Diapo partie II

Question 1

Ou sont situés les signaux de temrinaison Ter chez E.coli ?

Answer 1

Dans deux zones appelées piège à fourche.

Question 2

Qu’est ce que renferme les pièges à fourche ?

Answer 2

5 motifs Ter qui sont dans des orientations inverses pour les deux pièges. Leur orientation est cruciale car ils ne fonctionnent que dans un sens !

Question 3

De combien de bp se constitue les motifs Ter ? Par quoi sont ils reconnus ?

Answer 3

23. Reconnus par la protéine Tus.

Question 4

Selon le modèle actuel, qu’est ce qui arrêterait la réplication avec les terminateurs Ter ?

Answer 4

En gros Ter et Tus intéragiraient avec l’hélicase DnaB et l’arrêterait.

Question 5

De quelles constantes dépend le cycle de réplication ?

Answer 5

Du temps de réplication

Du temps entre la fin de la réplication et la division cellulaire

Question 6

peut il y avoir plus de 2 fourches de réplication ?

Answer 6

Oui chez les bactéries en croissance rapide.

Question 7

Par quelles deux approches majeures a été réalisée l’identification des enzymes et protéines ?

Answer 7

Purification des enzymes

Identification des gènes requis pour la réplication en isolant des mutants conditionnels ou en cartographiant et clonant.

Question 8

Quel test de synthèse a permis d’isoler l’ADN pol ?

Answer 8

Synthèse d’ADN observée en présence de dNTPs Mg2+ ATP et amorces

Question 9

Comment a été mis en évidence que c’est pas la pol I qui est la clé de la réplication bactérienne ?

Answer 9

Utilisation d’un mutant UV qui renferme 1% d’activité pol I : se divise et réplique l’ADN en 40 minute, alors que temps avec la pol I serait 75h : du coup après purification on a trouvé que c’était la II et III.

Question 10

Définir synthèse processive.

Answer 10

Synthese continue par la polymérase sans dissociation de la matrice.

Question 11

Quel paramètre est crucial si on veut mettre en évidence une synthèse processive ?

Answer 11

Il faut que dans l’expérience la matrice soit en large excès pour éviter la réassociation de l’enzyme à la même partie de la matrice.

Question 12

Qu’est ce que la réaction de polymérisation ?

Answer 12

Addition de nucléotide sur le 3’ d’une amorce hybridée à l’ADN matrice puis attaque sur le phosphate alpha du dNTP entrant : une liaison phosphodiester se fait.

Question 13

Comment peut on identifier le sens de croissance d’un ADN ?

Answer 13

On utilise un ddntp alpha 32 P et on observe que la croissance est 5’3’ car il est incorporé et arrête la polymerisation.

Question 14

Quel est le taux d’erreur de E.coli ?

Answer 14

Environ 10 ^-9 à -10

Question 15

Qu’est ce que le proofreading ?

Answer 15

il s’agit du controle immédiat ou la complémentarité avec la matrice est controlée directement après l’addition

Question 16

Que se passe t il si une erreur est détectée ?

Answer 16

Alors le nucléotide erroné est viré par une activité exonucléase 3-5’

Question 17

Est-ce que les ADN pol I II et III on une activité exonucléase ?

Answer 17

Oui 3’5’

Question 18

Que se passe il si on fait une protéolyse sur la pol I ?

Answer 18

Séparée en deux fragments : N ter de 36 000 d (exo 5’3’) et fragment de klenow de 67000d (pol et exo 3’5’)

Question 19

Quelle distance entre le site actif de la polymerase et de l’exonucléase ?

Answer 19

30 Angstrom environ

Question 20

Comment est ce que la pol fait la diff entre des paires WC et les mismatch ?

Answer 20

Discrimination de la pol par contrainte stériques : l’ajustement induit permet de vérifier les angles.

Question 21

Quelle diff au niveau de l’activité exonucléase et polymerase en cas de nucléotide corrett ? d’erreur ?

Answer 21

Correct : exo nucléase 3’5’ plus lente que polymerase : si incorrectinverse.

Question 22

Donner la structure générale d’une amorce ?

Answer 22

Renferme toujours une extrémité 3’ OH libre et toujours appariée au brin matrice

Question 23

Décrire la théorie des fragments d’okazaki

Answer 23

Lors du déplacement de la fource un fragment d’ADN simple brin est exposé : synthèse alors d’un fragment complémentaire et la synthèse se fait en direction inverse de la fourche, puis rebelote et ligation des fragments à la fin

Question 24

comment a ton testé l’hypothèse d’okazaki ?

Answer 24

En virant les ligases pour pouoir détecter les petits fragments d’okazaki

Question 25

qu’est ce qui est nécessaire à la synthese des fragments d’okazakiu ?

Answer 25

L’amorce ARN de 3-10 nucleotide
une primase DnaG pour la synth
Une ADN pol III pour l’étendre

Question 26

Comment sont éliminées les amorces ARN lors de la synthèse du lagging strand ?

Answer 26

Clivés par une RNaseH puis l’ARN digéré par l’ADN pol I et son activité exo 5’3’; la pol I remplit ensuite les lacunes avec l’activité pol.

Question 27

Que renferme le noyau catalytique de la pol III ?

Answer 27

3 polypeptides
alpha pour synth ADN
Epsylon pour proofreading
Theta pour stimuler le proofreading

Question 28

A part les deux noyaux catalytiques les pol III ont deux sous unités : lesquelles et a quoi elles servent ?

Answer 28

Des sous unité To portant une activité ATPase ADN dépendante