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Maladies infectieuses > Examen 2 > Flashcards

Examen 2 Flashcards

1
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Quelles sont les trois étapes du cheminement diagnostique au laboratoire de microbiologie?

A

Étapes pré-analytique, analytique et post-analytique.

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Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez en quoi consiste l’étape pré-analytique

A

L’étape avant l’analyse des échantillons :
* Examen du médecin
* Collection du spécimen
* Fiche remplie et envoi de l’échantillon au laboratoire de micro
* Entrée des informations dans un “log book”

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3
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Quels sont les 5 éléments important de l’étape pré-analytique?

A
  • Diagnostic médical
  • Prélèvement
  • Transport
  • Réception au laboratoire
  • Critères de rejets
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4
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Quels sont les principes généraux important lors de la collecte d’un échantillon pour diagnostic?

A
  • Le prélévement doit être effectué au site approprié
  • Il doit être fait à un timing approprié dans l’évolution de la maladie
  • Une quantité suffisante doit être prélevée
  • Privilégier les tissus et ponctions plutôt qu’écouvillons
  • Avoir le bon instrument de collecte
  • Milieu de transport adéquat
  • Technique aseptique pour éviter contamination
  • Identification du spécimen
  • Transport au laboratoire
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5
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez des exemples de tests effectués pendant l’étape analytique

A
  • Examen direct
  • Colorations
  • Tests phénotypiques (enzymatiques, métaboliques)
  • Milieux de culture/condition d’incubation/examen de colonies…
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6
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez des exemples d’examens directs et coloration effectués

A
  • Gram : bactéries
  • KOH-calcofluor : fungi
  • Ziehl-neelson : mycobactéries et actinomycètes
  • Auramine : mycobactéries
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7
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez les quatres principales utilités de l’examen direct

A
  1. Appréciation de la qualité du spécimen
  2. On peut effectuer un diagnostic préliminaire
  3. Démostration de la mobilité de certains microorganismes
  4. Comparateur au résultat de la culture
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8
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez ces colorations

A

a) Gram (bactéries)
b) Calcofluore (fungi)
c) Encre de chine (fungi)
d) Ziehl-Neelson (mycobactéries)
e) Auramine (mycobactéries)

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9
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez l’utilité des tests immunologiques en médecine?

A

L’utilisation des anticorps afin de reconnaitre des antigènes spécifiques est extrêmement utile, puisqu’on peut identifier des pathogènes spécifiquement en fonction des antigènes qui leurs sont associés.

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10
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Comment fonctionne l’immunofluorescence?

A

C’est le couplage d’une substance fluorophore à un anticorps, qui s’active seulement lorsque l’anticorps se lie à son antigène. On peut ainsi identifier précisément si un organisme est présent dans l’échantillon.

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11
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Comment les différentes flores normales peuvent influencer la collecte et l’interprétation des résultats de la culture bactérienne?

A

Une bonne compréhension des flores normales est importantes

Les flores normales sont souvent présentes dans les échantillons, en fonction de comment l’échantillon a été collecté

Certaines bactéries peuvent faire partie des flores normales et ne pas être prises en compte comme pathogènes.

Certains bactéries ne sont pas sensé être à l’endroit de la collecte, ce qui signifie qu’elle est probablement pathogène.

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12
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez des m-o de la flore normale pour :
1. Flore cutanée
2. Flore digestive

A
  1. Staphylocoques, micrococcus, …
  2. Entérobactéries, enterococcus
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13
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Qu’est-ce que la sérologie?

A

La détection d’anticorps dans le corps d’une personne.

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14
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Quels anticorps pourraient être retrouvés par la sérologie et que réflètent-ils?

A
  • IgM réflètent une exposition récente (détectable de façon transitoire)
  • IgG réflètent une exposition moins récentes (>2 à 4 semaines)
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15
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Quelles sont les utilités médicales de la sérologie?

A

Permettent le diagnostic de certaines infections difficilement détectables par cutlure ou autres modalités

Permettent de mesurer la réponse vaccinale

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16
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez 1 exemple d’infection pouvant être détecté par sérologie pour chacune des catégories
1. Virus
2. Bactéries
3. Mycologie
4. Parasites

A

Virus : VIH, hépatites, EBC, CMV
Bactéries : syphilis, maladie de lyme, leptospirose, …
Mycologie : aspergillus, coccidioïdomycose
Parasites : toxoplasmose, cysticercose, tichinellose

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17
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Que permettent de faire les tests antigéniques rapides?

