Cours 4 - Mécanisme de transcription (éléments à apprendre par coeur) Flashcards
Quelles sont les différences de la transcription de l’ADN vs sa réplication?
- Dans transcription: Brin constitué de ribonucléotides
- ARN Pol: pas besoin d’amorce
- ARN ne reste pas apparié au brin matrice ADN
- Transcription moins fidèle que la réplication
Dites ce que les ARN Pol I, II et III transcrivent chacune
Pol I: Précurseur ARNt
Pol II: Plupart des gènes codant des protéines
Pol III: ARNt et ARNr 5S
Dites les homologues des sous-unités des deux polymérases bactériennes et eucaryotes
- sous-unités β et βʼ = sous-unités de Pol II (RPB1 et RPB2)
- Sous-unités αʼ et α’’ = RPB3 et RPB11
- Sous-unité ω (omega) = RPB6
Dites la vitesse de la phase d’élongation
52 nucléotides par seconde
Quel est le nom du facteur holoenzyme de la ARN pol bactérienne?
σ ou le facteur σ prédominant = σ70
Quels sont les promoteurs reconnus par le facteur σ70 ?
-10 et -35
Dites quel région du facteur σ70 est reconnu s’il y a présence de :
1. Élément -10
2. Élément -10 allongé
3. Élément discriminateur
4. Élément UP
- hélice α de région 2
- hélice α de région 3
- Région 1.2
- Aucun, cet élément est reconnu par la αCTD de la Pol qui est lié au αNTD terminal par un pont flexible
Quelles sont les positions que l’ADN est séparé en deux brins (brin sens et brin matrice)?
de +3 à -11
ARN Pol bactérien
Décrivez les 5 canaux de la Pol
1 canal pour les NTP entrants
1 canal pour la sortie de l’ARN
3 canaux pour la sortie et l’entrée de l’ADN
ARN Pol bactérien
Donnez les deux changements structuraux observés
Fermeture des mâchoires
Déplacement de la région N-terminal σ1.1 (est dans la foyer catalytique lorsque complexe fermé)
ARN Pol bactérien
Comme la Pol ne requiert pas d’amorce, ces liaisons avec les NTP doivent être spécifiques. Dites l’enzyme qui aide à établir ces interactions spécifiques avec le 1er et le 2e nucléotide.
Linker 3/4 de σ
Comment se nomme la synthèse lorsque l’ARN Pol ne produit et ne libère que de courts ARN de moins de 10 nucléotides?
Synthèse abortive
Donnez les deux fonctions correctrices de l’ARN Pol.
1ère : correction pyrophospholytique
Catalyse enlèvement 1 ribonucléotide
incorrect par incorporation PPi
(P2O74-)
2ème : correction hydrolytique
Incorporer autre nucléotide
Enzyme recule un ou plusieurs
nucléotides et clive ARN (d)
Comment se nomme l’enzyme que la TRFC recrute pour la réparation ?
Endonucléase Uvr[A]BC
ARN Pol eucaryote
Donnez l’ordre d’arrivée des FGTS suite au complexe TBP-TATA
TFIIA –> TFIIB –> TFIIF + polymérase –> TFIIE = TFIIH
ARN Pol eucaryote
Quelles sont les 2 étapes absentes chez les bactéries pour la libération du promoteur?
- Hydrolyse d’ATP (en + de hydrolyse ATP pour fusion ADN par TFIIH)
- Phosphorylation de la Pol II
ARN Pol eucaryote
Avec quel molécule interagit TBP?
Interagit avec phosphates (-) armature
ADN par résidus Lys + Arg (+)
ARN Pol eucaryote
De quoi est formé le TFIID?
1 TBP + 10 TAFs
ARN Pol eucaryote
Parmi les TAFs lesquels se lient aux éléments du promoteur?
TAF42, TAF62, TAF6, TAF2
ARN Pol eucaryote
Parmi les 4 TAFs répondus à la question précédente, lesquels ont des similitudes structurales avec les histones?
TAF42 ET TAF62
ARN Pol eucaryote
Donnez le nombre de sous-unités que contient:
1. TBP
2. TFIIA
3. TFIIB
4. TFIIE
5. TFIIF
6. TFIIH
7. TAF
- 1
- 2
- 3
- 2
- 3
- 10
- 11
ARN Pol eucaryote
TFIIA est encodé par deux gènes distincts. Nommez-les.
TFIIAα/β (TOA1): sous-unité 55kDa
TFIIAγ (TOA2): sous-unité 12kDa
ARN Pol eucaryote
Dites les contacts spécifiques de la TFIIB
Structure cristalline :
Contacts spécifiques TFIIB-TBP et TFIIB-ADN
ARN Pol eucaryote
Quel est le FGT le plus gros et le plus complexe? Combien de sous-unités possèdent-il? Quelles sont les deux sous-unités qui possèdent les activités nécessaires à l’initiation de la transcription?
- TFIIH
- 10 sous-unités
- 2 sous unités : XPD XPB pour les activités ATPase (hélicase) + activité protéine kinase
ARN Pol eucaryote
Nommez les protéines supplémentaires nécessairent à la transcription
Protéines régulatrices (facteur de transcription)
Complexe Médiateur
Enzyme de modification des nucléosomes
ARN Pol eucaryote
Combien de sous-unités possède le médiateur? Laquelle en particulier est la plus indispensable?
20 sous unités
Srb4 ou Med17
ARN Pol eucaryote
Quels sont les nouveaux facteurs qui vont remplacer la plupart des FGT + médiateur lors de l’élongation?
TFIIS et hSPT5
ARN Pol eucaryote
Quelle protéine est adjointes de la Pol II par des activateurs transcriptionnels? Pourquoi est-elle importante?
Kinase P-TEFb qui stimule l’élongation en phosphorylant le résidu Ser2 dans les répétitions de la CTD
ARN Pol eucaryote
Que P-TEFb recrute comme protéine?
TAT-SF1 (facteur d’élongation)
ARN Pol eucaryote
Quel est l’autre classe de facteur d’élongation?
Famille ELL qui se lie à Pol II + suppriment les arrêts temporaires fréquents = amélioration de la processivité de la Pol II lors de l’élongation
ARN Pol eucaryote
Quel est le rôle de la TFIIS?
Stimule le taux d’élongation en diminuant le temps de pause de Pol II sur séquences qui ralentissent sa progression + contribue à vérification de séquence par Pol II en stimulant activité RNase
ARN Pol eucaryote
Quelle protéine a la capacité de revenir en arrière pour éliminer les bases incorrectes par hydrolyse limitée de l’ARN?
RNase
ARN Pol eucaryote
Quel facteur d’élongation s’occupe des nucléosomes?
FACT
ARN Pol eucaryote
Comment fonctionne FACT?
Spt16 qui se lie à H2A/H2B
SSRP1 qui se lie au trétramère H3/H4
ARN Pol eucaryote
Quel dimère FACT extrait-il? Comment le réinsère-t-il derrière Pol II ?
H2A/H2B et c’est possible grâce à son activité chaperone d’histone
ARN Pol eucaryote
ARN Pol eucaryote
