Exam 1 microbio Flashcards
1
Q
Définir l’infection
A
Maladie causée par déséquilibre entre défenses naturelles de l’hôte et capacité invasive des microorganismes
2
Q
2 premiers postulats de Koch (Avec micro-organisme)
A
1- Il doit êre associés ceux qui souffrent & absents gens sains
2- Il peut être isolé & cultivé
3- micro org cultivé doit déclencher même maladie chez animal labo sensible
4- Il doit être à nouveau isolé du nouvel org
3
Q
2 derniers postulats de Koch (Avec micro-organisme)
A
3- micro org cultivé doit déclencher même maladie chez animal labo sensible
4- Il doit être à nouveau isolé du nouvel organisme hôte rendu malade puis identifié comme étant identique à l’agent infectieux original
4
Q
Endémie, épidémie et pandémie
A
-Endémie: Taux infection par an reste constant
-Épidémie: infection développe endroit donné.
-Pandémie: Épidémie niveau mondial
5
Q
Infections à transmission directe
A
-Par contact (physique ou objet inanimé)
-Par gouttelettes et voies aériennes (varicelle)
-Par véhicule commun (eg eau contaminée)
6
Q
Autres modes de transmission (pas direct)
A
-Transmission vectorielle
-Nosocomiales
-Opportunistes
-Zoonoses (de l’animal à homme)
7
Q
1ere cause mortalité globale
A
infections
8
Q
Découvreur bactérie responsable peste et nb de pandémies
A
-Alexandre Yersin (Yersinia pestis)
-3 pandémies (Justinien, noire et moderne)
9
Q
Apparition premières ébauches santé publique (liées à la peste)
A
-Gestion cadavres, apprivoisement eau et nourriture, développement système quarantaine
10
Q
Variole (virus)
A
-Orthopoxvirus (ADN)
-Aucun réservoir animal/vecteur
-Très contagieuse
11
Q
Variolisation
A
-Inoculation avec contenu pustules d’un malade
-Résultat aléatoire et risqué
12
Q
Début vaccination (variole)
A
-Cowpox 1796 (protégé)
-20e siècle: virus dans glycérine (pu besoin vache proche) et dessiccation sous vide
13
Q
Éradication variole
A
-Plusieurs statégies: vaccination de masse, en cercle
-1980: officiellement éradiquée
14
Q
Choléra (bactérie)
A
-Vibrio cholerae
-Transmission fécale-orale (eau/aliments contaminés)
-Déshydratation
-7 pandémies
15
Q
Quarantaine Québec Choléra
A
-Lors 2e pandémie
-Tous navires s’arrêtent Grosse-île pour inspection
15
Q
Base épidémiologie avec choléra
A
-John snow établit source choléra -> eau de pompe
-Condamnation pompe = fin épidémie
16
Q
9 pandémies depuis début XXe siècle
A
-Influenza (espagnole, asiatique, Hong-Kong, H1N1)
-VIH-1 (sida)
-Coronavirus (SRAS, MERS, covid)
-Ebola
17
Q
Grippe/influenza (virus)
A
-ARN (famille orthomyxoviridé)
-4 types: ABCD (Seul A = pandémie)
-Sous-types A: H, N
-Gouttelettes
18
Q
Le sida est mtn une maladie …
A
Chronique au lieu de mortelle
19
Q
La bi-trithérapie impact sur connaissances actuelles
A
Comme modèle pour autres maladies
20
Q
Louis Pasteur découvertes
A
Réfutation génération spontanée, fermentation, maladie vers à soie, vaccin contre rage
21
Q
Emil von Behring découvertes
A
Sérum antitoxine contre diphtérie, père sérothérapie
22
Q
Paul Erlich découvertes
A
Colorants pour dx et tx; Salvarsan, père chimio
23
Q
Robert Koch découvertes
A
Agent responsable tuberculose, cholera et anthrax
24
Ronald Ross découvertes
-Paludisme (malaria) transmis par moustique
25
Alphonse Laveran découvertes
-Paludisme (malaria) est causé par un protozaire (organisme avec noyau)
25
Gerhard Domagk découverte (agent antimicrobien)
Prontosil (sulfamidé) (1939)
26
Charles Nicolle découvertes
-Typhus est transmis par le pou
27
Alexander Fleming découverte (agent antimicrobien)
Pénicilline (1929)
28
Selman Waksman découverte (agent antimicrobien)
Streptomycine/bactéries du sol-Actinomycètes (1952)
29
3 mécanismes action des antibiotiques qui ciblent les bactéries
-Inhibition de la synthèse de la paroi cellulaire
-Inhibition de la synthèse des acides nucléiques
-Inhibition de la synthèse des protéines
30
Première méthode préventive 1348
-Quarantaine: 40 jours isolement dans bateaux (mais les rats...)
31
Deuxième méthode préventive 1847
-Semmelweiss: Lavage des mains sauvent vies (fièvre puerpérale suite accouchement)
32
Troisième méthode préventive 1867
Lister: Désinfection instruments chirurgicaux, port vêtement propre, tx plaies avec phénol
33
Quatrième méthode préventive 1870
Florence Nightingale: Isolement px contagieux; prévention contamination croisée
34
Maladie Lyme transmis par
Tiques
35
Candida auris
-2009
-Dissémination planétaire rapide
-Infection nosocomiale
-Mortalité élevée (fongémie)
36
Aedes aegypti et aedes albopictus transmettent...
