ERDANI 1 Flashcards
notranja in zunanja membrana skupaj:
nuclear envelope - jedrna ovojnica!
razen notranja in zunanjna membrana na površini jedra imamo še:
jedrna lamina!!
fagmentirano jedro imajo:
levkociti
nobenega jedra nimajo:
eritrociti
evkariontska celica se je razvila iz —, ki je v evoluciji —
arheje, izgubila svojo celično steno
povprečno število jedrnih por na celico:
3000-4000
lastnosti heterokromatina
bolj spiraliziran, izražanje genov je močno inhibirano, ob notranji jedrni membrani
lastnosti evkromatina
manj spiraliziran, intenzivno poteka izražanje genov, pomaknjen bolj v notrajnosti
jedrna lamina gradijo LAMINI (interm.fil)
A,B1,B2 in C
funkcija jedrne lamine
vzdrževanje oblike in stabilnosti jedrne ovojnice
mutacija u genu za LAMIN A povzroči
progerija (napačno obliko jedrne lamine)
notranja jedrna membrana vsebuje tudi 2 vrsti proteinov:
LAP in laminske receptorje
če se aktinski filamenti ne morejo trdno povezati z jedrom pride do
mišična distrofija (pr. poškodovan protein EMERIN)
TELOMERAZA se nahaja v:
jedrce –vzdržuje dolžino koncev kromosomov-telomerov
pri ženskih se blizu jedrca nahaja tudi:
fakultativni heterokromatin - močno spiraliziran kromosom X
premer jedrne pore
10 nm
če so molekule prevelike za prehod preko jedrne pore, prehajajo preko:
aktivni transport – z GTP vezanim na G-proteine
premer jedrne pore zmanjšujejo:
FG repki (bogati z fenilalnin in glicin)
cikel izmenjevanje Ran-GDP -> Ran-GTP uravnava:
faktor Ran-GEF (exchange factor)
v citosolu, pod vplivom — hidrolizira GTP i sprostita tovor, GDP pa se vrne v jedro
Ran-GAP
tipe G-proteine
trimerne in monomerne(aktivne, ko se nanje veže GTP)
PROTEINI ZUNANJE JEDRNE MEMBRANE:
NESPRINI (povezujejo se s proteini SUN in skupaj tvorijo kompleks LINC-linker of nucleoskeleton and cytoskeleton)
PROTEINI NOTRANJE JEDRNE MEMBRANE:
- proteini SUN (se povezujejo z lamini in nesprini) 2. proteini povezani z lamini (LAP) se povezujejo s proteini, ki se vežejo na DNA
(BAF, transkripcijski faktorji SMAD , B - katenin) - Lamin B receptorji ( LBR ) (se povezujejo s HP1 in histoni). Na delih, kjer je
lamina pripeta na kromatin, na teh delih geni niso aktivni - Emerin
specifično zaporedje AK - določajo, v kateri organel mora protein priti
signalne sekvence
za vstop ali iztop iz jedra sta kjučni:
- signalne sekvence (jedrni lokalizacijski signal) 2. tericiarna struktura proteina
DNA v jedru je v obliki:
fraktalne krogle
glavna funkcija ribosome
sinteza ribosomskih podenot
koliko jedrc ima v začetku faze G1
10 (2 za zsak akrocentričen kromosom)
kako e jedrce razdeljeno
nitasti in zrnati del
RNP ???
RNA + PROTEIN
RNA sintetizirajo:
- – RNA polimeraza I - rRNA
- – RNA polimeraza II - mRNA
- – RNA polimeraza III - tRNA
kaj je funkcija SRP (signal recognition particle)
sodeluje pri translaciji - omogočijo vezavo ribosoma z mRNA na ER
kaj e funkcija nRNP (nuklearni RNP)
sodelujejo pri procesiranju mRNA iz preRNA
NITASTI del jedrca - funkcija???
