Exam 1 Flashcards
1
Q
Qu’est-ce qu’un Virus? (5)
A
1: Petit
2: Infectieux
3: Parasite intracellulaire Obligatoire
4: Vise sa multiplication-survie du génome
5: Consituté d’ADN ou d’ARN entouré de protéines et parfois de lipide.
2
Q
Vrai ou faux: Dans l’hôte, le génome viral se réplique et dirige la synthèse des autres composantes virales, par l’intermédiaire d’éléments cellulaires
A
Vrai
3
Q
L’ADN peut être…? (4)
A
1: Simple Brin
2: Double Brin
3: Circulaire
4: Linéaire
4
Q
L’ARN peut être…? (5)
A
1: Simple Brin
2: Double Brin
3: Segmenté
4: De polarité POSITIVE
5: De polarité NÉGATIVE
5
Q
Quels sont les 4 points du système de classification générale?
A
1: La nature du génome viral (ADN ou ARN)
2: La symétrie de la capside
3: La présence ou l’absence d’une enveloppe
4: critères tel la dimension du virion, la taille du génome, la séquence du génome…
6
Q
Quels sont les 3 points communs partagés par les virus?
A
1: Les virus enferment leur génome dans une particule qui le protège et facilite son transport et sa transmission.
2: Le génome viral contient l’information permettant de compléter un cycle infectieux dans une cellule permissive.
3: Chaque virus est capable d’infecter un hôte afin d’assurer sa survie.
7
Q
Que comprend un cycle infectieux?(6)
A
1: Adsorption
2: Entrée et décapsidation
3: Réplication du génome
4: Synthèse de protéine virale
5: Encapsidation
6: Relâchement des virions nouvellement formés.
8
Q
Donner des exemples de la diversité et de l’abondance des virus.
A
- Infectent tous les êtres vivants
- Présents dans notre propre matériel génétique
- Bactériophage de l’océan pèsent autant que 75 millions de baleines bleues.
- Il y a plus de cellules bactériennes que de cellules humaines chez l’être humain.
- Il y a des bons, neutres et mauvais virus.
9
Q
Expliquer ce qu’est un virus
A
Un parasite infectieux intracellulaire obligatoire comprenant du matériel génétique (ADN ou ARN) entouré par une couche de protéine et / ou une enveloppe dérivée d’une membrane de la cellule hôte.
Infectieux:peut se propager d’un hôte à un autre
2 phases: Virion + Cellule infectée
10
Q
Décrire la gamme de tailles des virus
A
Plus grands que les composants cellulaires, lipides, protéines, plus petits, en général, que les bactéries mais, certains, sont plus gros.
11
Q
Discuter des caractéristiques distinctives des virus
A
Les virus se répliquent par assemblage de composants pré-formés en plusieurs particules, contrairement aux bactéries qui font de la fission binaire. C’est pourquoi la courbe de croissance d’un virus n’est pas graduelle (Stable + Augmente + Plafond), alors que les bactéries augmente exponentiellement.
12
Q
Identifier les critères utilisés pour classifier les virus
A
- La nature et la séquence d’acide nucléique dans le virion
- La symétrie de l’enveloppe de protéine (la capside)
- La présence ou l’absence d’une membrane lipidique (l’enveloppe)
- Les dimensions du virion et de la capside
13
Q
Vrai ou faux: la réplication très rapide des virus, souvent plus rapide que les cellules, fait en sorte qu’ils ont une évolution considérée comme étant rapide?
A
Vrai
14
Q
Connaître la façon dont la biologie des phages a contribué à la biologie moléculaire
A
Un groupe de scientifiques, dirigé par Max Delbrück, a utilisé les phages comme systèmes modèles expérimentaux pour comprendre le gène
Établissements -a établi que les acides nucléiques sont des matériaux génétiques et pas des protéines -a découvert des mécanismes de la régulation des gènes -a discerné comment les protéines se replient («fold») -a élucidé la recombinaison génétique -a démontré l’évolution des organismes par le transfert horizontal de gènes
15
Q
Comprendre la taxonomie actuelle des bactériophages
A
Les phages sont actuellement classés principalement selon :
-leur composition d’acide nucléique (ex. ADN or ARN)
-leur morphologie (ex. la présence d’une queue, son type et sa longueur)
-d’autres propriétés structurales (ex. présence d’une membrane lipidique)
-Fondée sur la transmission verticale des caractéristiques
génétiques. Mais le transfert horizontal de gènes est endémique chez les phages, résultant en un haut degré de mosaïcisme
-Les phages ne peuvent pas partager d’ancêtre
commun
-Les phages ne contiennent pas de gènes
universellement conservés (l’équivalent de l’ARNr
dans les cellules)
16
Q
Savoir pourquoi les bactériophages sont difficiles à classifier
A
-Différentes familles en fonction de leur
morphologie, même s’ils sont presque génétiquement identiques
-Nous ne pouvons pas déterminer la morphologie de tous les phages que nous avons identifiés
-Les prophages sont largement méconnus dans le système taxonomique actuel
17
Q
Démontrer une compréhension de la terminologie des phages
A
Prophage
Un génome de phage inséré dans le chromosome de
l’hôte
Lysogène Une bactérie contenant un prophage est une bactérie
Lysogénie La relation entre un phage et sa cellule hôte
18
Q
Que doit faire le Virion dans le cycle de réplication?(3)
A
1: Protéger le génome des dangers environnementaux
2: Détecter son récepteur spécifique et s’y adsorber
3: Déliver le génome du phage dans la cellule Hôte
19
Q
Que doit faire le génome dans le cycle de réplication?(2)
A
1: Échapper aux defenses de la cellule Hôte
2: Réorienter la machinerie cellulaire de l’hôte.
