU

184
Q

Différence en ce qui concerne la synthèse de protéine

A

eucarytes et archées: semblables

bactéries : synthèse inhibée par type d’antibio qui n’affecte pas les deux autres

185
Q

Explication de la méthode DGGE

A

PCR 16S
une bande sur électrophorèse normale
DGGE sur électrophorèse sur gel gradient dénaturant
prince GC qui retient les deux brins ensemble
plus il y a de AT, plus la dénaturation se fera rapidement (la séparation des deux brins ralentit la migration)

186
Q

Dans un gel DGGE, est-ce que deux bandes à la même place signifie que c’est la même bactérie

A

pas nécessairement

deux bactéries pourraient avoir la même séquence , mais pas dan le même ordre

187
Q

Dans un gel DGGE, est -ce que deux bandes séparées sont nécessairement des bactéries identiques

A

Non, ils pourraient être la même bactérie

En effet, l’ARN 16S peut être présent en deux copies dans la même bactérie, mais avoir quelques différences

188
Q

Alors, que peut-on conclure avec un gel DGGE

A

indice de bio complexité d’un habitat, en ce qui concerne un gène en particulier

189
Q

La génomique, métagénomique, etc. nécessaire une première étape de PCR avant de séquencer, vrai ou faux

A

faux, pas de PCR

190
Q

Description de l’analyse par biopuce

A

microgoutte d’ADN connu
marquage avec fluorochrome
lecture de la puce

efficace, quantitatif, mais seulement ce qui est connu

191
Q

Méthodologies pour le séquençage nouvelle génération?

A 
se questionner 
préparation du matériel pour le séquençage 
séquençage 
analyses bio-informatiques
assemblage 
extraction 
ADNc si ARN 
fragmentation 
séquençage 
comparaison avec base de données
192
Q

Est-ce que l’intensité de la bande sur DGGE correspondant à la quantité relative des bactéries

A

non, pourrait être dû à l’efficacité du PCR, réplication moins rapide
moins de 1% en quantité de bactérie, invisible sur le gel

193
Q

Explication de la microfluidique

A

utilisation d’un appareillage dans une dimension de l’ordre du micromètre
Comportement linéaire des cellules dans les canaux si petits
on bloque les cellules
On les expose à des substances pour regarder leur comportement

194
Q

Les techniques d’analyse direct sont les suivantes (3)

A

dans l’environnement
isolement/enrichissement
coloration

195
Q

les méthodes d’analyse indirectes sont les suivantes : (2)

A

PCR/DGGE
génomique/métagénomique
transcriptomique

196
Q

Qu’est-ce que la notion de consortium

A

Association de deux mo, souvent positive, les mo ne sont pas nécessairement associés, mais peuvent avoir une interaction entre les deux sans le savoir

197
Q

Ectosymbiote et endosymbiote définit la nature de l’interaction, vrai ou faux

A

faux, seulement le type de contact

198
Q

il y a plus d’interaction positives dans une faible densité, vrai ou faux

A

vrai, si forte, on se ‘‘pile’’ dessus (devient négatif), plus de compétition pour les ressources

199
Q

synonyme d’interactions positives

A

coopération

200
Q

Les interactions positives sont mise en évidence par

A

effet protecteur du groupe
impossibilité de cultiver certains microorganismes si inoculum trop petit, échanges génétiques, toujours plus efficace quand on est nombreux

201
Q

synonyme d’interaction négative

A

compétition

202
Q

Quand est-ce qu’on observe des interactions negatives

A

limite des ressources

production de déchets métaboliques

203
Q

Les mo pourraient diminuer la croissance d’un autre espèce sans le vouloir, sans rendre compte, vrai ou faux

A

vrai,

personne nuit à tout le monde, mais tout le monde accapare l’espace des autres

204
Q

Décrire en terme de coévolution et de spécificité les interactions négatives ou positives

A

positives : plus c’est complexe (symbiose) plus c’est long avant que ça soit à terme et la spécificité est plus importante dans ce cas.

Moins de corrélation avec les interactions négatives, mais le parasitisme est spécifique et long

205
Q

Comment se nomme le phénomène purement théorique qui stipule qu’il n’y a aucune interaction entre les mo?

