Cours#3 Taxonomie

Question 1

Qu’est que la taxonomie ?

Answer 1

Science de la classification biologique.

Question 2

Quelles sont les 3 parties de la taxonomie reliées entre elles ?

Answer 2

1. La classification: arrangement des organismes en groupes ou taxons selon leur similitude et leur parenté biologique (gènes communs)
   2.La nomenclature: consiste à donner des noms aux groupes taxinomiques selon les règles publiées.
2. L’identification: détermine qu’un isolat (matériel biologique) particulier appartient à un taxons connu

Question 3

Pourquoi la taxonomie est importante?

Answer 3

-permet de mettre de l’ordre dans l’immense biodiversité (regrouper)
- essentielle pour l’identification de nouveaux organismes
-permet de faire des liens avec des organismes similaires
-pour que les scientifiques puissent communiquer efficacement avec des noms précis

Question 4

Lors d’une culture quels sont les préalables?

Answer 4

• avant de faire une classification il faut procéder à une caractérisation de chaque microorganismes d’une population microbienne pour les distinguer les uns des autres ( une souche fait des clones mais aussi des mutations possible )
• il faut une culture pure du microorganisme à étudier

-une souche microbienne est définie comme étant:
* tous les descendants d’un seul organisme (cellule) = équivaut au clone
* une population d’organisme isolé d’une culture pure (souche différente)
—> on procède surtout à la caractérisation de la culture pure plutôt qu’à la caractérisation d’une unique cellule

Question 5

Préalable à la culture pure:

Answer 5

-Pour isoler une espèce bactérienne particulière d’une environnement, on doit employer des méthodes sélectives ( pour favoriser certaines bactéries: ex. Mettre lactose pour séparer ceux qui sont réactives et ceux qui ne le sont pas.. faire ménage)
- l’emploi de méthodes sélectives est très important parce qu’un étalement de bactéries dans des conditions non sélectives va favoriser l’isolement des espèces dont:
* la population la plus élevée
* le temps de génération est le plus court

Question 6

Nommer les deux techniques d’obtention d’une culture pure et leur utilité:

Answer 6

• techniques de dilution successives en milieu liquide (saline milieu de culture) puis dépôt sur milieu solide ( par étalement de surface ou en profondeur )= diluer les bactéries pour les étendre en échantillon plus spécifiques… en avoir de moins en moins
• méthode des stries par épuisement= stériliser entre chaque étape, ne pas retremper et ne jamais passer au même endroit

Question 7

Dans le système binomial de nomenclature de Carl linné que signifie le premier et deuxième nom ?

Answer 7

Le premier nom représente le genre et le deuxième correspond à l’espèce

Question 8

Caractéristiques du système binomial/ binominal

Answer 8

• le genre + l’épithète spécifique de l’espèce
• nom à consonance latine
  -le premier mot à toujours la première lettre en majuscule
• le deuxième mot débute toujours par une lettre minuscule
• le nom complet de l’espèce est écrit en italique ou souligné

Question 9

Vrai ou faux. Car linné a également instauré une structure hiérarchique simple basée sur les plantes et les animaux (seuls organismes vivants connus à l’époque)

Answer 9

Vrai

Question 10

Vrai ou faux. La découverte des microorganismes a induit un changement profond dans la classification?

Answer 10

Vrai whittaker (1969) propose un système à 5 royaumes
- plantae
-fungi
- animalia
-protista
-monera

Question 11

Quest- ce que le groupe taxonomique (taxon)?

Answer 11

Le groupe taxonomique (taxon) de base est l’espèce. L’espèce consiste en une souche de référence appelée souche-type. Une souche correspond à tous les descendants d’une culture pure

Question 12

Qu’est ce qui a remis en question la classification de Whittaker?

Answer 12

L’émergence de la biologie moléculaire et des nouvelles technologies = nouvelles découvertes
( voir image du power-point p.8)

Question 13

Woese (1977) propose une nouvelle classification basée sur 3 domaines… quels sont-ils?

Answer 13

-bacteria
-archaea
-eucarya

Question 14

Vrai ou faux. La nouvelle classification de woese permet de classifier les procaryotes en plus grande variété de catégories?

Answer 14

Vrai

Question 15

Quels sont les 3 domaines d’émergence de woese?

Answer 15

• transfert latéral de gènes
  -endosymbiose ( -1: capacité phagocytose (dégradé nutriment) -2: filament tactile permet la mobilité )

-diversification des espèces bactériennes ( un genre et une espèce différente)

Question 16

Composantes des trois domaines du vivants?

Answer 16

• bactéries
  -archées
  -eucaryotes (animaux/végétaux/protiste/eumycetes)

Question 17

Caractéristiques du domaine des bactéries:

Answer 17

• organismes unicellulaires
  -paroi de peptidoglycane
  -majorité pas de membrane qui entoure matériel génétique = pas de noyau (adn dans le cytoplasme)
• ne sont pas tous pathogènes et selon espèces colonisent des environnements différents ( eau/sol/peau)

Question 18

Caractéristiques domaine des archées:

Answer 18

• possède des séquences d’ARNr particulières
• dépourvue des peptidoglycane
• caractéristiques métabolique particulière (methanogene)
• peuvent vivre dans des environnements extrêmes (températures élevées/ forte concentration en sel)

Question 19

Caractéristiques du domaine des eucaryotes (divisé en 4): protistes

Answer 19

• unicellulaires
• plus grands que les bactéries et archées
• comprend les algues et moisissures aquatiques
• colonisent de nombreux milieux

Question 20

Caractéristiques domaine des eucaryotes: eumycetes

Answer 20

• levures : unicellulaires
• moisissure/ champignons: multicellulaires
• production antibiotiques décomposition d’organismes morts et fermentation alcoolique

