Cours 4 Flashcards
Les différents types de structures en double hélice d'acides nucléiques
Qui sont ceux qui ont conduit à la découverte du modèle de l’ADN en double hélice?
- Rosalind Franklin
- Maurice Wilkins
- James Watson
- Francis Crick
Quels sont les 4 paramètres hélicoïdaux?
- Pas de l’hélice: distance parcourue le long de l’axe hélicoïdal pour un tour de l’hélice
- h: translation unitaire le long de l’axe hélicoïdal
- t: rotation entre deux résidus successifs
- n: Nombre de résidus par tour d’hélice
Règle permettant de déterminer l’orientation parallèle ou antiparallèle locale des deux brins?
Dans un appariement, si les deux bases sont soit en anti (loins du sucre) soit en syn (au-dessus des sucres) et qu’elles interagissent avec les mêmes types de site (WC/WC ou H/H), alors une orientation cis des liaisons glycosidiques donne une orientation antiparallèle des deux brins. Une orientation trans des liaisons glycosidiques donne une orientation parallèle des deux brins.
Quelles sont les différentes formes de double hélice d’acides nucléiques?
- A
- B
- Z
Quelles sont les caractéristiques de l’hélice de forme B?
- hélice dextrogyre (on tourne vers la droite)
- brins antiparallèles
- adoptée à haut degré d’humidité
- bases perpendiculaires à l’axe hélicoïdal
- présence d’un grand et d’un petit sillon = axe hélicoïdal qui ne passe pas par le centre des paires de bases
De quoi provient l’apparition de sillons de largeurs différents?
De l’asymétrie des plateaux de base résultant des appariements WC/WC cis (brins antiparallèles).
Sillons symétriques lors des appariement WC/WC trans (brins parallèles).
Quelles sont les caractéristiques de l’hélice de forme A?
- hélice dextrogyre (on tourne vers la droite)
- brins antiparallèles
- adoptée à faible degré d’humidité
- bases inclinées par rapport à l’axe hélicoïdal
- hélice plus courte et plus ramassée que la forme B
- forme adoptée par des segments d’ARN db.
- présence d’un sillon profond et d’un sillon large = axe hélicoïdal qui ne passe pas par le centre des paires de bases
Quelles sont les caractéristiques de l’hélice de forme Z?
- hélice lévogyre (on tourne vers la gauche)
- brins antiparallèles
- bases perpendiculaires à l’axe hélicoïdal
- séquences répétitives pyrimidine-purine
- induite par de nombreuses drogues / par méthylation en C5 (pour la cytosine) ou en N7 (pour la guanine)
- a été observée plus fréquemment pour des séquences d’ADN que d’ARN mais les paramètres structuraux sont très proches dans les deux cas.
- alternance des conformations anti et syn, des plissements C2’ endo et C3’ endo
- présence d’un sillon large et d’un sillon profond = axe hélicoïdal qui ne passe pas par le centre des paires de bases
Diamètres des hélices?
A = 2,3nm B = 2 nm Z = 1,8nm
Pas des hélices?
A = 2,8nm B = 3,4nm Z = 4,5nm
Nombre de résidus par tour n?
A = 11 B = 10 Z = 12 (6u de répétion = 6 dinucléotides)
Translation unitaire h?
A = 0,26nm B = 0,34nm Z = 0,76nm pour le dinucléotide / 0,35 pour GpC / 0,41 pour CpG
Rotation unitaire t?
A = 33° B = 36° Z = 60° pour le dinucléotide / 51° pour GpC / 9° pour CpG
Comment peut-on passer d’une hélice de forme A à une hélice de forme B?
- En augmentant l’humidité de 75% à 92%
- En ayant une concentration de 3% de NaCl
Comment peut-on passer d’une hélice de forme B à une hélice de forme Z?
- En augmentant la concentration en sels
- En méthylène C5 de C et N7 de G
- Sous l’effet de drogues
Citer 3 banques de données structurales
- Nucleic Acid Database
- Protein Databank in Europe
- Worldwide Protein Databank
Citer 3 logiciels de visualisation
- Chimera
- Swiss PDB Viewer
- Pymol
