Évolution, Taxinomie et Diversité Flashcards
3 parties distinctes de la taxinomie
Classification
Nomenclature
Identification
Classification?
Arrangement en groupes ou taxons, selon la base de similarités mutuelles
Nomenclature?
Consiste à donner des noms aux groupes taxinomiques selon les règles publiques
Identification?
Détermine qu’un isolat particulier appartient à un taxon connu… et si c’est le cas, lequel.
4 importances de la taxinomie
- Met de l’ordre dans nos connaissances
- Permet de faire des prédictions et hypothèses
- Répartit MO en groupes significatifs
- Essentielle pour l’identification précise des MO
4 systèmes de classifications
- Classification naturelle
- Rangs taxinomiques
- Définir une espèce procaryotes
- Une souche
La classification naturelle est une approche _______
polyphasique
Les classification naturelle inclut les trois caractères suivants :
- Phénotypiques : caractères phénotypiques
- Phylogénétique : relations évolutives plutôt que des ressemblances
- Génotypiques : similarité génotypique
Le groupe de base en taxinomie microbienne est _____
l’espèce
Rangs taxinomiques : genre?
Groupe bien défini, d’une ou plusieurs espèces, qui est clairement séparé des autres genres.
Définition la plus fondamentale des procaryotes?
Un ensemble de souches qui partagent de nombreuses propriétés stables et diffèrent significativement des autres groupes de souches.
Une souche est constituée de ?
des descendants d’une seule culture microbienne pure.
Une souche provient d’un _________ ou d’un _______
organisme unique
isolat de culture pure
3 façons de différencier des souches
Biovars: différences biochimiques ou physiologiques
Morphovars : Différences morphologiques
Sérovars : Propriétés antigéniques distinctes
Une des premières souches étudiées? plus ou moins caractérisée que les autres souches?
Souche type
Plus caractérisée
La souche type de l’espèce est appelée _________. C’est quoi?
espèce type.
C’est le type nomenclatural ou détenteur du nom de l’espèce
Deux grands groupes de caractéristiques?
Caractéristiques classiques
Caractéristiques moléculaires
4 caractéristiques classiques?
- Morphologiques
- Physiologiques et métaboliques
- Biochimiques
- Écologiques
5 caractéristiques moléculaires?
- Composition en base des acides nucléiques
- Hybridation des acides nucléiques
- Séquençage des acides nucléiques
- Prise d’empreintes génomiques
- Séquençage des protéines
Pourquoi des organismes aux contenus en GC similaires n’ont pas des séquences d’ADN similaires? Comment aurait-ils des séquences similaires?
deux séquences très différentes peuvent encore avoir le même nombre de GC et AT.
Seulement si deux MO se ressemblent phénotypiquement qu’un contenu en GC similaire suggère un parenté
L’hybridation des acides nucléiques mesure ________ et est utilisée que pour étudier des MO _______. Pourquoi?
- la similitude entre deux génomes
- très apparentés. Sinon, les molécules d’ADN ne forment pas d’hybrides stables détectables
Une des techniques les plus courantes de l’hybridation des acides nucléiques?
marquage à l’ADN radioactif
3 étapes de l’hybridation des acides nucléiques
- ADN non radioactif (espèce A) est dénaturé et fixé à une membrane de nitrocellulose.
- Incubation avec ADN simple-brin (espèce B marqué à la radioactivité)
- Lavage de la membrane et mesure la radioactivité (reflète le degré d’hybridation)
Séquençage des acides nucléiques - Quelles deux gènes sont idéaux pour déduire des phylogénies microbiennes?
Gènes ribosomaux 16S et 18S
6 raisons pourquoi 16S et 18S sont idéaux pour la séquençage des acides nucléiques
- Même rôle chez tous MO
- Indispensables à la survie
- Ne peuvent pas tolérer d’importantes mutations
- Évoluent lentement
- Ne peuvent pas être transférés par transfert horizontal
- Possèdent des régions très stable et des régions variables
L’analyse comparative des séquences d’ARNr 16S ou 18S de milliers de MO démontre la présence de quoi?
des signatures oligo-nucléotidiques
2 principales approches de prises d’empreintes génomiques?
- Polymorphisme de longueur de fragments de restriction (RFLP)
- rep-PCR : basée sur des séquences d’ADN hautement conservées et répétitives
4 étapes du RFLP?
- Gène amplifié par PCR
- Gène amplifié (souvent 16S et 18S) est digéré par enzymes de restriction
- Mélange de fragments d’ADN obtenu et séparé avec électrophorèse
- Organismes avec patrons similaires sont taxinomiquement plus proches
Une méthode directe de la séquençage des protéines?
Détermine la séquence d’acides aminés de protéine ayant la même fonction - spectromètre de masse
3 méthodes indirectes de la séquençage des protéines?
- Comparer la mobilité dans électrophorèse
- Déterminer les propriétés immunologiques
- Comparer les propriétés enzymatiques
Arbres phylogénétiques: Chaque ramification (\_\_\_\_) représente quoi?
Noeud
un évènement ou (endroit) une divergence s’est produite
Arbres phylogénétiques:
La longueurs des branches représente quoi?
Le nombre de changement moléculaires qui se sont produits entre deux noeuds
Comment créer un arbre phylogénétiques à
partir de données moléculaires ? 4 étapes
- Aligner les séquences
- Déterminer le # de positions qui varie entre les séquences
- Exprimer cette différence
- Utiliser cette mesure de différence pour créer un arbre phylogénétique
- Les arbres phylogénétiques :
Typologie? (2)
Arbres non racinés = n’indiquent pas le chemin évolutif
Arbres racinés = comporte un noeud qui sert d’ancêtre commun
Comment un arbre non raciné peut devenir raciné?
En ajoutant les données d’une espèce très distante des autres espèces
Le défi des transferts horizontaux?
Un transfert génétique horizontal considérable a lieu à l’intérieur et entre les domaines
Le patron de l’évolution microbienne n’est donc pas
aussi linéaire et en arborescence qu’on ne l’avait pensé