Virus de la dengue, Zika, Chikungunya et fièvre jaune
37
bioNTech RNA quels types vaccins (ARNm)
Mélanome, cancer sein, ensuite covid
38
Moderna therapeutics vaccins (ARNm)
-Zika virus
-Influenza virus
-Covid
39
Temps d'attente pour dx des infections
2 jours à 1 semaine: identification pathogène
40
Possibilité résultat en 1h en labo
Thérapie rapide -> résultats microbiologie
41
Examen labo microbio régulier (diagnostique)
Culture standard -> tests identification microbienne et sensibilité aux agents antimicrobiens -> résultats microbiologie classique
42
Microbiome
Ensemble des gènes d'un microbiote
43
Dysbiose
Déséquilibre du microbiote
44
Microbiote
Ensemble microbes qui nous habitent
45
Rôle clé pour humain microbiote
-Digestion aliments
-Production nutriments, métabolites
-Éducation système immunitaire
-Protection
46
Taxonomie
Identification, classification et nomenclature des organismes vivants (EN ORDRE)
47
Systématique (inclut la taxonomie)
Comprendre les relations évolutives entre les organismes, Analyser les caractéristiques pour comprendre relations
48
Classification
Système hiérarchique selon leurs caractéristiques et leurs relations (êtres vivants)
49
Etymologie et protologue
-Étymologie: origine et signification des noms scientifiques des organismes
-Protologue: ensemble des informations publiées lors de la 1ere description formelle d’un taxon, incluant le nom scientifique, la diagnose...
50
Exemple d'espèce, genre famille et souche avec E.coli
-Espèce: coli
-Genre: Escherichia
-Famille: Enterobacteriaceae
-Souche: Sakai
51
3 domaines de la vie
-Bactéries (procaryotes)
-Archées (procaryotes)
-Eucaryotes
52
Quel type de cellules sont apparues en premier
Bactéries
53
Est-ce que les procaryotes ont des noyaux
Non (donc les bactéries ont pas noyaux)
54
Types bactéries
-Thermotoga
-À Gram positif
-Protéobactéries
-Mitochondries
-Cyanobactéries
-Chloroplastes
55
Ordres grosseurs 3 domaines vie, virus et protéines
-Protéines
-Virus
-Bactéries/archées
-Eucaryotes
56
La bactérie est la même taille que...
la mitochondrie ou chroloplaste
57
Qu'est ce qui est plus gros entre un globule rouge et une bactérie
Globule rouge
58
Qu'est ce qui est inclut dans le terme microbe ou microorganisme
Bactéries, virus, mycètes et protozoaires
59
Quel est le règne des bactéries et archées (microbes)
Non défini
60
Règnes des eucaryotes (microbes)
-Protistes (unicellulaire: protozoaire)
-Fungi (mycètes, levures..)
-Plantes (algue unicell non photosynthétique)
-Animaux (vers helminthes: oeufs)
61
Points communs virus et prions
-Agent infectieux acellulaires (pas vivants)
-Associés toutes branches vie
-Spectre hôte = restreint certains rangs taxo
-Souvent limités une espèce
62
Grâce à leurs acides nucléique, les virus sont..
des réplicons semi-autonomes
63
Comment les virus se font répliquer par leur hôte
En les infectant
64
Quel est l'ancêtre universels communs des virus
ILS N'EN ONT PAS (contrairement cellules)
65
Que sont les prions
Agents pathogènes protéique sans acides nucléiques (PAS RÉPLICONS)
66
Qu'est ce qu'un prion infectieux entraine
Cascade changements conformationnels chez protéines apparentées saines
67
Quels sont les organites que les bactéries ont
Aucun
68
De quoi est constitué le matériel génétique des bactéries
Un seul chromosome libre dans cytoplasme
69
Bactérie ADN ou ARN
LES 2
70
Infections mixtes
plusieurs pathogènes sont impliqués
Ex. péritonite
71
Infection nosocomiale
acquise en milieu hospitalier (48h après admission et moins de
deux semaines après congé)
72
Surinfections
infection suite à l’exposition à un premier microorganisme
Ex. pneumonie compliquant une influenza.
73
Infections opportunistes
qui n’affectent que les personnes vulnérables
(immunosupprimées etc.)
74
Virus ADN ou ARN
Un ou l'autre, jamais les deux
75
Qu'est-ce qui entoure le matériel génétique des virus
structure protéique (capside)
76
Mycètes vs bactéries
Mycètes + gros et structure cellulaire + complexe
77
Mycètes existent dans la nature en tant que...
