Exam 2 Flashcards
Décrire les critères généraux utilisés pour classer les virus à ARN
-Les virus à ARN infectent plusieurs espèces de plantes et moins d’espèces de bactéries
-Morphologiquement diversifié
-Les virus à ARN les plus grands sont beaucoup plus
petits que le plus grand virus à ADN
Comprendre le système de classification des virus “Baltimore”
- Le système de classification Baltimore met en évidence la relation obligatoire entre le génome viral et son ARNm et décrit les voies de formation de l’ARNm qui doivent être suivies par les virus
- En connaissant la nature du génome viral, on peut déduire les étapes de base qui doivent avoir lieu pour produire l’ARNm
Décrire les cycles de réplication suivants de façon générale:
Les virus à ARN db
Les virus à ARN sb+
Les virus à ARN sb+, avec un intermédiaire ADN
Les virus à ARN sb-
Les virus à ARN db
- Bien que les virus à l’ARNdb contiennent un brin +, ils ne peuvent PAS ÊTRE TRADUITS dans sa forme DUPLEX
- Le BRIN - du duplex est copié en un ARNm par la RdRp virale pour produire les protéines virales
- L’ARNm nouvellement synthétisé est encapsidé puis copié pour produire l’ARNdb
Les virus à ARN sb+ -Le génome peut être traduit directement en protéine par les ribosomes de l'hôte Le brin + est copié en un brin - de pleine longueur -Dans certains cas, un ARNm sous génomique est produit Les virus à ARN sb+, avec un intermédiaire ADN Le génome est converti en un ADN double brin intermédiaire par une ADN polymérase ARN dépendante (transcriptase inverse) («reverse transcriptase»(RT)) Les virus à ARN sb- - Les virions contiennent une RdRp
- Les génomes brins - ne peuvent pas être traduits directement en protéines, mais doivent d’abord être copiés en brin + par la RdRp
- L’ARNm est traduit en protéines virales, et copié pour produire les génomes -
Quelle est la différence fondamentale entre les virus à ARN et à ADN?
Les génomes à ARN viraux doivent coder pour une
polymérase d’acide nucléique pour la réplication de leur génome et la synthèse de leurs ARNm
Décrire les caractéristiques générales de la particule et du génome des picornavirus
PARTICULE
- Pas d’enveloppe
- ARNsb +
- La capside ICOSAÉDRIQUE est composé de protomères, chacun composé de quatre protéines: VP1, VP2, VP3 et VP4
- VP1, VP2 et VP3 => facilitent l’emballage +dureté de la coquille
- VP4 => Stabilisation de la capside.
GÉNOME
- Entre 7000 à 8800 nt et ont une organisation commune
- Présence de VPg, une protéine qui est liée de manière covalente à l’extrémité 5’
- Région non codante 5’ est très structurée et contient des régions qui contrôlent la réplication du génome et la traduction
- L’extrémité 3’ est structurée et impliquée dans le contrôle de la synthèse de l’ARN
Décrire comment les picornavirus s’attachent et entrent dans une cellule
ATTACHE
-Fixation à un récepteur de la m. plasmique.
-Les différentes molécules de surface cellulaires servent
comme des récepteurs pour différents picornavirus
(PV= Ig-like / FMDV= Intégrine)
-L’architecture de surface variable des picornavirus détermine les modes d’interactions avec les récepteurs des cellules
ENTRÉE
- Introduction par voie ENDOCYTIQUE puis libéré dans le cytoplasme.
- FMDV= libération de l’ARN de la capside lors de la rencontre avec un faible pH
- PV = Son attachement transforme la particule en structure intermédiaire pouvant former des pores dans la membrane.
Comparer la traduction du génome des picornavirus avec la traduction de l’ARNm cellulaire
- L’ARN doit être traduite
- Il ne peut être copié par une enzyme et les enzymes virales ne sont pas transportées dans la cellule
- Il n’y a pas de Coiffe 5’ (Site nécessaire au Ribosome lors de la traduction)
-Ont à la place le IRES (Internal Ribosome Entry Site) pouvant initier la traduction
Décrire les fonctions des protéines des picornavirus
-eIF3: recruite la sous-unité ribosomique 40S et se lie à…
-eIF4G: (A) Hélicase
(E) qui se lie à…
-Coiffe 5' (IRES) pour positionner 40S=traduction+
-Création d’une Polyprotéine
P1: Code pour les prot. de capside
P2&P3: … pour la transformation des prot. et la réplication du génome.
