Exam 2 Flashcards
est-ce qu’un adaptateur peut former des polymeres comme les linkers ?
non
Quel ADN ligases est utilisé pour la construction d’une molecule recombinante et quel est son cofacteur ?
Phage du T4 E.coli ayant pour cofacteur l’ATP
Quelles sont les fonctions naturelles de la ligase T4?
- répare les coupures simple-brin («nicks») dans une molécule d’ADN double-brin (substrat physiologique) et
- ligature des molécules d’ADN possédant des bouts collants.
Quels lients cree le phage T4?
des liens phosphodiester entre le groupe 5’P et 3’OH
Quelles sont les strategies de clonages ?
1-Clonage conventionnel avec vecteur coupé avec enzyme de restriction ou dT/tailled, l’ADN ligase du phage T4 est utilisé
2- clonage de produits PCR dans un vecteur TOPO
3-Clonage basé sur la methode de gibson
4- clonage basé sur la complementarité de queues d’homopolymeres
Quels sont les points a considerer pour la ligature dans la strategie de clonage conventionnel?
1) ≠ conditions pour la ligature de fragments avec bouts collants et francs
2) influence de la concentration et de la longueur des fragments sur le type de produits formé dans les reactions de ligature de fragments avec bouts collants
3) methode pour prevenir la circulation du vecteur avec la phosphatase alcaline
4)strategies de ligature de fragments avec bouts francs(liniers, adaptateurs)
quels sont les deux type de fragment d’ADN utilise par la ligase T4?
Fragments bouts francs et fragments bouts collants
Quelle ligature est la plus efficace entre celle des bouts francs et celled des bouts collants ?
La ligature des bouts collants
Quels agents contenus dans les melange de liagture de NEB favorisent l’appariiemment des bouts collants ?
le Polyéthylène glycol 8000 ou le chlorure s’hexamminecobalt
Quel est le mecanisme réactionnel de l’ADN ligase du phage T4?
1) similaire a la ligase qui lie le NAD+ chez E.coli au lieu de l’ATP
2)le groupe adenylate de l’ATP se lie a une lysine présente dans le site actif de l’enzyme puis il est transféré sur le groupement 5’P de l’ADN
3) Un attaque nucleophile sur le 3’OH
Qu’est-ce qui favorise la reaction de la liagse du phage T4?
La forte activité de la phosphodiesterase
A combien de type de produits mene la reaction de ligature?
2 types du produits (vecteur recirculariser et molecule recombinante) dont une seule pourra se repliquer
Existe-t-il des conditions de ligature favorisant la formation de molécules recombinantes ?
OUI, l’expression graphique de l’equation de Dugaiczyk permet de predire quels types de produits seront formes durant la ligature d’ADN a differentes concentration
D’apres le graphique de Dugaiczuk un i/j <2 correspond a quoi?
Concatenaire linéaires
D’apres le graphique de Dugaiczuk un i/j >2 correspond a quoi?
Monomeres circulaires
Quelles sont les conditions recommandees pour ligaturer un insert avec un vecteur plasmidique ?
-[ADN] < 10ug/ml
-Rapport molaire insert:vecteur de 2:1 ou 3:1
Dans des conditions optimales d’une reaction de ligature avec des fragments a bouts collants compatibles, quel est le produits majoritaire ?
le vecteur recircularisé (70%)
Comment rendre compatible les bouts du vecteur et les bouts de fragments generer avec le remplissage partiels des bouts 5’ ?
Il faut ajouter 2nt avec le fragment de klenow
Trois approches permettent de maximiser la formation de molécules recombinantes, lesquelles ?
- Déphosphorylation du vecteur: coupure avec une seule enzyme de restriction et dephosphorylation à l’aide de la phosphatase alcaline
- Clonage directionnel: coupure avec 2 enzyme de restrictions pour generer des bouts incompatibles
- Remplissage partiel des bouts 5’ protuberantes incompatibles: coupure avec une enzyme pour generer bout 5’ avec depassement de 4 nt qui sont incompatibles avec les bouts diu vecteur.
Que fait la phosphatase alcaline ?
elle catalyse l’hydrolyse des residus 5’P de fragments d’ADN ou ARN portants des extremites franches ou collantes
Quel est l’avantage de la methode de remplissage partiel 5’ par rapport aux deux autres ?
elle genere des fragments qui ne peuvent se lier entre eux meme donc ca previent l’insertion de plus d’un fragment
Quels sont les desaventages de la ligature de fragments à l’extremités franches?
1) Ce type de ligature est inefficace
2)Les sites de restriction aux jonctions du vecteur et de l’insertion peuvent etre éliminés
3)Les molecules recombinantes peuvent contenir plusieurs copies de l’insertion en tandem
Quel est la ≠ au niveau de l’utilisation entre les linkers ou des adaptateurs ?
Les ‘linkers’ sont toujours ajoutés à des insertions portant des bouts francs, alors que les adaptateurs peuvent aussi être ajoutés à des insertions portant des bouts collants pour les rendre compatibles avec les extrémités du vecteur
Definition d’un linkers?
oligonucléotide de 8-12 bases de longueur (8-12 mers), qui s’associe avec lui-même pour donner de l’ADN double-brin avec bouts francs. Il contient un ou plusieurs sites de restriction.