Desenvolvimeno

Question 1

Explique o processamento do mRNA via splicissoma (maioritário)

Answer 1

Na 5’ tem um GU e na 3’ tem um AG e tem um ponto de ramificação de adenina.
A U1 liga-se à GU, U2 liga-se ao ponto de ramificação, o U4, o U5 e o U6 ligam-se entre o GU e o ponto de ramificação. Ocorre saída do intrão por via lariat.

Question 2

Explique o processamento do mRNA via splicissoma (minoritário)

Answer 2

Na 5’ tem um AU e na 3’ tem um AC e tem um ponto de ramificação de adenina.
A U11 liga-se ao AU, a U12 liga-se ao ponto de ramificação e a U4, o U5 e o U6 ligam-se entre o AU e o ponto de ramificação. E retiram o intrão pela via lariat.

Question 3

Quais os componentes fundamentais do processamento do piRNA e como é que exerce a sua regulação

Answer 3

O piRNA está no citosol e é clivado pela proteína Zucchini, e fosforila a extremidade 5’. Depois junta-se o complexo Piwi/Argonauta. Depois uma endonuclease corta a extremidade 3’ e a HEN1 metila-a. Depois o piRNA vai para o ciclo de pingpong em seguida, o Argo3 leva-o para o mRNA alvo. Para exercer regulação o piRNA pode clivar ou alterar a cromatina por metilação.

Question 4

Quais os componentes fundamentais do processamento do miRNA e como é que exerce a sua regulação

Answer 4

Dentro do núcleo está o primiRNA que é clivado pela Drosha e pela DGCR8 e passa a pré-miRNA. Este passa para o citosol pela exportina 5 que tem Ran-GTP em cofator e passa a miRNA. A Dicer cliva a cabeça do miRNA e o complexo argonauta leva-a ao mRNA alvo. A complementaridade do miRNA com o mRNA é imperfeita e assim o miRNA faz a regulação dos genes.

Question 5

Quais os componentes fundamentais do processamento do siRNA e como é que exerce a sua regulação

Answer 5

Começa no citosol e a Dicer cliva um segmento do siRNA e o complexo Argonauta leva-o para o mRNA alvo, o siRNA faz complementaridade perfeita e como o RNA não pode ser duplo a o mRNA é destruído.

Question 6

O que são células F+?

Answer 6

Uma célula F+ é uma célula que contém o fator F. (células masculinas)

Question 7

O que são células F-?

Answer 7

Uma célula F- é uma célula que não contem o fator F. (células femininas)

Question 8

O que são células F’?

Answer 8

Uma célula F’ é uma célula com o fator F excisado, são formadas a partir da excisão incorreta de uma célula Hfr.

Question 9

O que são células Hfr?

Answer 9

Uma célula HFR é uma célula capaz de conjugar, porque têm o fator F, mas é uma célula com o fator F incorporado no cromossoma bacteriano, por isso não consegue fazê-lo corretamente como as F+ .

Question 10

Características do DNA H.

Answer 10

Dupla hélice antiparalela, destra que pode formar estruturas triplex.
Formado principalmente por estruturas de repetição em espelho.
Fonte de instabilidade genética.
Identificada em múltiplas regiões promotoras.

Question 11

Características do DNA A.

Answer 11

Duplex helicoidal, destro e antiparalelo.
Mais compacto ao longo do eixo da hélice.
Forma que hibrida com o RNA.
.

Question 12

Características do DNA B.

Answer 12

Dupla hélice antiparalela helicoidal e destra.
Enrolamento no sentido dos ponteiros do relógio.
10 pares de base por volta.
Respeita o princípio de Wobble (A-T; C-G)
Tem 2mm de diâmetro

Question 13

Características do DNA Z.

Answer 13

Causado por alterações conformacionais ambientais ou metilação.
Regulam a atividade ON-OFF.
Flip leva a diferentes edições do RNA.
Enrolamento negativo
Pequenas moléculas de DNA que alteram nucleótidos de purinas e pirimidinas, adotando a estrutura mais instável
DNA é metilado geralmente nas citosinas.

Question 14

Características do DNA C.

Answer 14

Só existe em in vitro.
Ativa a transcriptase reversa
Tem enrolamento positivo.
.

Question 15

Distinguir genes Ortólogos de Parálogos.

Answer 15

Genes ortólogos tem a mesma função e derivam do mesmo ancestral estão numa cópia única do genoma e divergem por especiação. Os genes parólogos têm várias cópias no genoma, derivam por duplicação divergem dentro de subtipos e adquirem novas funções.

Question 16

HFR + F- não faz F+, porquê?

Answer 16

A HFR não dá uma F+, mas sim F’, porque o Fator F passa mais lentamente, do que que o DNA duplicado e por isso é excisado.

