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Biologie moléculaire > Examen 1 > Flashcards

Examen 1 Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’un vecteur d’expression?

A

Vecteur avec un promoteur (région) qui permet l’insertion d’une séquence codante d’un gène (morceau d’ADN) entre les signaux indispensables à son expression

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Q

Est-ce que l’ARN polymérase lit les 2 brins durant la transcription ?

A

Non, juste un brin pour faire la séquence d’ARNm (brin matrice)

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3
Q

Qu’est-ce qu’on fait pour multiplier seulement la bactérie qui a notre plasmide ?

A

Insertion d’un marqueur de sélection, soit un antibiotique (ampiciline & tétracycline), dans le plasmide - donc si la bactérie à le gène de résistance à l’antibiotique, elle va survivre et se multiplier

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4
Q

Comment on fait pour empêcher la recircularisation du plasmide après l’avoir coupé ?

A

En utilisant 2 enzymes de restriction différentes pour chaque bout - en plus notre ADN va s’insérer dans le plasmide dans le bon sens

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5
Q

Est-ce que l’origine de réplication est essentielle à la réplication d’un plasmide ?

A

Oui

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6
Q

Qu’est-ce que produite le gène Lac-Z?

A

De la B-galactosidase (qui coupe le lactose en galactose et glucose

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7
Q

Qu’est-ce qu’on fait pour savoir qu’on multiplie les bactéries qui ont insérées le plasmide d’intérêt dans le bon sens (notre ADN) ? - pour ADN couper avec une seule enzyme de restriction

A

On insert un gène de résistance à l’ampicilline dans le plasmide > quand les bact vont être en contact avec l’antibio > seules celles avec notre plasmide vont rester et se multiplier
*s’assurer que le plasmide est dans le bon sens

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8
Q

Qu’est-ce qu’on fait pour savoir qu’on multiplie les «bonnes» bactéries qui ont insérées le plasmide d’intérêt (notre ADN) ?

A

On met du X-gal en contact avec les bact

  • Vu que l’insertion de notre ADN dans le plasmide va déplacer le cadre de lecture > le gène Lac-Z ne pourra plus coder l’enzyme = bact ne produit plus de B-gal = n’est plus capable de briser le lactose (ou X-gal)
  • Colonies qui seront bleues = plasmide s’est recircularisée et n’a pas insérée l’ADN
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9
Q

Qu’est-ce qu’une mutation constitutive?

A

Qui induit une transcription constante du gène (inactive l’opérateur ou le répresseur)

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10
Q

À quoi sert la méthylation ?

A

À protéger la bactérie (ADN) contre la coupure par ses propres enzymes de restriction

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11
Q

Qu’est-ce qu’une bande d’ADN complémentaire ?

A

Tout les gènes codant du génome

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12
Q

Qu’est-ce qu’une séquence Shine-Dalgarno?

A

Site de fixation du ribosome est une séquence de nucléotides présente sur les ARNm des bactéries, en amont du codon d’initiation

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13
Q

Qu’est-ce qu’un télomère ?

A

Un chaine de nucléotide de grande reproduction qui empêche les exonucléases/Dnase de raccourcirent nos chromosomes
+ aidé de télomérases
**seul place dans la cellule ou qu’il y a des extrémités de libres

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14
Q

Qu’est-ce qu’un promotteur?

A

Site où l’ARNpoly est capable de s’accrocher pour faire de la transcription

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15
Q

Qu’est-ce qu’un promoteur?

A

Site où l’ARNpoly est capable de s’accrocher pour faire de la transcription

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16
Q

Est-ce que l’ARN polymérase de eucaryote et d’un procaryote reconnaissent les mêmes séquences (du promoteur) ?

A

Non, pas nécessairement

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17
Q

Comment fait-on pour que le plasmide soit reconnu par les ARNpoly et ADNpoly (qu’on le multiplie dans la bact et le remette dans l’hôte) ?

A

Il doit avoir des structures reconnues par les procaryotes ET eucaryotes
Ex: l’origine de réplication

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18
Q

Comment coupe les enzymes de restriction ?

