Examen 2 Flashcards
Expliquer l’importance qu’a la structure d’une protéine afin qu’elle soit fonctionnelle
Une protéine n’est fonctionnelle que si son arrangement dans l’espace (structure tertiaire) est adéquat. Cet arrangement dépend de la séquence des acides aminés (hydrophobes, hydrophiles, hydrophiles acides, hydrophiles basiques) et du milieu dans lequel baigne la protéine (T° et pH). Un changement dans l’un ou l’autre peut rendre la protéine non fonctionnelle
Décrire le fonctionnement d’une enzyme
Une enzyme est une protéine, chez les organismes vivants, qui a un pouvoir catalytique. Elle se lie spécifiquement à des substrats, abaisse leur énergie d’activation (quantité d’énergie à absorber pour atteindre l’état de transition), ce qui accélère la vitesse de réaction vers les produits.
Il existe des enzymes simples (composées uniquement d’acides aminés), et des holoenzymes (apoenzyme = protéine inactive + cofacteur = ion métallique ou coenzyme)
Vrai ou Faux. La majorité des coenzymes, comme NAD+/NADP+ et FAD/FMN, sont des dérivés de la vitamine A
Faux, vitamine B
Qu’est-ce que la vitesse initiale? La vitesse maximale? Le Km?
Initiale : vitesse quand il n’y a pas encore assez de produit pour qu’ils retournent en substrat (par équilibre)
Maximale : vitesse quand les molécules d’enzymes sont saturées de substrat
Km : constante d’affinité de l’enzyme pour le substrat (concentration de substrat nécessaire pour atteindre la Vmax/2)
Décrire les effets d’une variation de la concentration du substrat sur la vitesse initiale et maximale dans des conditions où la concentration en enzyme est constante
Initiale : plus la concentration de substrat est grande, plus la vitesse initiale est élevée, jusqu’à atteindre un plateau (Vmax). À faible concentration, relation directement proportionnelle
Maximale : n’augmente pas si on augmente la concentration en substrat
Décrire les effets d’une variation de la concentration de l’enzyme sur la vitesse initiale et maximale dans des conditions où la concentration en substrat est saturante
Initiale : augmente jusqu’à saturation des enzymes
Maximale : directement proportionnelle à la concentration en enzyme
Km : inchangée
Distinguer les différents mécanismes de contrôle de certaines réactions enzymatiques par les cellules
- Induction : transcription de l’enzyme augmentée = plus d’enzymes synthétisées (mécanisme à long terme)
- Répression : transcription de l’enzyme diminuée = moins d’enzymes synthétisées (mécanisme à long terme)
- Allostérie : positif ou négative, augmente ou diminue l’activité de l’enzyme selon la concentration du modulateur qui se lie réversiblement à l’enzyme (mécanisme à court terme)
- Modification covalente : ajout ou retrait d’un phosphate par les kinases et phosphatases respectivement (mécanisme à court-moyen terme)
Vrai ou Faux. La majorité des enzymes sont contrôlées
Faux, majorité pas contrôlées. Surtout enzymes de contrôle (réactions clés physiologiquement irréversibles, réactions limitantes)
Vrai ou Faux. Les enzymes constitutives ne sont pas sujette à une régulation de leur synthèse. Leur activité n’est dépendante que de la présence de substrat ou non
Vrai
Expliquer les 2 principaux types d’inhibition que peuvent avoir des agents externes (médicaments, poisons, facteurs environnementaux) sur l’activation enzymatique
- Inhibiteur compétitif : fait compétition au substrat pour se lier au même site actif de l’enzyme, demande plus de substrat pour vaincre la compétition, mais vitesse maximale inchangée. Km semble augmentée, comme si l’affinité pour le substrat diminuait = Km apparente
- Inhibiteur non compétitif : se fixe de façon irréversible sur l’enzyme pour modifier sa structure (inactivée) ou empêcher le substrat de s’y fixer (en bloquant le site actif). Toute augmentation de la concentration de substrat ne peut rompre la liaison inhibiteur-enzyme. La Vmax diminue car moins d’enzymes (détruites), donc demande moins de substrat pour saturer les enzymes