-vsebuje rDNA (gene, ki kodirajo rRNA)
(nastane pre rRNA)
-vsebuje odseke k. 13,14,15,21,22
-poteka transkripcija rRNA kodirajočih genov
-nahajajo se nukleolarni org.centri 13,14,15,21,22
ZRNATI del jedrca - funkcija???
- poteka procesiranje rRNA iz pre rRNA
- urejanje rRNA in proteinov v ribosomske podenote
- nastajanje telomeraz, RNP, SRP, tRNA
45S prekurzorsko molekulo rRNA sestavljajo:
5.8S, 18S in 28S ( se prepisujejo z RNA polimeraza I )
kje se nahaja 5S rRNA in kako se prepisuje?
v jedru, na kromosomu 1; RNA polimeraza III
velika 60S podenota sestavljajo:
5S, 5.8S in 28S (+proteini)
mala 40S podenota:
18S +proteini
funkcija male podenote 40S:
omogoča, da se kodom(mRNA) in antikodon(tRNA) pravilno povežeta
funkcija velike podenote 60S:
katalizira nastanek peptidne veze med dvema AK
v kateri smeri se giblje DNA polimeraza pri podvojevanju DNA?
5’ –> 3’
katere dušikove baze so pirimidinske?
timin, citozin, uracil
premer metafaznega kromosoma
1400 nm
DNA + proteini (histonski in nehistonski)
= KROMATIN
NUKLEOSOM
= DNA + histoni
med nehistonske proteine spadajo:
strukturni proteini, regulaorni proteini(npr.transkripcijski faktori), encimi(DNA in RNA polimeraze)
histonski oktamer je sestavljen iz:
H2A, H2B, H3 in H4 histoni
DNA nukleosoma se na histonski oktamer pripenja na območju imenovanem —, ki vsebuje —
mali žleb; veliko AA, TT in AT dinukleotidov
tesno parkiranje DNA na histonski oktamer omogočajo:
histon H1 in histonski repki
6 histonskih oktamerov (s pomočjo H1 histonov)
= 30 nm kromatinske fibrile
funkcija in lega histonske repke:
se nahajajo na N-terminalnem koncu histona in s pomočjo proteinov povečujejo stabilnost histona
zaradi dinamičnosti nukleosomov, pride do sprememb v sturkturi kromatina:
spontane in od ATP odvisne spremembe
od ATP odvisne spremembe potekajo pod vplivom od:
ATP odvisnih kromatinskih preoblikovalnih kompleksov
funkcije od ATP odvisnih kromatinskih preoblikovalnih kompleksov
vplivajo na pozicijo nukleosomov vzdolž DNA in omogočajo drsenje nukleosomov(naredi DNA dostopna za druge proteine), katalizirajo odstranevanje nukleosomov in zamenjavo histonov s pomočjo histonskih šaperonov
stopnja kondenziranosti kromatina je odvisna od:
števila genov in od tega, koliko genov se bo v celici izražalo
ločimo 2 verige pri podvojevanju DNA:
vodilna in sledilna
ENCIMI KI SODELUJEJO PRI REPLIKACIJI DNA
HELIKAZA, PRIMAZA, TOPOIZOMERAZA, SPONKA, POLIMERAZA, LIGAZA !!!
proteini, ki se vežejo na verigo obe matični verigi in ščitijo verigo DNA:
SSB (single strand binding) proteini
podvojevanje DNA se začne na:
ORI mestih (origin)
v kakšno obliko se sintetizira sledilno verigo?
OKAZAKIjevih fragmetov
kondenzacija proteina poteka pod vplivom:
kondenzinov (spiralizirajo DNA, se porablja ATP)
pri moških, pride do parjenja X in Y kromosomov, ki se povežeta in rekombinirata v:
PAR regijah (psevdoavtosomskih območji)
kakšne gene vsebuje DNA?
protein-kodirajoče gene in gene, ki kodirajo RNA
evkariontski gen je zgrajen iz:
regulatorne DNA sekvence, intronov in eksonov
vrste heterokromatina
konstitutivni in fakultativni
aktivnost gena je odvisna od:
pozicije gena glede na heterokromatinsko območje na kromosomu
heterokromatin je od evkromatina ločen z:
barierami (tip A, B in C)
ločimo 2 tipa sprememb v kromatinu:
genetske in epigenetske
kaj so epigenetske spremembe v kromatinu?