A

En palyndrome

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19
Q

Est-ce que l’ARN polymérase lit les deux brins d’ADN ?

A

Non, lit le brin que lui indique le promoteur

Promoteur pas placé de la même façon sur toutes les séquence d’ADN (ne lie pas toujours le même brin)

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20
Q

Quel est l’inconvénient de seulement prendre une seule enzyme de restriction ? et qu’est-ce qui se passe si l’on ajoute une ligase ?

A

50 % des chances que notre morceau d’ADN soit dans le bon sens (l’autre 50% = dans l’anti-sens - ne sert à rien)
- Le plasmide va se recirculariser

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21
Q

Est-ce que toutes les bactéries auront incorporée un plasmide (avant l’amplification) ?

A

Non, on doit utilisé des marqueurs (ex: ampiciline // résistance à des antibiotiques)

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22
Q

Qu’est-ce que la transfection ?

A

Mettre ADN dans une cellule d’ADN (perméabilisation de la membrane pour aider)

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23
Q

Qu’est-ce qu’une bactérie compétente ?

A

Qui est prêt à accueillir le plasmide - sensibilisation de sa membrane au Ca2+ > mise sur glace (choc thermique) + chauffage (42°) = Ca2+ sort de la cell et plasmides entrent - membrane redevient normale

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24
Q

Conséquence de mettre trop (+ qu’un) plasmide dans une bactérie

A

Bactérie produit trop d’ARNm ce qui devient toxique pour elle = mort

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25
Q

Combien de plasmide entre dans une bactérie lors d’une transformation

A

une seule fois

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26
Q

Quand est-ce qu’on peut mettre une grande qte de plasmides dans une cellule ?

A

Quand on veut seulement stocker le plasmide et non l’amplifier

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27
Q

Aujourd’hui est-ce qu’on travaille avec les gradient de césium et le bromure ?

A

Non

Maintenant = technologie d’ADN recombinant

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28
Q

Quels marqueurs de sélection utilise-t-on pour sélectionner les «bonnes» bactéries ?

A

Tétracycline et ampiciline (juste pour bactéries)

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29
Q

Qu’est-ce que le site de clonage multiple ?

A

Juste cette partie qui fait le clonage (c’est pas les sites des enzymes de restrictions qui vont déterminer où est le clonage)

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30
Q

Quel est l’utilité de LacZ dans un plasmide ?

A

Marqueur de sélection - gène qui permet la production de B-galactosidase

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31
Q

S’il y a production de B-galactosidase, est-ce que l’insertion de notre ADN dans le plasmide à fonctionné ?

A

Non, parce que le morceau d’ADN fait «briser» la séquence codante, donc déplacer le cadre de lecture

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32
Q

Si la bactérie est résistante à l’ampicilline, est-ce que la transformation à fonctionné ?

A

Oui, car dans notre insert, il y a un gène de résistance à l’ampicilline

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33
Q

Après l’exposition au X-gal, est-ce qu’on doit travailler avec les colonies de bact blanches ou bleues ?

A

Blanche, parce qu’elles n’ont pas produit de B-gal (cadre de lecture déplacer) pour souper le X-gal (qui est comme le lactose) et qui deviennent bleues
Bleues > bactéries se sont recircularisées

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34
Q

Est-ce qu’on a besoin de mettre le plasmide dans le bon sens - utiliser plusieurs enzymes de restriction - si c’est seulement pour transporter notre ADN dans le plasmide ?

A

Non, parce que ça nous sert seulement d’intermédiaire - on va ressortir notre ADN de là après

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35
Q

Quel est l’impact de l’utilisation de deux enzymes de restriction ?

A

Le plasmide ne peut pas se refermer sur lui-même
L’insert va être dans le bon sens pour l’amplification
(deux bouts collants différents)

36
Q

Quelle est l’avantage de l’origine de réplication F1 ?