A

neutralisme

206
Q

à quel moment pourrait-on retrouver du neutralisme

A

enviro en dormance (spore, cystes)

enviro à faible croissance et à faible densité de population

207
Q

Synonyme de mutualisme

A

symbiose

208
Q

Expliquer le mutualisme

A

OBLIGATOIRE
très spécifique
non viable si séparé
résultat d’une longue coévolution

209
Q

Exemples de mutualismes

A

lichens : algues/cyanobactéries + champignons (résistance à la dessiccation, source d’alimentation, indicateur de pollution)
*** ++ champignons ne peuvent pousser sans l’algue, mais le contraire est possible

beaucoup de symbiose protozoaires, bactéries

termite et sa bactérie en lui qui digère la cellulose du bois

Près des cheminées hydrothermales: bactéries à l’intérieur des gros ‘‘bâton’’, utilisant CO2 (fixer) et H2S pour produire de l’énergie. Ver (tubicole)- bactérie

Coraux: contiennent des zooxanthelles (dinoflagellés) reçoivent une protection contre UV, CO2, phosphate, composés azotés en échange de leurs produits de photosynthèse

Rumen: présence de bactéries qui permettent la dégradant de la cellulose, amidon, etc.

Beaucoup de symbiose chez les insectes: la relation est si intense que chacun ont ‘‘abandonné’’ des gènes considérant que l’autre les avait

210
Q

Qu’est ce qui ressemble à la symbiose/mutualisme, mais qui n’est pas obligatoire?

A

protocoopération

211
Q

Description du protocoopération

A

on est meilleur ensemble, synergisme
cross feeding
croissance améliorée
chacun produit ce que l’autre a besoin, individuellement croit difficilement

212
Q

est ce que la protocoopération est spécifique?

A

non

213
Q

Donner des exemples de syntrophisme, protocoopération

A

entre E.colis et E.faecalis : chacun fait une réaction métabolique qui permet d’arriver à la fin

Chromatium et Desulfovibrio s’aident mutuellement dans leur cycle de carbone et de soufre

Ver + bactéries filamenteuses : elles tolèrent de forte concentration de métaux et sont une protection thermique. Semblent être utilisées comme source de nourriture

bactérie produisant H2 à partir de H+ pour faire ATP et autre bactérie qui utilise le H2 pour former méthane (diminution de H2 donc en constante production). Dans les deux cas, ils sont avantagés

214
Q

Définition de syntrophisme

A

association où la croissance d’un organisme dépend ou est améliorée par des facteurs de croissance, des nutriments ou des substrats fournis par un autre organisme se développant à proximité

215
Q

Description du commensalisme

A

un profite de l’autre sans lui nuire
production d’un facteur de croissance pour une autre population
modifie un environnement avantageusement pour une autre population
permet un changement d’état de la matière
permet l’élimination d’un produit toxique
devient l’habitat d’un autre espèces

216
Q

La commensalisme est spécifique, vrai ou faux

A

faux

217
Q

Le commensalisme est obligatoire, vrai ou faux

A

faux

218
Q

Donner des exemples de commensalisme

A

bactéries dans la nitrification: de NH3 –> NO2 –> NO3 le premiers font le produit pour l’autre

synthèse d’acide par un favorise des bactéries tolérantes à l’acide

colonisation du corps humain

219
Q

Qu’est ce que le cométabolisme

A

transformation d’un composé organique par un mo qui est incapable de l’utiliser comme substrat pour produire de l’énergie ou pour l’utiliser comme éléments de constitution

220
Q

Description de la compétition

A

pour ressource limitante, de l’espace

221
Q

Quels sont les deux types de compétition

A

principe d’exclusion compétitive et co-existence

222
Q

Description du principe d’exclusion compétitive

A

deux populations métaboliquement similaires voulant même espace
une gagne, l’autre exclue
la population la plus performante gagne : comme une vitesse de croissance plus élevée
l’environnement influence la compétition

223
Q

Description du principe de co-existence

A

possible lorsque plusieurs facteurs impliqués dans la compétition sont limitants
les deux sont là en faible proportion

224
Q

Explication de la prédation

A

le prédateur mange et digère sa proie (mort)
difficile de distinguer de parasitisme
courte durée

225
Q

Théoriquement de quoi a l’air la courbe de prédation

A

sinusoïdale

226
Q

La prédation peuvent ne pas être au hasard, vrai ou faux

A

vrai, la chasse (signaux involontaires ressentis par les prédateurs)

227
Q

Quest ce que le parasitisme

A

le parasite se nourrit des ressources de l’hôte
dommage à l,hôte
long contact

228
Q

le parasitisme est spécifique, vrai ou faux

A

vrai

229
Q

Nommer des types de parasites

A

virus, bactéries, protozoaires, nématodes

230
Q

Exemple de parasitisme

A

legionella pneumophila : vit dans amibe, peut causer pneumonies mortelles, détourne les fonctions normales de la cellule à son avantage (synthèse protéines, énergie, etc.)

