DNA Replication and Repair Flashcards
Noem de drie mogelijkheden van DNA replicatie.
Semi conservatief, dispersief en conservatief
Wat is de semi conservatieve vorm van replicatie?
De ouderstreng en de nieuwe streng vormen een duo
Wat is de dispersieve vorm van replicatie?
De streng deelt in kleine stukjes en plakt oude en nieuwe delen aan elkaar
Wat is de conservatieve vorm van replicatie?
De ouderstreng en nieuwe streng gaan elk basen paren, waardoor er een volledig nieuwe streng vormt.
Hoe verloopt het process van centrifugatie van DNA?
Bacterie kweken in 15N of 14N, hierna het DNA van de bacterie isoleren en in een centrifuge buisje met cesium chloride zoutoplossing brengen. Dit op hoge snelheid voor 48 uur centrifugeren om een cesium chloride dichtheid gradiënt te vormen
Wat is de cesium chloride dichtheid gradiënt van 15N en 14N?
15N (zware DNA) vormt een band met een hoge dichtheid gradiënt waardoor het naar de bodem zakt. En 14N (lichte DNA) vormt een band met een lage dichtheid gradiënt waardoor het dichter bij de top van het buis ligt.
Wat gebeurt er als bacteriën gekweekt in een zwaar medium (15N) overgebracht worden naar een licht medium (14N) en voor een uur delen
Er ontstaat een streep in het midden van het centrifuge buisje.
Wat gebeurt er als bacteriën gekweekt in een zwaar medium (15N) overgebracht worden naar een licht medium (14N) en voor een uur delen
Er ontstaat een streep in het midden van het centrifuge buisje.
Welke replicatie mogelijkheden zijn er als er een streep in het midden van een centrifugebuis ontstaat?
Semi-conservatief of dispersief aangezien het conservatieve model uitgesloten is bij dit process.
Wat is de replicatie-origine?
Dit is de start van replicatie, hier wordt de DNA helix geopend
Hoe wordt een DNA-helix geopend?
Initiator eiwitten herkennen de DNA-sequenties op de replicatie oorsprongen en trekken de 2 strengen uit elkaar. De uit elkaar getrokken strengen kunnen nu als sjabloon dienen voor de replicatie van de nieuw gesynthetiseerde DNA strengen
Hoe verloopt de voortbeweging van de replicatievorken?
In tegenovergestelde richting
Hoeveel replicatie oorsprongen hebben eukaryoten en prokaryoten?
Eukaryoten hebben veel replicatie oorsprongen waar meerdere replicatie tegelijkertijd kunnen plaatsvinden. Prokaryoten hebben echter een cirkelvormig DNA met enkel 1 replicatie origine
Hoe verloopt de replicatie van de matrijs streng en de nieuw gesynthetiseerde streng?
Matrijs streng: Van 3’ naar 5’
Nieuw gesynchroniseerde streng:
Van 5’ naar 3’
Hoe verloopt de replicatie van de matrijs streng?
Van 3’ naar 5’
Hoeveel energie is nodig voor de aan maak/ aanhechting van 1 nucleotide?
2ATP
Door welk proces wordt de synthese van een polynucleotide, RNA of DNA aangedreven?
Door ATP-hydroluse
In welk vorm komen nucleotiden in de reactie bij DNA synthese?
Nucleotiden komen in de reactie als desoxyribonucleosidetrifosfaat. Een binnenkomend nucleoside vormt een basenpaar met zijn partner in de matrijs streng via covalente binding.
Welk energie wordt er gebruikt voor de polymerisatie reactie?
De energie voor de polymerisatie reactie komt van de hydrolyse van een hoog energetische fosfaat binding in het binnenkomende nucleosidetrifosfaat en de afgifte van pyrofosfaat
Welk rol speelt DNA-polymerase bij DNA synthese?
DNA-polymerase versnelt het proces, leidt nucleosidetrifosfaat naar de matrijs streng en positioneert het zodat 5’ trifosfaat reageert met 3’-hydroxylgroep.
Katalyseert de aanhechting van nieuwe nucleotiden aan het 3’-uiteinde
Welk energie verbruikt de aanhechting van een nieuwe nucleotide aan 3’-uiteinde van de matrijs streng?
Verbruik van energie van fosfo-anhydride bindingen van nieuw inkomende nucleotide
Waar voegt DNA polymerase een desoxyribonucleotide toe?
Aan de 3’ uiteinde van een groeiende DNA streng
Welk polariteit hebben nieuw gesynthetiseerde DNA strengen ter hoogte van de replicatievork?
Tegenovergestelde polariteit
Waarom hebben nieuwe strengen een tegenovergestelde polariteit?
Omdat de sjabloon strengen in tegenovergestelde richting zijn georiënteerd
Hoe verloopt de synthese van de nieuw gesynthetiseerde DNA strengen?
Enkel in 5’-3’ richting
Wat gebeurt er als DNA-polymerase een fout nucleotide koppelt?
Indien de polymerase een fout nucleotide koppelt, zal de foute binding van de nucleotide de polymerase niet toestaan voort te bewegen. Hierdoor herkent de polymerase dat de nucleotide fout is en koppelt het een correcte (proeflezen)
Hoe verklaart proeflezen van de polymerase de reden dat de nucleotide aan 3’ moet aanhechten?
Als een nucleotide aan 5’ hecht, dan zal het proeflezen wegvallen en zal je de energie van de aanhechtende fosfaatgroep niet kunnen gebruiken
Welk twee actieve sites heeft dna polymerase bij dyna synthese en proeflezen?
P (polymerisatie), dit is de plaats waar een nieuw nucleotide wordt aangehecht.
E (editing), dit is de plaats voor het verwijderen. Aan een fout nucleotide
Hoe verloopt de richting van polymerisatie in een normale situatie? En wat zou er gebeuren indien het de tegenovergestelde opgaat?
Normaal: 5’ naar 3’
Indien 3’ naar 5’: energie nodig via hydrolyse van fosfaatgroepen aan 5’ uiteinde
