Cours 3: Les plasmides

Question 1

Comment sont les molécules des plasmides?

Answer 1

Des molécules d’ADN extrachromosomiques.

Question 2

Vrai ou faux?
Les molécules de plasmide peuvent être seulement circulaire

Answer 2

Faux.
Les molécules peuvent être linéaire ou circulaire

Question 3

Vrai ou faux?
L’ADN des plasmides peuvent être monocaténaire ou bicaténaire

Answer 3

Vrai.

Question 4

Comment varie les copies des plasmides?

Answer 4

Les copies des plasmides sont variables

Question 5

Vrai ou faux?
Il est impossible d’avoir plus d’un type de plasmide dans la même cellule

Answer 5

Faux.
Plusieurs types peuvent être présents dans la même cellule

Question 6

Ou sont retrouvés les plasmides?

Answer 6

Chez les Gram+, Gram-, archeabactéries et levures

Question 7

Combien de paires de bases pour les plasmides?

Answer 7

1000-1,000,000 pb

Question 8

Quelles sont les 3 formes des plasmides possibles?

Answer 8

Détendu, linéaire, surenroulé

Question 9

Vers quelle pôle le plasmide migre lorsque mit sur gel d’agarose?

Answer 9

Vers le positif car l’ADN est chargé négativement

Question 10

Avec quoi est coloré le gel d’agarose?

Answer 10

Le bromure d’éthidium

Question 11

Si il y a un clivage dans le plasmide, comment on appelle ce type de plasmide?

Answer 11

Détendu

Question 12

Quelles sont les deux formes qui sont plus difficulté à migrer?

Answer 12

Linéaire et détendu

Question 13

Si il y a un deuxième clivage dans le plasmide, quelle est la forme du plasmide?

Answer 13

Linéaire

Question 14

Quelles forme est majoritaire?

Answer 14

Surenroulé

Question 15

Les gènes que les plasmides contiennent codent pour quoi?

Answer 15

Des protéines et ARN

Question 16

Est ce que les gènes codés sont essentielles ou non pour la croissance bactérienne et en quoi survient-il s’il y a présence des gènes avec ces fonctions?

Answer 16

Les fonctions sont non-essentiels pour la croissance bactérienne et sont capable de donner un avantage de croissance pour la cellule

Question 17

Vrai ou faux?
Il est possible de dire si avantage ou essentielle avec le contenu génétique

Answer 17

Vrai

Question 18

Quelles sont les critères de classification des plasmides? ( ceux abandonné et le bon critère)

Answer 18

• Résistance
• Sensibilité aux phages
• Taille moléculaire sur gel d’agarose
• Hôtes
• Groupes d’incompatibilité

Question 19

Expliquez les différents critères de classification des plasmides et pourquoi cela a été abandonné? Quel est le bonne technique de classification?

Answer 19

• Résistance ( Facteur R est variable )
• Sensibilité des phages ( Plasmide de conjuguaison, pas tout les plasmides le possèdent )
• Tailles moléculaire sur gel d’agarose ( Très variable car la matière génétique peut être changé )
• Hôtes ( Variation entre Gram+ et Gram-)

La bonne technique de classification est les groupes d’incompatibilité

Question 20

Quelles sont les types et fonctions des plasmides?

Answer 20

• Transférable par conjuguaison
• Résistance ( Facteur R ): Antibiotiques, métaux, détergents, bactériophages…
• Bactériocine ( Protéine anti-bactérienne (système de compétition ))
• Virulence
• Métabolique

Question 21

Quelles sont les 3 types de réplication des plasmides?

Answer 21

1) Type thêta (uni ou bidirectionnelle)
2) Cercle roulante
3) Linéaire

Question 22

Vrai ou faux?
Selon le type de système, l’origine de réplication peut être facultative

Answer 22

Faux. Peut importe le système, on a besoin d’une origine de réplication

Question 23

Ou se retrouvent les gènes requis pour la réplication?

Answer 23

Proche de l’origine

Question 24

Quelle est la conséquence du fait que les gènes nécessaire pour la réplication sont proche de l’origine?

Answer 24

Seulement une petite région autour de l’origine est nécessaire pour la réplication

Question 25

Comment sont couper les plasmides?

Answer 25

Avec des enzymes de restriction

Question 26

Comment fonctionne la réplication thêta unidirectionnelle?

Answer 26

Question 27

Que veux dire OriV?

Answer 27

Origine végétatif

Question 28

Quelle est la protéines dans la réplication thêta unidirectionnelle ou bidirectionnelle qui s'attache au OriV et qui recrute d'autres facteurs?

Answer 28

RepA

Question 29

Comment fonctionne la réplication à cercle roulante?

Answer 29

Question 30

Comment fonctionne la réplication des plasmides linéaires chez Borrelia burgdorferi?

Answer 30

Réplication bidirectionnelle. Génère dimère circulaire à partir d'une origine centrale. Clivage par "résolvase".

Question 31

Comment fonctionne la réplication linéaire chez Streptomyce? Comment se nomme le modèle?

Answer 31

Origine bidirectionnelle au centre du plasmide. Modèle de raquette.