Décrire le rôle des enzymes pancréatiques dans la digestion des aliments
- Trypsine : provient du trypsinogène synthétisé par le pancréas exocrine et activé premièrement par l’entéropeptidase dans le duodénum, puis s’autoactive ensuite, digère les protéines (hydrolysation)
- D’autres enzymes pancréatiques protéolytiques sont activées par la trypsine (chymotrypsine, élastase, carboxypeptidase A et B)
- Amylase : synthétisée par le pancréas exocrine, déjà activée, digère l’amidon (amylose + amylopectine) en dextrine (pour l’amylopectine), maltotriose et maltose (pour amylose) (hydrolysation des liaisons a1->4)
- Lipase : déjà activée, digère les triacyglycérols en acides gras et 2-monoacylglycérols (hydrolysation)
Décrire le rôle des enzymes intestinales dans la digestion des aliments
- Saccharase : synthétisée dans les entérocytes, digère le maltose et maltotriose en glucose par son activité maltasique (hydrolysation) + la dextrine en maltose et maltotriose par son activité isomaltasique (hydrolysation) + le saccharose en glucose et fructose par son activité saccharasique (hydrolysation)
- Lactase : synthétisée dans les entérocytes, digère le lactose en glucose et galactose (hydrolysation)
Expliquer l’utilisation de la concentration sanguine de certaines enzymes comme outil diagnostique pour certaines pathologies
- Amylase : élevée dans la pancréatite aigue
- Lipase : élevée dans la pancréatite aigue
- CK : élevée dans l’infarctus du myocarde
- AST (aspartate transaminase) : élevée dans la cytolyse hépatique (hépatite virale ou alcoolique)
- ALT (alanine transaminase) : élevée dans la cytolyse hépatique (hépatite virale ou alcoolique)
- GGT (gamma-glutamyl transférase) : un peu élevée dans la cytolyse hépatique (hépatite alcoolique), surtout élevée dans la choléstase (obstruction du cholédoque)
- ALP (phosphate alcaline) : faiblement élevée dans la cytolyse hépatique, surtout élevée dans la choléstase (obstruction du cholédoque) et dans les maladies osseuses (maladie de Paget)
Vrai ou Faux. Si l’AST, l’ALT et la GGT sont élevées, on peut suspecter une cytolyse hépatique de cause virale
Faux, alcoolique
Vrai ou Faux. Si l’ALP est élevée, mais pas la GGT, on peut suspecter une maladie osseuse
Vrai
Identifier les processus directement responsables de la formation de l’ATP dans le muscle
- À partir de la créatine-phosphate (Créatine-P + ADP -> Créatine + ATP dans la mitochondrie)
- À partir de 2 molécules d’ADP (ADP + ADP -> ATP + AMP)
- Phosphorylation au niveau du substrat (métabolites énergétiques qui transfèrent leur énergie à l’ADP comme le glucose, le glycogène ou les acides gras)
- Phosphorylation oxydative (énergie générée lorsque les électrons soustraits de métabolites de la glycolyse et cycle de Krebs réagissent avec l’oxygène -> combine directement l’ADP au phosphate)
1 et 2 sont des moyens rapides (urgence)
Vrai ou Faux. Les réserves d’ATP de l’organisme sont transférables d’un tissu à un autre
Faux. Aucune réserve d’ATP, et pas transférable. Seulement les carburants menant à la synthèse d’ATP sont emmagasinés et transférables
Identifier les différents carburants de la cellule cardiaque
- Acides gras (B-oxydation) = 70-80% (source exogène)
- Glucose = 10-15% (source exogène)
- Lactate = 10-15% (source endogène = globules rouges et muscles à l’effort intense)
- Acides aminés = moindre (source exogène)
Expliquer la glycolyse et ses principales fonctions
Produit du pyruvate, ATP et NADH à partir du glucose
Où : cytosol
Produit net de 8 ATP (1 ATP utilisé par hexokinase + 1 ATP utilisé par PFK vs 10 ATP produits)
Voie catabolique (génère composés simples à partir d’un plus complexe, produit énergie