Question 17

Qual a composição do quadro de leitura aberto (ORF)?

Answer 17

O ORF é constituído por um codão iniciação, um codão stop, e a região codificante constituída por tripletos que codificam aminoácidos, e poderão potencialmente formar uma proteína.

Question 18

O que são Riboswitches?

Answer 18

São sequências de RNA não codificante, que por modificações conformacionais funcionam como interruptores que regulam a síntese de proteínas em resposta às condições ambientais.
.

Question 19

O que é a Shelterina?

Answer 19

A shelterina é o complexo que permite a adição controlada nucleótidos trifosfatados. A shelterina contém a telomerase, a TRF1, TRF2, Rap1, TIN2, TPP1, POT 1. Este complexo atua no final da replicação.

Question 20

O que acontece se o complexo de Shelterina for inibido?

Answer 20

Se este for inibido o tamanho do telómero não é regulado e pode haver fusões dos telómeros.

Question 21

Como se formam os pseudogenes não processados

Answer 21

Os pseudogenes não processados, podem formar-se por duplicação incompleta, duplicação de genes tandem, mutação de uma segunda cópia de genes funcionais e por movimento de elementos transponíveis.

Question 22

Como se formam os pseudogenes processados e quais as suas características

Answer 22

Eles formam-se por transcrição reversa e integração dos transcritos no mRNA. E têm uma cauda poli-A, carecem de promotores e formam proteínas de fusão ao inserir-se um local transcrito.

Question 23

Indique 4 funções dos pseudogenes

Answer 23

Os pseudogenes podem abolir sinais de iniciação e terminação, remover intrões e junções exão-intrão, podem fundir e fissar genes e originar um novo gene.
.

Question 24

O que são genes sobrepostos?

Answer 24

É uma sequência de DNA que codifica para mais do que uma proteína, pois apresentam mais do que um codão de iniciação (AUG), ou seja, têm mais do que um ORF.
.

Question 25

Indique duas características comuns e diferentes do genoma procarionte e eucarionte.

Answer 25

Ambos genomas têm um promotor e um codão de iniciação. O genoma procariota tem regiões intercistrónicas enquanto que o genoma eucariota não tem. No genoma eucariota existe sinal para o Cap e para a cauda PolyA enquanto que no procarionte não existe.

Question 26

Zonas de reconhecimento nos eucariotas

Answer 26

TATA box -> -25 do local + 1 CAAT box -> -80 do local +1 GC box (2x) -> montante e jusante da TATA box .

Question 27

Zonas de reconhecimento nos procariotas

Answer 27

Sequência de reconhecimento -> -35 do local +1 Pribnow box -> -10 do local +1

Question 28

Processamento Splicing autocatalítico ou explique o processamento do mRNA via autocatalítica.

Answer 28

Pode ser dado por dois grupos. Grupo i – Tem inicio em G e não forma intrões cíclicos. Grupo ii – Tem inicio em A e forma intrões cíclicos, pela forma de lariat.

Question 29

Explique em que consiste o splicing alternativo.

Answer 29

É um método para formar diferentes proteínas a partir do mesmo mRNA. É possível eliminar todos os intrões, só alguns intrões, eliminar alguns exões.

Question 30

Explica PCR (fundamento e o que é).

Answer 30

O PCR é uma técnica de ampliação de sequências conhecidas de DNA a partir de 2 primers. Para a realização desta técnica são precisos 2 primers, pequenas quantidades de DNA, magnésio, desoxinucleotido, Taq. DNA polimerase, e um banho programável. O DNA é desnaturado a 94 graus Celcius, hibridiza-se com os primers a 30-65 graus Celcius dependendo dos primers usados, é sintetizado a 72 grau. Este processo pode ser repetido até 60 vezes. É necessário realizar dois controlos, um com tudo que inclua um DNA conhecido e um com tudo menos o DNA em estudo.

Question 31

Explica RT-PCR (fundamento e o que é).

Answer 31

O RT-PCR é uma técnica de ampliação de sequências de RNA transformando-a em cDNA a partir de 2 primers e transcriptase reversa. Para esta técnica são necessários 2 primers, transcriptase reversa, magnésio, desoxinucleotido, taq DNA polimerase, pequenas quantidades de RNA, e um banho programável. O DNA é desnaturado a 94 graus C, é hibridizado com os primers a 30-65 graus C dependendo dos primers usados e, é sintetizado a 72 graus C. Este processo pode ser repetido até 60 vezes. É necessário realizar dois controlos, o positivo em que tudo se mantem, mas em vez da nossa amostra se utiliza um DNA conhecido e, o negativo em que tudo se mantem, mas não se inclui o DNA em estudo.

Question 32

Como se processa o método de Sanger?