typhus: rickettsie sur puce sur rat, si mordu par puce malade
lichen: mutualisme ou parasitisme (le champignon prend nutriment à l’algue)

231
Q

vrai ou faux, le parasitisme et la prédation sont meilleure à forte densité

A

vrai

232
Q

Comment nomme-t-on la relation suivante: un mo produit une substance toxique (avantage compétitif)

A

AMENSALISME

233
Q

Exemples de substances toxiques impliquées dans l’amensalisme

A

antibiotique, alcool, acides gras, O2, acides organiques, ammoniaque, bactériocines

234
Q

L’amensalisme peut prévenir la colonisation d’un habitat par un second mo

A

vrai
exemples:
acide gras fait par peau pour empêche levures de pousser
production d’acide dans le vagin pour prévenir C. albicans
production ou consommation de O2

235
Q

L’amensalisme peut prévenir les ressources d’un habitat, vrai ou faux

A

vrai

production d’acides organiques pour prévenir une dégradation trop importante de la cellulose à la surface du sol

236
Q

Les antibiotiques sont constamment produits, vrai ou faux

A

faux, localisé à des moments précis (probablement à la colonisation initiale d’un enviro)

237
Q

Comment fonctionne les bactériocines

A 
produits par un gène sur un plasmide 
bas poids moléculaire 
s'insère dans les mbr des autres mo (lyses et mort) 
sur mo apparentés au producteur 
spectre très restreint
238
Q

Communautés microbiennes comptent entre ____ et ___ individus chez l’humain

A

10^10 et 10^17

239
Q

Les communautés microbiennes sont stables entre chaque individu durant toute sa vie, vrai ou faux

A

faux
fluctuation dans la journée sur même individu
fluctuation entre individu
fluctuation selon âge, sexe, etc.
fluctuation entre les différentes régions

240
Q

l’étude des communautés =

A

synécologie

241
Q

Qu’est-ce que la synécologie

A

on s’intéresse à l’ensemble des populations présentes dans un écosystème

242
Q

Qu’est ce qu’un guilde

A

ensemble de populations (de mo) métaboliquement apparentés

243
Q

en ordre croissant: individu, guilde, écosystème, population, communautés

A 
individu 
population 
guilde 
communauté 
écosystème
244
Q

la structure d.une communauté dépend de (2)

A

ressources

conditions environnementales

245
Q

Discuter de la température

A

très froid ou très chaud (entre deux possible)
pas d’eucaryotes dépassé 65°C
vie possible tant que l’eau est liquide

246
Q

Pourquoi il y a de la vie en bas de 0°C dans l’eau

A

cryoprotecteur

présence de sel

247
Q

Pourquoi la vie est possible en haut de 100°C

A

haute pression augmente la température d’ébullition

248
Q

pH entre normalement :

A

5 et 9

249
Q

les champignons sont moins résistants que les bactéries à l’acide, vrai ou faux

A

faux

250
Q

dans les milieu alcalin, quel est le défi particulier

A

force proton-motrice en milieu basique (Na+)

251
Q

dans les lacs hypercalins sodiques, le sols sont riches en

A

carbonate

252
Q

quel est le symbole de l’activité de l’eau

A

aw

253
Q

qu,est ce que l’osmose

A

mouvement de l’eau de l’endroit le plus dilué au plus concentré

254
Q

quand aw élevé, cela signifie que la concentration est plus forte à l’extérieur ou à l’intérieur

A

plus dilué hors de la cellule

donc eau entre, on tente de la sortir par des pompes à eau

255
Q

si aw est faible, cela signifie que la concentration est plus forte à l’intérieur ou à l’extérieur

A

plus forte à l’extérieur, sortie de l’eau, mais le système va tendre à l’entrée en pompant des ions à l’intérieur (augmentation de la concentration)

256
Q

Discuter des ressources des mo

A

limitée
dispo de façon temporaire
distribution hétérogène
compétition

257
Q

Une niche est occupée par une population ou plusieurs, vrai ou faux

A

vrai

258
Q

le nombre de niches détermine la diversité, vrai ou faux

A

vrai

259
Q

Il n’y a pas de compétition entre les populations pour une niche puisqu’il y en a beaucoup, vrai ou faux

A

faux

260
Q

Infos à savoir sur les niches

A

doit être occupée pour maintenir la stabilité de la communauté
avantage au premier arrivé (mais si un plus fort arrive, prendra la place)
populations les mieux adaptées déplacent les autres = successions de populations