(Absence de la polyprot. dans cellule infectée, car elle est clivée)
-2A^pro: clive P1
-3C+CD^pro:clivage secondaire pour P1-2-3.
-2A: CLIVE la polyprotéine et stimule la synthèse du brin - de l’ARN
-2B: impliquée dans le STADE PRÉCOCE de la synthèse de l’ARN viral, la formation de vésicules et la libération des virus de la cellule
-2C: initie la SYNTHÈSE du brin -. C’est une hélicase, et elle dirige les complexes de réplication vers les membranes des vésicules
-2BC: est impliquée dans la FORMATION de vésicules
-3AB: AMCRE la VPg dans des membranes pour l’étape d’amorçage de la synthèse de l’ARN
-L: produite uniquement par des picornavirus. Protéase qui est impliquée dans le clivage de la polyprotéine
Discuter la façon par laquelle les génomes des picornavirus sont synthétisés
- Synthèse de l’ARN Viralpar l’ARN Pol (3D^pol)
- Synthèse du Brin +
- Infection entraîne a destruction de l’app. de Golgi +RE
- Cytop. = rempli de vésicules memb. D étant le site de réplication de l’ARN Viral
RdRp + Ribosome =pas simultané = pas de collision
Décrire comment les picornavirus créent la diversité génétique
-Taux d’erreur très élevé (1 sur 1000 nts)
(Mauvaise incorporation des bases durant l’élongation)
(l’ARN pol. n’a pas de fonction pour réviser/corriger)
-Recombinaison fréquentes
Discuter la façon par laquelle la particule virale est assemblée
picornavirus
- 3CD^pro CLIVE P1 (VP0-3-1)
- Assemblage des 5 protomère en pentamère
- Assemblage des pentamère en Capsides Vides
2 Hypothèses à l’entrée de l’ARN dans la capside
A:ARN est vissé in Capside
B: Les pentamères s’assemblent avec l’ARN joint.
Donner des exemples des effets de l’infection virale sur la cellule
picornavirus
- Inhibition de la traduction de l’ARNm cellulaire.
- Inhibition du trafic nucléocytoplasmique
- Perturbation du transport des protéines sécrétoires et membranaires plasmatiques
Expliquer comment les virus quittent la cellule
picornavirus
- La PROLIFÉRATION de vésicules membraneuses
- les changements dans la PERMÉABILITÉ de la membrane
- la FUITE de composants intracellulaires
- le PLISSEMENT de l’ensemble de la cellule qui devient ridée
Dans la plupart des cas, le virus déclenche l’APOPTOSE, en libérant les particules pendant que les cellules se désintègrent
Être capable de classifier le poliovirus
- Icosaédrique
- Sans Enveloppe
- RNAsb +
- 7500 nts
Décrire les effets cytopathiques du poliovirus
- 1 à 7 jours après contraction
- Arrondissement et rétrécissement des cellules.
- Dégénérescence des cellules.
Éxpliquer la pathogénèse du virus
poliovirus
-Récepteur: CD155
(glycoprotéine transmembranaire)
-Spécificité=facteur principal régulant la gamme d’hôte
-Site primaire de la répli: INTESTIN
-Pénétration dans la circulation sanguine
-Entrée dans le SNC
-Réplication dans la région de la moelle épinière
(Cellules de la corne ventrale)
-Ces cellules sont sensibles, car elles ne peuvent générer une réponse immunitaire suffisamment forte et rapide.
Éxpliquer l’épidémiologie du virus
poliovirus
- Facteur déterminant: ÂGE (bas âge = haut risque)
- Enfant = Les + Touchés et + Virulents
- Adulte = Risque de Maladie Paralytique + élevé
- Plus la première exposition est tard, plus les risques de formes paralytique sont importants.
- Voie: oro-fécale
- La principale méthode utilisée pour produire l’information épidémiologique est une analyse directe de la variation génomique en utilisant le séquençage d’un gène structural
Comparer les vaccins Salk et Sabin
Salk
- Vaccin inactivé par voie Intramusculaire
- Plus sécuritaire
- Immunité dans tous les tissus du corps
- Necessite des injections répétées
- Coûte relativement cherSabin
- Vaccin atténué de par voie Orale.
