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Génétique moléculaire - SBM-1004 > Cours 4 - Mécanisme de transcription (éléments à apprendre par coeur) > Flashcards

Cours 4 - Mécanisme de transcription (éléments à apprendre par coeur) Flashcards

1
Q

Quelles sont les différences de la transcription de l’ADN vs sa réplication?

A
  1. Dans transcription: Brin constitué de ribonucléotides
  2. ARN Pol: pas besoin d’amorce
  3. ARN ne reste pas apparié au brin matrice ADN
  4. Transcription moins fidèle que la réplication
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2
Q

Dites ce que les ARN Pol I, II et III transcrivent chacune

A

Pol I: Précurseur ARNt
Pol II: Plupart des gènes codant des protéines
Pol III: ARNt et ARNr 5S

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3
Q

Dites les homologues des sous-unités des deux polymérases bactériennes et eucaryotes

A
  1. sous-unités β et βʼ = sous-unités de Pol II (RPB1 et RPB2)
  2. Sous-unités αʼ et α’’ = RPB3 et RPB11
  3. Sous-unité ω (omega) = RPB6
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4
Q

Dites la vitesse de la phase d’élongation

A

52 nucléotides par seconde

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5
Q

Quel est le nom du facteur holoenzyme de la ARN pol bactérienne?

A

σ ou le facteur σ prédominant = σ70

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6
Q

Quels sont les promoteurs reconnus par le facteur σ70 ?

A

-10 et -35

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7
Q

Dites quel région du facteur σ70 est reconnu s’il y a présence de :
1. Élément -10
2. Élément -10 allongé
3. Élément discriminateur
4. Élément UP

A
  1. hélice α de région 2
  2. hélice α de région 3
  3. Région 1.2
  4. Aucun, cet élément est reconnu par la αCTD de la Pol qui est lié au αNTD terminal par un pont flexible
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8
Q

Quelles sont les positions que l’ADN est séparé en deux brins (brin sens et brin matrice)?

A

de +3 à -11

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9
Q

ARN Pol bactérien

Décrivez les 5 canaux de la Pol

A

1 canal pour les NTP entrants
1 canal pour la sortie de l’ARN
3 canaux pour la sortie et l’entrée de l’ADN

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10
Q

ARN Pol bactérien

Donnez les deux changements structuraux observés

A

Fermeture des mâchoires
Déplacement de la région N-terminal σ1.1 (est dans la foyer catalytique lorsque complexe fermé)

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11
Q

ARN Pol bactérien

Comme la Pol ne requiert pas d’amorce, ces liaisons avec les NTP doivent être spécifiques. Dites l’enzyme qui aide à établir ces interactions spécifiques avec le 1er et le 2e nucléotide.

A

Linker 3/4 de σ

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12
Q

Comment se nomme la synthèse lorsque l’ARN Pol ne produit et ne libère que de courts ARN de moins de 10 nucléotides?

A

Synthèse abortive

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13
Q

Donnez les deux fonctions correctrices de l’ARN Pol.

A

1ère : correction pyrophospholytique
Catalyse enlèvement 1 ribonucléotide
incorrect par incorporation PPi
(P2O74-)

2ème : correction hydrolytique
Incorporer autre nucléotide
Enzyme recule un ou plusieurs
nucléotides et clive ARN (d)

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14
Q

Comment se nomme l’enzyme que la TRFC recrute pour la réparation ?

A

Endonucléase Uvr[A]BC

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15
Q

ARN Pol eucaryote

Donnez l’ordre d’arrivée des FGTS suite au complexe TBP-TATA

A

TFIIA –> TFIIB –> TFIIF + polymérase –> TFIIE = TFIIH

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16
Q

ARN Pol eucaryote

Quelles sont les 2 étapes absentes chez les bactéries pour la libération du promoteur?

A
  1. Hydrolyse d’ATP (en + de hydrolyse ATP pour fusion ADN par TFIIH)
  2. Phosphorylation de la Pol II
17
Q

ARN Pol eucaryote

Avec quel molécule interagit TBP?