Coenzyme participante : NAD+/NADH, elle transporte des électrons vers la chaine respiratoire de la mitochondrie -> générée à partir de la niacine
Décrire la réaction de la transformation du pyruvate en acétyl-CoA
Produit de l’acétyl-CoA, CO2 et NADH à partir du pyruvate
Où : mitochondrie
Coenzymes participantes : NAD+/NADH et CoA-SH générée à partir de l’acide pantothénique
Résumer le cycle de Krebs et ses principales fonctions
Produit du CO2, NADH, FADH2 et GTP à partir de l’acétyl-CoA, carrefour des métabolismes des glucides, lipides et acides aminés
Où : matrice mitochondriale et face interne de la membrane interne de la mitochondrie
Principaux métabolites : acétyl-CoA, citrate, a-cétoglutarate, succinyl-CoA, fumarate, malate, oxaloacétate
Coenzymes participantes : NAD+/NADH, CoA-SH, FAD/FADH2 générée à partir de riboflavine, et TPP générée à partir de thiamine
6 CO2/glucose généré
Décrire le fonctionnement de la chaîne respiratoire
Réoxydation des coenzymes sur la face interne de la membrane interne de la mitochondrie
Nécessite oxygène
Complexes I, II, III, IV nécessaires
NADH utilise le complexe I comme agent oxydant
FADH2 utilise le complexe II comme agent oxydant
Électrons transférés jusqu’à la coenzyme Q, puis au cytochrome C dans le complexe III, puis à l’O2 dans le complexe IV
L’énergie produite par le transport des électrons sert à transférer des protons de la matrice vers l’extérieur de la mitochondrie par les pompes des complexes I, III, IV -> gradient électrochimique -> phosphorylation oxydative
Décrire le processus de régénération de l’ATP (phosphorylation oxydative)
Par ATP synthase
Dans la membrane mitochondriale interne
ATP synthase utilise gradient électrochimique pour faire rentrer les protons dans la mitochondries fournissant suffisamment d’énergie pour fusionner phosphate + ADP
La réoxydation du NADH forme 3 ATP et FADH2, 2 ATP
L’ATP sort de la mitochondrie par la translocase (sort 1 ATP dans le cytosol et fait entrer 1 ADP dans la mitochondrie pour fournir à l’ATP synthase)
Identifier les principaux facteurs qui contrôlent l’activité métabolique de l’oxydation du glucose en CO2 dans la cellule
- Rapport ATP/ADP : plus il y a d’ATP déjà, moins la PFK est active (et donc la glycolyse) = effet direct (allostérie négative), ainsi que la PDH, diminue l’activité de l’ATP synthase (protons s’accumulent à l’extérieur et gradient trop élevé pour pompes = chaine respiratoire ralentie), glucose en glycogène (cellule musculaire)
- Citrate : allostérie négative sur PFK
- AMP : allostérie positive sur PFK = effet direct
- Acétyl-CoA : diminue activité de PDH
- Rapport NADH/NAD+ : élevé = diminution activité PDH, glucose en glycogène (cellule musculaire)
Distinguer le contrôle de l’activité métabolique de l’oxydation du glucose dans la cellule cardiaque anoxique vs à la cellule cardiaque bien oxygénée
Anoxie :
- diminution de l’activité de la chaine respiratoire car O2, accepteur final, n’est plus disponible
- NADH et FADH2 ne peuvent plus se réoxyder et ne peuvent donc pas retourner dans le cycle de Krebs (diminution de son activité) ni oxydé le pyruvate dans la mitochondrie, ils s’accumulent dans la mitochondrie
- l’inaction des complexes de la chaine cause une diminution du gradient ionique nécessaire à l’activité de l’ATP synthase (diminution de son activité)
- pour contrer ce manque d’ATP (par inactivité de l’ATP synthase), la cellule active davantage sa glycolyse (activité de la PFK augmente)
- la citrate synthase (Acétyl-CoA en citrate) augmente aussi son activité due au manque d’ATP
- l’activité de la LDH (pyruvate en lactate) augmente, permettant l’oxydation de NADH en NAD+
Bien oxygéné :
processus normal de la glycolyse -> oxydation du pyruvate -> cycle de Krebs -> chaine respiratoire
Quelles sont les conséquences de l’ischémie sur la concentration en protons des cellules myocardiques?