Saprophytes -> tirent substances de matière organique en décomposition (pas nécessairement pathogène)
78
2 grandes catégories mycètes
-Levures: unicellulaires (bourgeonnement)
-Moissisures: champignons multicellulaires
79
Protozoaires
-Eucaryotes unicellulaires (protistes) causant infections
-Entité autonomes ou parasitaires
-Toxoplasmose, malaria, dysenterie amibienne
80
Microbe (ce que ça désigne)
Bactéries, fungi, protozoaires et virus
81
Particularités ribosomes bactériens
-Sous unités 50S et 30S (indice sédimentation)
-Structure/composition différente
-Caractéristique exploitable pour antibiothérapie
82
Plasmides (généralités)
Petites molécules ADN circulaire (réplication autonome) transférables microbe à l'autre (en + du chromosome)
82
Plasmides capacités spéciales
-Véhiculer gènes pour résister antiobio
-Porteurs gènes propriétés pathogènes bactéries (ex: entérotoxines irritantes intestin)
83
Les antibiotiques sont + efficaces pour les Gram + ou -
Gram + (- ont membrane externe protège paroi)
84
Qu'est ce que la paroi bactérienne
-Enveloppe semi-rigide donnant forme bactérie
-Gram + et - : peptidoglycane (cible pr antibio)
85
Membrane externe Gram -
-Lipopolysaccharides appelés endotoxine (Antigène O)
-Limite accès certains antibio
86
Membrane cytoplasmique bactéries
-Structure mince, souple + résistante
-Retient cytoplasme cellule
-Enzymes: métabo énergétique
87
Capsule
-Certaines bactéries
-Empêche phagocytose (pathogène!)
-Polysaccharides (antigène K)
88
nb variantes capsulaires pneumocoques et importance pour vaccins
-100
-Cibles les pneumocoques les plus fréquents mais pas tous
89
Glycocalyx
-¨Capsule¨intercellulaire agglutinant bactéries
-Favorise adhésion surfaces
-Favorise formation biofilms
90
Couche-S
-Protéines extracellulaires organisées en réseau répétitif régulier
91
Appendices externes: flagelles (4 types)
-Monotriche (1 flagelle)
-Lophotriche (bcp flagelles 1 extrémité)
-Amphitriche (1/bcp flagelles 2 extrémités)
-Péritriche (flagelles toute surface)
91
Flagelles des bactéries
-Assurent mobilité
-Protéines (flagellines) = Antigène H
92
Appendices externes (Pili, Fimbriae)
-Pili courts/fimbriae (adhésion)
-Pilus conjugatif (transfert plasmides, ADN, mécanisme conjug)
93
Cytoplasme et appareil nucléaire bactéries
-Cyto: appareil nucléaire et ribosomes
-Appareil nucléaire: ADN double brin sans membrane nucléaire
94
Spore (endospore) genres
Bacillus et Clostridium
95
Qu'est ce qui différencie endospore et spores des mycètes
-Structure et fonction différentes
96
Caractères constants des endospores d'une même espèce
Position et morphologie
97
Sporulation étapes (formation endospore)
1- Réplication ADN
2- Séparation deux compartiments ( pré-spore + cellule mère)
3- Formation double membrane autour pré-spore
4- Déposition peptidoglycane entre membranes (cortex protecteur)
6- Formation couche protéines (exosporium)
7- Libération endospore
97
Sporulation se produit quand
Se produit en réponse à un stress (manque de nutriments, chaleur, UV, produits chimiques)
98
Particularité des spores (endospores)
Survivre conditions défavorables (sécheresse, température, nourriture, UV, pH)
99
Germination étapes (retour forme active)
1-Activation : détecte signal (nutriments, chaleur, pH)
2-Rupture enveloppe et absorption eau
3-Dégradation paroi protectrice
4-Retour bactérie active → Capable croître et se diviser
100
Comment l'activation de la germination des spores se produit
Grâce changement potentiel électrochimique (sortie K+)
101
Antigènes bactériens H,K et O
H: flagelles
K: capsule
O: endotoxine (gram -)
(Ex: E.coli O157H7)
102
Composantes obligatoires bactérie
-Paroi cellulaire
-Membrane plasmique
-Cytoplasme
-Chromosomes
-Ribosomes
103
Composantes non obligatoires bactérie
-Capsule
-Endotoxine
-Plasmide
-Flagelle
-Pili
-Spore
-Corps inclusion/granule
104
Identification bactérienne
-Savoir quel microbe on a affaire (guide Dx + thérapie)
105
Classification bactérienne
Partie taxonomie permet associer microbes à différents groupes
106
Outils classification et identification bactérien
-Morphologiques, biochimiques, physico-chimiques, sérologiques, protéomiques, génétiques
106
Génotype et phénotype bactérien
-Génotype: Connaissance gènes microbiens
-Phénotype: Caractéristiques observables; résultat expression gènes
107
Taille et forme bactéries
-Bâtonnets: bacilles, coccobacilles
-Sphères: cocci
-Spirales: vibrio et spirochètes
-Difformes: pléïomorphes
108
Arrangement spatial bactéries
-Individuelles
-Paires: diplo-coques
-Chainettes: strepto-coques
-Amas: (organisés ou non)
109
Morphologie des colonies en culture sur gélose (3 catégories)
-Forme
-Élévation
-Bord
110
Coloration différentielle basée sur paroi
-Test GRAM
-Permet distinguer bactéries
111
Test GRAM étapes
-Fixation
-Crystal violet
-Iode
-Décoloration
-Safranine
(+ bleu, - rouge)
112
Microscopie optique (possibilités observation)
-Champ clair
-Contraste phase
-Fond noir
-Fluorescence
113
Microscopie champ clair
-Observation régulière
114
Microscopie à fond noir
-Lumière traversant microbe pénètre objectif -> fond noir sans lumière
115
Microscopie à contraste de phase
-↑ contraste entre structures épaisseurs variées (pas visible fond clair)
116
Microscope à fluorescence
-Absorbe lumière longueurs ondes courtes/émet lumière longueurs d'ondes longues
-Immunofluorescence: marqueur couplé anticorps -> reconnait structure recherchée
117
Microscopie confocale
-Fluorochromes et lasers traversent plans très étroits (↑ 40% clarté)
-Plaques cellules vivantes peuvent être filmées sur plusieurs jours
118
Microscopie électronique
-Transmission 2D
-Balayage 3D
-Grossissement jusqu'à 100 000 X
119
Tests biochimiques: technologies phénotypiques
-Tubes éprouvettes, galeries cupules, plaques 96 puits, micropuits sur cartes, etc.
