enzymes Flashcards
Quelle est l’importance de la cinétique enzymatique?
Déterminer les affinités des substrats et des inhibiteurs, calculer la vitesse maximale d’une enzyme, déterminer le mécanisme catalytique, déterminer le mécanisme d’inhibition (y compris les médicaments), contrôler le rôle dans le métabolisme, et analyser les mécanismes de régulation.
Qu’est-ce que la cinétique chimique?
L’étude de la vitesse des réactions chimiques.
Qu’est-ce que la constante de vitesse (k) dans une réaction chimique?
Elle représente la vitesse à laquelle une réaction chimique se produit.
Qu’est-ce que l’ordre/molécularité d’une réaction chimique?
Il représente le nombre de substrats impliqués dans la réaction.
Quelle est la formule pour la vitesse d’une réaction chimique?
v = k[A]^m[B]^n, où m et n sont les ordres par rapport à A et B respectivement.
Qu’est-ce que la réaction d’ordre 1?
Une réaction où la vitesse dépend de la concentration d’un seul réactif.
Qu’est-ce que la réaction d’ordre 2?
Une réaction dont la vitesse dépend du carré de la concentration d’un réactif.
Qu’est-ce que l’état de transition dans le métabolisme?
Un état intermédiaire énergétiquement plus élevé.
Quel type de réaction est associé à l’état de transition?
Réaction bimoléculaire.
Qu’est-ce que le métabolisme?
État de transition à deux étapes.
Qu’est-ce que les catalyseurs font à la barrière d’activation?
Ils la baissent.
Quelle est l’effet d’une baisse de la barrière d’activation sur la vitesse de la réaction?
Elle augmente.
Quelle est l’équation de Michaelis-Menten?
v = (Vmax * [S]) / (Km + [S])
Qu’est-ce que représente ‘v’ dans l’équation de Michaelis-Menten?
La vitesse de la réaction.
Que représente ‘KM’ dans l’équation de Michaelis-Menten?
La constante de Michaelis.
Quelle est la signification de la constante de Michaelis (KM)?
La concentration de S menant à 50% de la vitesse maximale.
Qu’est-ce que mesure la constante de Michaelis?
L’affinité de E pour S.
De quoi dépend la constante de Michaelis?
Du pH, de la température, etc.
Quelle équation représente la cinétique de Michaelis-Menten?
v0 = (Vmax/2).
Que représente v0 dans l’équation de Michaelis-Menten?
La vitesse initiale.
Qui est Maud Menten?
Une biochimiste canadienne.
Avec qui Maud Menten a-t-elle collaboré pour publier l’équation Michaelis-Menten?
Leonor Michaelis.
Où Maud Menten a-t-elle étudié la médecine?
À l’Université de Toronto.
Où Maud Menten a-t-elle obtenu son doctorat?
À Berlin et à Chicago.
Où Maud Menten a-t-elle été professeure et médecin?
À l’Université de Pittsburgh.
Qu’est-ce que la constante catalytique (KCAT) ?
Le turnover d’une enzyme, égal au nombre de molécules de substrat converties en produit par unité de temps par une seule molécule d’enzyme à saturation.
Qu’est-ce que KM représente dans le contexte de la cinétique enzymatique?
La concentration de substrat [S] pour 50% de Vmax.
Qu’est-ce que Kcat représente dans le contexte de la cinétique enzymatique?
La constante catalytique ou le nombre de renouvellements par seconde (s-1).
Que représente Kcat/KM dans le contexte de la cinétique enzymatique?
L’efficacité catalytique (M-1s-1).
Quelle application peut avoir la comparaison de Kcat/KM pour les substrats?
Comparer la spécificité des substrats.
Quel genre d’approches sont nécessaires pour déterminer les détails mécanistiques?
Autres approches.
Quel genre d’approches pouvons-nous appliquer pour étudier les mécanismes ?
Analyse par cristallographie à rayons X, Analyse par résonance magnétique (RMN), Analyse avec des inhibiteurs, Analyse avec des substrats marqués par isotopes.
Qu’est-ce qui active l’aspartate transcarbamylase?
ATP.
Qu’est-ce qui inhibe l’aspartate transcarbamylase?
CTP.
Qu’est-ce qui diminue les concentrations de CTP?
Augmentation de la synthèse des acides nucléiques.