A

Interagit avec phosphates (-) armature
ADN par résidus Lys + Arg (+)

18
Q

ARN Pol eucaryote

De quoi est formé le TFIID?

A

1 TBP + 10 TAFs

19
Q

ARN Pol eucaryote

Parmi les TAFs lesquels se lient aux éléments du promoteur?

A

TAF42, TAF62, TAF6, TAF2

20
Q

ARN Pol eucaryote

Parmi les 4 TAFs répondus à la question précédente, lesquels ont des similitudes structurales avec les histones?

A

TAF42 ET TAF62

21
Q

ARN Pol eucaryote

Donnez le nombre de sous-unités que contient:
1. TBP
2. TFIIA
3. TFIIB
4. TFIIE
5. TFIIF
6. TFIIH
7. TAF

A
  1. 1
  2. 2
  3. 3
  4. 2
  5. 3
  6. 10
  7. 11
22
Q

ARN Pol eucaryote

TFIIA est encodé par deux gènes distincts. Nommez-les.

A

TFIIAα/β (TOA1): sous-unité 55kDa
TFIIAγ (TOA2): sous-unité 12kDa

23
Q

ARN Pol eucaryote

Dites les contacts spécifiques de la TFIIB

A

Structure cristalline :
Contacts spécifiques TFIIB-TBP et TFIIB-ADN

24
Q

ARN Pol eucaryote

Quel est le FGT le plus gros et le plus complexe? Combien de sous-unités possèdent-il? Quelles sont les deux sous-unités qui possèdent les activités nécessaires à l’initiation de la transcription?

A
  1. TFIIH
  2. 10 sous-unités
  3. 2 sous unités : XPD XPB pour les activités ATPase (hélicase) + activité protéine kinase
25
Q

ARN Pol eucaryote

Nommez les protéines supplémentaires nécessairent à la transcription

A

Protéines régulatrices (facteur de transcription)
Complexe Médiateur
Enzyme de modification des nucléosomes

26
Q

ARN Pol eucaryote

Combien de sous-unités possède le médiateur? Laquelle en particulier est la plus indispensable?

A

20 sous unités
Srb4 ou Med17

27
Q

ARN Pol eucaryote

Quels sont les nouveaux facteurs qui vont remplacer la plupart des FGT + médiateur lors de l’élongation?

A

TFIIS et hSPT5

28
Q

ARN Pol eucaryote

Quelle protéine est adjointes de la Pol II par des activateurs transcriptionnels? Pourquoi est-elle importante?

A

Kinase P-TEFb qui stimule l’élongation en phosphorylant le résidu Ser2 dans les répétitions de la CTD

29
Q

ARN Pol eucaryote

Que P-TEFb recrute comme protéine?

A

TAT-SF1 (facteur d’élongation)

30
Q

ARN Pol eucaryote

Quel est l’autre classe de facteur d’élongation?

A

Famille ELL qui se lie à Pol II + suppriment les arrêts temporaires fréquents = amélioration de la processivité de la Pol II lors de l’élongation

31
Q

ARN Pol eucaryote

Quel est le rôle de la TFIIS?

A

Stimule le taux d’élongation en diminuant le temps de pause de Pol II sur séquences qui ralentissent sa progression + contribue à vérification de séquence par Pol II en stimulant activité RNase

32
Q

ARN Pol eucaryote

Quelle protéine a la capacité de revenir en arrière pour éliminer les bases incorrectes par hydrolyse limitée de l’ARN?

A

RNase

33
Q

ARN Pol eucaryote

Quel facteur d’élongation s’occupe des nucléosomes?

A

FACT

34
Q

ARN Pol eucaryote

Comment fonctionne FACT?

A

Spt16 qui se lie à H2A/H2B
SSRP1 qui se lie au trétramère H3/H4

35
Q

ARN Pol eucaryote

Quel dimère FACT extrait-il? Comment le réinsère-t-il derrière Pol II ?

A

H2A/H2B et c’est possible grâce à son activité chaperone d’histone

36
Q

ARN Pol eucaryote

A
37
Q

ARN Pol eucaryote

A

Génétique moléculaire - SBM-1004 (4 decks)

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