Détection + identification microbes (ex. 1) Flashcards
Qu’est-ce que le phénotypage ?
Méthode d’identification/classification des micro-organisme
Par la forme
Qu’est-ce qui est observé dans le phénotypage ?
Observation d’échantillon frais (sang, urine, salive)
Coloration : requiert une fixation (on veut toujours déshydrater → forme liaison forte (covalente) non naturelle mais permet de fixer les échantillons)
Méthode : chaleur / alcool / solvant (acétone/aldéhyde)
Coloration simple = 1 seul colorant
Encre de chine = coloration négative → ne rentre pas facilement dans les bactéries, elles restent blanches et le reste du milieu devient foncé
Bleu de méthylène
Qu’est-ce que la coloration acido-alcoolo-résistante ?
certains micro-organismes résistent la décoloration par une mixture d’acide et d’alcool
= utilisé pour ce genre ce micro-organisme
Dans coloration acido-alcoolo-résistante, la bactérie (acid-fast) retient quelle couleur ?
Retient couleur rouge = coloré en rose ou rouge
Dans coloration acido-alcoolo-résistante, la bactérie (non acid-fast) retient quelle couleur ?
Coloré en bleu
Qu’est-ce que la coloration Gram ?
coloration différentielle parce qu’elle permet de séparer les bactéries en 2 groupes (gram-positive et gram-négative)
Métabolisme et croissance des bactéries
Toutes les bactéries pathogéniques sont hétérotrophes
Présence d’oxygène requise = aérobie obligatoire
Absence d’oxygène requise = anaérobie obligatoire
D’autres = anaérobie facultative
Qu’est-ce qu’une bactéries pathogéniques hétérotrophes
Tire leur énergie de ce qu’ils trouvent dans leur environnement
Quels sont les facteurs de croissance des bactéries ?
aa, vitamines, purine, pyrimidine
Quels sont les types de gélose qui sont utilisées pour culture différentielle pathogène bactérien système digestif ?
CAMPY → permet croissance campylobactérie
Gélose CIN → permet croissance sélective de Yersinia enterocolitica
Gélose XLD → permet culture de salmonella (rouge avec centre noir) et shigella (seulement rouge)
Gélose sorbitol-MacConkey (SMAC) → permet identification e.coli
Gélose CAMPY
permet croissance campylobactérie
Gélose CIN
permet croissance sélective de Yersinia enterocolitica
Gélose XLD
permet culture de salmonella (rouge avec centre noir) et shigella (seulement rouge)
Gélose sorbitol-MacConkey (SMAC)
permet identification e.coli
Classification par susceptibilité aux antibiotiques = tests susceptibilité aux antibiotiques
Test de diffusion → surtout qualitatif
E-test : déterminer la concentration minimale inhibitrice (CMI = MIC)
Filtre porte multiples dilutions de l’antibiotique
CMI = première concentration à laquelle un effet est visible
Test de dilution : en milieu liquide
Antibiotique dilué. Bactéries cultivées quelques heures à une nuit
Quels sont les méthodes biochimiqeus ?
Test de catalase
Test de coagulase
Test de catalase
Un des principaux tests pour identifier les bactéries
Toutes les bactéries aérobies et aérobies facultatives possèdent enzyme catalase
Permet dégrader réactifs oxygènes toxiques → peroxyde hydrogène (H2O2) et anion superoxyde (O2-)
Staphylococcus aureus exprime des quantités importantes de catalase ce qui contribue à sa résistance à la phagocytose
Test = mélange échantillon bactérien avec H2O2
Test de coagulase
Coagulase permet de séparer Staphylococcus aureus (coagulase +) et Staphylocoques non pathogéniques (coagulase -)
Coagulase souches pathogéniques Staphylococcus aureus portent coagulase à leur surface, ainsi que d’autre facteurs permettant la coagulation fibrine. Cela permet à la bactérie d’être recouverte de molécules humaines et donc d’être invisible et échapper à la phagocytose
Test = échantillon + plasma
Quels sont les méthodes génétiques ?