Question 32

Que font les protéines terminales pour les extrémités?

Answer 32

Il protège les extrémités contre les dégradations et nécessaire pour répliquer les extrémités.

Question 33

Quelle est l'objectif de la régulation de la réplication?

Answer 33

Garder le bon nombre de copies de plasmides selon le type de plasmide

Question 34

Quelle est le nombre de copie de plasmide pour un type faible? Donnez des exemples (2)

Answer 34

1-2 par cellule. Plasmide F et P1

Question 35

Quelle est le nombre de copie de plasmide pour un type moyen? Donne un exemple

Answer 35

5-30 par cellule. Plasmide R

Question 36

Quelle est le nombre de copie de plasmide pour un type multicopie? Donnez un exemple

Answer 36

plus de 30 par cellule. Plasmide colicine (ColEI)

Question 37

Vrai ou faux? La régulation de la réplication doit être moyennement précise pour les plasmides en faible nombre

Answer 37

Faux. Lorsque le nombre de plasmide est faible, la régulation de la réplication doit être particulièrement précise.

Question 38

Vrai ou faux? Pour les plasmides multicopies, il est suffisant d'inhiber la réplication quand un nombre trop grand de molécule est atteint.

Answer 38

Vrai

Question 39

Quelle sont les 3 types de régulation?

Answer 39

1) Protéine-ADN 2) ARN-ARN 3) Protéine-ADN + ARN-ARN

Question 40

Quelle est le type de régulation de réplication pour le plasmide ColE1?

Answer 40

Interactions ARN-ARN

Question 41

Quelle est le type de régulation de réplication pour le plasmide R1?

Answer 41

Interactions ADN-protéine et ARN-ARN

Question 42

Quelle est la protéine qui permet d'ouvrir le double brin d'ADN et commencer la réplication?

Answer 42

RepA

Question 43

Comment est régulé les plasmides R1?

Answer 43

En régulant l'expression de RepA

Question 44

Pourquoi RepA est-elle nécessaire comme protéine? (Plasmide R1)

Answer 44

Pour induire la réplication

Question 45

Vrai ou faux? (Plasmide R1) La concentration de RepA est proportionnelle au nombre de copie de plasmides

Answer 45

Vrai.

Question 46

Sur quoi agit la protéine régulatrice lors de la régulation du plasmide R1 et qu'est ce qu'elle fait?

Answer 46

La protéine régulatrice réprime la transcription au niveau du promoteur majeur de RepA

Question 47

Quelle sorte d'ARN inhibe la traduction de la protéine RepA? (PLASMIDE R1)

Answer 47

Un ARN anti-sens

Question 48

Le gène repA est transcrit à partir de quel 2 promoteurs sur le plasmide? (PLASMIDE R1)

Answer 48

1) PrepA: L'ARNm de RepA 2) PcopB: ARNm polycistronique CopB-RepA

Question 49

PLASMIDE R1 La production de la protéine CopB réprime quoi? Quelle est la conséquence de cela?

Answer 49

L'expression du gène RepA à partir de prepA La seule façon de transcrire RepA est via le promoteur pcopB

Question 50

PLASMIDE R1 L'ARN CopA qui se fixe et s'hybride à l'ARNm CopB-RepA fait quoi? (2) Quelle est le résultat finale?

Answer 50

1) ARN bicatenaire est formé à la partie 5' de RepA 2) Le clivage par RNaseIII empêche la traduction de repA Résultat final: Arrêt de la transcription

Question 51

Vrai ou faux? (PLASMIDE R1) Plus il y a de plasmide, plus il y a d'ARN copA

Answer 51

Vrai.

Question 52

Vrai ou faux? (PLASMIDE R1) Plus il y a de copA, plus il y a de protéines RepA

Answer 52

Faux. Plus il y a de copA, moins il y a de protéine RepA

Question 53

Vrai ou faux? (PLASMIDE R1) Moins il y a de RepA, cela fait que la réplication plasmidique est inhibé

Answer 53

Vrai

Question 54

Quelle est le type de régulation des plasmides pSC101, P1, R6K et F

Answer 54

Interactions ADN-protéine

Question 55

Quest que ca fait des plasmides avec des itérons?

Answer 55

Cela contrôle le nombre de copies

Question 56

Qu'est ce que les itérons?

Answer 56

Les plasmides contiennent des séquences répétées dans la région d'oriV

Question 57

Combien y a-t-il de copie par plasmides d'itérons?

Answer 57

3 à 7 copies

Question 58

Vrai ou faux? Chez les plasmides avec itérons, RepA est la seule protéine codée par le plasmide qui est requise pour commencer la réplication

Answer 58

Vrai

Question 59

Selon le couplage, lorsque les RepA se fixe au itérons, que se passe-t-il lorsqu'il y a une concentration faible de plasmides et que se passe-t-il lorsqu'il y a une haute concentration des plasmides?

Answer 59

Concentration faible: Intéraction biomoléculaire et activation de la réplication Concentration haute: Intéractions multimoléculaire et les plasmides couplés sont bloqués pour la réplication

Question 60

Vrai ou faux? Le contrôle de la réplication des plasmides itérons sont basé sur les concentration de RepA et plasmides

Answer 60

Vrai

Question 61

Quelle est la définition d'incompatibilité plasmidique?

