Définitions Flashcards
Brin codant/sens
Brin d’ADN non transcrit
5’-3’
Brin matrice/antisens
Brin d’ADN transcrit en ARNm et traduit
3’-5’
TATA box
Séquence TATATA à -20 reconnue par la protéine TFIID (cofacteur de l’ARN poly)
Boite CAT/CAAT/GC
Séquence où d’autres protéines de transcription viennent se poser
Sous-unité/facteur σ
- Reconnait spécifiquement les promoteurs bactériens
- Quand se lie à l’ARN polymérase = changement de conformation du core et se lie au promoteur
Holoenzyme
ARN polymérase bactérienne contenant la sous-unité σ
Boite de Pribnow (-10)
Boite dans les promoteurs bactériens, associée à un des éléments suivants:
- Région +35
- Élément UP (gène fortement exprimé)
- Discriminateur
4 domaines du facteur σ
σ4 : reconnait +35
σ2 : reconnait -10
σ3 : reconnait l’extension de -10
σ1 : reconnait le discriminateur
Élément UP
- Région riche en A-T pour une meilleure fixation
- Présent chez les gènes fortement exprimés
- Reconnu par αCTD
Synthèse abortive
Pendant l’initiation, l’ARN polymérase produit des petits ARNs (<9nt) avant de se libérer du promoteur pour commencer l’élongation. L’élongation commence quand la taille des petits ARNs dépassent 9nt, car ça oblige l’ARN à sortir du complexe, et s’insère dans son canal de sortie
Protéine Rho
Hexamère qui se lie à l’ARN à sa sortie de la polymérase
- Utilise son activité ATPase pour induire la terminaison
- Ne se lie pas au ARN en traduction car lié aux ribosomes
Terminaison Rho-Dépendante
Protéine Rho se fixe sur le site rut et induit la terminaison avec son activité ATPase
Terminaison Rho-Indépendante
Formée d’une séquence répétée/inversée de 20 bases, suivie d’une région de 8 A/T. Après leur transcription, il y a formation d’une structure en épingle à cheveux qui provoque la terminaison en:
1. Déplaçant la polymérase vers l’avant
2. Détachant la polymérase du transcrit
3. Induisant un changement de conformation de la polymérase
La terminaison est seulement efficace s’il y a une série de A-U
Promoteur minimal
Promoteur central composé d’éléments de reconnaissance (promoteur de base)
Promoteurs naturels
Séquences régulatrices:
- Activatrices/inhibitrices
- Proches/éloignées du promoteur
- Peuvent avoir des éléments pouvant aider/empêcher la transcription:
–> séquences activatrices en amont
–> enhancers/amplificateurs
–> silencers
GTF ou FGT
General transcription factors ou Facteurs généraux de transcription
- Reconnait les éléments du promoteur initial
- 3 : TF I, TF II, TF III
- Remplace le facteur σ des procaryotes pour l’initiation
Complexe de pré-initiation (CPI)
GTF + ARN polymérase lié au promoteur
GTFs aident ARN polymérase à:
- se lier au promoteur
- séparer les brins d’ADN
- se séparer du promoteur
- s’engager dans la phase d’élongation
FACT
Aide au désassemblage et reconstruction des nucléosomes derrière l’ARN poly
CPSF et CstF
CPSF: cleavage and polyadenylation specific factor
CstF: cleavage stimulation factor
- Facteurs se liant aux séquences signales de polyadénylation
- Recrutent d’autres protéines pour cliver ces séquences
PolyA polymérase (PAP)
- Ajoute env. 200 nucléotides pour faire la queue polyA
- Recrutée par CPSF
Trans-estérification
2 réactions successives d’attaques nucléophiles pour épisser un intron
snRNA et snRNP
snRNA: 5 ARNs du spliceosome (U1, U2, U4, U5, U6)
- Reconnaissent les séquences des sites d’épissage
- Catalysent le site catalytique
snRNP: ARNs complexés à des protéines (ARN-protéine)
- Aident reconnaissance du site donneur d’épissage 5’
- Reconnaissent le site de branchement A
-
BBP
Protéine de liaison au point de branchement A
2 erreurs potentielles d’épissage
- Saut d’exon: Non reconnaissance d’un site d’épissage 3’
- Sites d’épissage cryptiques: Reconnaissance d’une séquence qui n’est pas un vrai site (dans un exon)
2 mécanismes qui assurent la fidélité de l’épissage
- Facteurs qui reconnaissent les sites d’épissage 5’ et 3’
- Séquences dans les exons qui sont reconnues par des protéines SR, qui recrutent les complexes U1 et U2AF. Donc, s’assurent que les sites utilisés sont les bons
Protéines SR et hnRNP A/B
Protéines SR:
- Recrutent le spliceosome près des sites de clivage 5’ et 3’
- Régulées par des signaux physiologiques
Les 2: protéines de liaison pouvant contrôler
- le choix des sites d’épissage
- le ration d’inclusion/exclusion d’exons alternatifs
Épissage alternatif
Permet de maximiser la diversité du protéome