Les protons s’accumulent dans la cellule dû à une accumulation d’acide lactique et d’acide pyruvique, donc le pH diminue :
1. Diminution de l’activité de la PFK
2. Diminution de l’activité de l’ATPase musculaire
Vrai ou Faux. Les érythrocytes peuvent seulement utiliser le cycle de Krebs pour obtenir leur énergie
Faux, n’ont pas de mitochondries donc la glycolyse est la seule source d’ATP
Comparer le bilan énergétique de l’oxydation du glucose en présence et en l’absence d’oxygène
En condition aérobique :
1. La glycolyse donne 8 ATP (6 ATP provenant des 2 NADH + 4 ATP - 2 ATP utilisés par l’hexokinase et la PFK)
2. L’oxydation du pyruvate donne 6 ATP (provenant des 2 NADH)
3. Le cycle de Krebs donne 24 ATP (18 ATP provenant des 6 NADH + 4 ATP provenant des 2 FADH2 + 2 GTP)
Total : 38 ATP
En condition anaérobique (et ischémique = ni l’O2, ni le glucose ne se rend à la cellule, donc celle-ci utilise ses réserves de glycogène pour faire la glycolyse à partir du G-6-P) :
1. La glycolyse donne 3 ATP (les NADH ne donnent aucun ATP car ne peuvent être utilisés dans la chaine + 4 ATP - 1 ATP utilisé par la PFK)
2. Le pyruvate n’est pas oxydé car il se transforme en lactate
3. Le cycle de Krebs n’est plus fonctionnel car pas d’O2 (donc pas de réoxydation des NADH et FADH2 nécessaires)
Expliquer la relation entre la chaine respiratoire et la régénération d’ATP
La chaine respiratoire doit fonctionner pour créer le gradient ionique nécessaire à l’activité de l’ATP synthase
En présence d’un découpleur (substance toxique qui permet aux protons de retourner dans la mitochondrie sans passer par l’ATP synthase), les 2 systèmes sont découplés car la chaine est très active, alors que l’ATP synthase ne peut plus fonctionner (gradient annulé par découpleur)
Ex. 2,4-dinitrophénol (découpleur) : dans un myocarde bien oxygéné, la consommation d’O2 des myocytes va augmenter car la chaine est très active (n’a plus à lutter contrer le gradient ionique), les NADH et FADH2 sont rapidement oxydés, ce qui augmente l’activité du cycle de Krebs (également la baisse d’ATP stimule le cycle). Tout ça entraine une forte élévation de la T° corporelle car l’activité des voies cataboliques et de la chaine sont augmentées et lors de l’échange des électrons dans la chaine, il y a toujours une perte d’énergie sous forme de chaleur (mécanisme principal pour générer de la chaleur dans un organisme normal)
Décrire les conséquences de l’inhibition de la chaine respiratoire
En bloquant un des complexes (I, II, III, IV), la translocase ATP/ADP ou l’ATP synthase, la chaine respiratoire finit par être bloquée et non fonctionnelle -> conséquences :
1. Transport des électrons dans la chaine : diminue
2. Utilisation d’O2 : diminue
3. Synthèse intra-mitochondrial d’ATP : diminue
4. Synthèse cytosolique d’ATP : augmente
5. Activité de la glycolyse : augmente
6. Production de lactate : augmente
7. Activité de Krebs et de l’oxydation du pyruvate en Acétyl-CoA : diminue
Expliquer le rôle diagnostique des différents marqueurs biologiques de l’infarctus du myocarde
Principaux marqueurs biologiques de l’IM : troponine T ou I (spécifiques au myocarde)
Augmentation lors de l’IM car ces marqueurs se retrouvent en concentration relativement importante dans le myocarde et sont libérés dans le sang lors de la lésion myocardique. Une première augmentation significative peut être remarqué 3h après l’infarctus, le temps que les molécules se rendent dans la circulation. Les troponines restent élevées dans le sang longtemps après l’épisode ce qui permet un diagnostic malgré un délai de quelques jours
Autre marqueur utilisé avant troponines : CKMB (CK présente dans le muscle ET myocarde, mais isoenzyme MB plus présente dans myocarde)
Identifier le rôle du glucose sanguin dans le fonctionnement de l’organisme, son origine à jeun et après un repas
Rôle : Utilisé par tous les tissus comme carburant pour faire de l’ATP (le cerveau et les érythrocytes en dépendant pour leur fonctionnement)
Entre dans les tissus par des récepteurs non régulés pour la plupart des tissus, sauf dans les muscles et le tissu adipeux dont les transporteurs sont dépendants de l’insuline
À jeun : le glucose est produit par le foie à partir de ses réserves de glycogène, et lors du jeûne prolongé, à partir des précurseurs de la néoglucogenèse hépatique (acides gras, acides aminés, lactate, etc.)