120
Technologie en plaque 96 puits
-Pointage selon réactions positives
-Nb final correspond genre et espèce de bactérie
-Susceptibilité antibio (résistant, sensible..)
121
Tests physicochimiques: spectrométrie de masse de type MALDI-TOF
-Excitation molécules photosensibles par laser
-Ionisation et désorption échantillon
-Fonction masse -> temps vol différents (spectre masse/charge)
122
Détection immunologiques (2 types de question peuvent être répondues)
-Détection anticorps spécifiques (tests sérologiques)
-Détections antigènes microbiens (tests antigéniques)
123
Test agglutination sur lame et ELISA
-Lame: par anticorps spécifiques (savoir quel sérotype)
-ELISA: Rechercher antigène microbien dans échantillon ou rechercher anticorps formés contre antigène
124
Tests immunochromatographiques rapides (étapes)
1-Échantillon sur bandelette
2-Migration par capillarité à travers des anticorps marqués
3-Réaction spécifique : Si cible (antigène ou anticorps) est présente: bande colorée
125
Tests génotypiques: tests par amplification d'acides nucléiques
-Trousses détection d'un seul microbe spécifique soupçonné dans échantillon
-Trousses syndromiques (détection simultanée potentielle plusieurs espèces microbes)
126
Classification virale
-Nature génome
-Configuration génome
-Taille génome
-Enveloppe?
-Morphologie
-Taille virion
-Hôte
127
Est-ce que le virus se réplique lui-même?
Non, injecte matériel génétique dans hôte pour se faire répliquer
127
2 types emballage protéique capside
Hélicoïdale et icosaédrique
127
Virus sans enveloppe
-Nus
-Très difficile à se débarasser
127
Virus enveloppés (acquis lors sortie hôte par bourgeonnement)
-Glycoprotéines surface
-Génome
-Capside protéique
-Enveloppe lipidique
127
Structure virale: capside mixte des virus bactériens
Icosaédrique + hélicoïdale
128
Enzymes de rétrovirus (comme VIH)
-Transcriptase inverse: rétro-transcrit ARN viral en ADN
-Intégrase: intègre ADN viral au chromo hôte
-Protéase: favorise maturation protéines virales
129
Enzymes virus influenza (grippe)
-Neuraminidase: contribue relargage virus hors cellules
130
Virus vs espèces de virus
-Virus: infectent organismes vivants (virus peut signifier ensemble cycle ou particule)
-Espèces: catégories taxonomiques créés par hommes (comprendre relations, évolution & propriétés communes)
131
Levures (unicellulaires) peuvent produire....
Pseudohyphes (par bourgeonnement)
132
Moisissures (pluricellulaires) se reproduisent le plus souvent...
Par spores asexuées volatiles
133
Croissance sur gélose levures vs moisissures
-Levures: colonies lisses et muqueuses
-Moisissures: colonies chevelues et poudreuses
134
Levures d'intérêt alimentaire et médical
-Alimentaire: saccharomyces cerevisiae
-Médical: Candida albicans
135
Moisissures alimentaires vs médical
-Alimentaire: Penicilium roqueforti ou camemberti
-Médical: Penicilium notatum
135
Source d'énergie des bactéries
-Bactéries phototrophes: lumière
-Bactéries chimiotrophes: composé chimique
135
Embranchements de mycètes d'intérêt médical
-Zygomycètes
-Ascomycètes
-Basidiomycètes
136
Source carbone des bactéries (nutriment)
-Bactéries autotrophes: CO2
-Bactéries hétérotrophes: composés organiques
136
Sources d'électrons des bactéries (nutriment)
-Bactéries lithotrophes: NH3, NO2-, S, ions ferreux
-Bactéries organotrophes: sucres, alcools, acides (avec carbone)
137
Comment est préparée la gélose et quest ce que ça permet
-En ajoutant de l'agar (solide jusqu'à 45 °C) au bouillon
-Permet obtenir colonies isolée et pures
137
Milieu culture défini
-Composition connue et précise (ex: milieu minimal
-But: étudier rôle composé croissance
137
Milieu culture complexe
-Composition chimique non rigoureusement déterminée (ex: contient extraits viande)
-But: favoriser croissance TOUT organisme dans un échantillon
137
3 types culture sur gélose
-Ensemencement
-Culture mixte
-Culture pure
137
Temps de croissance des bactéries sur gélose dépend de
-Espèces, conditions cultures et source isolement
137
