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MCB2979 > Cours 3: Les plasmides > Flashcards

Cours 3: Les plasmides Flashcards

1
Q

Comment sont les molécules des plasmides?

A

Des molécules d’ADN extrachromosomiques.

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Q

Vrai ou faux?
Les molécules de plasmide peuvent être seulement circulaire

A

Faux.
Les molécules peuvent être linéaire ou circulaire

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3
Q

Vrai ou faux?
L’ADN des plasmides peuvent être monocaténaire ou bicaténaire

A

Vrai.

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4
Q

Comment varie les copies des plasmides?

A

Les copies des plasmides sont variables

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Q

Vrai ou faux?
Il est impossible d’avoir plus d’un type de plasmide dans la même cellule

A

Faux.
Plusieurs types peuvent être présents dans la même cellule

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6
Q

Ou sont retrouvés les plasmides?

A

Chez les Gram+, Gram-, archeabactéries et levures

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7
Q

Combien de paires de bases pour les plasmides?

A

1000-1,000,000 pb

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8
Q

Quelles sont les 3 formes des plasmides possibles?

A

Détendu, linéaire, surenroulé

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9
Q

Vers quelle pôle le plasmide migre lorsque mit sur gel d’agarose?

A

Vers le positif car l’ADN est chargé négativement

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10
Q

Avec quoi est coloré le gel d’agarose?

A

Le bromure d’éthidium

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11
Q

Si il y a un clivage dans le plasmide, comment on appelle ce type de plasmide?

A

Détendu

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12
Q

Quelles sont les deux formes qui sont plus difficulté à migrer?

A

Linéaire et détendu

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13
Q

Si il y a un deuxième clivage dans le plasmide, quelle est la forme du plasmide?

A

Linéaire

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14
Q

Quelles forme est majoritaire?

A

Surenroulé

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15
Q

Les gènes que les plasmides contiennent codent pour quoi?

A

Des protéines et ARN

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16
Q

Est ce que les gènes codés sont essentielles ou non pour la croissance bactérienne et en quoi survient-il s’il y a présence des gènes avec ces fonctions?

A

Les fonctions sont non-essentiels pour la croissance bactérienne et sont capable de donner un avantage de croissance pour la cellule

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17
Q

Vrai ou faux?
Il est possible de dire si avantage ou essentielle avec le contenu génétique

A

Vrai

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18
Q

Quelles sont les critères de classification des plasmides? ( ceux abandonné et le bon critère)

A
  • Résistance
  • Sensibilité aux phages
  • Taille moléculaire sur gel d’agarose
  • Hôtes
  • Groupes d’incompatibilité
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19
Q

Expliquez les différents critères de classification des plasmides et pourquoi cela a été abandonné? Quel est le bonne technique de classification?

A
  • Résistance ( Facteur R est variable )
  • Sensibilité des phages ( Plasmide de conjuguaison, pas tout les plasmides le possèdent )
  • Tailles moléculaire sur gel d’agarose ( Très variable car la matière génétique peut être changé )
  • Hôtes ( Variation entre Gram+ et Gram-)

La bonne technique de classification est les groupes d’incompatibilité

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20
Q

Quelles sont les types et fonctions des plasmides?

A
  • Transférable par conjuguaison
  • Résistance ( Facteur R ): Antibiotiques, métaux, détergents, bactériophages…
  • Bactériocine ( Protéine anti-bactérienne (système de compétition ))
  • Virulence
  • Métabolique
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21
Q

Quelles sont les 3 types de réplication des plasmides?

A

1) Type thêta (uni ou bidirectionnelle)
2) Cercle roulante
3) Linéaire

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22
Q

Vrai ou faux?
Selon le type de système, l’origine de réplication peut être facultative

A

Faux. Peut importe le système, on a besoin d’une origine de réplication

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23
Q

Ou se retrouvent les gènes requis pour la réplication?

A

Proche de l’origine

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24
Q

Quelle est la conséquence du fait que les gènes nécessaire pour la réplication sont proche de l’origine?

A

Seulement une petite région autour de l’origine est nécessaire pour la réplication

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25
Q

Comment sont couper les plasmides?

A

Avec des enzymes de restriction

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26
Q

Comment fonctionne la réplication thêta unidirectionnelle?

A
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27
Q

Que veux dire OriV?

A

Origine végétatif

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28
Q

Quelle est la protéines dans la réplication thêta unidirectionnelle ou bidirectionnelle qui s’attache au OriV et qui recrute d’autres facteurs?

A

RepA

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29
Q

Comment fonctionne la réplication à cercle roulante?

A
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30
Q

Comment fonctionne la réplication des plasmides linéaires chez Borrelia burgdorferi?

A

Réplication bidirectionnelle. Génère dimère circulaire à partir d’une origine centrale. Clivage par “résolvase”.

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31
Q

Comment fonctionne la réplication linéaire chez Streptomyce? Comment se nomme le modèle?

