Cours 8 Flashcards
Initiation de la réplication
Quels initiateurs agissent en Trans
ORC (eucaryote)
Orc1/Cdc6 (arcaea)
DnaA (bactérie)
Quel initiatrice agit en cis
oriC
Vrai ou faux: la séquence OriC est différente chez les espèces
Faux. Séquence hautement conservée
Quel longueur la plus courte peut posséder un OriC fonctionnel?
séquence de 245 nucl.
Quelles boîtes DnaA (9 nucléotides) ont une grande affinité? 3
R1, R2 et R4
À quoi sert l’interaction de Fis et IHF avec l’ADN
Ce sont des histones qui courbe l’ADN
À quelle séquence la séparation de brin est initié?
séquence AT riche, DUE (DNA unwinding element)
Vrai ou faux:
La DnaA est activé au relâchement d’un ATP
Faux, c’est le complexe DnaA-ATP qui est actif
Vrai ou faux: DnaA-ADP est toujours associé à l’ADN
VRAI, tjrs aux sites de hautes affinité
Combien de monomère de DnaA sont nécessaire pour former un pré-RC
20
Comment DnaA ^peut-il déterminer la masse d’initiation de la cellule s’il est troujours très abondant?
C’est la quantité de Dna-ATP qui déclenche l’initiation (très limitant)
4 méchanismes pour réguler le moment de la réplication
1 site de boîtes DnaA en dehors d’OriC
2 régulation de la synthèse de DnaA
3 Richesse du milieu de culture en ATP
4 Activation de l’hydrolyse d’ATP sur DnaA
Vrai ou faux:
DnaA-ADP et DnaA-ATP ont la même affinité pour les boîtes DnaA
vrai
Que veut-on dire par “régulation de l’initiation en fonction de la richese du milieu”
Dans la cellule il y a toujours plus d’ATP que d’ADP. Cela est particulièrement vrai lorsque les cellules sont dans un milieu riche. Donc lorsque DnaA est nouvellement synthétisé, il
sera préférentiellement lié à de l’ATP
(nécessaire à l’initiation)
Pourquoi la séquence minimale d’oriC est de 256 nucléotides?
Site GATC répété 11 fois dans le chromosome, soit à chaque 256 nucléotides
À quoi servent DNAc et DnaB lors de l’initiation?
DnaC charge l’hélicase réplicative DnaB pour établirl la fourche de réplication
À quoi sert DnaG
synthèse des amorces ARN
En quoi la transcription divergente aide l’initiation de la transcription?
Facilite l’ouverture en générant sureroulement neg
Comment ont-ils découvert dnaA
Avec des mutants conditionnels termosensibles
Quel est l’effet d’un mutant dnaA ts?
réplication entamé se poursuit
Quel est leffet d,un mutant dnaB s
Arrêt immédiat de la réplication, inactivation de l’hélicase réplicative (role dans l’élongation)
Combien de temps pour la réplication complète du chromosome?
40 min
Comment la bactérie s’assure-t-elle qu’il n’y ait pas de 2e initiation?
OriC séquestré dans la membrane cytopasmique
Quel est l’effet d’une surproduction de la méthylase DAM
méthylation de OriC
compétition avec seqA
sur-initiation dela réplication à OriC
dérèglement du cycle cell
Combien de temps dure la séquestration?
1/3 du cycle cellulaire
3 façons dont le mvmt des fourches régule DnaA
- inactivation de DnaA-ATP sur le chromosome par RIDA
- Boite d’Affinité le long de l’ADN
- Séquence DARS (DnaA-ADP-> DnaA-ATP) répliqué à la fin
Dans le système RIDA, qu’est-ce qui permet l’accélération de l’hydrolyse de l’ATP sur DnaA
protéine HDA
Pourquoi le système de régulation RIDA fait-il une rétro-inibition?
DnaA-ATP est inactivée suite à son action pour initier la réplication.
Mécanismes d’action de DARS
- attachment de DnaA-ATP ailleur qu’OriC
- Retrait de l’ATP
- Relâchement de DnaA libre
- Donc délais de l’initiation
Effet de la perte de DARS
Délais de l’initiation de la réplicaton.
Formation de cellule anucléique
Pourquoi l’OriC de B. subtilis doit-il être plus régulé?
Car il peut sporuler
À quoi sert la protéine PriA
permet le réassemblage de fourches de réplication lorsqu’une fourche arrêté ne peut redémarrer
Comment la protéine PriA agit-elle
Via une interaction avec les jonctions 3’ sur différents substrats qui sont soient des intermédiaires de recombinaison (boucle D ou D-loop) ou des intermédiaires de réplication (fourches).
À quoi sert RecA lors du réassemblage des fourches de réplication
s’attache sur l’ADN simple brin. Polymérisation dans la direction 3’-5’. Catalyse l’échange de brins pour la recombinaison homologue
À quoi sert RecBCD lors du réassemblage des fourches de réplication
: hélicase et exonucléase. Complexe qui fournit le substrat approprié pour RecA.
À quoi sert RecFOR lors du réassemblage des fourches de réplication
interagit avec la brin d’ADN non-continu et permet le chargement de RecA sur ce dernier pour permettre la réparation des fourches de réplication arrêtées suite à la rencontre d’un dimère de pyrimidine.
À quoi sert RuvAB lors du réassemblage des fourches de réplication
catalyse la migration des jonctions de Holliday obtenues suite à la réaction d’échange par RecA et avec l’aide de RuvC va pouvoir couper cette jonction, pour finalement donner le produit de la recombinaison homologue.
À quoi sert PriA lors du réassemblage des fourches de réplication
permet le réassemblage d’une nouvelle fourche de réplication une fois la réparation effectuée par les protéines appropriées
Quand doit-on faire une réplication à partir d’un R-loop
survient en phase stationnaire pour permettre l’accumulation de mutations adaptatives
En quoi diffère les réplication r-loop des réplications DnaA/OriC
Les R-loop sont dites cSDR (constitutive stable DNA replication), car ils sont insensible à l’inhibition de la synthèse protéique contrairement à DnaA/oriC.