A

Permet d’avoir 1 seule copie de l’ADN à l’intérieur (empêche que ce soit toxique - low copy number)
**Sert à faire la conjugaison (quand la bact copie son ADN et la transfert à une autre)

37
Q

La néomycine fait effet sur les cellules procaryotes ou eucaryotes?

A

Capable de tuer les cellules eucaryotes (pour sélection d’intégration de l’insert -gène de résistance à la néomycine)

38
Q

S’il n’y a pas de queue poly A à notre ADNm (chez les eucaryotes) quelle est la conséquence ?

A

Il ne se passe rien - ARNm détruit automatiquement (chez les eucaryotes)
Ajour de site de polyadénylation nécessaire (pcq ARNm fait dans procaryotes - qui n’ont pas besoin de queue polyA)

39
Q

Est-ce que tous les ARNm des eucaryotes ont des sites de polyadénylation?

A

Oui

40
Q

Qu’est-ce que le Pcmv ?

A

Promoteur du cytomégalovirus capable d’infecter des cellules eucaryotes - retrouvé dans presque tous les plasmides
* Le plus utilisé

41
Q

Où est le site de clônage multiple ?

A

Après un promoteur fort (comme Pcmv) et avant un site de polyadénylation (comme BGH pA)

42
Q

Nommez un promoteur procaryote

A

T7

43
Q

Comment fait-on pour savoir où notre protéine va être fluo dans un animal transgénique ?

A

On incorpore des insert dans des molé où le promoteur est actif à une seule place dans l’organisme (ex: insuline seulement exprimé dans le pancréas)

44
Q

Que veut dire TOPO dans un plasmide ?

A

Topoisomérase (protéine accroché sur l’ADN qui désenroule l’ADN) - attend la séquence complémentaire pour faire la connexion
**Remplace la ligase

45
Q

Que veut dire CT-GFP dans un nom de plamide ?

A

Que la molécule fluorescente se trouve en C terminal

46
Q

Pourquoi mettre de l’His 6 et V5 epitope ?

A

Parce que 6 histidines dans une protéine ça n’existe pas - dons ça identifie notre prot dans la cellule (agit comme un drapeau
On retrouve l’épitote V5 nulle part

47
Q

Comment on fait pour trier les protéines et avoir seulement celle d’intérêt?

A

On passe les fragments de la lyse de la bactérie dans un tube d’Ac (spécifique aux drapeaux > comme His 6// et créer par les lymphocytes de l’animal auquel on a injecté les Ag de la bact) qui vont «attraper» les protéines d’intérêt

48
Q

Si on utilise une seule enzyme de restriction, qu’est-ce qu’on fait pour empêcher la recircularisation du plasmide ?

A

On utilise la phosphatase alcaline (combiné à l’enz -ex: EcoRI) qui enlève les phosphates des bouts du plasmide = ne peut plus former de liens phosphodiester = peut seulement se recirculariser avec notre morceau d’ADN qui a encore ses phosphates

49
Q

Nommez 2 méthodes pour empêcher la recircularisation

A
  • Utiliser 2 enzymes de restriction

- Faire de la déphosphorylation (phosphatase alcaline)

50
Q

Qu’est-ce qu’une banque d’ADN complémentaire ?

A

L’ensemble du génome codant (extrait de la bact par les ARNm)

51
Q

À quoi sert la méthylation (sur A et C) chez la bactérie ?

A

Protéger son génome contre la coupure par ses propres enzymes de restriction

52
Q

Quel est l’utilité d’un fosmide ?

A

Prendre l’ori de réplication F1 - du chromosome sexuel - Assure qu’on ait juste une copie de notre plasmide
**plasmide + site cos

53
Q

Quel est le vecteur de clonage le plus utilisé ?

A

Les plasmides (ex: plasmide F - permet clonage grosse molécule - principe de conjugaison)

54
Q

Les plasmides sont inutilisables si insert plus grand que…

A

20 kb (perte spontanée des inserts)

55
Q

Qu’est-ce que pUC ?

