Diapo partie II Flashcards
Ou sont situés les signaux de temrinaison Ter chez E.coli ?
Dans deux zones appelées piège à fourche.
Qu’est ce que renferme les pièges à fourche ?
5 motifs Ter qui sont dans des orientations inverses pour les deux pièges. Leur orientation est cruciale car ils ne fonctionnent que dans un sens !
De combien de bp se constitue les motifs Ter ? Par quoi sont ils reconnus ?
- Reconnus par la protéine Tus.
Selon le modèle actuel, qu’est ce qui arrêterait la réplication avec les terminateurs Ter ?
En gros Ter et Tus intéragiraient avec l’hélicase DnaB et l’arrêterait.
De quelles constantes dépend le cycle de réplication ?
Du temps de réplication
Du temps entre la fin de la réplication et la division cellulaire
peut il y avoir plus de 2 fourches de réplication ?
Oui chez les bactéries en croissance rapide.
Par quelles deux approches majeures a été réalisée l’identification des enzymes et protéines ?
Purification des enzymes
Identification des gènes requis pour la réplication en isolant des mutants conditionnels ou en cartographiant et clonant.
Quel test de synthèse a permis d’isoler l’ADN pol ?
Synthèse d’ADN observée en présence de dNTPs Mg2+ ATP et amorces
Comment a été mis en évidence que c’est pas la pol I qui est la clé de la réplication bactérienne ?
Utilisation d’un mutant UV qui renferme 1% d’activité pol I : se divise et réplique l’ADN en 40 minute, alors que temps avec la pol I serait 75h : du coup après purification on a trouvé que c’était la II et III.
Définir synthèse processive.
Synthese continue par la polymérase sans dissociation de la matrice.
Quel paramètre est crucial si on veut mettre en évidence une synthèse processive ?
Il faut que dans l’expérience la matrice soit en large excès pour éviter la réassociation de l’enzyme à la même partie de la matrice.
Qu’est ce que la réaction de polymérisation ?
Addition de nucléotide sur le 3’ d’une amorce hybridée à l’ADN matrice puis attaque sur le phosphate alpha du dNTP entrant : une liaison phosphodiester se fait.
Comment peut on identifier le sens de croissance d’un ADN ?
On utilise un ddntp alpha 32 P et on observe que la croissance est 5’3’ car il est incorporé et arrête la polymerisation.
Quel est le taux d’erreur de E.coli ?
Environ 10 ^-9 à -10
Qu’est ce que le proofreading ?
il s’agit du controle immédiat ou la complémentarité avec la matrice est controlée directement après l’addition
Que se passe t il si une erreur est détectée ?
Alors le nucléotide erroné est viré par une activité exonucléase 3-5’
Est-ce que les ADN pol I II et III on une activité exonucléase ?
Oui 3’5’
Que se passe il si on fait une protéolyse sur la pol I ?
Séparée en deux fragments : N ter de 36 000 d (exo 5’3’) et fragment de klenow de 67000d (pol et exo 3’5’)
Quelle distance entre le site actif de la polymerase et de l’exonucléase ?
30 Angstrom environ
Comment est ce que la pol fait la diff entre des paires WC et les mismatch ?
Discrimination de la pol par contrainte stériques : l’ajustement induit permet de vérifier les angles.
Quelle diff au niveau de l’activité exonucléase et polymerase en cas de nucléotide corrett ? d’erreur ?
Correct : exo nucléase 3’5’ plus lente que polymerase : si incorrectinverse.
Donner la structure générale d’une amorce ?
Renferme toujours une extrémité 3’ OH libre et toujours appariée au brin matrice
Décrire la théorie des fragments d’okazaki
Lors du déplacement de la fource un fragment d’ADN simple brin est exposé : synthèse alors d’un fragment complémentaire et la synthèse se fait en direction inverse de la fourche, puis rebelote et ligation des fragments à la fin
comment a ton testé l’hypothèse d’okazaki ?
En virant les ligases pour pouoir détecter les petits fragments d’okazaki
qu’est ce qui est nécessaire à la synthese des fragments d’okazakiu ?
L’amorce ARN de 3-10 nucleotide
une primase DnaG pour la synth
Une ADN pol III pour l’étendre
Comment sont éliminées les amorces ARN lors de la synthèse du lagging strand ?
Clivés par une RNaseH puis l’ARN digéré par l’ADN pol I et son activité exo 5’3’; la pol I remplit ensuite les lacunes avec l’activité pol.
Que renferme le noyau catalytique de la pol III ?
3 polypeptides
alpha pour synth ADN
Epsylon pour proofreading
Theta pour stimuler le proofreading
A part les deux noyaux catalytiques les pol III ont deux sous unités : lesquelles et a quoi elles servent ?
Des sous unité To portant une activité ATPase ADN dépendante