20
Q
Que se passe-t-il pendant la phase de réplication?
A
- La transcription des gènes de l’hôte peut être arrêtée et l’ADN hôte détruit
- Échange de segments génomiques entre phages nouvellement créés, ainsi qu’avec le chromosome de l’hôte par recombinaison.
21
Q
Que se passe-t-il dans la phase finale de réplication?
A
- Synthèse de protéines structurales
- Assemblage en procapsides
- Accumulation et maturation des virions jusqu’à lyse de la cellule hôte
- Départ des virions vers un nouvel hôte.
22
Q
Qu’est-ce qu’un phage tempéré?
A
Un phage ne commençant pas immédiatement le cycle lytique après l’infection.
23
Q
Que fait un prophage pendant la lysogénie?
A
- Réprime la transcription des gènes déclenchant la lysogénie
- Permet l’immunité de surinfection
- Excision du prophage et enclanchement de la voie lytique.
24
Q
Donnez un synonyme de scissiparité.
A
Division Binaire
25
Quels sont les facteurs influençant le choix entre la lysogénie et la voie lytique? (6)
- la concentration des hôtes potentiels
- la concentration de phage en concurrence
- le pourcentage des bactéries qui sont immunisées contre l’infection (la résistance)
- la durée de vie du virion
- l'état métabolique de l'hôte
- le rendement de lyse («burst size») prédit
26
Décrire les principaux composants du virion T4
La Tête
- contient le génome
- est remplie avec l'ADN viral à la capacité maximale
Le Col
-relie la tête au tube de la queue
Le tube de la queue
-est un tube creux à travers lequel l'ADN viral est injecté
La gaine contractile
- agit comme un ressort
- entoure le tube de la queue
- est fixée à la plaque basale
La plaque basale
-est impliquée dans la fixation du virus au récepteur de la
cellule
-régule le flux de l'ADN
Les crochets
-détectent la présence de cellules hôtes
Les fibres de la queue (courtes et longues)
- détectent des cellules hôtes
- se lient de manière réversible à la surface de la cellule
27
Donner des exemples des façons par lesquelles T4 évite les défenses de l'hôte
5’-hydroxyméthylcytosine (HMC)
- nucléotide modifié qui remplace la cytosine dans l'ADN de T4.
- protéger l'ADN viral de l’action des systèmes de restriction de l’hôte
- -permettre de distinguer l'ADN viral de l'ADN hôte de sorte que l'ADN de l'hôte peut être dégradé et utilisé pour la réplication du phage
28
Discuter de la réplication du génome de T4 en détail
Phase d'Éclipse
les cellules de l'hôte ne contiennent pas de virions
matures
Période de Latence
les virions matures sont présents dans la cellule, mais pas
libérés
Période de Lyse
caractérisée par la lyse de la cellule hôte et la libération rapide de virions
On se construit --> On Infecte --> On Lyse
1er Phase
-l’adsorption et la pénétration de la cellule hôte
2e Phase
la synthèse des acides nucléiques des virions et celle des protéines
3e Phase
-l’assemblage des virions
4e Phase
-la libération des virions
29
Énumérer les façons par lesquelles T4 modifie
| l’ARN polymérase de l'hôte
Alt
(Transcription Précoce)
Modification de la sous-unité alpha de l'ARN pol de l'hôte
Alc
(Transcription Précoce)
Arrêt de la transcription de l'ADN contenant la cytosine(hôte)
MotA et AsiA
(Transcription Interm.)
Modifient le motif du facteur sigma de l'ARN polymérase ce qui initie la transcription dans les promoteurs des gènes intermédiaires uniques de T4
Protéine 55
(transcription tardive)
Remplace le facteur sigma de l'hôte et redirige l'ARN polymérase vers les séquences des promoteurs de gènes tardifs uniques de T4
( facteur sigma viral qui remplace le facteur cellulaire. )
Protéine 33
(transcription tardive)
Empêche l'ARN Pol de se lier à l'ADN de l'hôte
( agit sur la sous-unité bêta de l'ARN polymérase)
30
Définir les termes clés de la biologie de T4
asa
31
Pour le T4, vrai ou faux, l'adsorption se fait par l'intermédiaire des fibres caudales?