Answer 32

O método de sanger ou terminação de cadeia por didesoxinucleotidos, é utilizada para obter fragmentos de DNA com diferentes tamanhos. Para tal são necessários, uma cadeia de DNA molde, uma cadeia de primers, DNA polimerase, desoxinucleotidos e didesoxinucleotidos marcados com flurocromo. A adição de nucleótidos modificados, didesoxinucleotidos, pela DNA polimerase leva a que a síntese da cadeia de DNA que está a ser formada termine imediatamente. Desta forma obem-se fragmentos do mesmo DNA com tamanhos diferentes.

Question 33

Quais as características do operão lactose.

Answer 33

O operão lactose é constituído por genes reguladores, estes são: O promotor (P), o operador (O) e o repressor (lacI). E genes estruturais: lacz, que codifica para a beta-galactosidase, o lacy, que codifica para a permease, e o laca que codifica para a transacetilase. Em condições normais, ou seja, na ausência de mutações, na presença de lactose no meio exprimem-se estes genes, fazendo que a lactose entre na célula, sendo depois degradada em galactose e glicose pela beta-galactosidase.

Question 34

Diga o significado da mutação Oc

Answer 34

Operador constitutivo, impede a ligação da molécula repressora ao operador, e por isso há sempre transcrição e os genes estruturais são sempre expressos, quer na presença ou ausência de lactose. (sempre on)

Question 35

Diga o significado da mutação Os

Answer 35

Super-operador, o repressor mantem-se sempre ligado ao operador e por isso não há transcrição, e os genes nunca são expressos. (sempre off) .

Question 36

Diga o significado da mutação Ic ou I-

Answer 36

Mutação que impede a ligação do repressor ao DNA, logo os genes estruturais serão sempre expressos. (sempre on)

Question 37

Diga o significado da mutação Is

Answer 37

Mutação que impede impede a ligação do indutor a este inibidor, logo os genes estruturais nunca vão ser expressos. (sempre off) .

Question 38

Diga o significado da mutação Ip

Answer 38

Mutação no promotor que permite a formação do repressor Iq que impede a produção basal dos genes estruturais. Apenas possível em laboratório. (sempre off) .

Question 39

Teste de Ames com bactérias

Answer 39

O teste de Ames avalia o poder mutagénico de possíveis carcinogénicos por deteção de revertentes. Este é qualificado pelo índice de mutagenicidade, que é o quociente do número de revertentes induzidos pelo número de revertentes espontâneos. Para a realização do teste de ames em bactérias utiliza-se uma bactéria da estirpe salmonella, auxotrófica para a histidina -, que tenha o sistema de reparação por excisão inativa, e que não possua uma camada lipopolissacaridea. Para o teste propriamente dito plaqueiam-se 2 placas, com um meio de cultura de glicose agar sem histidina e com a bactéria. Uma das placas será o controlo, e na outra adiciona-se o composto em estudo. Incubam-se as placas por 12 horas e avaliam-se os resultados a partir do número de revertentes.

Question 40

Teste de Ames em ratinhos

Answer 40

O teste de Ames avalia o poder mutagénico de possíveis carcinogénicos por deteção de revertentes. Este é qualificado pelo índice de mutagenicidade, que é o quociente do número de revertentes induzidos pelo número de revertentes espontâneos. Primeiro induz-se o ratinho com arochior, depois retira-se o fígado do mesmo e faz-se um extrato hepático. Depois utiliza-se uma bactéria da estirpe Salmonella auxotrófica para a histidina-, que tenha o sistema de reparação por excisão inativa q que não possua uma camada lipopolissacarídea, misturada com o extrato hepático. Plaqueiam-se duas placas num meio de cultua de glicose agar sem histidina e com o descrito anteriormente, uma servirá de controlo e na outra acrescenta-se composto em estudo. Incubam-se por 12 horas e avaliam-se os resultados a partir do número de revertentes.

Question 41

Como se processa o ciclo lítico?

Answer 41

O fago infeta a bactéria inserindo o seu material genético no genoma da mesma e faz a sua própria replicação. Assim que a descendência ocupa todo o espaço intracelular, ocorre lise celular e libertam-se as partículas víricas. Este ciclo ocorre quando o meio é rico em nutrientes, porque com a inibição do AMPc a expressão do HFL vai aumentar. Isto leva a uma diminuição da concentração de CIII, que inibe o CII, não havendo expressão do CI. Assim a proteína Cro liga-se ao Or3 do operador e consequentemente a DNA polimerase liga-se ao Or1 e Or2 o que leva a que o gene Q seja ativado, ativando também os genes tardios do ciclo lítico.

Question 42

Como se processa o ciclo lisogénico num meio pobre em glucose?