- Peu coûteux
- Peut muter en forme virulente
- Peut conduire à des pandémies
Comparer la structure de virion des Arbovirus
Flaviviridae
- 50 nm
- Membrane lipidique
- L’enveloppe (E) glycoprotéique négocie la liaison et la fusion lors de l’entrée
- La membrane (M) protéique est produite lors de la maturation virale dans la voie sécrétoire
- La nucléocapside est constituée de protéines de la capside (C) et de l’ARN génomique
- Les protéines de E forment des dimères recouvrant complètement la membrane
- Les protéines M attachent la membrane interne à l’enveloppe protéique externe
- Les protéines E et M n’entrent pas en contact avec la nucléocapside
Togaviridae
- Icosaédrique (70 nm)
- Composé
- Hétérodimère
Décrire la structure et organisation de génomes des Arbovirus
Flaviviridae
- ARNsb +
- coiffe en 5’ qui stabilise l’ARN viral / initie la traduction / déjoue les défenses antivirales de l’hôte
- 1 seul ORF sans queue poly A
- 5’ NCR = impliqué dans Traduction et Réplication du Gé.
- 3’ NCR = Tige-Boucle pour Tra. + Résis.vsExoribonucléa.
- Prot. S inclue: C-M-E et sont proche de 5’.
- Prot. NS inclue: NS3(Protéase + Hélicase)-NS5(RdRp) et est proche de 3’.
Togaviridae
- ARNsb+
- Coiffe 5’ + queue Poly A 3’
- 2 zones: NS (5’) et S(Structurelle en 3’)
- Les prot. NS sont traduites à partir du génome
- Les prot. S sont traduites à partir d’un ARN subgénomiqu.
Éxpliquer les étapes importants dans le cycle de réplication des Arbovirus(7 et 13)
Flaviviridae
1: Liaison à un Récepteur + entrée par Endocytose
2: Fusion de l’enveloppe du virion avec les membranes de la vésicule grâce au bas pH de l’endosome
3: Libération du génome à ARN in Cytoplasme.
4: Production de prot. virales par une Polyprotéine clivée par des protéase cellulaires et virales.
5: Réplication du génome par le Brin - intermédiaire(Cyto)
6: Acquisition d’une enveloppe par les Virions in RE
7: Transition in voie de sécrétion = libéré à la surface cell.
Togaviridae Attachement: -(1)Domaine B ayant E2 (spicule) possède plusieurs sites de liaison au récepteur
-(2)Utilisation d'un récepteur Ubiquitaire conservé à travers les espèces
-Liaison avec un second récepteur
Entrée: -Pénétration par voie endocytique
-Création d’un pore de fusion laissant le génome viral pénétrer dans le cytoplasme
Traduction: -Production de P123 et P1234(précu. d’ARN p.)
-Production de gènes S à partir d’ARN subgénomique copié à partir d’un brin (-) intermédiaire de l’ARN pleine longueur.
Synthèse: -Sur la surface cytoplasmique des endosomes et des lysosomes.
- Commence par le brin (-) et need P123+ARN p.
- Continuité de la traduction en même temps
- Quand [Protéase]=suffisante -> P123 est clivé en P1-2-3
- Changement de conformation
- Initiation du brin (+)
- 3 ARN26S produit pour un 49S.
Être capable de discuter l’épidémie du virus Zika
Arbovirus
- 1er cas = Brésil mai 2015
- Génotype Asiatique
- Transmission entre humains par piqûres de moustiques
- Symptômes presque inexistants.
- Lien avec syndrome de GuillainBarré et la microcéphalie
- Peu d’immunité de la population à l’infection.
Flavivi: Fièvre, encéphalite, fièvre hémoragique
Lister les caractéristiques distinctives de cette famille de virus
Coronaviridae
- Les gènes de la polymérase se réunissent dans des groupes monophylétiques selon leur taxons
- Une particule enveloppée qui est décorée avec des spicules à la surface (frange en couronne)
- Une nucléocapside composée d’ARN et de copies multiples d’une seule protéine de capside
- Un génome linéaire d’ARN simple brin, de polarité positive, avec une coiffe 5’ et une queue de poly-A à l’extrémité 3’
- Une organisation identique du génome parmi les genres de cette famille
Décrire les composantes principales du virion
Coronaviridae
- Pléomorphique
- Enveloppe: -Bicouche lipidique
- Prot. Membra. (M) donnant sa forme
- Prot. D’enveloppe (E) essentie. pour l’infecti.
- Prot. de Spicu. (S) pour l’attachement