Vrai
32
Pour le T4, vrai ou faux, l'attachement n'induit pas un changement conformationnel qui amène la contraction de la gaine et l'injection de l'ADN à travers la paroi
Faux
33
Pour le T4, vrai ou faux, la transcription des gènes précoces immédiats se fait à l'aide de l'ARN polymérase cellulaire.
Vrai
34
Pour le T4, vrai ou faux, certaines protéines codées par les gènes précoces immédiats induisent la transcription des gènes précoces retardées (MotA; transformation (ADP ribosylation) des sous-unités alpha de la RNA polymerase)
Vrai
35
Pour le T4, vrai ou faux, les gènes quasi tardifs ne nécessitent pas la présence d'un facteur sigma viral
Faux
36
Pour le T4, vrai ou faux, les gènes tardifs codent entre autres pour les protéines structurales
Vrai
37
Pour le T4, vrai ou faux, la réplication se fait à l'aide d'enzymes viraux et sans produit des concatémères
Faux (avec produit concatémères)
38
Pour le T4, vrai ou faux, l'assemblage se fait en 3 parties, en parallèle: la tête, la queue et les fibres caudales
Vrai
39
Pour le T4, vrai ou faux, l'ADN est introduit dans la tête par le mécanisme de tête pleine; la protéine gp17 agit comme moteur enzymatique
Vrai
40
Pour le T4, vrai ou faux, la production de lysozyme mène à la lyse de la cellule et à la libération des phages
Vrai
41
Vrai ou faux, tous les myovirus sont virulents et ne sont capables que du cycle lytique.
Vrai
42
Qu'est-ce que le ``décalage de façon circulaire``?
Le point de départ du génome diffère pour chaque virus dans une même population, car le concatémère va être poussé dans la tête jusqu'à ce qu'elle soit pleine et il est
alors coupé
43
Dans un schéma circulaire, quelles sont les étapes de réplication de T4? (10)
Adsorption --> Injection de l'ADN --> Synthèse d'ARNm précoce --> Dégradation de l'ADN de l'hôte --> Synthèse de l'ADN du Phage --> Synthèse d'ARNm tardif --> Construction de têtes et de queues --> Remplissage des têtes
-->Formation de virions --> Lyse --> Adsorption
44
Quelles sont les 5 étapes décrite brièvement menant à l'injection de l'ADN du Phage T4?
1:Arrivée
Adsorption par les fibres de la queue se liant à des LPS ou OmpC.
Puis la protéine virale gp37 se fixe à la surface de la cellul
2:Fixation
Déplacement du virion jusqu'à atteinte d'au moins 3 fibres fixées
Liaison irréversible des fibres caudales (crochet)
3:Contraction de la Queue
+
4:Pénétration et percement
La contraction raccourcit le cylindre central
L'action lysozyme d'une protéine aide la pénétration
5:Injection de l'ADN
Injection dans le cytoplasme de la cellule
45
Quelles sont les 2 caractéristiques générales de l'expression des gènes de T4?
1:elle est très contrôlée et temporellement ordonnée
2:l'ARN polymérase de l'hôte est impliquée et est
modifiée par T4 tout au long du cycle de réplication
46
Comment se passe, de façon précise, la réplication du génome de T4?
- Accumulation suffisante de matériel (après expression des gènes tardifs)
- Synthèse de l'Amorce ARN par la PRIMASE ARN
- Retrait des bases ARN
- Liaison des deux fragments par une LIGASE
- Déroulement de la Double Hélice par l'HÉLICASE
- Protection des simples brins par les SSB
47
Qu'est-ce que le Packasome?
Complexe Protéique nécessitant de l'ATP pour déplacer le génome dans la tête.
48
Quelle est la seule contrainte des 3 lignes de production d'assemblage T4 (Protéines de la tête + Prot. de la plaque Basale + Prot. des fibres de la queue)?
La concentration en protéine virales doit être suffisante pour qu'elles se rencontrent.
49
Quelles sont les 2 protéines impliquées dans la lyse par T4?
Holine: crée des trous dans la membrane plasmique permettant au virus de se déplacer entre le cytoplasme et la paroi cellulaire
Lysozyme T4: dégrade le peptidoglycane = destruction de la paroi cellulaire.
