Cours 3: Microorganismes du sol Flashcards
1
Q
Impact des modifications climatiques
- À court terme
- À long terme
A
Augmentation du CO2 –> Augmente biomasse des plantes –> augmente fixation du carbone dans le sol
- Court terme: augmente microorg et leurs activitées
- Long terme: Disponibilité limité N P –> Modifie communauté microbienne –> DIminution Co2 atmosphérique
2
Q
Les zones macroscopiques du sol
A
- Terre de surface : 0,1 à 5% de matière organique
- Zone vadose
- Zone capillaire
- Zone saturée: ^Bas en matière organique (<0,1 %) et saturé en eau
3
Q
Zones microscopiques des sols
A
- Riche / pauvre en minéraux
- Solide/ liquide
- Anaérobie / Aérobie
- Favorise l’attachement/ formation biofilms
4
Q
Diversité des microorgansimes telluriques
- Bacillus –>
- Enterobactéries –>
- Proteo/actino/acidobactéries, planctomycetes, chloroflexi, bacteroidetes –>
- Proteo et actinobactéries –>
- Acidobactéries –>
A
- Bacillus –> Sol et rhisosphère
- Enterobactéries –> Sur les animaux
- Proteo/actino/acidobactéries, planctomycetes, chloroflexi, bacteroidetes –> Sols
- Proteo et actinobactéries –> sols arides
- Acidobactéries –> sols peu fertiles
5
Q
Principales bactéries telluriques (ordre)
A
- Protéobactéries
a) Alphaprotéobactéries
b) Betaprotéobactérie - Actinobactéries
- Acidobactéries
6
Q
Caractéristiques des alphaprotéobactéries
- Gram
- Relation plante animaux
- Pathogène
- Les majoritaires dans le sols
A
- Gram -
- Symbiotiques avec plantes et animaux
- Pathogène: Rickettsiaceae
- Majoritaires dans le sol:
a) Bradyrhyzobium: fixateur N2 symbiose
b) Rhodoplanes: phototrophe
c) Shingomonas: Aucun LPS (sphingomonas à la place)
d) Devosia: Fixateur N2 symbiose
7
Q
Caractéristiques des betaprotéobactéries
- Gram
- Relation plante animaux
- Pathogène
- Les majoritaires dans le sols
A
- Gram -
- Symbiose avec plantes
- Neiserriacea et Burkholderia
- Majoritaire dans le sol:
a) Methylibium : remediation des sol (hydrocarbure)
b) Ramlibacter : aérobique non mobile
8
Q
Caractéristiques des actinobacter
- Gram
- G/C
- cultivabilité
- Mycelium et sporulation
- Les trois espèces
A
- Gram +
- Haut % G/C
- 40% des bactéries cultivables
- Produit mycélium et certains se reproduisent par sporulation
- Streptomyces: odeur de terre par sécrétion de composés volatiles (geosmins)
- Mycobactérium
- Salinibactérium
9
Q
Acidobacter - Gram - Cultivabilité Organisme extreme? - Les deux "espèces"
A
- Gram -
- Peu cultivables
- Bcp d’acidophiles
- Candidatus solibacter sp (pas cultivables)
- Odres des iii1-15 (seulement des séquences connues)
10
Q
Bactérie souterraine
- Profondeur et théorie sur provenance
- Identité et caractéristique
A
- 2,8 km: pourrait provenir drainage d’eau ou enterré avec sédiment avec métabolisme ralentie
- Candidatus desulforudis audaxviator : thermophile, sporulé, mobile, sulfato-réducteur, chimioautotrophe
11
Q
Facteurs influençant la diversité microbienne
A
- Pls facteurs influençant communauté macroorganismes influencent pas les microorganismes (ex: juste pH)
12
Q
Rôles bénéfiques des microorganismes du sols
A
- Induction de la croissance des plantes
a) Microorganismes nodulaire
b) Migroorganismes phytostimulateur
c) Stimulation de la croissance racinaire
d) Émission de composées organiques volatiles (COV) - Dépollution des sols
a) Biodégradation des hydrocarbure
b) Biotransformation des métaux
c) Phytorémédiation - Lutte contre les pathogènes
13
Q
Les étapes de la formation des nodules
A
- Production de flavonoides par plante quand symbiose favorable
- Production de prot Nod en réponse par rhizobial
- Liaison Nod à son récepteur sur plante –> Entrée de Ca par “root hair cell” –> enfle et courbe racine autour rhizobial
- Protéine produite par rhizobial pour induire racines à former des fils d’infections –> Permet au rhizobial de pénétrer dans le cortex de la cellules
- Nodulin cause la division des cellules du cortex
- Nodules deviennent roses par production ru régulateur d’O2 (leghemoglobine)
- Établissement d’un réseau vasculaire permettant les échange de N et de C
14
Q
Nommes quelques microorgansimes phytostimulateurs
A
- Azobacter
- Azospirillum
- Pseudomonas
- Bacillus
- Paenibacillus
15
Q
Mécanismes de phytostimulation
A
- Amélioration de la nutrition en azote : diazotrophie
- Production de nitrogénase par gène nifH - Amélioration de la nutrition en P
- Plante qui consomme juste P organique –> Bactérie qui solubilise le P minéral
- Phosphatase et phosphanatase aident aussi - Amélioration de la nutrition en fer
- Sert à la synthèse chlorophylle, photosynthèse, respiration, fixation N2, activité enzymatique
- Transformation du fer ferrique ( ++ présent mais insoluble) en fer ferreux
