Cours 8 Flashcards

1
Q

Comment agissent les initiateurs de la réplication? (cis ou trans)
(+ quoi pour les règnes)

A

Trans

ORC = Euca
Orc1/Cdc6 = Archées
DnaA = Bactéries

voir diapo 3

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Q

Comment agissent les origines de réplication? (cis ou trans)
(+ quoi pour les règnes)

A

Cis

+/- spécifique = Euca (structures alternatives)
oriC = Archées et Bactéries

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3
Q

Comment arrivent les hélicases? (+ quoi pour les règnes)

A
  • Recrutées à l’origine
  • Chargées sur l’ADN simple brin

MCM = Euca et archées
DnaB = Proca

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4
Q

Longueur de la séquence d’ADN la plus courte portant un oric actif

Pas à l’exam

A

245 nucléotides

oric très conservé chez les bactéries!!!!!

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5
Q

C’est quoi la séquence DUE?

A

Séquence où la séparation des brins est initiée à oriC

DUE= DNA Unwinding Element

Séquence A-T riche

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6
Q

Boîte DnaA?

A

Séquence consensus de 9 nucléotides
Boîtes à la fois de haute affinité (R1 à R5) et de faible affinité

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7
Q

Sites d’interaction de la boîte DnaA?

A

Fis et IHF

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8
Q

Comment agit DnaA?

A

Trans

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9
Q

Qu’est-ce qui régule DnaA? Expliquer forme active et inactive

A

Interaction avec le nucléotide adénine

Forme active = DnaA-ATP: permet l’ouverture d’oriC

Forme inactive = DnaA-ADP: conversion de l’ATP en ADP par l’activité intrinsèque de DnaA

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10
Q

DnaA dans le complexe de pré-réplication à oriC

A

20 monomères de DnaA pour former un pré-RC (complexe de pré-réplication à oriC)

DnaA-ADP aux boîtes DnaA de haute affinité (R1 à R5) à oriC

L’interaction avec les sites R1 à R5 permet la formation du complexe de pré-réplication)

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11
Q

Combien de monomères de DnaA dans une cellule?

A

1000 à 2000 monomères

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12
Q

Masse d’initiation et comment elle est déterminée?

A

Masse de la cellule qui déclenche l’initiation de la réplication à oriC

Déterminée par DnaA (selon la quantité de DnaA-ATP dans la cellule)

Pool limité de DnaA-ATP qui en fait une mesure précise pour initier la réplication

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13
Q

Dans une cellule, il y a plus d’ATP ou d’ADP?

A

Toujours plus d’ATP!
Encore plus en milieu riche

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14
Q

Différence d’affinité de DnaA pour ADP vs ATP?

(revoir diapo 10)

A

Affinité semblable!

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15
Q

À quoi sert DnaA-ATP?

A

Les molécules de DnaA-ATP viennent saturer les sites de faible affinité à oriC

Cette saturation permet la formation d’une super structure qui permet l’ouverture à DUE

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16
Q

À quoi servent Fis et IHF?

A

Aident à former le méga compexe d’initiation avec DnaA à oriC

Ils facilitent une courbure dans l’ADN

IHF = effet positif à oriC, datA et DARS2
Fis = effet positif à DARS2

17
Q

À quoi sert DiaA?

A

DnaA initiator associating protein

Active DnaA-ATP pour l’interaction à oriC

18
Q

À quoi sert la transcription divergente?

A

À introduire du surenroulement négatif à oriC

Cela aide à ouvrir les brins d’ADN pour commencer la réplication

19
Q

Explique brièvement l’initiation de la réplication du chromosome bactérien

A
  1. DnaA-ADP interagit avec les sites de haute affinité R1 à R5 (formation du complexe de pré-réplication) (toujours attaché à trois boîtes DnaA)
  2. Saturation des sites de faible affinité par DnaA-ATP (formation d’une super structure)
  3. Ouverture des brins à DUE par DnaA
  4. DnaC emmène DnaB à oriC
  5. DnaB d’attache à oriC et commence la séparation des brins
  6. Ajout de molécules SSB pour maintenir les brins séparés
  7. Synthèse d’amorces d’ARN par DnaG, ce qui initie la réplication
20
Q

À quoi sert la séquestration d’oriC dans la membrane cytoplasmique?

A

Elle permet d’empêcher une nouvelle initiation de la réplication en bloquant DnaA de la région

21
Q

À quoi sert SeqA et qu’est-ce qu’elle fait?

A

SeqA permet la séquestration d’oriC dans la membrane cytoplasmique

SeqA interagit avec la membrane cytoplasmique

SeqA s’attache à un seul brin d’ADN à chacune des 11 séquences GATC méthylées (l’ADN est donc hémi-méthylé)

SeqA ne peut s’attacher qu’après l’initiation de la réplication à oriC, car c’est à ce moment que les séquences deviennent hémi-méthylées (le nouveau brin formé n’est pas méthylé)

22
Q

Qu’est-ce que la méthylase Dam?