50
Classifier le phage T7
Podoviridae dans l'ordre Caudovirales( petite queue)
Tous les podovirus codent pour une ARN polymérase à une seule sous-unité
-tous les podovirus sont virulents et ne sont capables que du cycle lytique
-on n’a jamais trouvé un phage de type T7 qui infecte des bactéries à Gram positif
51
Donner une description du virion T7
- Composée principalement de la protéine gp10
- Son noyau («core») est une structure cylindrique interne qui assure l’injection de l’ADN
- Le génome de T7 occupe ~45% du volume de la tête et est enroulé autour du noyau central
- La queue se rattache à la capside par l'un des sommets icosaédriques (Donc pas de col)
- Queue courte et non contractile
- Les six fibres caudales, composées de la protéine gp17, sont attachées à la partie supérieure de la queue
- L’ADN de T7 ne contient pas de bases nucléotides modifiées car possède un autre moyen d'échapper à la cellule hôte
52
Comparer le génome de T7 au génome de T4
Queue moins complexe pour T7
Génome plus petit
Séquences de paires de bases plus courtes
Il ne comporte pas de site de restriction EcoR1, sinon machinerie de réparation de la cellule hôte le reconnaisserait (évolution)
53
Discuter l’adsorption et l’entrée de T7
L'extrémité C-terminale des fibres caudales de T7 reconnaît les LPS des bactéries à Gram négatif.
La queue se lie à un récepteur après que les 6 fibres se soient attachées, puis les protéines du noyau entrent via le canal de la queue.
1:Formation d'un canal à travers la membrane externe de la cellule
2:Dégradation de la couche de peptidoglycane
3:Prolongation du canal jusqu'au cytoplasme
(T7 a une queue EXTENSIBLE et non CONTRACTILE comme T4)
4:Seulement une partie (850 pb) du génome pénètre dans la cellule contenant des promoteurs forts reconnus par l'ARN Pol de l'hôte.
54
Décrire l’assemblage et la libération de T7
Assemblage
1:Procapside
2:Empaquetage de l'ADN
(Ne fonctionne pas avec le mécanisme de la tête pleine, l'ADN est toujours coupé au même endroit, car il y a une affinité entre les nucléotides d'une extrémité du génome viral et des protéines de la capside)
3:Assemblement des protéines de la queue avec les procapsides.
Libération
- Composé de trois étapes régulées pour la Lyse
1: la pénétration de la membrane interne par l'enzyme Holine
2: la pénétration du peptidoglycane par les endolysines échappées du cytoplasme
3: la pénétration de la membrane externe suite à une perturbation des spanines.
55
Quelles sont les 4 phases de Réplication de T7?
- l’adsorption à la cellule hôte et l’injection de l’ADN
- la synthèse des acides nucléiques et des protéines du phage
- l’assemblage des virions
- la libération des virions
56
Quels sont les 2 types de promoteurs pour T7?
-Ceux qui sont reconnus par l’ARN polymérase d’E. coli.
-Ceux qui sont reconnus par l’ARN polymérase virale
(Au lieu de modifier l’ARN polymérase cellulaire comme T4, une ARN polymérase d'origine virale est synthétisée)
57
Quel est l'avantage pour T7 à garder une partie de son génome dans la capside et de ne pas tout injecter à la fois?(3)
- On s'assure que les gènes sortants soient les premiers transcrits
- Le reste du génome est encore dans la capside, ne peut pas être attaqué par les nucléases cellulaires
- L’ARN polymérase de l’hôte recouvre immédiatement l'extrémité du génome
58
Comprendre les rôles des trois classes des gènes de T7
Gènes de classe I
- servent à créer des conditions favorables dans la cellule pour le développement des phages
- Les premiers transcrits codent pour: des protéines qui inhibent certaines enzymes de restriction cellulaires
- ARN Pol d'E.Coli
Gènes de classe II
- sont impliqués dans le métabolisme de l'ADN
- codent pour les protéines qui dégradent l’ADN de l’hôte
- Les premiers gènes transcrits incluent l’ADN polymérase qui est responsable de la réplication des nouveaux génomes viraux
- ARN Pol de T7
Gènes de classe III
Ont des fonctions dans l’empaquetage de l'ADN,
l'assemblage du virion et la lyse
-ARN Pol T7
*L'expression des gènes est très contrôlée! Si l'ordre, I II III, n'est pas respecté, la réplication du phage échoue.
59
Vrai ou faux. Contrairement à T4, T7 n'a seulement qu'une origine de réplication.
Vai
60
Vrai ou faux pour T7: L'entrée de l'ADN se fait par injection et se fait de façon graduelle, toujours en commençant par le côté droit du génome
Faux: Gauche
61
Vrai ou faux pour T7: L'ADN viral contient trois promoteurs reconnus par la RNA polymérase de E. coli, dont un prédominant
Vrai
62
Vrai ou faux pour T7: Les trois promoteurs dirigent l'expression des gènes de classe I dont fait partie la RNA polymérase de T7
Vrai
63
Vrai ou faux pour T7: L'entrée graduelle de l'ADN et la présence de la T7 ARN polymérase permettent la transcription des gènes de classe III sous le contrôle de promoteurs reconnus par la polymérase virale
Faux: Classe II
64
Vrai ou faux pour T7: Les gènes de classe II sont transcrits préférentiellement par rapport aux gènes de classe III car leurs promoteurs, ayant plus d'affinité pour la T7 RNA polymérase sont plus forts (reconnus préférentiellement par la T7 RNA polymérase)
Faux: L'inverse pour II et III
65
Vrai ou faux pour T7: Il existe plus d'une origine de réplication qui sont situées vers la gauche du génome (à 5,9Kb de l'extrémité, dans la section des gènes de classe II); la T7 RNA polymérase joue un rôle dans l'initiation de la réplication en synthétisant un fragment d'ARN qui servira d'amorce à l'ADN polymérase
Faux: Il n'en existe qu'une seule.
