Définitions

Question 1

Brin codant/sens

Answer 1

Brin d’ADN non transcrit
5’-3’

Question 2

Brin matrice/antisens

Answer 2

Brin d’ADN transcrit en ARNm et traduit
3’-5’

Question 3

TATA box

Answer 3

Séquence TATATA à -20 reconnue par la protéine TFIID (cofacteur de l’ARN poly)

Question 4

Boite CAT/CAAT/GC

Answer 4

Séquence où d’autres protéines de transcription viennent se poser

Question 5

Sous-unité/facteur σ

Answer 5

• Reconnait spécifiquement les promoteurs bactériens
• Quand se lie à l’ARN polymérase = changement de conformation du core et se lie au promoteur

Question 6

Holoenzyme

Answer 6

ARN polymérase bactérienne contenant la sous-unité σ

Question 7

Boite de Pribnow (-10)

Answer 7

Boite dans les promoteurs bactériens, associée à un des éléments suivants:
- Région +35
- Élément UP (gène fortement exprimé)
- Discriminateur

Question 8

4 domaines du facteur σ

Answer 8

σ4 : reconnait +35
σ2 : reconnait -10
σ3 : reconnait l’extension de -10
σ1 : reconnait le discriminateur

Question 9

Élément UP

Answer 9

• Région riche en A-T pour une meilleure fixation
• Présent chez les gènes fortement exprimés
• Reconnu par αCTD

Question 10

Synthèse abortive

Answer 10

Pendant l’initiation, l’ARN polymérase produit des petits ARNs (<9nt) avant de se libérer du promoteur pour commencer l’élongation. L’élongation commence quand la taille des petits ARNs dépassent 9nt, car ça oblige l’ARN à sortir du complexe, et s’insère dans son canal de sortie

Question 11

Protéine Rho

Answer 11

Hexamère qui se lie à l’ARN à sa sortie de la polymérase
- Utilise son activité ATPase pour induire la terminaison
- Ne se lie pas au ARN en traduction car lié aux ribosomes

Question 12

Terminaison Rho-Dépendante

Answer 12

Protéine Rho se fixe sur le site rut et induit la terminaison avec son activité ATPase

Question 13

Terminaison Rho-Indépendante

Answer 13

Formée d’une séquence répétée/inversée de 20 bases, suivie d’une région de 8 A/T. Après leur transcription, il y a formation d’une structure en épingle à cheveux qui provoque la terminaison en:
1. Déplaçant la polymérase vers l’avant
2. Détachant la polymérase du transcrit
3. Induisant un changement de conformation de la polymérase
La terminaison est seulement efficace s’il y a une série de A-U

Question 14

Promoteur minimal

Answer 14

Promoteur central composé d’éléments de reconnaissance (promoteur de base)

Question 15

Promoteurs naturels

Answer 15

Séquences régulatrices:
- Activatrices/inhibitrices
- Proches/éloignées du promoteur
- Peuvent avoir des éléments pouvant aider/empêcher la transcription:
–> séquences activatrices en amont
–> enhancers/amplificateurs
–> silencers

Question 16

GTF ou FGT

Answer 16

General transcription factors ou Facteurs généraux de transcription
- Reconnait les éléments du promoteur initial
- 3 : TF I, TF II, TF III
- Remplace le facteur σ des procaryotes pour l’initiation

Question 17

Complexe de pré-initiation (CPI)

Answer 17

GTF + ARN polymérase lié au promoteur
GTFs aident ARN polymérase à:
- se lier au promoteur
- séparer les brins d’ADN
- se séparer du promoteur
- s’engager dans la phase d’élongation

Question 18

FACT

Answer 18

Aide au désassemblage et reconstruction des nucléosomes derrière l’ARN poly

Question 19

CPSF et CstF

Answer 19

CPSF: cleavage and polyadenylation specific factor
CstF: cleavage stimulation factor
- Facteurs se liant aux séquences signales de polyadénylation
- Recrutent d’autres protéines pour cliver ces séquences

Question 20

PolyA polymérase (PAP)

Answer 20

• Ajoute env. 200 nucléotides pour faire la queue polyA
• Recrutée par CPSF

Question 21

Trans-estérification

Answer 21

2 réactions successives d’attaques nucléophiles pour épisser un intron

Question 22

snRNA et snRNP

Answer 22

snRNA: 5 ARNs du spliceosome (U1, U2, U4, U5, U6)
- Reconnaissent les séquences des sites d’épissage
- Catalysent le site catalytique

snRNP: ARNs complexés à des protéines (ARN-protéine)
- Aident reconnaissance du site donneur d’épissage 5’
- Reconnaissent le site de branchement A
-

Question 23

BBP

Answer 23

Protéine de liaison au point de branchement A

Question 24

2 erreurs potentielles d’épissage

Answer 24

1. Saut d’exon: Non reconnaissance d’un site d’épissage 3’
2. Sites d’épissage cryptiques: Reconnaissance d’une séquence qui n’est pas un vrai site (dans un exon)

Question 25

2 mécanismes qui assurent la fidélité de l’épissage

Answer 25

1. Facteurs qui reconnaissent les sites d’épissage 5’ et 3’
2. Séquences dans les exons qui sont reconnues par des protéines SR, qui recrutent les complexes U1 et U2AF. Donc, s’assurent que les sites utilisés sont les bons

Question 26

Protéines SR et hnRNP A/B

Answer 26

Protéines SR:
- Recrutent le spliceosome près des sites de clivage 5’ et 3’
- Régulées par des signaux physiologiques

Les 2: protéines de liaison pouvant contrôler
- le choix des sites d’épissage
- le ration d’inclusion/exclusion d’exons alternatifs

Question 27

Épissage alternatif

Answer 27

Permet de maximiser la diversité du protéome