A

Détecter un antigène d’intéret et sa présence active ou très récente

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18
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez le fonctionnement des test antigéniques rapides

A
  1. L’échantillon est déposé sur la bandelette
  2. Des anticorps couplés avec un tag migrent capillairement avec l’écantillon
  3. Une ligne de test contenant des anticorps primaire permet la liaison des anticorps seulement s’ils sont liés avec l’antigène de la maladie
  4. Une ligne contrôle permet de s’assurer que les anticorps avec tag ont bien migré
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19
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez les 8 étapes du cheminement habituel d’un spécimen au labo de microbiologie

A
  1. Réception
  2. Examen direct
  3. Ensemencement + incubation
  4. Postes de travail de lecture
  5. Évaluation des géloses et repiquage des pathogènes potentiels
  6. Identification d’un isolat
  7. Antibiogramme
  8. Validation et sortie du rapport
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20
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez les cinq principales techniques d’identification bactérienne

A
  1. Tests biochimiques conventionnels
  2. Tests biochimiques en micropuits
  3. Automates d’identification biochimique
  4. Maldi-tof MS
  5. Techniques de biologie moléculaire
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21
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

A
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22
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez les avantages et inconvénients des tests biochimiques conventionnels?

A

Avantages :
* Tests rapides pour germes dont indentificaiton sommaire à l’espèce est validée (ex. E.coli)
* Utiles pour diriger utilisation d’autres méthodes

Inconvénients :
* Très lent, limité, manque important de discrimination, temps technique important, prend de l’espèce, coût élevé

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23
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez les avantages et inconvénients des tests biochimiques en micro-puits (API, …)

A

Avantages: facile, peu de temps, entreposage prolongé, bon taux d’identification pour souches courantes

Inconvénients : lents, manque de discrimination, banque limité pour fastidieux/plus rares, erreurs d’identification fréquentes

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24
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez des exemples d’automates d’identification biochimique

A

Vitek2 et BD pheonix

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25
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Avantages et inconvénients des automates?

A

Avantages : facile à utiliser, peu de temps technique, taux d’identification excellent pour souches habituelles, assez bon pour souches plus rare

Inconvénients: incubation de 16 à 24h, souches fastidieuses encore difficile à identifier

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26
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Avantages et inconvénients du MALDI-TOF

A

Avantages : rapide, coût minime par isolat, pas besoin d’orientation préalable, reproductible et précis, …

Inconvénients : dispendieux à l’achat, entretien et calibration rigoureuse, perte d’expertise, plan de contingence complexe

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27
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Qu’est-ce que le TAAN et nommez des exemples de TAAN.

A

Test d’amplification des acides nucléiques
* PCR
* NASBA, TMA, SDA, …

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28
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Quels sont les avantages et inconvénients des TAAN?

A

Avantages : très sensibles, spécifiques, rapide, flexible, détecter des microorganismes non cultivables, plusieurs cibles à la fois
Inconvénients : cher, risque de contaminaiton, trop sensible (m-o morts?), personnel qualifié, …

29
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Nommez les cinq méthodes antibiogrammes existantes

A
  1. Diffusion en disques (kirby-bauer)
  2. Microdilution en bouillons ou agar
  3. Épsilométrie (E-test)
  4. Automates
  5. Techniques de biologie moléculaire de détection de gènes de résistance
30
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez le principe de la diffusion en disque

A

Plusieurs disques sont placé sur un pétri inoculé du microorganismes

Les disques contiennent un antibotique spécifique

Les zones autour déterminent si la bactérie est résistante ou non

31
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez le principe de la microdilution en bouillon ou agar

A

Des dilutions progressives d’antibiotiques dans un volume standardisé de bouillon sont effectués

Inoculation par une quantité standardisée de la souche bactérienne

Lecture de concentration minimale inhibitrice (premier puit ou la croissance est inhibée)

32
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez le principe de l’epsilométrie

A

Même principe que diffusion en disque mais avec une bandelette avec concentratino croissante

33
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez les principes des automates AST

A

Microdilution en bouillon sur micropuits mais complètement automatisés

Algorithmes de phénotypes de résistance connus et intuitifs

34
Q

Diagnostic de laboratoire en microbiologie

Expliquez l’utilisation des techniques de bio mol pour les antibiogramme

A

N’est pas vraiment un antibiogramme
Permet de dépister la présence de gènes de résistance connus

35
Q

Les virus

Qu’est-ce qu’un virus?