66
Vrai ou faux pour T7: Il y a formation de concatémères lors de la réplication due à la présence des bouts terminaux répétés; la formation de concatémères est importante pour préserver l'intégrité des génomes puisque lors de la réplication, la présence d'une courte séquence d'ARN au bout 3' pourrait éventuellement mener au racourcissement du génome
Vrai
67
Vrai ou faux pour T7: L'ADN est introduit dans la tête à partir du côté gauche ou droite du génome
Faux: Toujours à partir du côté droite.
68
Connaître la morphologie des phages M13
-Génome d'ADNsb et une capside filamenteuse avec une structure hélicoïdale
-Capsides longues et flexibles
-La longueur de la capside dépend de la quantité d'ADN introduit, il n'y a donc pas de limite de quantité d'ADN ou de longueur (en principe)
-Génome revêtu de la protéine d'enveloppe pVIII
(Interaction entre acide nucléique + p8 = maintien de la structure et flexibilité du phage)
-Présence d'enveloppes mineurs p7 et p9 à l'extrémité du phage essentielles à la production de particules de phage
-À l'autre extrémité = p3 et p6 impliqués dans l'adsoprtion à l'hôte et au détachement membranaire du virion nouvellement formé.
69
Lister les composants du virion M13
```
p2-5-10= génération de l'ADNsb
p1-11-14= morphogenese du phage
p3-6-9= composants de la particule virale
```
70
Expliquer la façon dont se fait l’attachement et l’entrée de M13
Attachement
1: p3 fixe le virus au Pilus en se contractant et attirant le phage à la cellule
2: Interaction avec la prot. Hôte TolA catalysant l'intégration des protéines d'enveloppe du phage
3: Entrée du génome circuaire sb
71
Comprendre la réplication en cercle roulant de M13
- L'ADN sb est transformée en ADN db(forme réplicative) grace à l'ARN Pol de l'hôte, l'ADN Pol et une Gyrase
- Génération d'une molécule sb
- Synthèse de p2 (enzyme de réparation)
- Création d'un bris monocaténaire par p2 du brin positif de la forme réplicative sur le site ori
- Élongation de 3' par ADN pol 3 de l'hôte en utilisant le brin négatif
- Déplacement du brin positif d'origine par l'Hélicase rep pendant la synthèse du nouveau brin positif
- Tour de réplication terminé = recircularisation par p2 du brin positif qui est encore converti en RF (Forme Réplica.)
- Au début = peu de p5 = ADN sb nouvellement synthétisé est converti en RF, ce qui augmente le nombre de RF et de protéines de phages
- Quand p5 est en nombre suffisant dans le cytoplasme, des dimères de p5 couvrent l'ADN sb ce qui empêche l'accès à l'ADN pol = bloquage de la formation de RF et traduction de gènes viraux.
- p5 remplacé par p7-8-9
72
Expliquer l’étape de sécrétion de M13
-Une fois que pIII et pIV sont incorporées à l'extrémité terminale du phage, elles subissent un changement
de conformation qui stabilise le virus et le détache de la paroi cellulaire
(Sans les Protéines, le phage continuerait de croître sans se détacher)
73
Vrai ou Faux: M13 est virulent et à tout coup lytique.
Faux, il ne l'est pas nécessairement.
74
À quelle genre appartient le phage M13 et sous quel terme sont souvent désignés les phages de cette famille?
Du genre Inovirus de la famille Inoviridae souvent désigné par Phage Ff
75
Vrai ou Faux: Contrairement à T4 et à T7 où la régulation temporelle de l'expression génique est la règle, les protéines des phages Ff sont toutes synthétisées
simultanément,
Vrai
76
En quoi diffère les phases de réplication de M13 de T4 et T7?
Il n'y en que 3, car il n'y a pas de Lyse.
- l’adsorption à la cellule hôte et la décapsidation
- la réplication et la transcription
- l’assemblage et la sécrétion des virions
77
Quelle est la fonction du Pilus F?