La plupart des espèces peuvent produire colonies visibles après cb de temps et à quelle température
-Après 18-24h
-À 35 °C
(entérobactéries, cocci Gram +, bactéries non fermentaires)
138
Quelles bactéries requièrent incubation plus longue
-Legionella pneumophila (2-3 jours ou 7)
-Mycobacterium tuberculosis (2-6 semaines)
138
Milieux de culture bactérien
-Enrichis
-Sélectifs
-Différentiels
(Un milieu peut être les 3)
138
Qu'est-ce que la méthode d'épuisement
-Pour isoler colonie bactérienne pure
-Trace des stries (3 ou 4)
139
Milieu culture enrichis
Additionnés de produits (sang, protéines) favorisant croissance microbes ayant besoin nutritifs complexes/particuliers
140
Milieu culture sélectifs
Ajout inhibiteurs croissance (antibio, sels, composés chimiques) pour inhiber croissance microbes indésirables et favoriser ceux recherchés
141
Milieu culture différentiels
Addition éléments (sucres, indicateur pH) pour distinguer espèces apparentées
141
3 types hémolyse
1-Beta: complète
2-Alpha: partielle
3-Gamma: absente
141
Qu'est-ce que les types d'hémolyse sur gélose au sang permettent (différentiel)
Identifier certaines bactéries selon leur capacité à détruire les globules rouges
141
Milieu différentiel gélose MacConkey
Distinguer les bactéries lactose + et lactose - (rouge neutre comme indicateur de pH)
142
Gélose MacConkey (type milieu)
Milieu sélectif et différentiel
142
Milieu sélectif gélose MacConkey
Favorise croissance des bactéries Gram - et inhibe les Gram + (sels biliaires et cristal violet)
143
Interprétation résultats gélose MacConkey
-Colonies roses/rouges → Lactose + (E. coli, Klebsiella, Enterobacter)
-Colonies incolores → Lactose - (Salmonella, Shigella, Proteus)
144
Milieu transport pour culture et croissance bactérienne
Ne permet pas croissance, préserve viabilité lors transfert
145
Conditions physico-chimiques croissance (température)
-Psychrophiles: -10 à 25 °C
-Mésophiles: 20 à 50 °C
-Thermophiles: 50 à 100 °C
145
Types bactéries en fonction de leur besoin O2
-Aérobies stricts
-Anaérobies facultatifs
-Anaérobies stricts
-Anaérobies aérotolérants
-Microaérophiles
146
pH pour croissance majorités des microbe (mais varie selon espèce)
6.5-7.5
146
Noms microbes qui ont croissance maximal en pH très acide et très basique
-Acide: acidophiles extrêmes
-Basique: alcalophiles extrêmes
147
Facteur de croissance pour microbe (généralités)
-Métabolite essentiel (microbe sait pas faire synthèse)
-Apporté par aliments
-Intervenir tous stades métabolisme
-Petite molécules
-Relatif à un microbe donné
147
Dénombrement sur gélose (+ courante)
-Dénombrer colonies après croissance sur gélose
-Suppose que ch bactérie initiale donne naissance à colonie
147
Phase latence et accélération courbe croissance
-Entre ensemencement bouillon et début multiplication bactéries (délai pour synthèses enzymes)
-début division
148
Étapes courbe croissante bactéries
1-Latence
1.1-accélération
2-Exponentielle
2.2-ralentissement
3-Stationnaire
4-Décroissance
148
Phase exponentielle et ralentissement courbe croissance
-Population croit vitesse max: prod énergie, protéines/produits fermentation = max et temps division = min
-éléments nutritifs commencent à manquer & prod déchets
149
Phase stationnaire
-Densité maximale culture atteinte -> équilibre nb bactéries formées et celles qui meurent
-Bactéries sporulent pour se protéger toxicité
150
Phase de décroissance
-Nb cell viables ↓
-Endotoxines des bactéries Gram - sont libérées
151
Colonisation
Présence microorg dans/sur hôte sans nécessairement causer maladie (peut être préalable à infection) (peuvent se multiplier)
152
Infection
Envahissement hôte par agent pathogène actif capable de s'y multiplier ET causer maladies
153
Contamination
-Microorg sur surface corps/objets inanimés (fomites)
-En lab: microbes non présents dans site prélevé
154
Étapes processus infectieux
1-Pénétrer hôte
2-Adhérer cell de hôte (pas tjrs)
3-Faire compétition à flore normale (pas tjrs)
4-Résister défenses immun.