kovalentne spremembe v histonih(metilacije, fosofrilacije ali acetilacije repkov) ali spremembe v DNA(metilacija citozina na CpG repkih)
pri epigenetskih sprememb, vezavo metilnih skupin na citozinske nukleotide se dogaja pod vplivom:
encima DNA metilaze (zaprta konfiguracija!)
kovalentne spremebe histonskih repkov potekajo:
na aminokiselinah
acetiliranje histonskih repkov poteka pod vplivom:
histonskih acetilaz in deacetilaz (odprta konf.)
fosforilacije histonskih repkov poteka pod vplivom:
histonskih kinaz (odprta konf.)
kovalentne modifikacije histonov omogočajo
nastanek histonskih kod
preko —- se sprememba verižno širi do neke bariere in s tem modificira kromatin
KBPK - kodni bralno pisalni proteinski kompleks !!
*na začetek se veže regulatorni protein ki s sabo potegne še pisca kode
naključni inaktivaciji X kromosoma pravimo:
LIONIZACIJA
2 vzroka za inaktivacijo X kromosoma:
hipoacetilacija H3 in H4 (inaktivira), izražanje in vezava XIST RNA (spiralizira)
na izražanje genov vplivajo:
epigenatorji
funkcijo epigenetskega zdravila:
aktiviraat tumorsupresorske gene(npr.acilacija) ali pa utišajo onkogene(metilacija)
kako začne transkripcija?
z vezavo RNA polimeraza na promotosko regijo
kako poteka začetek transkripcije?
na promotorski regiji imamo t.i. TATA box (zaporedje timina in adenina), nanjo se lahko veže specifični TATA binding protein, ki posledično omogoči vezavo transkripcijskega faktorja, to pa omogoči vezavo RNA polimeraze in začetek!
katere drugi stvari se lahko vežejo na TATA box:
mediatorji (helikaza, transkripcijski faktor, ojačevalci), histon-modificijaroči encimi, kromatin-remodelirajoči kompleksi
kaj se dogaja na 5’ koncu med transkripcijo?
nastaja 5’ kapa iz metiliranega gvanina in fosfatov pod vplivom capping faktorjev. nato splicing proteini izrežejo introne.
kaj se dogaja na 3’ koncu med transkripcijo?
proteine vežejo veliko adenina in s tem zaščitijo RNA - poliA konec !!
RNA splicing poteka pod vplivom:
RNP kompleksov - U1,U2,U4,U5,U6
postopek RNA splicing
najprej na pre mRNA, U1 RNP kompleks prepozna začetek introna - sekvenca GU, U2 RNP kompleks pa zakjuček introna - AG sekvenca. po vezava še ostalih RNP kompleksov nastane t.i. SPAJALNO TELESCE (SPLICEOSOM). to spajalno telesce najprej izreže en del introna in ga zavije na adenin na drugem koncu, nato izreže še drugi konec, eksone pa poveže.
kako dobimo preostale proteini, ki niso iz protein-kodirajočih genov?
alternativno izrezovanje intronov/sestavljanje eksonov (dobimo izooblike), modifikacija prekurzorskega proteina (iz DSPD dobimo 2 proteina-DSP in DPP)
kako začne translacija?
s START kodonom AUG (metionin)
velika ribosomska podenota vsebuje 3 območja:
območja E, P in A
na katero območje velike rib.podenote se veže prva tRNA?
območje A
za vezavo druge tRNA je potreben
elongacijski faktor, ki ima nase vezan GTP (GTP defosforilacija)
kaj je translokacija?
proces, kjer se tRNA z mesta A premakne na mesto P, tRNA z mesta P pa na mesto E (exit).
*potreben drug elongacijski faktor - GTP defosforilacija
po končani sintezi se polipeptidna veriga odcepi pod vplivom:
terminacijskega faktorja