Analyse des ARNs et ADNs
Polymerase chain reaction (PCR) = réaction de polymérisation en chaîne
Utilisation ADN ou ARN en diagnostic
Amplification des régions spécifiques de ADN
Détermination de la séquence (après amplification) : identification plus précise
Polymerase chain reaction (PCR) = réaction de polymérisation en chaîne
Permet amplification exponentielle de fragments ADN jusqu’à 15 000 bases
Fragments ADN résultant de la réaction peuvent être :
Directement visualisé
Séquencé
Cloné
Tests simultanés de conditions de culture spécifique (ex: type de sucre utilisé) + produits de croissance + aérobie ou non + présence de certaines enzymes
Système culture miniaturisée permettant d’identifier espèces bactériennes sur base des propriétés en combinant
Leur capacité à pousser dans des milieux contenant certaines sources de nutriments (ex: lactose)
Présence de certaines enzymes
Pour utiliser ce système = nécessaire de pouvoir obtenir une culture homogène (pure) de l’espèce bactérienne à identifier
Dans certains puits → micro-culture est couverte d’une couche d’huile minérale pour créer un milieu sans O2, de façon à pouvoir détecter également les bactéries anaérobie
Identification est réalisée par comparaison des résultats obtenus avec des standards
Analyser la circulation des souches d’influenza :
Analyse génétique d’un épidémie peut s’étaler sur une longue période : analyse longitudinale
À l’échelle d’un pays ou mondiale, ceci permet de reconstituer la circulation d’un virus donné
Dans cette analyse, la « persistance » mesure le temps moyen que prend une souche virale avant de se déplacer vers une nouvelle zone géographique
Les données obtenues peuvent être organisées de façon à représenter l’origine et la circulation des virus
Épaisseur des lignes est proportionnel au nb évènement de migration par année
Taille des pointes est proportionnelle à la directionalité
Aire des cercles est proportionnelle à la proportion globale de souches originaires de cette région
Quel type d’analyse est l’analyse génétique d’une épidémie qui peut s’étaler sur une longue période
Analyse longitudinale
Qu’est-ce que la détection par Western blot (immunobuvardage) ?
Séparation de protéines virales sur gel d’acrylamide (PAGE)
Transfert des protéines sur membrane
Réaction avec sérum patient
Révélation par procédé chimique des protéines reconnues par les anticorps du patient
Qu’est-ce que la méthode des bandelettes ?
Utilisé pour le paludisme (malaria)
Test rapide pour détection plasmodium falciparum
Un échantillon de sang de patient est lysé ce qui permet de libérer les antigène de plasmodium
Une bandelette couverte d’anticorps anti-plasmodium est trempée dans le sang hémolysé
Bandelette est ensuite trempée dans une solution liposomes contenant un colorant rose : les liposomes vont également se fixer aux antigènes de plasmodium
Qu’est ce que le test de détection rapide (antigen card) ?
Très similaire aux bandelettes
Fonctionne avec des échantillons d’origine diverse (sang, urine, LCR)
Des anticorps contre le pathogène sont immobilisés sur une membrane
Échantillon est déposé à proximité et une solution de tampon est appliquée pour le faire diffuser
2e anticorps couplé au composé coloré est présent sur une 2e membrane qui est ensuite appliquée contre la première, mais pas directement contre la zone de contenant l’anticorps lié ou pas à sa cible antigénique (fenêtre)
Les anticorps secondaires vont eux aussi diffuser et si l’antigène est présent, ils vont se concentrer à cet endroit, provoquant l’apparition d’une ligne coloré
Anticorps contrôle se lie directement à l’anticorps secondaire en absence antigène
VIH : nouveaux tests de dépistages immunologiques
Objectifs d’amélioration
Dépistage plus précoce
Contagiosité très élevée dans la primo-infection qui précède le début de la réponse immune
Pronostic plus favorable si traitement précoce
Traitement précoce limite la formation des réservoirs
Dépister VIH-1 et VIH-2 dans la même réaction
VIH-2 moins transmissible et moins pathogénique que VIH-1
Présent en Haïti