A

Un parasite obligatoire intracellulaire qui dépend de la machinerie biochimique de son hôte pour se répliquer.

36
Q

Les virus

Expliquez la structure et la composition des virus

A

Un virus est composé au minimum d’un acide nucléique et d’une capside.

L’acide nucléique est soit un ARN ou un ADN, sb ou db.

La capside est une structure protéiques protectrice de l’acide nucléique.

Certains virus sont enveloppés d’une membrane de lipides, protéines et glycoprotéines.

37
Q

Les virus

Vrai ou faux, les virus enveloppés sont plus résistant que les virus non-enveloppé grâce à leur enveloppe de lipide, protéines et glycoprotéines.

A

Faux, ils sont généralement moins résistant puisque les composantes de l’enveloppe sont plus susceptible d’être affecté par les conditions extérieures.

38
Q

Les virus

Quelles sont les principales “conformations” de capside des virus?

A

Symétrique : icosahédrique ou hélicoïdal
Asymétrique : complexe

39
Q

Les virus

Expliquez la classification des virus à ADN.

A
40
Q

Les virus

Expliquez la classification des virus à ARN.

A
41
Q

Les virus

Quelles sont les 8 étapes des cycles de réplication viral

A
  1. Reconaissance de la cellule cible
  2. Attachement
  3. Entrée dans la cellule à travers la membrane plasmique
  4. Décapsidation
  5. Synthèse de la macromolécule
  6. Assemblage du virus
  7. Bourgeonnement des virus enveloppés
  8. Relâchement du virus hors de la cellule
42
Q

Les virus

Comment les virus effectuent la reconaissance et l’attachement à leur cellule cible?

A

Protéines d’attachement virales ou autres structures se lient à des récepteurs de la cellule hôte.

43
Q

Les virus

Expliquez l’étape d’entrée dans la cellule pour les virus enveloppés et non enveloppés.

A
  • Enveloppés : fusion des membranes du virus avec cellule cible, nucléocapside et génome viral relâché dans le cytoplasme
  • Non enveloppé : principalement endocytose médiée par un récepteur
44
Q

Les virus

Que se passe-t-il lors de la décapsidation?

A

Le virus doit arriver à son site de réplication (ADN souvent au noyau, ARN habituellement au cytoplasme) et se défait de sa capside.

45
Q

Les virus

Quels sont les éléments importants de la synthèse de la macromolécule des virus?

A
  1. Machinerie cellulaire pour transcription de l’ARNm : noyau de la cellule
  2. Plupart des virus ADN utilsient ARN pol ADN dépendante 2
  3. Virus ARN encodent eux-même les enzymes de transcription et réplication
46
Q

Les virus

Nommez les différents mécanismes de transmission des virus

A
  • Aérosols
  • Ingestion nourriture et eau contaminée
  • Fomites
  • Sécrétions
  • Contact sexuel
  • Sang
  • Zoonose
  • Transmission verticale
47
Q

Les virus

Quel est le principal déterminant structural du mode de transmission virale

A

La présence d’une enveloppe; enveloppés doivent généralement être dans un fluide pour survivre, les virus non enveloppés peuvent survivre à l’acidité de l’estomac et l’effet des détergent (souvent fécale orale)

48
Q

Les virus

Pourquoi est-il difficile d’inhiber la réplication virale

A

Pcq les virus utilise la machinerie de la cellule hôte : c’Est difficile de traiter un virus sans engendrer une toxicité chez l’hôte

49
Q

Les virus

Nommez les différentes étapes cibles des antiviraux

A
  • Inhibber l’attachement du virus (anticorps neutralisants)
  • Inhiber l’entrée dans la cellule, et la décapsidation
  • Inhiber l’Assemblage du virus et son relâchement
50
Q

SRAS et autres virus émergents

Quel est le principal moteur d’augmentation des maladies infectieuses émergentes?