A

Gène de la B-galactosidase + si de clonage multiple (polylinker)
*sélection bleu/blanc

56
Q

Nommez une méthode de transfert de l’ADN facile

A

Phage lambda

57
Q

Si un phage est en contact avec une bactérie, est-ce qu’elle sera automatiquement infectée ?

A

OUI

58
Q

Comment on injecte notre plasmide dans une bactérie à l’aide d’un virus ?

A

On modifie l’ADN du virus, qui pense qu’il injecte son génome - qui va injecter notre plasmide dans la bactérie -

59
Q

Qu’est-ce que l’excision du virus ?

A

On coupe la partie centrale (15 kb) du génome du virus avec des enzymes de restriction - obtention de 2 bras à chq extrémité de l’insert (de 15kb)

60
Q

Qu’est-ce qu’on voit sur un pétri de bactéries infectées par nos virus ?

A

Plage de lyse sur le tapis bactérien - qui sont des bactéries tuées par les virus, donc où il y a l’ADN qu’on veut

61
Q

Comment fait-on pour insérer notre ADN dans le phage ?

A

On coupe en petits morceaux l’ADN génomique avant de l’inséré dans le virus (doit être de 15 kb) - encapsidation dans des phage
*électrophorèse - digestion partielle (on va avoir tout le génome)

62
Q

Qu’est-ce que fait Sau3A ?

A

Enzyme qui coupe à 4 nucléotides notre génome (plus de chance qu’on retrouve cette séquence la dans le génome)

63
Q

Qu’est-ce que BamHI ?

A

Se lie avec les fragments de 15 kb d’ADN - Bouts collants

64
Q

Que fait la digestion partielle ?

A

Enzyme de restriction n’a pas les conditions optimales pour travailler = pas tous les sites qui pourraient être coupés le sont = coupe aléatoire (pas le temps de digéré au complet) = on a toute les longueurs possible qui ont tout notre génome
*électrophorèse = coupe le gel pour 15 kb

65
Q

Qu’est-ce qu’un cosmide ?

A

Plasmide avec sites cos qui permet encapsidation (+ facile)

  • Bras des phages enlevés = pas de multiplication
  • Pour les gros génomes (45kb)
66
Q

Qu’est-ce qu’un site cos ?

A

Site de liaison dans la tête de phage pour l’insertion de l’ADN dans le phage

  • On met des phages «vides» avec notre concatémères (ils prennent un morceau de notre ADN)
  • Les bras sont différents
67
Q

Quelle est la différence entre un fosmide et un cosmide ?

A

Fosmides : pour avoir juste un copie (ADN génomique > on veut pas avoir plusieurs copie du même petit bout)
- Plage de lyse - Reste les 2 bras du génome du virus
- 15 kb + oriF1 - conjugaison
Cosmides : permet empaqueter virus + mettre ADN dedans
- Colonies de bact - on enlève les bras du génome du virus
- 45 kB = - de colonies

68
Q

Que fait la transcriptase inverse ?

A

Permet de mettre l’ARNm en ADN (complémentaire)

  • Isoler ARNm des cell cancéreuses
  • Besoin d’une amorce (d’ARN)
  • queue poly A des ARNm vont se fixer après les bouts poly T (amorce pour TI) qu’on a mis dans une cell
  • ADN pol 1 complète l’autre birn
69
Q

La transcription des gènes de structure de l’opéron Lac a lieu quand:

a) Quand glucose est absent mais abondance de lactose
b) Quand glu et lac sont présents en grandes qte
c) Quand glu est présent mais en abs de lact
d) Quand ni glu ni lac ne sont disponible
e) Dans aucun cas

A

a)

70
Q

Toutes les affirmations ci-dessous, concernant les banques d’ADN génomique de phage lambda et d’ADN génomique cosmidiques sont fausses, sauf :
a) banque cosmidique contient de plus petits inserts
b)résultante pour une banque de phage est la présence de clones se forme de colonies
c) Sites cos ne sont présents qu’au niveau du cosmide
Concatémères sont plus grands avec une banque cosmidique
d) Infection de bactéries dans les deux cas

A

d) Infection de bactéries dans les deux cas

71
Q

Lors de la régulation de l’expression d’un gène le répresseur peut :

a) altérer la conformation de l’ARN poly
b) se lier à l’ARN poly
c) se lier à l’ARN nouvellement synthétisé
d) disloque l’ARN poly en ses sous-u
e) prévenir la transcription de l’ARNm

A

e) prévenir la transcription de l’ARNm

72
Q

Une molécule d’ADN linéaire possède 4 sites cibles pour l’enzyme de restriction HaeIII. Combien de fragment peut être produit après une digestion complète avec cet enzyme ?

