Er Flashcards
Qu’est-ce qu’un paysage énergétique conformationnel?
Une représentation d’une structure protéique qui illustre les différentes conformations accessibles en fonction de leur énergie.
Cela montre comment les conformations interagissent avec les besoins énergétiques d’une séquence primaire.
Quel est le rôle de la plasticité structurelle des protéines?
Elle permet aux mutations de s’accumuler et d’entraîner une modification de la fonction des protéines.
Les domaines tolèrent les substitutions grâce à cette plasticité.
Qu’est-ce que la structure native d’une protéine?
Un ensemble de structures énergétiquement accessibles qui remplissent les besoins énergétiques d’une séquence primaire.
Comprend des conformations repliées et dépliées.
Quel est l’effet de l’amplitude d’une trajectoire dynamique sur la fonction protéique?
Une plus grande amplitude de mouvement tend à être plus lente, affectant ainsi la fonction de la protéine.
Cela s’applique aux mouvements de domaine et à la dynamique globale.
Qu’est-ce que l’épistasie?
L’effet combinatoire des mutations sur la fonction d’une protéine, qui peut être positive ou négative.
Cela provient d’interactions intra- et intermoléculaires.
Qu’est-ce que la distribution énergétique de Boltzmann?
Une relation probabiliste entre deux états à l’équilibre, basée sur leur différence énergétique.
Utilisée pour calculer le ratio de populations entre différents états conformationnels.
Quelle est la constante de Boltzmann (kB)?
1.38 x 10^-23 J/K.
Utilisée dans les calculs de la distribution énergétique.
Comment la différence d’énergie libre entre deux états conformationnels affecte-t-elle le ratio de leurs populations?
Une différence énergétique de 1.4 kcal/mol correspond à une différence de proportion d’environ 10X.
Cela illustre le lien entre énergie et accessibilité des conformations.
Quelles sont les équations utilisées pour déterminer le taux d’échange dans les changements conformationnels?
Les équations d’Arrhenius et d’Eyring.
Elles relient l’énergie d’activation et les taux de réaction.
Qu’est-ce que l’état ‘R’ et l’état ‘T’ dans le contexte d’un changement conformationnel?
‘R’ est l’état relaxé avec une activité forte, tandis que ‘T’ est l’état tendu avec une activité faible.
Ces états sont critiques pour la régulation de l’activité enzymatique.
Quels facteurs peuvent induire des changements conformationnels dans une protéine?
- Changements de pH
- Force ionique
- Température
- Liaison
- Modifications post-traductionnelles
Ces facteurs influencent les interactions intra- et intermoléculaires.
Quel est le mécanisme moléculaire d’un changement conformationnel?
Impliquent le réarrangement d’interactions intra- et intermoléculaires, souvent induits par des ligands ou des conditions environnementales.
Cela peut inclure des activateurs comme l’ATP et des inhibiteurs comme le GTP.
Qu’est-ce que l’énergie d’activation (ΔG‡)?
L’énergie nécessaire pour initier un changement conformationnel, déterminant ainsi le taux d’échange.
Cruciale pour comprendre la cinétique des réactions protéiques.
Qu’est-ce qu’un changement conformationnel?
Un processus thermodynamique quantitatif impliquant le réarrangement des structures protéiques.
Semblable à une réaction chimique sur le plan cinétique.
Comment la conformation d’une enzyme affecte-t-elle son interaction avec le cofacteur?
Dans sa conformation fermée, l’enzyme interagit avec le cofacteur, alors que dans sa conformation ouverte, elle ne le fait pas.
Cela illustre l’importance des changements conformationnels pour l’activité enzymatique.
Quelle est l’importance des changements conformationnels pour les fonctions protéiques?
Ils permettent à une protéine d’accommoder différentes exigences chimiques selon les étapes fonctionnelles.
Cela est essentiel pour la catalyse enzymatique et d’autres fonctions biologiques.
Qu’est-ce que l’épistasie de magnitude négative?
C’est un type d’épistasie où l’effet d’une mutation est négatif.
Qu’est-ce que l’épistasie de signe négatif?
C’est un type d’épistasie où le résultat d’une mutation est défavorable.
Qu’est-ce que l’épistasie de signe réciproque négative?
C’est un type d’épistasie où les effets des mutations interagissent de manière négative.
D’où provient l’épistasie?
De l’interaction intra- et intermoléculaire dans la structure protéique.
Quelles sont les types d’interactions qui peuvent causer l’épistasie?
- Statique
- Dynamique
Qu’est-ce que l’ordre épistatique?
Il indique le niveau d’interrelation entre positions.
Quels sont les ordres épistatiques mentionnés?
- Ordre 1
- Ordre 2
- Ordre 3
Quels effets sont mesurés dans l’ordre épistatique?
- Effet individuel des mutations
- Effet additionnel de leur combinaison
Qu’est-ce que l’effet de 1er ordre des mutations?
C’est l’impact direct d’une mutation sur la fonction ou l’aptitude.
Qu’est-ce que l’effet de 2e ordre des mutations?
C’est l’impact combiné de deux mutations sur la fonction ou l’aptitude.
Qu’est-ce que l’effet de 3e ordre des mutations?
C’est l’impact combiné de trois mutations sur la fonction ou l’aptitude.
Quel rôle joue l’épistasie dans l’évolution?
C’est une cause principale de contraintes évolutives sur les mutations.
Remplissez le blanc: L’épistasie est une cause principale de _______ évolutives sur les mutations.
[contraintes]
Vrai ou faux: L’épistasie a uniquement des effets positifs sur les mutations.
Faux
Quels sont les niveaux d’aptitude mentionnés?
- Basse
- Haute
Qu’est-ce que la tolérance d’une mutation?
C’est la capacité d’un organisme à supporter les effets d’une mutation.
Comment pourrait-on accéder la mutation –CD?
Cela nécessite d’analyser les interactions des mutations dans le contexte donné.
