Détection des micro-organismes Flashcards
Définition phénotypage?
Classification/identification des micro-organisme
-Microscopie (échantillons frais) ou coloration
-Leur aspect
-Observation de leur comportement
But de la coloration?
Révéler la présence du microbe en déshydratant
Qu’est-ce que la coloration acido-alcoolo-résistante?
-Micro-organismes résistent à la décoloration par une mixture acide et alcool
-Révèle la bactérie de la tubercule
–>Alcool détruit la cellule –> colorant entre dans la cellule
Qu’est-ce que la colorotation de Gram?
-La plus utilisée
-Coloration différentielle –> permet de séparer les bactéries en deux groupes (gram + et gram -)
Paramètres possibles lors d’identification par culture en conditions spécifiques?
-Source de carbone
-Source d’énergie
-Produits de fermentation
-Températures optimales de croissance
-Croissance en milieu avec oxygène ou sans (aérobie ou anaérobie)
Facteurs de croissance des bactéries?
-Acides aminés
-Vitamines
-Purine, pyrimidines
Identifications par culture: origines des échantillons?
-Liquide céphalo-rachidien
-Échantillons cutanés
-Lavages broncho-alvéolaires
-Ongles
-Crachats
Qu’est-ce qu’on détecte sur les échantillons des milieux de culture?
-Bactéries
-Mycobactéries
-Mycoses
Comment on détecte la présence de bactéries dans le sang?
-Par hémocultures (culture de sang) dans des incubateurs
Qu’est-ce qu’un test de diffusion?
-Test la susceptibilité aux antibiotiques
-Surtout qualitatif
-Pour savoir quel antibio. on va donner (comme avec les antibiogrammes)
Qu’est-ce qu’un test de dilution?
-Test de susceptibilité aux antibiotiques
-En milieu liquide
Qu’est-ce qu’un système API? (analytical profile de l’index
-Test de conditions de culture spécifique, de produits de croissance, aérobie ou non, présence d’enzyme.
Exemple d’Algorithme pour l’identification/classification des bactéries?
- Coloration gram
- Microscope (forme)
- Faire pousser avec oxygène
- Microscope (grappe)
- Gènes
- Espèces
Comment on utilise l’ADN/l’ARN en diagnostic?
-Amplification des régions spécifiques de l’ADN
-Détermination de la séquence (après amplification) –> identification plus précise
Étapes de la PCR (un cycle)
- Dénaturation
- Hybridation
- Polymérisation
= 2copies d’ADN deux brins
2e cycle: 4 copies d’ADN deux brins
Total de 45 cycles, réponse autour de 30 cycles
*3e amorce qui va venir s’hybrider au centre
Qu’est-ce qu’un test PCR
Une réaction de polymérisation en chaîne
Comment peuvent être les fragments d’ADN résultant de la réaction?
-Directement visualisés
-Séquencés
-Clonés
Rôle de la 3e amorce?
Fluorescer quand elle est fixé sur le produit de PCR
Matrice de test PCR?
Il faut que la matrice de départ soit de l’ADN –> convertir l’ARN en ADN –> transcription inverse = RTPCR
Qu’est-ce que la charge virale?
Plus elle est élevée, moins le pronostique pour le patient est favorable.
Qu’est-ce wue la qPCR
PCR quantitative
Qu’est-ce que l’analyse par séquençage (phylogénétique)?
-Arbre
-Point = différents variants
-Taille des branches –> proportionnelle au nombre de mutation qui sépare les variants
Bénéfice principal de faire du séquençage?
Observer la résistance aux antibiotiques
Qu’est-ce qu’une analyse longitudinale?
Une analyse génétique d’une épidémie qui s’étend sur une longue période
Utilisation de l’identification génomique?
-Pour les tests PCR et qPCR seulement –> éventuellement pour le dépistage, mais pas encore
Qu’est-ce que la nature antigénique d’une protéine?
Les anticorps sont généralement dirigés contre des protéines de micro-organisme
Méthodes de détection par protéine (antigènes/anticorps)
-Western blotting
-ELISA
-Tests de détection rapide
-Par immunofluorescence
Étapes du test ELISA?
-Tu prends l’échantillon là où il y a le virus (selle, salive…)
-Lavage pour avoir les bons antigènes
-Ajoute sérum patient (contient les anticorps)
-Lavage –> pour avoir seulement les anticorps du patient qui se sont liés à l’antigène
-Ajout anticorps secondaires (produit en labo)
-Lavage –> pour avoir seulement les anticorps secondaires qui se sont attachés aux autres
-Ajout d’un substrat
= sandwich anticorps-antigènes-anticorps-…
=si la personne n’a jamais été infecté –> elle n’aura pas les anticorps –> son test sera négatif
Qu’est-ce qu’un IGM?
-Premier anticorps
-Dans le sang
-Si positif –> tu es infecté maintenant
Où on retrouve les IGG?
Sans et foetus
Plus facile de démontrer les infections qui se sont faites il y a longtemps
-Si positif –> tu as déjà été infecté (peut-être lorsqu’il y a longtemps, si IGM -)
Où retrouve-t-on les IGA?
Voies respiratoires et digestives
Où retrouve-t-on les IGE?
-Muqueuse
À quoi servait les tests de détection rapide?
Détecter le paludisme
Comment fonctionne les tests rapides de la malaria?
-Échantillon de sang de patient est lysé (hémolyse –> ajout de détergent qui sépare les protéines) –> libère les antigènes de plasmodium
-Bandelette couverte d’anticorps-plasmodium est trempée dans le sang hémolysé
-Bandelette est ensuite trempée dans une solution de liposomes
Comment fonctionne les nouveaux tests rapides?
-Échantillons d’origines diverses
-Des anticorps contre le pathogène sont immobilisés sur une membrane
-Anticorps secondaires diffusent –> si l’antigène est présent ils vont se concentrer à un endroit –> apparition ligne colorée
-Si pas d’antigène –> l’anticorps contrôle se lie à l’antigène
*Nécessite un échantillon lysé
*anticorps se déplace en même temps que l’antigène sur la bandelette –> va interargir avec si l’antigène est présent
Pourquoi on veut faire des dépistages plus précoces du VIH/SIDA?
-Contagion très élevée dans les débuts
-Pronostic plus favorable
-Limiter la formation de réservoir
–> Dépister le VIH-1 et VIH-2 dans la même réaction
Comment on a amélioré les tests de dépistages du VIH?
Avant: seulement IgG –> seulement détecté après quelques semaines
Maintenant: antigène et anticorps –> IgG et IgM (IgM apparraissent plus tôt que IgG)