5-Envahir tissus cibles
6-Induire dysfonct physio
155
Réservoirs agents pathogènes
-Humains: poteurs sains, latents, malades
-Animaux: zoonoses
-Inanimés: sol, eau, aliments
156
Transmission microbes (modes)
-Contact étroit: relation, gouttelettes
-Vecteur vivant (ex: arthropodes)
-Véhicule inanimé
157
Virulence vs pathogénicité
-V: Degré pathogénicité (quantitatif)
-P: Capacité microorg causer infection (qualitatif)
158
Portes d'entrée des microbes
-Muqueuses
-Peau
-Voie parentérale
159
Adhérer cellules de l'hôte
-Interaction complémentaire et spécifique entre une adhésine (sur bactérie) et un récepteur (sur hôte)
160
Les sites corporels des adhésion des bactéries sont majoritairement quel type de tissu
Épithélium
161
nb cellules eucaryotes et microbes dans corps humain
10^13 cell eucaryotes, 10^14 microbes
162
Flore normale
-Microflore -> microbiome (microbiote + environnement)
-Métagénomique = génomique globale d'un environnement
163
Types cellules les + abondantes corps
Globules rouges (90% des cellules)
164
Rôle flore normale
Protecteur, métabolique, stimule immunité, parfois source infection
165
Distribution flore normale
Peau, bouche, systèmes digestif, respiratoire et génito-urinaire
166
Microbiome
Ensemble génomes microbiens dans environnement + composition microbes et théâtre activité (métabolites et molécules signales)
167
Est-ce vrai que la diminution des infections = augmentation maladies autoimmunes
NON, bon système immunitaire= exposition bons microbes (pas pathogènes)
168
Holobiote
Hôte avec tous ses microbes
169
Flore de la peau et bactéries
-Pas favorable sauf parties humides
-Flore résidente/transitoire
-Staphylocoques, corynébactéries et propionibactérie (acné)
170
Infections cutanées à staphylocoques
-Staphylocoques à coagulase + ou -
-S. epidermidis prévaut mais S. aureus parfois pathogènes
-90% de la flore normale
171
Acné (facteurs, occlusion)
-Facteurs génétiques et hormonaux -> prod excessive sébum
-Occlusion glandes pilo-sébacées -> comédons
172
Réponse bactérienne acné
-Cutibacterium acnes hydrolyse sebum -> produit AG
-Réponse +: effet barrière, inhibition
-Réponse -: Inflammation -> papules, pustules
(anaérobie et commensale)
172
Écosystèmes microbiens dans bouche
-Flore muqueuse buccale: ex: streptococcus salivarius
-Flore dents et plaque dentaire: Streptococcus mutans -> caries
(Systèmes immuni. et alimentation!)
173
Majorité des bactéries du colon sont aérobies ou anaérobies
Anaérobies
174
Exemples de bactéries aérobies et anaérobies du tube digestif
-Aéro: entérobactéries, entérocoques, staphylocoques..
-Anaéro: Bacteroides, fusobacterium, clostridium
175
Qu'est ce qui constitue une barrière pour que les bactéries des aliments ne passent pas dans l'intestin
le pH très acide de l'estomac (2)
176
Quelles bactéries se retrouvent sur les parois de l'estomac
-Helicobacter pilori (ulcères gastriques)
177
Perturbation flore intestinale après tx antibio
-Niches écologiques peuvent favoriser Clostridioides difficile (diarrhée à C. difficile)
-Si tx fonctionne pas -> transplantation fécale
178
Flore du nez (respiratoire)
-Staphylocoques, streptocoques, haemophilus
179
Flore gorge et nasopharynx
Flore semblable à celle salive
180
Flore trachée, bronches, poumons
Autrefois considérés normalement stériles....
181
Flore reins et vessie
Normalement stériles
182
Flore urètre
Straphylocoques, streptocoques, entérocoques, bacilles anaérobies
183
Flore vaginale vie adulte fertile
Épithélium vaginal -> glycogène -> lactobacilles -> acide lactique -> pH acide (3.8-4.5)
184
Flore vaginale avant puberté et après ménopause
Pas glycogène -> pas lactobacilles -> pH alcalin (7 et +)
185
Est-ce que les levures comme Candida albicans font parties de la flore vaginale normale
Oui, mais peuvent proliférer suite antibiotiques qui altèrent flore bactérienne
186
Quand sont transmis les premiers bons microbes du bébé
-Lors accouchement
-Naissance par vagin/césarienne affecte flore bébé (recherches en cours)
186
Facteurs maternaux/environnementaux qui peuvent affecter développement microbiote enfant
-Diète maternelle
-Age gestationnel
-Environnement
-Exposition antibiotiques
-Breast milk vs biberon
-Environnement intrautérin
-Gestational weight gain
187
Certains microbes peuvent... (pour résister aux défenses immunitaires)
-Masquer leurs composantes vulnérables
-Se protéger de phagocytose
-Survivre à intérieur leucocytes
-Sécréter enzymes détruisant leucocytes
-Interférer avec anticorps et complément
187
3 facteurs maternels facilement modifiables pour améliorer microbiome nouveau-né
-Allaitement maternel
-Optimiser alimentation mère
-Meilleur contrôle comorbidités maternelles et maladies chroniques
188
Sécrétion enzymes extracellulaires (pour envahir tissus)
-Cytolysines
-Hémolysines
-Coagulases et fibrinolysines
-Leucocidines
189
Cytolysines
Brisent composantes cellulaires (ex: collagénase)
190
Hémolysines
Détruisent globules rouges (hémolyses beta et alpha)
191
Coagulases et fibrinolysines
Provoquent formation caillot ou empêchent coagulation
192
Leucocidines
Détruisent leucocytes en les perforant
193
Toxines bactériennes
-Exotoxines (Ex: choléra, coqueluche)
-Endotoxines (LPS: gram -)
194
Qu'est ce qui est plus toxique entre exotoxine et endotoxine
EXOTOXINE
195
Exemple d'exotoxine utilisé à des fins cosmétiques et thérapeutique
La toxine botulique de Clostridium bolutilum
196
Comment endotoxine induit hypotension
Endotoxine -> médiateurs vasoactifs -> troubles vasculaires, hypotension
196
Effets sur corps des LPS
-Inflammation
-Fortes fièvres
-Choc septique
197
Partie toxique du LPS
Lipide A (antigène-o = immunogène)
198
Comment la réaction inflammatoire est définie
Rougeur, enflure, chaleur, douleur
198
Comment endotoxine induit toxicité cellulaire
Endotoxine -> médiateurs inflammatoires, cytokines -> fièvre, toxicité cellulaire
199
Médiateurs protéiques et lipidiques réaction inflammatoire
-Protéiques: cytokines, chimiokines
-Lipidiques: Prostaglandines, leucotriènes
199
Quelles cytokines peuvent reproduire la majorité des effets de l'endotoxine
La TNF-alpha et l'interleukine-1 (IL-1) étant très pro-inflammatoires
200
Qu'est ce que le clostridium tetani sécrète ***
Exotoxine puissante (toxine tétanique)
201
Clostridium botulinum forme et ce que ça cause
-Batonnet sporulé sécrète toxine bolutinique (bolutisme)
-Intoxication alimentaire
-Sans tx: taux mortalité 70%
202
Propriétés de la clostridium botulinum qui la désactive
-Thermolabile et inactivée en anatoxine par chaleur
203
Pourcentage de mortalité due infections et nb de décès par année
16% et 9 millions
204
Maladies infectieuses émergentes associées à une résistance
-Gonorrhée
-Tuberculose
-Malaria
205
En 2019, combien de personnes sont décédées à cause d'une résistance aux antimicrobiens
1,27 million (E.coli, staphylococcus aureus...)