Activation de la conjugaison entre les bactéries
78
Vrai ou faux pour M13: L'adsorption se fait par l'intermédiaire de pIII sur le pilus
Vrai
79
Vrai ou faux pour M13: Le pilus n'est pas toujours essentiel à l'infection
Faux
80
Vrai ou faux pour M13: La décapsidation se fait à l'intérieur du pilus; seul l'ADN (de polarité +) pénètre à l'intérieur de la bactérie et est recouvert par les SSB
Vrai
81
Vrai ou faux pour M13: La transformation de l'ADN simple brin en forme réplicative (ADN double brin) se fait par l'intermédiaire d'enzymes cellulaires
Vrai
82
Vrai ou faux pour M13: La RNA polymérase qui vient reconnaître une structure double brin sur l'ADN viral synthétise un court fragment d'ARN servant d'amorce
Vrai
83
Vrai ou faux pour M13: La DNA pol. III synthétise le 1er et le 2ième brin d'ADN
Faux seulement le 2e
84
Vrai ou faux pour M13: La DNA pol. I complète la synthèse, mais ne dégrade pas l'amorce d'ARN
Faux, elle fait les deux.
85
Vrai ou faux pour M13: La ligase lie les 2 bouts d'ADN nouvellement synthétisés
Vrai
86
Vrai ou faux pour M13: La transcription se fait à partir de 3 promoteurs et se termine à 3 sites de terminaison
Vrai
87
Vrai ou faux pour M13:La réplication avant que pII s'attache à un site de l'ADN et coupe un des 2 brins
Faux, elle débute lorsque p2 s'y attache.
88
Vrai ou faux pour M13:Un des brins d'ADN (polarité +) est déplacé lors de la réplication
Vrai
89
Vrai ou faux pour M13:La synthèse d'ADN est dépendante de la DNA pol. III qui s'associe à pII et pI
Faux, pas à PI
90
Vrai ou faux pour M13:L'accumulation de pV permet son association à l'ADN simple brin
Vrai
91
Vrai ou faux pour M13:L'ADN simple brin migre à la membrane où pV va remplacer pVIII
L'inverse! pVIII remplace pV
92
Vrai ou faux pour M13:
Le contrôle de l'expression des gènes dépend:
-de la force du promoteur utilisé;
-de la position des gènes par rapport aux sites de terminaison.
Vrai
93
Vrai ou faux pour M13: Toute la transcription se fait à partir du même brin d'ADN et dans la même direction
Vrai
94
Vrai ou faux pour M13: Le contrôle du cycle de multiplication se fait entre autre par l'intermédiaire des protéines pII, pIII et pV
Faux, seulement pII et pV
95
Vrai ou faux pour M13: Le virus cause plus souvent de lyse cellulaire
Faux, il n'en cause pas.
96
```
Décrire les caractéristiques du virion et du génome du
phage lambda (λ)
```
- Queues minces, longues, flexibles et noncontractiles
- Assemblage séparé de la tête et la queue du virion
- Le génome a de petites extrémités cohésives sb , ce qui permet à la molécule linéaire de se circulariser par appariement de bases
97
Décrire l’attachement et l’entrée du virus
Attachament
-Liaisons des fibres latérales à la protéine de la membrane externe OmpC
-La protéine gpJ (Extrémité de la queue) se lie à LamB (membrane externe)
(Interaction ESSENTIEL pour infection)
-Capside reste attachée suite à l'infection
Entrée
- Réorganisation des protéines à l'extrémité de la queue pour faciliter le passage de l'ADN?
- Protéine gpH est injecté dans la cellule et est ESSENTIEL pour l'injection de l'ADN.
- Liaison des extrémités cohésives pour circularisation du génome par une Ligase de l'ADN Hôte
98
Connaître les étapes qui mènent à l’intégration du génome
1: Catalysation par l'ADN pol dépendant de l'ARN de la cellule hôte aux promoteurs précoces PL et PR
2: Transcription des gènes cro et N
3: La prot. N est un facteur d'anti-terminaison de la transcri.
4: Prot. cII = rôle clé dans décision entre Lytique ou Lyso
5: En [cII] suffisante, gène int est transcrie et code pour une intégrase
6: L'intégrase établi la lysogénie (inté. du géno.)
Intégration
1: Sur le site de fixation, un prophage est formé par la recombinaison de attP et attB
2: Catalysation de la réaction par l'INTÉGRASE et IHF
99
Comprendre les étapes qui mènent au cycle lytique
Idem à étape 1-2-3 de l'intégration
4: cII augmente la transci. du gène cI
5: cI code pour le répresseur lambda réprimant la transcription de tous les gènes, PL et PR, puis le promoteur PRM
100
Expliquer comment les phages quittent la cellule
1: Si cII n'est pas protégé par cIII, il y a dégradation et [Cro] augmente.
2: Cro inhibe cI et cIII = moins de cII et rép. lambda et augmente sa propre synthèse + Prot. Q
3: [Q] suffisante = phase lytique activée
4: Lorsque [S105 holine] est suffisante = perforation de la membrane cellulaire
5: Dégradation de la couche peptidoglycane par gpR
6: Formation d'un complexe spannine par Rz et Rz1 qui pertubent la membrane externe
101
Quelles sont les différences dans les étapes entre le cycle lytique et lysogénique de lambda?