Post-prandial : origine alimentaire, transporté par la veine porte hépatique jusqu’au foie, l’excès non retenue par le foie passe dans la circulation générale
Expliquer le rôle du glycogène hépatique dans le maintien de la glycémie à jeun
Tissus avec réserve importante de glycogène : foie et muscles (même structure), mais seul le glycogène hépatique participe au maintien de la glycémie (donc transforme le glycogène en glucose puis l’exporte dans le sang), les muscles l’utilisant pour leur propre besoin (et ne peuvent pas exporté le glucose dans le sang)
Glycogénolyse hépatique : la glycogène phosphorylase (enzyme régulée) coupe les liaisons a(1->4), et l’enzyme débranchante coupe a(1->6) (libère toujours 1 glucose seulement). L’enzyme isomérase et glucose-6-phosphatase transforme le glucose-1-phosphate en glucose
Glycogénolyse musculaire : pas de glucose-6-phosphatase, donc glucose-6-phosphate et glucose libre (par l’enzyme débranchante) entrent directement dans la glycolyse pour faire de l’ATP, car cette voie n’est utilisée que lors de l’effort intense
Montrer comment la néoglucogenèse hépatique participe au maintien de la glycémie et dans quelle condition elle est enclenchée
Où : foie (aussi reins en cas de jeûne prolongé)
Substrats : alanine (et autres acides aminés glucoformateurs), lactate et glycérol
Éléments déclencheurs :
1. Lipolyse
2. Rapport insuline/glucagon bas (baisse de la glycémie = hausse de glucagon et baisse d’insuline)
La néoglucogenèse est énergivore -> prend son énergie dans la B-oxydation des acides gras (permet également de favoriser la néoglucogenèse aux dépens de Krebs, car augmentation d’Acétyl-CoA (inhibe la pyruvate déshydrogénase, stimule la pyruvate carboxylase) et ATP (inhibe la citrate synthase) dans la mitochondrie)
Décrire comment et dans quelle condition le foie reconstitue ses réserves de glycogène
Lors d’une augmentation du rapport insuline/glucagon (post-prandial), la glycogène synthase s’active par modification covalente permettant la glycogénogenèse à partir du glucose (-> G-6-P -> G-1-P -> UDP-glucose -> ajout de glucose sur la glycogénine, un résidu de glycogène) grâce à la glycogène synthase et l’enzyme branchante)
Lors d’une diminution du rapport insuline/glucagon (à jeun), le glucagon et l’adrénaline se lie à leurs récepteurs activant l’adénylate cyclase, augmentant l’AMPc, activant la protéine kinase, phosphorylant la glycogène phosphorylase (activée) et phosphorylant la glycogène synthase (inactive)
Vrai ou Faux. Pour le métabolisme du glycogène, l’élément majeur du rapport I/G est l’insuline
Faux, glucagon. Si beaucoup de glucagon (à jeun), glycogénolyse activée, alors que si pas beaucoup (post-prandial), glycogénogenèse activée
Décrire comment et dans quelle condition le muscle reconstitue ses réserves de glycogène
Le muscle reconstitue ses réserves de glycogène de la même façon que le foie (avec glycogène synthase et l’enzyme branchante) quand il est au repos et que les conditions métaboliques de l’organisme sont favorables
Éléments déclencheurs :
1. Muscle au repos
2. Rapport I/G élevé (post-prandial) : c’est l’insuline qui stimule la glycogénogenèse, pas le glucagon comme dans le foie. L’insuline augmente l’activité de la glycogène synthase
Expliquer la différence du métabolisme énergétique musculaire selon l’intensité de l’effort produit
Au repos ou effort léger :
- carburant : acides gras
- voie métabolique : B-oxydation
- glycolyse : peu active car bloquée au niveau de la PFK par un rapport ATP/AMP élevé (B-oxydation produit ATP qui est peu consommé)
À l’effort intense :
- carburant : tous les moyens possibles -> Créatine-P + ADP, ADP + ADP, glycolyse, cycle de Krebs, phosphorylation oxydative
- principal carburant : glycogène (utilisation stimulée par stimulation nerveuse et adrénaline)
- voie métabolique : glycogénolyse (avec glycogène phosphorylase et enzyme débranchante)
- la glycolyse est aussi très active par une activation de la PFK stimulée par une diminution du rapport ATP/AMP (moins d’ATP)
Pourquoi un effort intense par le muscle ne peut être maintenu que pendant 20 secondes?
Car la glycolyse très active cause une accumulation cytosolique de pyruvate et NADH, stimulant la LDH, entrainant une accumulation d’acide lactique
Comparer le métabolisme énergétique musculaire selon le degré d’effort musculaire et selon la présence ou non d’oxygène
Au repos :
- Glycogénogenèse active au besoin
- Glycolyse niveau d’activité basal
- Lactate : diminue
- Cycle de Krebs : actif
- Phosphorylation oxydative : active
Effort intense :
- Glycogénolyse très active
- Glycogénogenèse : inactive
- Glycolyse : très active
- Lactate : augmentation
- Cycle de Krebs : plus actif
- Phosphorylation oxydative : plus active
Ischémie :
- Glycogénolyse : extrêmement active
- Glycogénogenèse : pas active
- Glycolyse : extrêmement active
- Lactate : très augmenté
- Cycle de Krebs : inactif
- Phosphorylation oxydative : inactive