Answer 61

Deux plasmides sont considérés incompatibles quand ils ne peuvent pas coexister dans la même cellule.

Question 62

Vrai ou faux? Si une cellule contient deux plasmides incompatibles, les deux cellules vont rester les même.

Answer 62

Faux. Si une cellule contient deux plasmides incompatibles, un des deux sera perdu quand la cellule se multiplie.

Question 63

Quelles sont les facteurs qui font que deux plasmides sont généralement incompatible? Quest ce que cela fait?

Answer 63

- Il partage le même système de réplication - Il partage le même système de répartition Cela fait donc que les plasmides sont en compétition

Question 64

Lequel des deux plasmides lorsqu'ils sont incompatibles est considéré comme avantageux?

Answer 64

Celui qui est déjà résident.

Question 65

Par quelle région l'incompatibilité plasmidique est-elle contrôler?

Answer 65

Par la région d'origine

Question 66

Vrai ou faux? Les plasmides sont généralement classifiés selon leur groupe d'incompatibilité

Answer 66

Vrai

Question 67

Comment les plasmides compatibles se régulent?

Answer 67

1) Il y a une distribution inégale des deux plasmides 2) Chaque plasmide régule sa réplication de façon indépedante

Question 68

Comment fonctionne les origines lorsque les plasmides sont incompatibles?

Answer 68

Les deux plasmides partage la même région d'origine, leur réplication n'est pas indépendante

Question 69

Selon le nombre de copies hérédités par les cellules filles, comment fonctionne les plasmides incompatibles?

Answer 69

Un des deux peut être éliminé par l'autre (La cellule est guérie d'un plasmide)

Question 70

Vrai ou faux? Les cellules sans plasmide ont un avantage de croissance

Answer 70

Vrai

Question 71

Quelles sont les deux types de système de stabilité des plasmides?

Answer 71

1) Actif: Protéine qui intéragissent avec des plasmides pour assurer leur ségrégation 2) Passif: Plasmide multicopie, système de monomérisation

Question 72

Quelles sont les 3 types de systèmes utilisés par les plasmides pour assurer leur stabilité et donner des exemples

Answer 72

1) Monomérisation ( ColE1, P1, F, R1) 2) Système d'addiction (R1, F, ColE1, colicines) 3) Partition (F, P1, R1, pSC101, R6K)

Question 73

Comment fonctionne les copies du plasmide lors d'un système de monomérisation?

Answer 73

Les plusieurs copies de plasmides peuvent se recombiner. Cela va faire donc un gros plasmide (dimère, trimère ou multimère)

Question 74

Quelle est la conséquence pour les cellules filles lors du système de monomérisation si c'est un gros dimère?

Answer 74

Seulement une cellule fille recevra le plasmide

Question 75

Comment remédier la conséquence du système de monomérisation?

Answer 75

Avec la monomérisation et les plasmides recombinés

Question 76

Les recombinases peuvent être codées par quoi?

Answer 76

Par le plasmide ou le chromosome

Question 77

Comment se nomme les protéines plasmidiques qui codent les recombinases?

Answer 77

Cre (plasmide P1), protéine D (plasmide F)

Question 78

Comment se nomme les protéines chromosomiques qui codent les recombinases?

Answer 78

xerC et xerD (ColE1)

Question 79

Comment se nomme le site de monomérisation chez ColE1? Que contient ce site?

Answer 79

Cer. Contient des séquences reconnue par XerCD

Question 80

Comment savoir s'il y a recombinaision?

Answer 80

Lorsque les recombinases XerCD trouvent deux sites cer sur une molécules, il y a une recombinaison

Question 81

Combien de paire de base pour le site cer?

Answer 81

280 pb

Question 82

Les protéines bactériennes chez ColE1 lors de la monomérisation sont codés par quel sorte de gène?

Answer 82

Par des gènes chromosomiques

Question 83

Comment fonctionne les plasmides de système tueurs? (3)

Answer 83

1) Les cellules sans plasmide sont tuées par les cellules ayant un plasmide 2) Le plasmide produit à la fois une protéine létale et son antidote 3) Seulement les cellules avec un plasmide peuvent survivre à l'effet de la protéine létale

Question 84

Vrai ou faux? La dépendance du plasmide peut être exploitée pour développer des antibiotiques

Answer 84

Vrai

Question 85

Système tueur: Plasmide Col

Answer 85

Colicine: Protéine antibactérienne produit des protéines d'immunité aux colicines

Question 86

Système tueur: Plasmide F

Answer 86

CcdB:inhibe l'ADN gyrase qui a un effet létal CcdA: Protéine qui empêche l'action de CcdB

Question 87

Système tueur: Plasmide R1

Answer 87

Hok: Protéine létale sok: ARN antisens, inhibe la traduction de Hok

Question 88

Que fait le système de partition?

Answer 88

Ce système assure que, au moment de la division cellulaire, chaque cellule fille recoit au moins une copie du plasmide