A

L’activité humaine

51
Q

SRAS et autres virus émergents

Par quoi peuvent être causés les MIE?

A
  • Microbe nouvellement identifiés
  • Évolution d’un pathogène connu
  • Propagation d’une maladie existante à une nouvelle population de région différente
52
Q

SRAS et autres virus émergents

Expliquez des causes de l’augmentation des MIE

A
  • Certaines maladies peuvent apparaître dans des zones en cours de transformation écologique
  • Résurgence (ré-émergence)
  • Infections nosocomiales (résistance antibiotique)
  • Zoonoses
53
Q

SRAS et autres virus émergents

Par quoi est causé le Mpox?

A

Un orthopoxvirus

54
Q

SRAS et autres virus émergents

Nommez des manifestations cliniques du Mpox

A

Éruptions cutanées/lésions des muqueuses
Fièvre, céphalées, myalgies
Douleurs dorsales
Asthénie

55
Q

SRAS et autres virus émergents

Comment se transmet le Mpox?

A

Par contact étroit avec une personne ou un animal infecté, ou par des matériaux contaminés

56
Q

SRAS et autres virus émergents

Comment est effectué le diagnostique en laboratoire du Mpox?

A

Par écouvillonnage des lésions cutanées et PCR, et par sérologie

57
Q

SRAS et autres virus émergents

Existe-t-il un vaccin pour le mpox?

A

Oui, un vaccin vivant atténué non réplicatif.

58
Q

SRAS et autres virus émergents

De quel m-o provient l’Ebola?

A

Les ébolavirus, virus ARN non segmenté de polarité négative

59
Q

SRAS et autres virus émergents

Manifestations cliniques de l’ebola?

A

Fièvre, diarrhée, céphalée, myagie
Éruptions cutanées et saignements
Avortement de foetus et saignements abondants
Mort chez 50 à 100% à cause d’un choc hypovolémique et défaillance multi systémique des organes

60
Q

SRAS et autres virus émergents

Comment se transmet l’ebola?

A

Par contact avec du sang, des liquides organiques ou des organes infectés

61
Q

SRAS et autres virus émergents

Comment l’ebola est-il diagnostiqué en laboratoire?

A
  • RT-PCR
  • Sérologie
  • Microneutralisation
  • Isolement sur culture cellulaire (en NC4)
62
Q

SRAS et autres virus émergents

Quels sont les traitements pour l’ebola?

A
  • Isoler les personnes atteintes et donner des soins de soutien
  • Anticorps monoclonaux permet une protection à 100% des primates non humains quand commencé 5 jours après l’exposition
63
Q

SRAS et autres virus émergents

Existe-t-il un vaccin pour l’ebola?

A

Oui, un vaccin viral recombinant vivant atténué (glycoprotéine de surface de l’ebola du Zaïre seulement)

64
Q

SRAS et autres virus émergents

Qui sont les personnes exposés à un risque d’infection et de maladie grave à covid-19?

A

Toutes les personnes de tous ages, mais principalement les >60 ans et les patients ayant comorbidités médicales sous=jacentes

65
Q

SRAS et autres virus émergents

Quel est le danger dans la réponse immunitaire face à la Covid-19?

A

Le système immunitaire est suractivé et entraîne une tempête de cytokines qui cause une réponse inflammatoire locale et systémique.

66
Q

SRAS et autres virus émergents

Quels sont les manifestations cliniques de COVID-19?

A

Symptomes de grippe
perte d’odorat ou du gout

67
Q

L’influenza

Expliquez le cycle réplicatif de l’influenza

A
  1. Liaison à la cellule avec hemagluttinine à acide sialique
  2. Endocytose
  3. Décapsidation et entrée de l’ARN viral dans le noyau
  4. Synthèse des ARNm et réplication dans le noyau
  5. Sortie de l’ARNm et assemblage
  6. Sortie par neuraminidase
68
Q

Chez qui la Chlamydia est-elle plus fréquentes (sexe et groupe d’âge)

A

59% des cas sont chez les femmes, 10x plus de cas chez 15-24 ans que les autres groupes d’âges

69
Q
A

Maladies infectieuses (2 decks)

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