Détection + identification microbes (ex. 1)

Question 1

Qu’est-ce que le phénotypage ?

Answer 1

Méthode d’identification/classification des micro-organisme

Par la forme

Question 2

Qu’est-ce qui est observé dans le phénotypage ?

Answer 2

Observation d’échantillon frais (sang, urine, salive)

Coloration : requiert une fixation (on veut toujours déshydrater → forme liaison forte (covalente) non naturelle mais permet de fixer les échantillons)

Méthode : chaleur / alcool / solvant (acétone/aldéhyde)
Coloration simple = 1 seul colorant

Encre de chine = coloration négative → ne rentre pas facilement dans les bactéries, elles restent blanches et le reste du milieu devient foncé
Bleu de méthylène

Question 3

Qu’est-ce que la coloration acido-alcoolo-résistante ?

Answer 3

certains micro-organismes résistent la décoloration par une mixture d’acide et d’alcool
= utilisé pour ce genre ce micro-organisme

Question 4

Dans coloration acido-alcoolo-résistante, la bactérie (acid-fast) retient quelle couleur ?

Answer 4

Retient couleur rouge = coloré en rose ou rouge

Question 5

Dans coloration acido-alcoolo-résistante, la bactérie (non acid-fast) retient quelle couleur ?

Answer 5

Coloré en bleu

Question 6

Qu’est-ce que la coloration Gram ?

Answer 6

coloration différentielle parce qu’elle permet de séparer les bactéries en 2 groupes (gram-positive et gram-négative)

Question 7

Métabolisme et croissance des bactéries

Answer 7

Toutes les bactéries pathogéniques sont hétérotrophes
Présence d’oxygène requise = aérobie obligatoire
Absence d’oxygène requise = anaérobie obligatoire
D’autres = anaérobie facultative

Question 8

Qu’est-ce qu’une bactéries pathogéniques hétérotrophes

Answer 8

Tire leur énergie de ce qu’ils trouvent dans leur environnement

Question 9

Quels sont les facteurs de croissance des bactéries ?

Answer 9

aa, vitamines, purine, pyrimidine

Question 10

Quels sont les types de gélose qui sont utilisées pour culture différentielle pathogène bactérien système digestif ?

Answer 10

CAMPY → permet croissance campylobactérie
Gélose CIN → permet croissance sélective de Yersinia enterocolitica
Gélose XLD → permet culture de salmonella (rouge avec centre noir) et shigella (seulement rouge)
Gélose sorbitol-MacConkey (SMAC) → permet identification e.coli

Question 11

Gélose CAMPY

Answer 11

permet croissance campylobactérie

Question 12

Gélose CIN

Answer 12

permet croissance sélective de Yersinia enterocolitica

Question 13

Gélose XLD

Answer 13

permet culture de salmonella (rouge avec centre noir) et shigella (seulement rouge)

Question 14

Gélose sorbitol-MacConkey (SMAC)

Answer 14

permet identification e.coli

Question 15

Classification par susceptibilité aux antibiotiques = tests susceptibilité aux antibiotiques

Answer 15

Test de diffusion → surtout qualitatif
E-test : déterminer la concentration minimale inhibitrice (CMI = MIC)
Filtre porte multiples dilutions de l’antibiotique
CMI = première concentration à laquelle un effet est visible
Test de dilution : en milieu liquide
Antibiotique dilué. Bactéries cultivées quelques heures à une nuit

Question 16

Quels sont les méthodes biochimiqeus ?

Answer 16

Test de catalase

Test de coagulase

Question 17

Test de catalase

Answer 17

Un des principaux tests pour identifier les bactéries
Toutes les bactéries aérobies et aérobies facultatives possèdent enzyme catalase

Permet dégrader réactifs oxygènes toxiques → peroxyde hydrogène (H2O2) et anion superoxyde (O2-)

Staphylococcus aureus exprime des quantités importantes de catalase ce qui contribue à sa résistance à la phagocytose

Test = mélange échantillon bactérien avec H2O2

Question 18

Test de coagulase

Answer 18

Coagulase permet de séparer Staphylococcus aureus (coagulase +) et Staphylocoques non pathogéniques (coagulase -)
Coagulase souches pathogéniques Staphylococcus aureus portent coagulase à leur surface, ainsi que d’autre facteurs permettant la coagulation fibrine. Cela permet à la bactérie d’être recouverte de molécules humaines et donc d’être invisible et échapper à la phagocytose
Test = échantillon + plasma

Question 19

Quels sont les méthodes génétiques ?