Answer 42

O fago infeta a bactéria introduzindo o seu material genético no genoma da mesma, e de seguida, incorpora-o no cromossoma da bactéria. Assim só se vai replicar quando a bacteria se replicar.Num meio pobre em glucose existe o aumento do AMPc, que inibe a expressão do HFL. A proteína N leva à expressão do CIII, o que leva ao aumento da concentração de CII e ao aumento do CI. O CI liga-se ao Or1 e OR2 do operador na forma dimerica. Com isto existe inibição dos genes de lise (Cro), forma-se integrasse e entra no ciclo lisogénico.

Question 43

Como se processa o ciclo lisogénico num meio isotónico?

Answer 43

O fago infeta a bactéria introduzindo o seu material genético no genoma da mesma, e de seguida, incorpora-o no cromossoma da bactéria. Assim só se vai replicar quando a bacteria se replicar. Num meio isotónico a proteína N leva à expressão de CIII, que leva ao aumento da concentração de CII, que faz com que aumente a concentração de CI. Como é um meio isotónico CI e Cro competem pelo local do operador, contudo CI existe em maior quantidade, e tem maior afinaidade do que o Cro para do DNA. Assim o CI liga-se ao Or1 e Or2 de forma dimérica, havendo inibição dos genes de lise (Cro), forma-se integrase e entra no ciclo lisogénico

Question 44

Ratinhos knock out

Answer 44

Um ratinho knock-out é um ratinho transgénico em que um gene normal foi removido ou modificado, para não ser transcrito ou traduzido.

Question 45

Ratinhos knock-in

Answer 45

Um ratinho knock-in é um ratinho transgénico em que um gene normal é modificado ou é inserido um novo gene.

Question 46

Ratinhos knock-in ou knock-out condicionais

Answer 46

Um ratinho knock-in ou knock-out condicional é um ratinho em que um gene normal foi removido (out) ou inserido (in), é analisado num tecido específico, ou numa fase de desenvolvimento especifica ou em resposta a uma substância exógena.

Question 47

Dímeros de timina, causas

Answer 47

Luz UV, que impede a DNA fotálise de se ligar aos dímeros.

Question 48

Dímeros de timina, reparação procariota

Answer 48

Fotorreativação ou PRE e excisão geral.

Question 49

Dímeros de timina, reparação eucariota

Answer 49

Excisão, translesão, pós-replicação, NER.

Question 50

Dímeros de timina, consequências

Answer 50

transversões e transições.

Question 51

Quebra de duas cadeias, causas

Answer 51

Fatores exógenos ou intrínsecos, como radiações ionizantes, e fatores endógenos ou extrínsecos, como metabolismo celular, erros de replicação e espécies reativas de oxigénio. .

Question 52

Quebra de duas cadeias, reparação procariótica

Answer 52

Reparação por junção de extremidades não homólogas (NHEJ)- ligase D, reparação homóloga. NHEJ, HR, ligase D.

Question 53

Quebra de duas cadeias, reparação eucariota

Answer 53

Reparação por junção de extremidades não homólogas (NHEJ)- ligase 4 reparação homóloga. NHEJ, HR, ligase 4.

Question 54

Quebra de duas cadeias, consequências

Answer 54

Morte celular, carcinogénese.

Question 55

Alquilação, causas

Answer 55

Agentes alquilantes.

Question 56

Alquilação, reparação procariota

Answer 56

06-metilgeranina, DNA transferase (MGMT).

Question 57

Alquilação, reparação eucariota

Answer 57

BER.

Question 58

Alquilação, consequências

Answer 58

Transições.

Question 59

Lesão oxidativa, causas

Answer 59

Espécies reativas de oxigénio.

Question 60

Lesão oxidativa, reparação procariota

Answer 60

sis. GO.

Question 61

Lesão oxidativa, reparação eucariota

Answer 61

sis. GO., BER

Question 62

Lesão oxidativa, consequências

Answer 62

Transversões e transcrições.

Question 63

Locais AP (depurinação), causas

Answer 63

Perda de bases hidrocarbonetos, aromáticas, policíclicas (PAH).

Question 64

Locais AP (depurinação), reparação procariota

Answer 64

BER (replicação por excisão específica).

Question 65

Locais AP (depurinação), reparação eucariota

Answer 65

BER (replicação por excisão específica).

Question 66

Locais AP (depurinação), consequências

Answer 66

Transversões e deleções.

Question 67

8-oxoG, causas

Answer 67

Lesão oxidativa.

Question 68

8-oxoG, reparação procariota

Answer 68

Sis. GO.

Question 69

8-oxoG, reparação eucariota

Answer 69

Sis. GO e BER.

Question 70

8-oxoG, consequências

Answer 70

transversões e transcrições.