206
Moyens de résister aux antibio
-Altération perméabilité/séquestration
-Modification/destruction antibio
-Modification/remplacement cible
207
Est ce que les plasmides codent pour des fonctions essentielles à la cellule
Non
208
Quels avantages les plasmides peuvent donner à la bactérie hôte
-Résistance aux antibio
-Capacité métabo supplémentaire
-Facteur favorisant infection
209
Un plus petit génome encode plus ou moins de gènes
Moins, se traduit par capacités limités (dépendent de leurs hôtes pour survivre)
210
Chez bactéries, un gène de longueur moyenne occupe cb paires de bases
1000, presque toutes séquences sont codantes (un cadre de lecture ouvert = 1 gène)
211
Forme du seul chromosome dans la bactérie
circulaire
212
est ce que les plasmides sont essentiels
Non
213
Qu'est ce qui est + gros entre chromosome et plasmide
Chromosome
214
Génome de base
Gènes communs à toutes souches d'une même espèce
215
Génome accessoire
Gènes retrouvés dans certaines souches mais absents chez autres souches
216
Pangénome
Ensemble gènes qui peuvent se retrouver dans au moins une souche d'une espèce bactérienne
217
Génome de base + génome accessoire =
Pangénome
218
Le pangénome est un réservoir de gènes..
Résistance, virulence, antigènes de surface, métabolismes divers
219
Divison des bactéries
-Fission binaire
-Répartition égale copies chromo entre cellules filles mais pas tjrs pour plasmides
220
Quel mécanisme de régulation est le + utilisé par bactéries et qui peut jouer rôle dans résistance aux antibiotiques
Régulation transcriptionnelle
221
Que fait la bactérie afin de minimiser ses dépenses énergétiques
Elle active un système que si elle en a besoin (mais toujours prête à produire ce qu'il faut)
222
Promoteur de la régulation transcriptionnelle
-Séquence ADN amont gène
-Permet transcription gène en ARNm (par ARN polymérase)
-Requise transcription gène
223
Opérateur de régulation transcriptionnelle
-Séquence ADN adjacente à gène
-Reconnue protéine régulatrice
-Contrôle transcription gène
223
Répresseur régulation transcriptionnelle
-Protéine inhibe transcription gène en liant à séquence nucléotides de ADN
224
Régulation tetB en absence tétracycline
TetR (protéine régulatrice) se fixe sur l’ADN et bloque la transcription de tetB.
224
Activateur régulation transcriptionnelle
-Protéine stimule transcription gène
-Reconnaissent séquence spécifique ADN située proximité promoteur
225
Contrôle positif vs négatif régulation transcriptionnelle
-Négatif: répresseur
-Positif: activateur
226
Régulation tetB en présence de tétracycline
L’antibiotique se lie à TetR, le libérant de l’ADN et permettant la transcription de tetB. (expulse antibiotiques)
227
La régulation/autorégulation de l'expression des gènes est un processus actif ou passif
Actif qui exige que cellule soit état métabolique actif
228
La régulation est un processus comprenant des... comme dans l'autorégulation
Boucles de contrôle
229
Régulation simple
Promoteur pour contrôler gène
230
Régulation dans opéron
Un seul promoteur pour contrôler plusieurs gènes adjacents
231
Régulation par régulon
Une seule protéine régulatrice pour contrôler plusieurs gènes situés à différents endroits dans le génome
232
Régulation par stimulon
Contrôle plusieurs gènes non contigus (endroits différents génome) par un même stimulus
233
Gène = Unité unique.
Opéron = Plusieurs gènes sous un même contrôle.
Régulon = Plusieurs opérons/gènes dispersés, régulés ensemble.
234
Mutations
-Modification séquence nucléotides ADN
-Substitution, délétion, insertion, réarrangement
-Transmis cellule fille
235
Est-ce que les mutations silencieuses peuvent avoir impact sur le fonctionnement de la cellule
OUI!
235
2 types mutations
-Spontanées: erreurs lors réplication (aléatoire et peu fréquent)
-Induites: agents mutagène (+ fréquent)
236
Mutations par substitution
-Mauvais sens (prot défectueuse)
-Non sens (prot incomplète)
-Silencieuse (prot normale)
237
Phénotype mutation
Effet observable d'une mutation
238
Phénotype (observable) + sélectionnable
Effet sur population
239
La fenêtre de sélection est la concentration d’un antibiotique où :
-Les bactéries sensibles sont inhibées,
-Mais certaines bactéries résistantes peuvent encore survivre et se multiplier.