Question 21

Différence entre bactéries/ archées/ eucaryotes :

Answer 21

Cell wall: bactérie: usually présent / archées : présent / eucaryote: absent
Génétique matériel : bactérie : small circular/ archee : small circular eucaryotes: complex nucleus
Habitat: bactéries: large éventail/ archee : environnement extrême / eucaryote: large éventail

Question 22

Caractéristiques des virus:

Answer 22

• les plus petits de tous les microorganismes
• provoquent de nombreuses maladies végétales et animales
• acellulaires et ont besoin d’une cellule hôte pour se multiplier ( eucaryote ou procaryote)
• parmi les autres membres acellulaires, notons les viroïdes, les virusoïdes et les prions
• exclus des 5 royaumes de whittaker et des 3 domaines de woese
• compte que quelques caractéristiques des vivants
• classes selon leur acide nucléique composition chimique et leur morphologie

Question 23

Exemple de virus :

Answer 23

• virus à ADN avec enveloppe : herpesvirus
• Virus à RNA sans enveloppe: rétrovirus
• Virus sans enveloppe à ADN: adenovirus
• Virus sans enveloppe à ARN : picornavirus

Question 24

Vrai ou faux. Pour classifier un microorganismes, on doit connaître ses caractéristiques. Puisqu’il est impossible d’en étudier un seul on étudie une culture pure (une seule espèce de microorganismes cultivés dans un milieu) ?

Answer 24

Vrai.

Question 25

Quels sont les caractéristiques observées lorsqu’on étudie une culture pure?

Answer 25

-morphologie
-chimiques
-culturales ou nutritionnelles
-métabolique
-antigènes
-génétique
-pathogéniques
-écologiques

Question 26

Caractéristiques morphologiques?

Answer 26

• facile à analyser et étudier
  -nécessite l’étude de cellules individuelles d’une culture pure
• se fait avec microscope optique 1000x
• permet de déterminer entres autres, la forme et l’arrangement des microorganismes
  Exemple: arrangement ( diplococcus :oo / streptococcus: oooo/ tetrad/ cuboidal packets/ straphylococcus)
  Formes: ( single/ diplobacillus/ streptobacillus/cocco-bacillus// spiral: spirochete/ vibrio)

Question 27

Caractéristiques chimiques :

Answer 27

• une analyse brute de la composition microorganisme
• profil d’acide gras (longueur des chaînes et degré de saturation)
• composition de la paroi gram+ ou gram-)
• nature de l’acide nucléique chez un virus

Question 28

Caractéristiques culturales ou nutritionnelles :

Answer 28

-éléments nutritif chimiques du milieu :
* inorganiques : N, Mg, K, Ca, Mn, Mo, Zn, Cu, Co, H2O, CO2 atmosphérique )
* organiques : sucres, aa, vitamines)
* substance complexes: peptone ou serum
* cellule hôte
Conditions physiques de croissance :
* PH, T,O2, lumière,salinité , résistance aux antibiotiques
Caractéristiques selon le milieu de culture : taille,forme,texture,couleur des colonies

Question 29

Caractéristiques métaboliques :

Answer 29

• cest la distinction de plusieurs groupes de microorganismes sur la base de ce qu’ils peuvent dégrader ou synthétiser ( catabolisme= réactions biochimiques de dégradation = ATP ou anabolisme = création d’une nouvelle molécule plus complexe = association de petite molécules simples )
• exemple: la façon dont ils obtiennent leur énergie ( lumière/ matière organique / matière inorganique…)

Outils utilisé; enterotube = bande en plastique présentant des cupules avec des substrats et des composés chimiques différents= dissocier molécule pour les faire réagir au différents milieux de cultures

Question 30

Caractéristiques antigéniques :

Answer 30

• reconnaissance spécifique de composés chimiques microbiens (antigènes) par des anticorps ou des phages
• en se liant ou pas directement à l’antigène donc au microorganismes, l’anticorps devient un outils très important dans les méthodes d’identification
  C’est à dire que c’est très coûteux , mais facile à voir car si il a agglutination = présence virus/ bactéries

Question 31

Caractéristiques génétique:

Answer 31

-relation phylogénétique véritables entre cellules vivantes :basées entres autre sur :
* composition en cytosine C et guanine G dans l’ADN (% C+G) = plus est élevé plus la temperature de fusion est élevée = absorbance augmente lors de la séparation des brins
* degré homologie (ressemblance) dans Adn et entre les cellules étudiés (sequencage des ARNr)
* prise d’empreintes génomiques

Question 32

Caractéristiques pathogénique

Answer 32

• bases sur les symptômes causés par un microorganisme pathogène chez un organisme hôte

Question 33

Caractéristiques écologiques

Answer 33

Sont basés sur les sites ou le microorganisme a été isolé
Ex: sol acide

Question 34

Vrai ou faux? De nombreuses autres clés peuvent être utilisées en référant au réaction métabolique, températures de croissance…

Answer 34

Vrai le gram+ et - en font parties

Question 35

Exemple d’une clé d’identification d’espèces?

Answer 35

Exemple la fermentation du lactose ( source carbone = acide citrique ?)

Question 36

A quoi see le bergey’s manual?

Answer 36

• determination bactériologies :
• implante en 1923 et mis à jour 9 fois
• sert à l’identification sur des bases morphologiques et physiologiques (phénétiques)
• bactériologies systémique :
• première publication 1984 et une 2em sur plusieurs années
• diviser en 5 volumes chaque volume= une groupe spécifique de microbes
• description plus complete de tous les procaryotes de l’époque ( phylogénique)