Answer 19

Analyse des ARNs et ADNs

Polymerase chain reaction (PCR) = réaction de polymérisation en chaîne

Question 20

Utilisation ADN ou ARN en diagnostic

Answer 20

Amplification des régions spécifiques de ADN

Détermination de la séquence (après amplification) : identification plus précise

Question 21

Polymerase chain reaction (PCR) = réaction de polymérisation en chaîne

Answer 21

Permet amplification exponentielle de fragments ADN jusqu’à 15 000 bases
Fragments ADN résultant de la réaction peuvent être :
Directement visualisé
Séquencé
Cloné

Question 22

Tests simultanés de conditions de culture spécifique (ex: type de sucre utilisé) + produits de croissance + aérobie ou non + présence de certaines enzymes

Answer 22

Système culture miniaturisée permettant d’identifier espèces bactériennes sur base des propriétés en combinant

Leur capacité à pousser dans des milieux contenant certaines sources de nutriments (ex: lactose)

Présence de certaines enzymes

Pour utiliser ce système = nécessaire de pouvoir obtenir une culture homogène (pure) de l’espèce bactérienne à identifier

Dans certains puits → micro-culture est couverte d’une couche d’huile minérale pour créer un milieu sans O2, de façon à pouvoir détecter également les bactéries anaérobie
Identification est réalisée par comparaison des résultats obtenus avec des standards

Question 23

Analyser la circulation des souches d’influenza :

Answer 23

Analyse génétique d’un épidémie peut s’étaler sur une longue période : analyse longitudinale
À l’échelle d’un pays ou mondiale, ceci permet de reconstituer la circulation d’un virus donné
Dans cette analyse, la « persistance » mesure le temps moyen que prend une souche virale avant de se déplacer vers une nouvelle zone géographique
Les données obtenues peuvent être organisées de façon à représenter l’origine et la circulation des virus

Épaisseur des lignes est proportionnel au nb évènement de migration par année
Taille des pointes est proportionnelle à la directionalité
Aire des cercles est proportionnelle à la proportion globale de souches originaires de cette région

Question 24

Quel type d’analyse est l’analyse génétique d’une épidémie qui peut s’étaler sur une longue période

Answer 24

Analyse longitudinale

Question 25

Qu’est-ce que la détection par Western blot (immunobuvardage) ?

Answer 25

Séparation de protéines virales sur gel d’acrylamide (PAGE)
Transfert des protéines sur membrane
Réaction avec sérum patient
Révélation par procédé chimique des protéines reconnues par les anticorps du patient

Question 26

Qu’est-ce que la méthode des bandelettes ?

Answer 26

Utilisé pour le paludisme (malaria)
Test rapide pour détection plasmodium falciparum
Un échantillon de sang de patient est lysé ce qui permet de libérer les antigène de plasmodium
Une bandelette couverte d’anticorps anti-plasmodium est trempée dans le sang hémolysé
Bandelette est ensuite trempée dans une solution liposomes contenant un colorant rose : les liposomes vont également se fixer aux antigènes de plasmodium

Question 27

Qu’est ce que le test de détection rapide (antigen card) ?

Answer 27

Très similaire aux bandelettes
Fonctionne avec des échantillons d’origine diverse (sang, urine, LCR)
Des anticorps contre le pathogène sont immobilisés sur une membrane
Échantillon est déposé à proximité et une solution de tampon est appliquée pour le faire diffuser
2e anticorps couplé au composé coloré est présent sur une 2e membrane qui est ensuite appliquée contre la première, mais pas directement contre la zone de contenant l’anticorps lié ou pas à sa cible antigénique (fenêtre)

Les anticorps secondaires vont eux aussi diffuser et si l’antigène est présent, ils vont se concentrer à cet endroit, provoquant l’apparition d’une ligne coloré

Anticorps contrôle se lie directement à l’anticorps secondaire en absence antigène

Question 28

VIH : nouveaux tests de dépistages immunologiques

Answer 28

Objectifs d’amélioration
Dépistage plus précoce
Contagiosité très élevée dans la primo-infection qui précède le début de la réponse immune
Pronostic plus favorable si traitement précoce
Traitement précoce limite la formation des réservoirs
Dépister VIH-1 et VIH-2 dans la même réaction
VIH-2 moins transmissible et moins pathogénique que VIH-1
Présent en Haïti