Dogma of life (I)

Question 1

Sanger Sequencing

Answer 1

Methode voor DNA-seq waarbij elektroforese betrokken is. Het is gebaseerd op de willekeurige incorporatie van ketenbeëindigende dideoxynucleotiden door DNA-polymerase in vitro DNA replicatie.

Question 2

Dideoxynucleotiden

Answer 2

Missen de OH-groep, de plek van het hechten van een nieuw nucleotide waardoor de DNA-synthese stopt.

Question 3

Illumina stappen

Answer 3

1. Library preparation
2. Cluster growing
3. Sequencing
4. Alignment and data analysis

Question 4

Illumina doel

Answer 4

Illumina-kleurstofsequencing is een techniek die wordt gebruikt om de reeks basenparen in DNA te bepalen, ook wel DNA-sequencing genoemd.

Question 5

Exome sequencing steps

Answer 5

1. Het selecteren van alleen de subset van DNA die codeert voor eiwitten (exons).
2. Het sequencen van het exonische DNA met behulp van een high-throughput DNA-sequencing-technologie.

Question 6

Exome seq pipline

Answer 6

1. Snijd in kleinere fragmenten.
2. Hybridiseer de opname van het hele exoom.
3. Wassen/elueren -> NGS.

Question 7

mRNA sequencing

Answer 7

1. PolyA+ RNA captured.
2. RNA fragmented and primed.
3. First strand cDNA synthesized.
4. Second strand cDNA synthesized.
5. 3’ ends adenylated and 5’ ends repaired.
6. DNA sequencing adapters ligated.
7. Ligated fragments PCR amplified.

Question 8

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) doel

Answer 8

Chromatine-immunoprecipitatie is een methode uit de moleculaire biologie om interacties van eiwitten met kernmateriaal na te gaan. Zo kunnen transcriptiefactoren opgespoord worden.

Question 9

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) steps

Answer 9

1. Crosslinking (formaldehyde).
2. Lysis and sonication.
3. Immunoprecipitation.
4. Decrosslinking and purification of DNA.
5. Analysis of ChIP-DNA.

Question 10

Genome =

Answer 10

Alle erfelijke informatie gecodeerd in het DNA.

Question 11

Transcriptome =

Answer 11

Verzameling van alle mRNA’s (‘transcripten’) geproduceerd uit een genoom. Het varieert omdat het genen weerspiegelt die op een bepaald moment actief tot expressie komen.

Question 12

Large scale genomic variations

Answer 12

1. Translocaties = het verplaatsen van een DNA-segment van het ene chromosoom naar het andere chromosoom.
2. Inserties = de toevoeging van een of meer nucleotiden aan een DNA-segment.
3. Deleties = het verlies van een of meer nucleotiden uit een DNA-segment.

Question 13

Medium scale genomic variations - CNV

Answer 13

Copy number variations is een algemene term die wordt gebruikt om een moleculair fenomeen te beschrijven waarbij sequenties van het genoom worden herhaald en het aantal herhalingen varieert tussen individuen van dezelfde soort.

Question 14

Medium scale genomic variations - repeat expansions

Answer 14

1. VNTRs = variable number tandem repeats (14-100 bp).
2. STRs = short tandem repeats (2-10 bp).
3. SSRs = short simple repeats (1-4 bp).

Question 15

Microscale genomic variations

Answer 15

Single nucleotide polymorphisms (SNPs).

SNP is een genomische variant op een enkele basepositie in het DNA.

Question 16

RNA sequencing steps

Answer 16

1. RNA extraction
2. RNA fragmentation
3. cDNA generation
4. Library amplification
5. Sequencing on NGS platforms

Question 17

Bisulfite conversion

Answer 17

Doel = patroon methylering bepalen.

Bisulfite veranderd niet-methyleerde C in U en methyleerde C blijven onveranderd. Door PCR-amplificatie wordt U -> T.

Question 18

Top-down approach

Answer 18

Monster van belang, extractie van interessant eiwit, scheiding en metingen daarop. Je weet vooraf met welk soort eiwit je te maken hebt.

Question 19

Bottom-up approach

Answer 19

Kleinere peptiden worden verkregen, analyse en metingen van een peptide. Dit wordt vaker gebruikt en biedt meer gedetailleerde informatie.

Question 20

Liquid chromatography (LC)

Answer 20

Analytische methode waarbij er gebruik wordt gemaakt van het verschil in affiniteit van stoffen met zowel de mobiele als de stationaire fase.

Question 21

The resolving power of a column

Answer 21

N (plate number) = L (column length) / H (plate height).

Question 22

Mass spectrometry-based data analysis pipeline

Answer 22

1. Protein extraction from cells, enzymatic digestion.
2. Purification and visualization are done by chromatography, SDS-PAGE, or 2D-PAGE.
3. A chopped-up protein (peptides) has many ms values, so a computer is used to determine the amino acids.
4. Each protein/peptide gets its m/z and CID.
5. Analyzed by LC-MS (liquid chromatography-mass spectrometry).
6. Identification by database searching and matching.