Définitions Flashcards

1
Q

Brin codant/sens

A

Brin d’ADN non transcrit
5’-3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Brin matrice/antisens

A

Brin d’ADN transcrit en ARNm et traduit
3’-5’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

TATA box

A

Séquence TATATA à -20 reconnue par la protéine TFIID (cofacteur de l’ARN poly)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Boite CAT/CAAT/GC

A

Séquence où d’autres protéines de transcription viennent se poser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Sous-unité/facteur σ

A
  • Reconnait spécifiquement les promoteurs bactériens
  • Quand se lie à l’ARN polymérase = changement de conformation du core et se lie au promoteur
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Holoenzyme

A

ARN polymérase bactérienne contenant la sous-unité σ

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Boite de Pribnow (-10)

A

Boite dans les promoteurs bactériens, associée à un des éléments suivants:
- Région +35
- Élément UP (gène fortement exprimé)
- Discriminateur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

4 domaines du facteur σ

A

σ4 : reconnait +35
σ2 : reconnait -10
σ3 : reconnait l’extension de -10
σ1 : reconnait le discriminateur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Élément UP

A
  • Région riche en A-T pour une meilleure fixation
  • Présent chez les gènes fortement exprimés
  • Reconnu par αCTD
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Synthèse abortive

A

Pendant l’initiation, l’ARN polymérase produit des petits ARNs (<9nt) avant de se libérer du promoteur pour commencer l’élongation. L’élongation commence quand la taille des petits ARNs dépassent 9nt, car ça oblige l’ARN à sortir du complexe, et s’insère dans son canal de sortie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Protéine Rho

A

Hexamère qui se lie à l’ARN à sa sortie de la polymérase
- Utilise son activité ATPase pour induire la terminaison
- Ne se lie pas au ARN en traduction car lié aux ribosomes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Terminaison Rho-Dépendante

A

Protéine Rho se fixe sur le site rut et induit la terminaison avec son activité ATPase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Terminaison Rho-Indépendante

A

Formée d’une séquence répétée/inversée de 20 bases, suivie d’une région de 8 A/T. Après leur transcription, il y a formation d’une structure en épingle à cheveux qui provoque la terminaison en:
1. Déplaçant la polymérase vers l’avant
2. Détachant la polymérase du transcrit
3. Induisant un changement de conformation de la polymérase
La terminaison est seulement efficace s’il y a une série de A-U

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Promoteur minimal

A

Promoteur central composé d’éléments de reconnaissance (promoteur de base)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Promoteurs naturels

A

Séquences régulatrices:
- Activatrices/inhibitrices
- Proches/éloignées du promoteur
- Peuvent avoir des éléments pouvant aider/empêcher la transcription:
–> séquences activatrices en amont
–> enhancers/amplificateurs
–> silencers

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

GTF ou FGT

A

General transcription factors ou Facteurs généraux de transcription
- Reconnait les éléments du promoteur initial
- 3 : TF I, TF II, TF III
- Remplace le facteur σ des procaryotes pour l’initiation

17
Q

Complexe de pré-initiation (CPI)

A

GTF + ARN polymérase lié au promoteur
GTFs aident ARN polymérase à:
- se lier au promoteur
- séparer les brins d’ADN
- se séparer du promoteur
- s’engager dans la phase d’élongation

18
Q

FACT

A

Aide au désassemblage et reconstruction des nucléosomes derrière l’ARN poly

19
Q

CPSF et CstF

A

CPSF: cleavage and polyadenylation specific factor
CstF: cleavage stimulation factor
- Facteurs se liant aux séquences signales de polyadénylation
- Recrutent d’autres protéines pour cliver ces séquences

20
Q

PolyA polymérase (PAP)

A
  • Ajoute env. 200 nucléotides pour faire la queue polyA
  • Recrutée par CPSF
21
Q

Trans-estérification

A

2 réactions successives d’attaques nucléophiles pour épisser un intron

22
Q

snRNA et snRNP

A

snRNA: 5 ARNs du spliceosome (U1, U2, U4, U5, U6)
- Reconnaissent les séquences des sites d’épissage
- Catalysent le site catalytique

snRNP: ARNs complexés à des protéines (ARN-protéine)
- Aident reconnaissance du site donneur d’épissage 5’
- Reconnaissent le site de branchement A
-

23
Q

BBP

A

Protéine de liaison au point de branchement A

24
Q

2 erreurs potentielles d’épissage

A
  1. Saut d’exon: Non reconnaissance d’un site d’épissage 3’
  2. Sites d’épissage cryptiques: Reconnaissance d’une séquence qui n’est pas un vrai site (dans un exon)
25
Q

2 mécanismes qui assurent la fidélité de l’épissage

A
  1. Facteurs qui reconnaissent les sites d’épissage 5’ et 3’
  2. Séquences dans les exons qui sont reconnues par des protéines SR, qui recrutent les complexes U1 et U2AF. Donc, s’assurent que les sites utilisés sont les bons
26
Q

Protéines SR et hnRNP A/B

A

Protéines SR:
- Recrutent le spliceosome près des sites de clivage 5’ et 3’
- Régulées par des signaux physiologiques

Les 2: protéines de liaison pouvant contrôler
- le choix des sites d’épissage
- le ration d’inclusion/exclusion d’exons alternatifs

27
Q

Épissage alternatif

A

Permet de maximiser la diversité du protéome

28
Q
A