Lytique = adsorption, injection, réplication, assemblage et lyse
Lyso = adsorption, injection, intégration
102
Vrai ou faux, pour lambda, L'adsorption se fait par le récepteur LamB, une protéine impliquée dans le transport du maltose;
Vrai
103
Vrai ou faux, pour lambda, L'ADN n'est pas injecté dans la cellule
Faux
104
Vrai ou faux, pour lambda, L'ADN linéaire est circularisé à son entrée par appariement des sites cos aux bouts 5'
Vrai
105
Vrai ou faux, pour lambda, PL (opéron OL) et PR (opéron OR) sont les 2 promoteurs disponibles; ils dirigent la synthèse des gènes précoces immédiats: N et cro
Vrai
106
Vrai ou faux, pour lambda, N est un anti-terminateur capable de se lier aux sites nut pour empêcher la terminaison de la transcription aux sites tl et tr
Vrai
107
Vrai ou faux, pour lambda, Cro est un répresseur qui vient atténuer l'expression dépendante de PL et PR
Vrai
108
Vrai ou faux, pour lambda,
La présence de N favorise l'élongation des ARNm; il y a transcription des génes précoces retardés:
-O et P, des gènes de réplication;
-cII et cIII, des gènes de régulation;
-7 gènes de recombinaison (dont l'intégrase);
-Q, codant pour une protéine anti-terminaison.
Vrai
109
Vrai ou faux, pour lambda, cII, une protéine instable est partiellement stabilisée par cIII; le complexe vient reconnaître 3 promoteurs:
- pRE;
- pQ;
- pI.
Vrai
110
Vrai ou faux, pour lambda, pRE dirige la synthèse de cIII.
Faux, cI
111
Vrai ou faux, pour lambda, cI est un activateur qui contrôle sa propre expression et un répresseur qui inhibe la synthèse des ARNm à partir de PL et PR; il y a alors lysogénie
Vrai
112
Vrai ou faux, pour lambda, L'intégrase induit l'intégration de l'ADN phagique dans un site spécifique du génome bactérien par l'intermédiaire des séquences attP et attB
Vrai
113
Vrai ou faux, pour lambda, Lorsqu'il y a bris de l'ADN cellulaire, l'activité protéolytique de recA permet de dégrader cI; la baisse du niveau de cI permet la synthèse à partir de PL et PR
Vrai
114
Vrai ou faux, pour lambda,Q est une protéine anti-terminaison qui permet la synthèse des gènes de lyse et des gènes structuraux (gènes tardifs)
Vrai
115
Vrai ou faux, pour lambda, L'excision de l'ADN se fait à l'aide de l'excisase uniquement.
Faux, l'intégrase aussi.
116
Vrai ou faux, pour lambda, La réplication se fait de façon bidirectionnelle à partir de l'origine de réplication dans O; pour qu'il y ait réplication, O doit être activement transcrit
Vrai
117
Vrai ou faux, pour lambda, La réplication se poursuit selon le mécanisme du cercle roulant; il y a formation de concatémère et coupure aux sites cos
Vrai
118
Vrai ou faux, pour lambda, L'assemblage se fait en 3 chaînes de montage: la tête, la tige et la queue
Faux, 2 (Tête et queue)
119
Caractériser le génome et le virion de Mu
Virion
- Similaire à T4 (Tête, queue, plaque basale, fibres caudales)
- Queue contractile
- 2 types de fibres caudales pour accès à 2 gammes d'hôtes
Génome
- Organisation en modules fonctionnels
- Les sites attL et attR définissent les jonctions entre les séquences de phage et les séquences aléatoires de l'hôte (extrême gauche - extrême droite)
- La région G détermine le tropisme
- Les régions S et U codent pour les fibres caudales
- L'inversion des gènes indique quels gènes sont transcrits
- S et de U permet l'infection d'E. Coli
- S’ et de U’ permet l’infection de Citrobacter
120
Expliquer la différence entre le cycle lysogénique et le
| cycle lytique du Mu
Lysogénie
- 1 à 10 % des cas d’intégration, la lysogénie est établie
- Rep C est activé, ce qui empêche la transposition
- l'ADN de phage reste associé au génome de l'hôte et est hérité par les bactéries pendant la division cellulaire -Les bactéries lysogéniques sont protégées des surinfections par d'autres particules Mu
Lytique
-Les gènes précoces sont transcrits, conduisant à la synthèse de la transposase
- Transpose le génome viral intégré à un autre endroit du génome bactérien
-La coupure est fait de façon nonspécifique
et coupe une portion du génome bactérien
121
Définir les termes «inversion de la région G», «transposition réplicative» et «transposition conservative»
Inversion: région S et U inversé ou non (S' et U') déterminant quelle sorte d'Hôte à infecter
Réplicative: La réplication se fait par transposition, au lieu de libérer des copies du génome dans le cytoplasme