Qu’est-ce qui arrive si elle est surproduite?

A

Elle mène à une méthylation rapide à oriC si elle est en surproduction

Elle fait alors compétition à SeqA, qui ne peut pas s’attacher si le site est entièrement méthylé.

La méthylation rapide cause une sur-initiation de la réplication à oriC

Sur-initiation = Dérèglement du cycle cellulaire = Augmentation de la qt d’ADN dans la cellule

23
Q

Le promoteur du gène dnaA peut-il être hémi-méthylé?

A

Oui! Car dans la région oriC

Cela inhibe la synthèse de DnaA après l’initiation

24
Q

Où se trouve les GATCs? Pourquoi?

A

Dans les boîtes DnaA de FAIBLE affinité
Dans la région DUE

PAS DANS LES RÉGIONS DE HAUTE AFFINITÉ

Cet emplacement empêche l’assemblage du complexe pré-RC mais permet à DnaA de se réattacher aux sites de haute affinité R1, R2 et R4 (toujours attachés)

25
Q

Combien de temps dure la séquestration d’oriC?

A

1/3 du cycle cellulaire

26
Q

Comment peut-on réguler l’initiation de la réplication au bon moment?

A

En régulant la quantité de DnaA (DnaA-ATP!!!!!) disponible pour interagir avec oriC

Mécanismes liés
-au mouvement des fouches de réplication
-différentes séquences d’interaction ADN-DnaA

27
Q

Quels sont les rôles du mouvement des fourches dans la régulation de DnaA?

A
  1. Inactivation du DnaA-ATP attaché au chromosome par RIDA
  2. Duplication de séquences d’interaction ADN-DnaA = Attache les protéines DnaA libres (diminue la disponibilité)
    ex de site: datA, site de haute capacité (forte affinité pour DnaATP)
  3. Duplication de régions DARS
28
Q

C’est quoi RIDA?

revoir le concept????

A

Regulatory Inactivation of DnaA-ATP

MÉCANISME LE PLUS IMPORTANT DANS LA RÉGULATION DE DnaA (hyper répandu chez les bactéries)

Mécanisme de régulation par rétro-inhibition
DnaA-ATP inactivé après son action d’intiation de la réplication

Dans RIDA, seule la forme chargée sur l’ADN de la beta-clamp est active
Hydrolyse de l’ATP non favorisée

29
Q

Qu’est-ce qui arrive à un mutant qui n’a pas RIDA?

A

Sur-initiation de la réplication

C’est létale dans un milieu riche!

30
Q

C’est quoi DARS?

A

DnaA Reactivation Sequences

Promouvoie l’accumulation de DnaA-ATP

2 séquences DARS loin l’une de l’autre et loin de oriC

3 boîtes DnaA (deux en sens opposé)

Libération de DnaA en enlevant le nucléotide ADP

Interaction DnaA avec ATP pour former DnaA-ATP
[ ]ATP > [ ] ADP dans un milieu rich

31
Q

Qu’est-ce qui se passe si on perd DARS?

A

Délai dans l’initiation de la réplication lors du cycle cellulaire
(Accumulation DnaA-ATP plus difficile)

32
Q

C’est quoi le titrage de DnaA?

(concept flou sur la diapo)

A

datA dupliqué près de la fin de la période de séquestration
locus a une grande capacité pour DnaA, car c’est surtout DnaA-ATP qui est titré

300 boîtes DnaA sur le chromosome

datA comtribue à la répression de l’initiation à oriC

33
Q

Qu’est-ce qui se passe avec une souche sans locus datA?

A

Croissance normale
Phénotype d’initiation asynchrone
Augmentation de la fréquence d’initiation

E. coli ne tolère pas l’ajout de plusieurs copies de datA

34
Q

Que fait la protéine Hda?

A

Interaction Hda-beta-clamp à la fourche de réplication accélère l’hydrolyse de l’ATP de DnaA
(lien avec RIDA?)

35
Q

Quelles sont les étapes de l’initiation de la réplication pur un système alternatif?

A

À un site autre que oriC

  1. Ouverture des brins d’ADN
  2. Chargement de l’hélicase réplicative
  3. Chargement du réplisome
36
Q

C’est quoi PriA et le système PriA-dépendant

A

PriA permet le ré-assemblage de fourches en dehors de oriC

Utile quand la fourche de réplication arrêtée est bloquée (obstacles ou cassures ADN)

Interaction PriA-jonction 3’ sur différents substrats –> intermédiaire de recombinaison ou de réplication

Substrats = D-loop, fourche 3’, R-loop

PriA utilise l’ADN!!

37
Q

Qu’est-ce qui arrive à une souche ayant PriA inactivé?

A

Presque létale

Phénotype = cellules filamenteuses avec un ADN mal distribué (cellules ont de la difficulté à compléter al réplication de leur chromosome)

Mutant priA non viable = Mutation dnaB(Ts) ou gyrB(Ts)

38
Q

Revoir les R-loop? Je sais pas si c’est à l’exam