240
Conséquence concentration suboptimale d'antibio (trop faible)
-sélectionner les mutants résistants (ils continuent de proliférer)
241
5 groupes de système de réparation de l'ADN chez bactéries
-Réparation directe ADN
-Réparation par excision
-Réparation par recombinaison
-Réponse SOS
-Réparation sujette à erreur
242
Réponse SOS et sujette à erreur conséquences
-SOS: peut stimuler transfert horizontal gènes
-Sujette erreur: entrainer mutations
243
Quels antibio peuvent activer systèmes réparations des bactéries
Aminoglycosides, beta-lactamines et quinolones à faible concentration
244
3 mécanismes permet bactérie échanger information génétique (transfert horizontal)
-Transformation
-Conjugaison
-Transduction
245
Est-ce que les bactéries se reproduisent de façon sexuée
Non
245
Transformation (mécanisme transfert horizontal)
-Absorption ADN libre à partir cellules lysées dans environnement
246
Transduction (mécanisme transfert horizontal)
Matériel génétique introduit à partir d'un phage dans génomes bactériens
247
Conjugaison (mécanisme transfert horizontal) ***
Transfert ADN à travers pili conjugatifs et constitue mécanisme prédominant transfert ADN entre bactéries
248
Que veut dire le terme compétence (en partant de bactéries)
Capacité que certaines cellules peuvent être transformées (GÉNÉTIQUEMENT) par ADN externe libre
249
La compétence est naturelle chez certaines espèces bactériennes telles..
-Acinetobacter sp.
-Bacillus sp.
-Haemophilus influenzae
-Neisseria sp.
-Streptococcus pneumoniae
-Vibrio sp.
250
Qui contrôle l'acquisition de l'ADN étranger
Bactérie réceptrice
251
L'échange d'ADN est + efficace avec bactéries de même espèces ou espèces différents
Même espèce/espèces ¨cousines¨ proches
251
Nouvelles propriétés suite à transformation par ADN libre
Résistance à antibiotique
Facteur virulence
252
Comment les antibio peuvent favoriser transformation par ADN libre
-Pression sélective aux bactéries transformées par gènes résistances
-Agit comme stimulus externe induisant/augmentant compétence
-Favorisant lyse des cellules, libérant ADN
253
Pourquoi la conjugaison ressemble à un type sexuel
Contacts cellule-cellule et échange matériel génétique est toujours unidirectionnel (gènes nécessaires sont codés par plasmides conjugatifs)
253
Plasmides conjugatifs type R
-Résistance antibiotiques
-Gram - (pili conjugatif/sexuel)
-Gram + (autre)
254
Mécanisme mobilisation
Plasmides non conjugatifs peuvent être transférés en même temps que conjugatif
255
Phage virulent/strictement lytique
phage uniquement capable cycle de croissance lytique (mort cellules bactériennes)
256
Lysogénie
bactériophage entre dans cellule dans la détruire et intégrer leur matériel génétique dans génome bactérien
257
Phages chroniques
Sort de bactérie sans la lyser
258
Transduction
Transfert ADN bactérien cellule à autre par intermédiaire d'une infection par bactériophage
259
Transduction spécialisée génome hybrique phage-bactérie
Génome du prophage improprement excisé de l'hôte (très rare mais peuvent se propager)
260
Transduction généralisée
Résultat empaquetage accidentel de fragments ADN de l'hôte (NE peut se propager suite infection initiale)
261
Bactériophages/phages
Virus qui parasitent bactéries
262
Capside
Enveloppe protéique des bactériophages qui renferme matériel génétique (ADN/ARN)
263
Différents cycles de vie des bactériophages
-Lytiques
-Lysogéniques
-Chroniques
264
Gènes transférés par transfuction
-Toxine Corynebacterium diphteriae
-Entérotoxine E.coli
-Toxine streptocoque responsable scarlatine
-Toxines Clostridium botulinum
-Gènes résistances beta-lactamines chez pseudomonas
265
Transposition
-Mouvement segments ADN à intérieur d'une même cellule
-Requière proximité intracell entre endroits où transfert à lieu
266
Transposons simples (ou IS, "Insertion Sequences")
Contiennent seulement les gènes nécessaires à leur transposition :
-Gène transposase (enzyme qui catalyse le déplacement).
-Séquences répétées inversées aux extrémités pour la reconnaissance.
266
Transposons
Séquences ADN mobiles capables de se déplacer dans le génome
267
Transposons complexes
Contiennent, en plus de la transposase :
-Des gènes additionnels, souvent de résistance aux antibiotiques.
-Des séquences IS de chaque côté qui encadrent ces gènes.
268
En résume, transposons simples vs complexes
Simple = juste la transposase.
Complexe = transposase + gènes additionnels (souvent de résistance)
269
Autres types de transposons
-Phages transposables
-Rétrotransposons (intermédiaire ARN impliqué dans transposition)
270
Intégrons
-Éléments génétiques recrutent gènes de résistance et les intègrent les uns à suite des autres devant promoteurs forts (assurant expression multiples gènes simultanément)
271
L'administation de médicaments antibactériens perturbe équilibre de...
microflore
272
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