Conservative: le génome de Mu est inséré au hasard dans le chromosome de l'hôte
122
La présence d'ADN bactérien dans le génome Mu est une conséquence de... (3)
1: l’empaquetage par le mécanisme de la tête pleine
2: l'empaquetage de l'ADN viral seulement s’il a été préalablement inséré dans un génome bactérien
3: la longueur totale du génome de Mu qui est inférieure à celle qui peut être théoriquement encapsidée dans un virion
123
Vrai ou faux pour Mu, L'ADN est injecté à l'intérieur de la cellule
Vrai
124
Vrai ou faux pour Mu, L'ADN se circularise et s'intègre dans le génome bactérien; l'intégration se fait entièrement au hasard
Faux, il existe des hot spot
125
Vrai ou faux pour Mu, l''ADN flanquant n'est pas intégré
Vrai
126
Vrai ou faux pour Mu, Si la voie de la lysogénie est sélectionnée, il y a un répresseur d'exprimé
Vrai
127
Vrai ou faux pour Mu, Si le cycle lytique est choisi, l'opéron tardif est activé et mène à la synthèse d'une transposase
Faux, l'opéron précoce,
128
Vrai ou faux pour Mu, La transposase va catalyser la transposition et la duplication du génome à d'autres endroits de l'ADN bactérien
Vrai
129
Vrai ou faux pour Mu, À la fin du cycle lytique, il y a répression de l'opéron précoce et tardif
Faux, l'opéron tardif est activé
130
Vrai ou faux pour Mu, Il y a maturation de l'ADN en coupant en amont du génome (50 à 150 bp); l'encapsidation se fait par le mécanisme de la tête pleine
Vrai
131
Vrai ou faux pour Mu, la grosseur de la tête permet l'encapsidation exact du génome.
Faux, elle permet plus d'un génome, donc de 1 000 à 3 000 bp supplémentaires sont encapsidés
132
Vrai ou faux pour Mu, Dans certains cas, il y a inversion d'une séquence interne ce qui permet de moduler le type de récepteur
Vrai
133
-Lister les principaux composants du virion et du génome de MS2
Virion
- Sphérique
- Capside composée de 2 protéines (CP et A)
Génome
-Encode 4 protéines (A-CP-Réplicase-Lyse)
134
Comprendre le cycle de réplication de MS2
1: Fixation du phage à un récepteur
2: Pénétration de l'ARN dans la cellule
3: Réplication du génome ARN
4: Assemblement des particules de la descendance et expulsion de la cellule
135
Décrire les mécanismes de contrôle de la traduction et de la réplication de MS2
- Forte limitation d'accès du ribosome aux sites d'initiation de la traduction des gènes du phage en modifiant la structure secondaire de l'ARN du génome du phage
- La traduction des gènes de lyse et de la réplicase commencent seulement une fois qu’un ribosome s’est lié au site d’initiation du gène «Coat» et est en cours de traduction
- Si la polymérase arrive d'abord, il n'y aura pas de traduction, permettant à l'ARN polymérase de synthétiser sans entrave.
- Si le ribosome se lie le premier au gène de protéine «Coat», la polymérase est empêchée de se lier à son gabarit et c’est la traduction qui s’effectuera
136
L’expression des gènes est un processus étroitement contrôlé pour 2 raisons...
1: Différentes quantités de chaque protéine sont nécessaires
2:La réplication et la traduction simultanées de la même
molécule d'ARN peuvent conduire à des problèmes
137
Vrai ou faux pour MS2, L'adsorption se fait par l'intermédiaire de la protéine A sur le pilus
Vrai
138
Vrai ou faux pour MS2, L'ARN est de polarité positive (donc prêt à être traduit); cependant, seul le site d'initiation du gène coat est accessible
Vrai
139
Vrai ou faux pour MS2, La traduction de coat rend le site d'intiation du gène réplicase non disponible
Faux, il le rend disponible
140
Vrai ou faux pour MS2, la distance entre le codon stop du gène coat et le codon d'initiation est importante, car l'organisation du génome permet la production d'ARNm de lyse à un taux d'environ 5% de celui de coat.
Vrai
141
Vrai ou faux pour MS2, La réplicase s'associe aux protéines S1 (protéine ribosomale), eF-Tu et eF-Ts (facteurs d'élongation) et HF (host factor) pour répliquer l'ARN viral
Vrai
142
Vrai ou faux pour MS2, l'ADN de polarité négative sert d'intermédiaire de réplication
Faux, l'ARN viral le sert.
143
Vrai ou faux pour MS2, le site d'initiation du gène A devient disponible lors de la formation de l'ARN viral de polarité + suite à la réplication
Vrai
144
Vrai ou faux pour MS2,
la structure secondaire de l'ARN viral permet:
-de contrôler le niveau d'expression des gènes;
-l'ordre de synthêse des gènes.
Vrai