261
Q

qui sont les organismes pionniers

A

premiers colonisateurs

grande capacité de dispersion (moisissures)

262
Q

qu’est ce que le climax dans la succession de population

A

stade ultime et à l’équilibre d’une succession évolutive de communautés dans un milieu donné
rarement atteint dans les microenvironnements

263
Q

Quels sont les types de succession:

A

primaire et secondaire
autogénique ou allogénique
autotrophique (autotrophe) et hétérotrophique

264
Q

décrire la succession primaire

A

succession de communautés dans un enviro initialement vierge
(tube digestif nouveau né, roches volcaniques, nouvelle plomberie)

265
Q

décrire succession secondaire

A

succession de communautés dans un enviro déjà occupé, mais qui a subi un événement catastrophique (recolonisation tube digestif après traitement aux antibios)

266
Q

décrire succession autogénique

A

provoquées par l’action des organismes sur l’habitat

exemple: e.coli consomme O2 permettant à stricte de s’y installer, biofilm

267
Q

Décrire succession allogénique

A

provoquées par des modification de l’habitat par des facteurs environnementaux
exemple: saison

268
Q

décrire succession autotrophique

A

production de matière plus grande que le taux de respiration
accumulation de matière
exemple: lichen, premières étapes dans la colonisation d’un enviro vierge exposé au soleil

269
Q

qu’est ce que succession hétérotrophique

A

production de matière moins grande que le taux de respiration
utilisation de la maitère accumulée
exemple: tas de compost
durée limitée sauf si apport matière en continue (intestin)

270
Q

quest ce que la règle r-K

A

lié à la variation de population dans le temps

271
Q

quest-ce que le plateau dans un graphique de croissance

A

valeur maximale que l’enviro est capable de résister donc K

272
Q

que signifie r

A

capacité de croissance de la population

273
Q

Description des organismes de type R

A

grande capacité de reproduction et de croissance
reproduction efficace à faible densité de population
souvent colonisateurs initiaux
pas bcp de caractères d’adaptation
dominants si ressources illimitées
souvent membres transitoires d’une communauté
stratégie de survie : déplacement, production de spores
PRODUCTIVITÉ

274
Q

Description des organismes de type K

A

taux de reproduction faible
dominent dans un environnement bondé
utilisation optimale des ressources
physiologiquement adapté aux ressources de l’enviro
efficace dans un environnement limité en ressources
membres plus stables et plus permanents d’une communauté
sédentaire
taille de population assez stable
longue durée de vie
EFFICACITÉ

275
Q

Les mo sont r ou K

A

dépend dans quel échelle:
macro : r
micro: K ou r selon (type K : streptomycètes, mo vivant dans enviro très dilué, dégradant humus, cellulose)

276
Q

Qu’est ce que la biodiversité

A

ensemble des espèces dans un écosystème donné

277
Q

La biodiversité augmente avec ____

A

la succession des populations

278
Q

la biodiversité diminue en situation de _____

A

stress (pollution, stress chimique)

279
Q

La biodiversité varie en facontion de la taille de ______

A

l’environnement /l’échantillonnage

280
Q

La biodiversité dépend de (2)

A

nombre total d’espèce

de leur abondance par l’analyse d’un ensemble d’échantillons

281
Q

Quelle est la formule pour calculer la diversité (indice de Shannon-Weiner)

A

H’= - (somme) ni/N log (ni/N)
où ni = nbre d’individu d’une espèce
N= Nombre total d’individu dans l’enviro

282
Q

à quel moment avons-nous la diversité maximale (H’max)

A

quand toutes les espèces sont représentées de façon équivalente (ni=1 pour chaque espèce)

283
Q

à retenir

A

on peut donc avoir un écosystème avec moins d’espèces plus diversifié qu’un enviro avec plus d’espèces. Toute est une question d’abondance

284
Q

questce qui l’équitabilité

A

J

mesure de la diversité, mais en pourcentage

285
Q

à retenir sur les limitations

A

beaucoup plus facile de cultiver des r (enrichissement) que les K, alors on connaît moins ces derniers
incapacité à échantillonner des espèces rares
On ne voit pas les mo que l’on veut échantillonner
les méthodes d’échantillonnage sont donc à revoir

286
Q

à retenir sur les solutions aux limitations

A

métagénomique combinée à analyse mathématique
estimation du nbre d’espèces incluant les non-cultivables
ne donne pas l’abondance des espèces

Écologie microbienne (2 decks)

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