Exam final 2 Flashcards
Nomme des Niveaux d’organisation écologique des communautés microbiennes
Population
Guilde
Communauté microbienne
Assemblage microbien
Écosystème
La définition de diversité microbienne
- Quantité de variation génétique, morphologique ou de différences fonctionnelles dans les populations microbiennes occupant un
environnement donné
La diversité microbienne peut être…
- Phylogénétique
- Taxonomique
- Fonctionnel
C’est quoi une « espèce » ?bactérienne
->catégorie vient délimiter un groupe génomiquement cohérent de souches individuels partageant de grandes similitudes dans plusieurs caractéristiques indépendantes et testés dans des conditions hautement normalisées
Qu’est-ce que le TLG
transfert latéral de gènes
Le transfert latéral de gènes (TLG) et la recombinaison homologue ensemble
peuvent produire….
des organismes appartenant effectivement à plusieurs
espèces à la fois.
Comment le TLG se produit ?
Par l’un des trois mécanismes de reproduction :
-Conjugaison
-Transduction
-Transformation
Comment se produit une recombinaison homologue ?
-Une recombinaison homologue peut se produire entre un segment introduit
par TLG et la région correspondante de la souche donneuse.
- Produit ainsi un échange de matériel entre deux souches
bactériennes
Qu’est-ce que le modèle d’écotype ?
->s’applique aux organismes sans
recombinaison génétique
significative, les mutations favorables passent à la fixation
-> la diversité est réduite à zéro à tous les portions de gène spécifique
->Les bactéries qui passent le filtre vont emporter leur gène dans lequel la mutationn est produite pour la première fois (mutations favorables)
->Si les cones n’ont pas toutes les mutations favorables à l’espèce, ils vont être éliminé à profis des espèces performantes
->Mutations neutres = défavorables
Qu’est-ce que le modèle d’espèces biologiques ?
-ce sont les mutations
favorables individuelles qui sont fixées, car la recombinaison les sépare des allèles à d’autres loci (gène) du génome dans lesquels elles se sont produites pour la première fois
- favorise la cohérence génomique au sein des populations et la divergence
entre les populations
Qu’est-ce que la régularité des espèces
L’équitabilité de l’abondance des espèces dans un échantillon
Le rôle de la micro-biosphère rare
-contribue à une banque de graines
microbiennes persistantes, diminuant l’influence de l’extinction et de l’immigration microbiennes locales
-fournit un large réservoir de fonctions écologiques et de résilience
Comment des nouveaux membres de la biosphère rare peuvent être étudié ?
par la culture, l’extraction phylogénétique ciblée et la
génomique unicellulaire.
Est-ce au nord ou au sud que l’on retrouve une plus faible diversité microbienne ?
Au nord = moins de diversité
Vrai ou Faux
L’activité humaine diminue la diversité microbienne ?
Vrai
Quelles sont les variables qui ont une relation avec l’abondance et la diversité ?
-Température et le pH
-Pas gradient environnementaux avec le sol
Qu’est-ce que la Résistance
capacité d’une communauté à maintenir les structures et les fonctions de son état de référence
Qu’est-ce que la Résilience
capacité d’une communauté à retrouver les structures et les fonctions de son état de référence après une perturbation
Qu’est-ce qu’on omique
désigne l’entièreté ou la totalité d’une collection d’objets ou de choses
Qu’est-ce que la technologie omique ?
C’est la mise en œuvre d’une ingénierie d’analyse systématique du contenu du vivant à l’échelle moléculaire permettant de prendre en considération et de caractériser
les collections de gènes, protéines, métabolites, etc. de manière simultanée
L’étude du génome offre la possibilité de ….
- Comprendre le potentiel fonctionnel d’un organisme
- Mettre en lumière ses liens phylogénétiques
- Évaluer son hérédité (ex. transfert verticale de gènes)
Qu’est-ce qu’un dogme
Un dogme est une affirmation considérée comme fondamentale
Qu’elle est le dogme central à la biologie moléculaire…
est que l’expression génétique se déroule selon un flux unidirectionnel de l’ADN vers la protéine
Qu’est-ce que la cascade des omiques ?
Lorsque les omiques prennent plusieurs dimensions différentes comme les protéines, l’adn ou métabolistes…
Quelle méthode omique pouvons nous utiliser pour étudier l’expression réelle du génome d’une cellule comme l’information sur son potentiel fonctionnel ?
Métabolome
Qu’est-ce que la métabolomique
Étude des métabolites naturels de
faible poids moléculaire produits par
les interactions entre les microorganismes et d’autres organismes et les stimuli abiotiques
Qu’est-ce que la génomique ?
Étudie le fonctionnement d’un organisme, d’un organe, d’un cancer, etc. à l’échelle du génome, au lieu de se limiter à l’échelle d’un seul gène
Qu’est-ce que la génomique unicellulaire ?
-repose sur de nouvelles
techniques permettant d’isoler une cellule d’un échantillon environnemental et d’en amplifier son
génome pour séquençage futur
Qu’est-ce que la Génomique comparative:
->Études qui comparent les génomes de divers organismes afin d’identifier les similitudes et les différences de leurs gènes
->Cette approche a permis de mettre en évidence les
transferts horizontaux entre certaines bactéries et
archaea extrêmophiles
Nomme différentes connaissances venant de la génomique comparative ..
→ Évidence d’échange/conservation de gènes lors de
l’évolution
→ Mobilité de certaines régions des chromosomes
→ Transfert latéral de gènes
Qu’est-ce que la métagénomique ?