A

Origine bidirectionnelle au centre du plasmide. Modèle de raquette.

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32
Q

Que font les protéines terminales pour les extrémités?

A

Il protège les extrémités contre les dégradations et nécessaire pour répliquer les extrémités.

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33
Q

Quelle est l’objectif de la régulation de la réplication?

A

Garder le bon nombre de copies de plasmides selon le type de plasmide

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34
Q

Quelle est le nombre de copie de plasmide pour un type faible? Donnez des exemples (2)

A

1-2 par cellule. Plasmide F et P1

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35
Q

Quelle est le nombre de copie de plasmide pour un type moyen? Donne un exemple

A

5-30 par cellule. Plasmide R

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36
Q

Quelle est le nombre de copie de plasmide pour un type multicopie? Donnez un exemple

A

plus de 30 par cellule. Plasmide colicine (ColEI)

37
Q

Vrai ou faux?
La régulation de la réplication doit être moyennement précise pour les plasmides en faible nombre

A

Faux.
Lorsque le nombre de plasmide est faible, la régulation de la réplication doit être particulièrement précise.

38
Q

Vrai ou faux?
Pour les plasmides multicopies, il est suffisant d’inhiber la réplication quand un nombre trop grand de molécule est atteint.

A

Vrai

39
Q

Quelle sont les 3 types de régulation?

A

1) Protéine-ADN
2) ARN-ARN
3) Protéine-ADN + ARN-ARN

40
Q

Quelle est le type de régulation de réplication pour le plasmide ColE1?

A

Interactions ARN-ARN

41
Q

Quelle est le type de régulation de réplication pour le plasmide R1?

A

Interactions ADN-protéine et ARN-ARN

42
Q

Quelle est la protéine qui permet d’ouvrir le double brin d’ADN et commencer la réplication?

A

RepA

43
Q

Comment est régulé les plasmides R1?

A

En régulant l’expression de RepA

44
Q

Pourquoi RepA est-elle nécessaire comme protéine? (Plasmide R1)

A

Pour induire la réplication

45
Q

Vrai ou faux? (Plasmide R1)
La concentration de RepA est proportionnelle au nombre de copie de plasmides

A

Vrai.

46
Q

Sur quoi agit la protéine régulatrice lors de la régulation du plasmide R1 et qu’est ce qu’elle fait?

A

La protéine régulatrice réprime la transcription au niveau du promoteur majeur de RepA

47
Q

Quelle sorte d’ARN inhibe la traduction de la protéine RepA? (PLASMIDE R1)

A

Un ARN anti-sens

48
Q

Le gène repA est transcrit à partir de quel 2 promoteurs sur le plasmide? (PLASMIDE R1)

A

1) PrepA: L’ARNm de RepA
2) PcopB: ARNm polycistronique CopB-RepA

49
Q

PLASMIDE R1
La production de la protéine CopB réprime quoi? Quelle est la conséquence de cela?

A

L’expression du gène RepA à partir de prepA
La seule façon de transcrire RepA est via le promoteur pcopB

50
Q

PLASMIDE R1
L’ARN CopA qui se fixe et s’hybride à l’ARNm CopB-RepA fait quoi? (2) Quelle est le résultat finale?

A

1) ARN bicatenaire est formé à la partie 5’ de RepA
2) Le clivage par RNaseIII empêche la traduction de repA
Résultat final: Arrêt de la transcription

51
Q

Vrai ou faux? (PLASMIDE R1)
Plus il y a de plasmide, plus il y a d’ARN copA

A

Vrai.

52
Q

Vrai ou faux? (PLASMIDE R1)
Plus il y a de copA, plus il y a de protéines RepA

A

Faux.
Plus il y a de copA, moins il y a de protéine RepA

53
Q

Vrai ou faux? (PLASMIDE R1)
Moins il y a de RepA, cela fait que la réplication plasmidique est inhibé

A

Vrai

54
Q

Quelle est le type de régulation des plasmides pSC101, P1, R6K et F

A

Interactions ADN-protéine

55
Q

Quest que ca fait des plasmides avec des itérons?

A

Cela contrôle le nombre de copies

56
Q

Qu’est ce que les itérons?

A

Les plasmides contiennent des séquences répétées dans la région d’oriV

57
Q

Combien y a-t-il de copie par plasmides d’itérons?

A

3 à 7 copies

58
Q

Vrai ou faux?
Chez les plasmides avec itérons, RepA est la seule protéine codée par le plasmide qui est requise pour commencer la réplication

A

Vrai

59
Q

Selon le couplage, lorsque les RepA se fixe au itérons, que se passe-t-il lorsqu’il y a une concentration faible de plasmides et que se passe-t-il lorsqu’il y a une haute concentration des plasmides?

