enzymen uit de recombinant DNA technologie Flashcards
Endonucleasen
Enzymen die in het midden van de streng knippen.
SAM
S-adenosyl methionine
Chimere constructie
DNA van verschillende oorsprong door compatibele eindjes combineren. De stukken DNA worden met behulp van DNA ligase covalent gebonden met een fosfodiësterbinding.
Restrictie-map
Een schematische voorstelling die de knipplaatsen van de verschillende enzymen weergeeft en de afstanden tussen deze knipplaatsen.
CRISPR
Cluster regularly interspaced short palindromic repeats.
Cas
CRISPR associated protein(s)
RGEN
RNA-guided endonucleases
Knock-out
Op internet: een gen uitschakelen of elimineren.
Tijdens de les opgeschreven: genen die niet meer werken worden vervangen met een werkend gen.
Knock-in
Op internet: invoegen, vervangen of aanpassen van een specifieke genetische sequentie in een gen.
Tijdens de les opgeschreven: het gen werkt nog wel, maar wordt vervangen door een ander gen.
crRNA
=CRISPR-RNA. Herkent een complementair stuk van 20 nt in het target DNA. In een ander gedeelte is het complementair aan tracr-RNA.
tracr-RNA
=trans-activating RNA. RNA dat zorgt dat cas 9 aanhecht aan de streng.
sgRNA
Single guide RNA.
Protospacer
Stuk van 20 nt dat herkend wordt door crRNA.
PAM
= protospacer adjecent motif. Motief van 3 nt lang (NGG).
DSB
dubbelstrengige breuk.
Lipofectie
Biotechnologische techniek waarbij lipiden gebruikt worden om genetisch materiaal in de cellen te brengen. Liposomen versmelt met het membraan van de cel, waardoor de inhoudt van het liposoom vrijkomt.
Elektroporatie
Techniek waarbij er een voltagepuls door de cellen worden gebracht, waardoor er tijdelijk porïen in het membraan ontstaan.
RGEN target site
20 bp + NGG motief.
NHEJ
Non-homologous end joining.
HDR
Homology directed repair.
NLS
Nuclear localization signal. Zorgt ervoor dat het cas9 eiwit na synthese in de kern terechtkomt.
Ex vivo
Cellen worden uit de patiënt gehaald, gemodificeerd en terug in de patiënt gestoken.
DMD
Duchene Muscular Dystrophy.
dCas9
Death cas9
GFP
Green fluorescent protein.
Off target effecten
Ongewenste veranderingen in het genoom dat leidt tot onvoorziene mutaties op andere locaties dan het target.
Gene drive
Een mechanisme dat ervoor zorgt dat een genetische modificatie sneller dan normaal verspreidt door een populatie.
Exonucleasen
Enzymen die nucleïnezuren afbreken door 1 nucleotide tegelijk te splitsen van het eind van een polynucleotideketen.
Proofreading
Verkeerd ingebouwde nucleotiden terug verwijderen.
DNA-ligase
Enzymen die DNA-moleculen samenbinden door een fosfodiësterbinding te vormen tussen nucleotiden.
Topoisomerasen
Verantwoordelijk voor de graad van supercoiling.
DNA topoisomerase I
Knippen 1 DNA streng waardoor deze vrij kan roteren wat de supercoiling vermindert. Vervolgens verbindt het enzym het geknipte einde.
Fosfatasen/ fosforylasen
Enzymen die instaan voor hydrolyse van een fosfaatgroep aan het 5’eind van een DNA-molecule. De-fosforyleren.
Kinasen
Enzymen die fosfaatgroepen toevoegen. Fosforyleren.
DNA-polymerasen
Zorgen voor de replicatie van DNA.
Revers transcriptase
Omgekeerde transcriptie, zet mRNA opnieuw om in DNA.
S1 nuclease
Een enzym dat alleen enkelstrengige moleculen knipt.
Terminaal deoxynucleotidyl transferase (TdT)
Een template onafhankelijk DNA polymerase dat deoxynucleotiden aanhecht aan het 3’-OH einde van DNA, met vrijstelling van een anorganisch fosfaatgroep.
Recombinatie
Een proces waarbij DNA moleculen met elkaar interageren en waarbij er een uitwisseling van genetische info plaatsvindt.
Homologe recombinatie
Vindt plaats bij eukaryoten. Een recombinatieproces van de ‘crossing over’ tussen homologe chromosomen tijdens de meiose.
Uitwisseling van genetisch materiaal tussen 2 moleculen die sterk op elkaar gelijken.
Plaatsspecifieke recombinatie
Genetisch materiaal wordt uitgewisseld op zeer specifieke plaatsen.
DNA transpositie (transposons)
DNA sequentie kan van de ene plek in een genoom naar een andere plek verplaatsen.
LoxP-site
Is een herkenningssequentie die 34bp lang is. deze bestaat uit 2 geïnverteerde herhalingssequenties en een spacer van 8bp die de oriëntatie bepaald.