->Étude du contenu génétique collectif d’une communauté de micro-organismes
->Technique basée sur l’analyse de
l’ADN extrait d’échantillons environnementaux
Qu’est-ce que la Transcriptomique
Étude de l’ARN, en particulier de l’ARNm, produit par un micro-organisme donné dans un
ensemble de conditions données
Nomme les étapes de la Transcriptomique
La première étape de la transcriptomique consiste à réaliser une transcription inverse pour produire une molécule d’ADN
complémentaire (ADNc) à l’ARN étudié.
Les techniques d’identification,
d’amplification, de clonage et d’expression sont ensuite identiques
Qu’est-ce que la Métatranscriptomique
Étude de l’ARN produit
par une communauté microbienne
Les défis de la Métatranscriptomique
Nature labile et instable de l’ARNm
Azote liquide ou tampon stabilisant doit être
utilisé dans ~ la minute suivante de la collecte
de l’échantillon
Le transcriptome est formé de fragments d’ARN de
petite taille, très nombreux, et très hétérogènes
L’ARNm est souvent une petite fraction de l’ARN
total
Besoin de pouvoir l’isoler du « background »
d’ARN si on veut identifier la fraction du
génome qui s’exprime
Caractéristiques d’un bon marqueur génétique:
Semblablement aux caractéristiques pour un avoir un bon marqueur de traçage de source
->Ubiquité - le marqueur doit être présent dans la plupart, sinon la totalité, des espèces
->Conservation génétique - la séquence du marqueur doit être suffisamment conservée pour pouvoir être ciblée avec des amorces de PCR
->Variabilité - en combinaison avec la conservation génétique, le marqueur doit également contenir des régions de séquence variables qui permettent la détection de la différenciation entre les espèces, entre les lignées et au sein des population
Qu’est-ce que la Protéomique
Étude des protéines produites par un micro-organisme donné dans un ensemble de conditions donné
Qu’est-ce que la Métaprotéomique
Étude des protéines produites par une communauté microbienne
Pourquoi étudié les protéines ?
- Elles sont les responsables directes d’une vaste quantité de processus microbiens;
- Elles permettent une mesure directe de l’activité microbienne;
- Potentiel d’informer sur le fonctionnement cellulaire et
les mécanismes sous-jacents des cellules lors d’un stimuli.
Vrai ou Faux
Protéome est beaucoup plus variable et complexe que le génome étant donné l’adaptation continuelle de
l’organisme aux conditions environnementales, etc.
Vrai
Qu’est ce que la Métabolomique
->Domaine d’étude de l’expression réelle d’un génome
->Aide à comprendre les interactions entre les organismes et leur environnement
->Aide à voir avec génomique si un certain gène va vraiment être exprimé/mis en fonction
Qu’est-ce que la Bioinformatique
->La bioinformatique est un domaine
interdisciplinaire qui développe des méthodes et des outils logiciels pour comprendre les données biologiques, en particulier lorsque les ensembles de données sont volumineux et complexes
->
Quelles sont les outils que la bioinformatique aident
Comparer, analyser et interpréter les
données génétiques et génomiques
Permet d’analyser et de cataloguer les voies et réseaux biologiques
Facilite la simulation et la modélisation de l’ADN, de l’ARN, des protéines, ainsi que des interactions biomoléculaires.
Nomme des Contrôle de qualité dans la bioinformatique ?
Suppression des séquences de faible qualité
Suppression de séquences trop longues ou trop courtes
Suppression des séquences contenant des homopolymères exceptionnellement longs
(un problème avec certaines plateformes de séquençage)
Découpage de code-barres et de séquences d’amorces
Suppression des séquences contenant des décalages par rapport à leurs séquences de
codes-barres ou d’amorces
Élimination des chimères
Qu’est-ce qu’une chimère ?
ADN chimérique, est une séquence
d’ADN formée à partir de la recombinaison de fragments d’origines diverses
Qu’est-ce que la diversitéalpha, béta et Gamma
Alpha: diversité en espèce dans une même unité
Béta: la quantité de variation en espèces entre deux unités
Delta: La diversité total au sein d’un échantillon
Qu’est-ce qu’une biosphère rare
organisme à faible abondance
Plus de 50% des antibiotiques dérivent de quel organisme ?
Streptomyces spp.
Qu’est-ce que la redondance fonctionnelle
Lorsqu’on retrouve plusieurs fois la même fonction au sein d’individus d’une population
Est-ce que si l’on augmente la diversité, il va y avoir plus de fonctions qui vont être créé ?
Non, puisqu’à faible diversité génétique, on retrouve beaucoup de spécialisation car chacun doit se spécialiser alors que si on augmente la diversité génétique, il y a redondance parce que nous pouvons se permettre cela.
Quel type d’information on obtient au niveau de l’ADN
De l’info taxonomique
Lors de la transcription de L’ADN vers l’ARN quel type d’info on obtient ?
Info sur des processus intermédiaire
Que se passe-t-il lors de la traduction de l’ARN
Production de molécules de protéines
Vrai ou Faux
Les omiques peuvent avoir plusieurs dimensions comme les protéines ou métabolites ?
Vrai
Quels sont les métabolites couramment étudiés ?
Les acides organiques et les acides aminés
Que veut dire endométabolome et exométabolome ?
Des métabolites intra et extracellulaire
*exométabolome est utilisé en bioingénérie pour la synthèse de composés d’intérêt