A

5 morceaux

73
Q

Une molécule d’ADN linéaire possède 3 sites cibles pour l’enzyme de restriction Hind III. Quel est le nb max de fragments qui peuvent être produit si un échantillon de cette molécule d’ADN est digéré partiellement avec cette enz ?

A

10 fragments

74
Q

L’épissage des introns se fait:

a) toujours à l’intérieur des splicéosomes
b) dans le ribo
c) par les facteurs de transcription
d) à l’aide de la phosphatase alcaline
e) à l’aide d’une intronase
f) aucune de ses réponses

A

f)

*pourrait être a) - mais il y a les ribozymes

75
Q

La position de flottement wobble sur l’anticodon de l’ARNt:

a) permet la reconnaissance de plusieurs codons différents
b) sert à la reconnaissance de la terminaison de la transcription
c) augmente les risques de mutations
d) sert d’alignement de l’ARNm sur le ribo
e) aucune de ces réponses

A

a) permet la reconnaissance de plusieurs codons différents

76
Q

(v/f)

Dans un simple brin d’ADN, il est possible que le nombre d’A soit supérieur au nb de T

A

V

77
Q

(v/f)
La perte de l’activité exonucléasique 3’-5’ de l’ADN poly d’E,coli doit ralentir le taux de synthèse de l’ADN sans toutefois affecter sa fidélité.

A

(plus de correction d’épreuve)
= affecte sa fidélité
FAUX

78
Q

(v/f)

La synthèse de l’ADN s’effectue dans le sens 5’-3’ sur la chaîne précoce comme pour la chaîne tardive

A

VRAI

79
Q

(v/f)
L’un des plus grand avantage d’une banque d’ADNc comparée à une banque génomique c’est qu’elle contient seulement la séquence codante complète des gènes

A

VRAI

80
Q

(v/f)

Une bactérie auxotrophe peut croître/se diviser dans un milieu minimum

A

Faux, auxotrophe = mutant = besoin de certains nutriments spécifique dans le milieu pour croitre
2 auxotrophes complémentaire peuvent se conjuguer et faire des colonies prototrophes *contact physique nécessaire (type sauvage)

81
Q

Est-ce que la participation des deux bactéries est égal lors de la conjugaison ?

A

Non, le donneur transfert du génome au receveur

*très différent des eucaryotes

82
Q

(v/f)

Un plasmide est essentiel à la vie d’une bactérie (qui est dans son milieu normal)

A

Faux, les génes nécessaire à sa survie son dans le chromosome
Plasmide = capable de se répliquer dans le cytoplasme indépendamment du chromo
*gène de résistance - pour milieu spécifique

83
Q

Qu’est-ce qui arrive s’il n’y a pas de recombinaison des ADN transférés lors de la conjugaison ?

A

Ils seront perdus au cours de la prochaine division cellulaire

84
Q

Est-ce que tous les receveurs F- d’une bact Hfr ou F+ seront convertis en F+ (Hfr) ?

A

Non, le facteur sexuel est le dernier élément transmis & processus de transmission généralement interrompu avant d’y parvenir

85
Q

Qu’est-ce qu’un lysogène ?

A

Une bactérie qui contient un phage au repos

86
Q

Qu’est-ce qu’un prophage ?

A

Un phage intégré dans le génome bactérien

87
Q

Est-ce qu’il y a un des 4 processus d’intégration d’ADN, un génome bactérien complet est transféré d’une cellule à l’autre ?

A

Non

Biologie moléculaire (2 decks)

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