Quelle est la taille de l’Aspartate transcarbamylase d’Escherichia coli?
309 kDa.
Quelle est la composition en sous-unités de l’Aspartate transcarbamylase d’Escherichia coli?
c6r6 (6 sous-unités catalytiques et 6 sous-unités régulatrices).
Quel est le principe de la régulation allostérique de l’ATCase?
L’ATP se fixe préférentiellement à la forme active, tandis que le CTP se lie préférentiellement à la forme inactive.
Quels sont les états intermédiaires de l’ATCase?
Tense et relaxed.
Pourquoi le méthotrexate est-il efficace contre les cellules cancéreuses?
Il inhibe la dihydrofolate réductase (DHFR).
Pourquoi est-ce que méthotrexate est actif contre les cellules cancéreuses?
Il inhibe la synthèse de l’ADN et de l’ARN.
Qu’est-ce que l’inhibition compétitive?
Lorsqu’un inhibiteur se fixe fortement au site actif, mais n’affecte que le KM et non le Vmax.
Qu’est-ce qui se fixe au complexe ES mais pas à E libre?
L’inhibiteur
Quelle est l’influence de l’inhibition incompétitive sur Vmax et KM?
Elle influence à la fois Vmax et KM.
Qu’est-ce qui se fixe au complexe ES et à E libre?
L’inhibiteur.
Quelle est l’influence de la structure de l’inhibiteur sur la catalyse et la liaison de S?
Elle influence la catalyse et la liaison de S.
Quel type d’inhibition est influencé par la structure de l’inhibiteur?
Inhibition non compétitive ou mixte.
Qu’est-ce qui est influencé par l’inhibition non compétitive ou mixte?
Vmax (et KM).
Comment le pH influence-t-il le repliement et la stabilité des protéines?
En influençant l’ionisation de certains acides aminés et la structure tridimensionnelle des protéines.
Comment est-ce qu’on peut mesurer l’effet du pH sur la vitesse?
Effectuer l’expérience dans une série de tampons avec différentes valeurs de pH.
Quel pourcentage de réactions connues utilisent deux substrats?
60%
Quel type de réactions conduit à la formation de deux produits?
Réactions de transférases
Qu’est-ce que la terminologie des réactions à deux substrats?
C’est une terminologie utilisée pour décrire les réactions enzymatiques impliquant deux substrats et deux produits.
Quels sont les substrats mentionnés dans le contexte?
A, B
Quels sont les produits mentionnés dans le contexte?
P, Q
Quelles sont les formes stables de l’enzyme mentionnées dans le contexte?
E, F, G
Quel est le nombre de substrats et produits dans ce contexte?
Bi (2)
Quelles réactions sont les plus courantes selon le contexte?
Les réactions Bi Bi
Qu’est-ce que les réactions Bi Bi et Ping-Pong?
Types de réactions métaboliques.
Qu’est-ce que Bi Bi ordonnée?
Un type de réaction métabolique.
Qu’est-ce que Bi Bi aléatoire?
Un type de réaction métabolique.
Qu’est-ce que Bi Bi Ping-Pong?
Un type de réaction métabolique.
Que représente F dans le contexte métabolique?
L’état d’E fortement lié à un groupement intermédiaire.
Qu’est-ce que la logique Bi Bi Ping-Pong dans le contexte du métabolisme?
C’est un modèle de réaction enzymatique impliquant deux substrats et deux produits, où les substrats se lient alternativement à l’enzyme avant la libération des produits.
Qu’est-ce que la logique de Lineweaver-Burk?
Une représentation graphique des réactions enzymatiques.
Quelle approche permet de distinguer les mécanismes d’inhibition par le produit?
Bi Bi ordonnée et Bi Bi aléatoire.
Quelle molécule est P?
Le saccharose.
Quelles molécules sont B et Q?
Fructose et phosphate.
Quel est l’exemple de métabolisme mentionné?
Maltose.
Quelle enzyme est impliquée dans ce métabolisme?
Phosphorylase.
Quelle est la réaction principale mentionnée?
Glucose marqué à glucose*.
Quel type de mécanisme est impliqué dans cette réaction?
Mécanisme séquentiel, pas Ping-Pong.
Quelle approche est utilisée pour distinguer les mécanismes?
Échange isotopique.