A

Concentration faible: Intéraction biomoléculaire et activation de la réplication
Concentration haute: Intéractions multimoléculaire et les plasmides couplés sont bloqués pour la réplication

60
Q

Vrai ou faux?
Le contrôle de la réplication des plasmides itérons sont basé sur les concentration de RepA et plasmides

A

Vrai

61
Q

Quelle est la définition d’incompatibilité plasmidique?

A

Deux plasmides sont considérés incompatibles quand ils ne peuvent pas coexister dans la même cellule.

62
Q

Vrai ou faux?
Si une cellule contient deux plasmides incompatibles, les deux cellules vont rester les même.

A

Faux.
Si une cellule contient deux plasmides incompatibles, un des deux sera perdu quand la cellule se multiplie.

63
Q

Quelles sont les facteurs qui font que deux plasmides sont généralement incompatible? Quest ce que cela fait?

A
  • Il partage le même système de réplication
  • Il partage le même système de répartition
    Cela fait donc que les plasmides sont en compétition
64
Q

Lequel des deux plasmides lorsqu’ils sont incompatibles est considéré comme avantageux?

A

Celui qui est déjà résident.

65
Q

Par quelle région l’incompatibilité plasmidique est-elle contrôler?

A

Par la région d’origine

66
Q

Vrai ou faux?
Les plasmides sont généralement classifiés selon leur groupe d’incompatibilité

A

Vrai

67
Q

Comment les plasmides compatibles se régulent?

A

1) Il y a une distribution inégale des deux plasmides
2) Chaque plasmide régule sa réplication de façon indépedante

68
Q

Comment fonctionne les origines lorsque les plasmides sont incompatibles?

A

Les deux plasmides partage la même région d’origine, leur réplication n’est pas indépendante

69
Q

Selon le nombre de copies hérédités par les cellules filles, comment fonctionne les plasmides incompatibles?

A

Un des deux peut être éliminé par l’autre (La cellule est guérie d’un plasmide)

70
Q

Vrai ou faux?
Les cellules sans plasmide ont un avantage de croissance

A

Vrai

71
Q

Quelles sont les deux types de système de stabilité des plasmides?

A

1) Actif: Protéine qui intéragissent avec des plasmides pour assurer leur ségrégation
2) Passif: Plasmide multicopie, système de monomérisation

72
Q

Quelles sont les 3 types de systèmes utilisés par les plasmides pour assurer leur stabilité et donner des exemples

A

1) Monomérisation ( ColE1, P1, F, R1)
2) Système d’addiction (R1, F, ColE1, colicines)
3) Partition (F, P1, R1, pSC101, R6K)

73
Q

Comment fonctionne les copies du plasmide lors d’un système de monomérisation?

A

Les plusieurs copies de plasmides peuvent se recombiner. Cela va faire donc un gros plasmide (dimère, trimère ou multimère)

74
Q

Quelle est la conséquence pour les cellules filles lors du système de monomérisation si c’est un gros dimère?

A

Seulement une cellule fille recevra le plasmide

75
Q

Comment remédier la conséquence du système de monomérisation?

A

Avec la monomérisation et les plasmides recombinés

76
Q

Les recombinases peuvent être codées par quoi?

A

Par le plasmide ou le chromosome

77
Q

Comment se nomme les protéines plasmidiques qui codent les recombinases?

A

Cre (plasmide P1), protéine D (plasmide F)

78
Q

Comment se nomme les protéines chromosomiques qui codent les recombinases?

A

xerC et xerD (ColE1)

79
Q

Comment se nomme le site de monomérisation chez ColE1? Que contient ce site?

A

Cer. Contient des séquences reconnue par XerCD

80
Q

Comment savoir s’il y a recombinaision?

A

Lorsque les recombinases XerCD trouvent deux sites cer sur une molécules, il y a une recombinaison

81
Q

Combien de paire de base pour le site cer?

A

280 pb

82
Q

Les protéines bactériennes chez ColE1 lors de la monomérisation sont codés par quel sorte de gène?

A

Par des gènes chromosomiques

83
Q

Comment fonctionne les plasmides de système tueurs? (3)

A

1) Les cellules sans plasmide sont tuées par les cellules ayant un plasmide
2) Le plasmide produit à la fois une protéine létale et son antidote
3) Seulement les cellules avec un plasmide peuvent survivre à l’effet de la protéine létale

84
Q

Vrai ou faux?
La dépendance du plasmide peut être exploitée pour développer des antibiotiques

A

Vrai

85
Q

Système tueur:
Plasmide Col

A

Colicine: Protéine antibactérienne
produit des protéines d’immunité aux colicines

86
Q

Système tueur:
Plasmide F

A

CcdB:inhibe l’ADN gyrase qui a un effet létal
CcdA: Protéine qui empêche l’action de CcdB

87
Q

Système tueur:
Plasmide R1

A

Hok: Protéine létale
sok: ARN antisens, inhibe la traduction de Hok

88
Q

Que fait le système de partition?

A

Ce système assure que, au moment de la division cellulaire, chaque cellule fille recoit au moins une copie du plasmide

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