Cours 3 Flashcards
Les ribosomes sont essentiels pour la traduction. De quoi est composé le ribosome 70S procaryote ?
De la petite sous-unité 30s formé de sous-unités 16s.
Et de la grande sous-unité 50s formé de sous-unité 5s et 23s.
Quels sont les facteurs nécessaires pour la traduction ?
Ribosomes 70s (30s + 50s)
ARNm
ARNt (ARN+aa = aminoacyl-ARNt)
Autres facteurs (facteurs d’initiation, d’élongation, de terminaison)
Quelles sont les trois phases de la synthèse protéique ?
Initiation (assemblage)
Élongation (formation de la proteine et déplacement du ribosome le long de l’ARNm)
Terminaison (désassemblage)
Qu’est-ce que la séquence Shine-Dalgarno ?
La séquence sur l’ARNm permettant à la région 16s du ribosome de s’attacher lors de l’initiation de la traduction.
Déroulement Phase 1 traduction.
Rôle des facteurs d’initiation IF1, IF2 et IF3.
Processus qui utilise 1 GTP
Étape 1. IF3 : empêche l’intéraction des sous-unités 30s et 50s dans le cytoplasme et assure la correcte intéraction entre la 30s (..16s) et le ARNm.
Étape 2. IF2 : il est lié au premier ARNt et le guide dans la formation du complexe 30S-ARNt-ARNm.
Étape 3. IF1: permet de détaché IF2 et IF3 au moment de la formation du ribosome complet (70s) (rappel : 30s + 50s = 70s)
Déroulement phase 2 traduction : élongation.
Utilise 2 GTP
Étape 1 : fixation du aa-ARNt au site A (site accepteur) du ribosome 70s par EF-Tu, ce qui hydrolyse un GTP.
EF-Ts change le GDP en GTP pour que EF-tu puisse se rattacher à un aa-ARNt.
Étape 2 : réaction de tranpéptidation. La composante 23s de la sous-unité 50s catalyse la formation de lien peptidique entre les acides aminés (péptidyl transférase)
Étape 3 : translocation. EF-G est une translocase qui permet le mouvement du ribosome en direction 3’ du ARN’ et la déplacement du péptidil-ARNt du site A (site accepteur) au site P (site péptidyl). Utilise 1 GTP ici.
Déroulement de la phase 3 traduction : terminaison.
Utilise 1 GTP
Quand le ribosome arrive à un stop codon (UAA, UAG, UGA), il n’y a pas un aa-ARNt correspondant, ce qui fait dissocier le complexe à l’aide 3 facteurs RF (facteurs de relâche).
Qu’est-ce qu’un polyribosome ?
C’est un groupe de ribosome qui traduit en même temps un ARNm. Ce qui rend la traduction plus efficace. Plus de protéine en même temps.
Définition antibiotique. Bactéricide vs bactériostatique.
Un antibiotique est une substance naturelle ou synthétique qui déteuit ou bloque la croissance des bactéries.
Antibiotique bactéricide : détruit
Antibiotique bactériostatique : bloque croissance
Antibiotique.
Principaux antibiotiques capables d’inhiber la synthèse de la paroi cellulaire (peptidoglycane) ?
Péniciline, Vancomycine et bacitracine.
Antibiotique.
Que fait la spectinomycine ?
Inhibition de la synthèse protéique.
La spectinomycine empêche la formation du complexe d’initiation en empêchant l’intéraction entre l’ARNm et le complexe 30s.
Antibiotique.
Que font les aminosides/aminoglycoside ? Quels sont ils ?
Antibiotiques qui empêche la formation du complexe d’initiation 70s en liant la sous-unités 30s, ce qui empêche sa liaison avec la sous-unité 50s. (Rappel : 30s + 50s = 70s)
On y trouve: streptomycine, gentamicine, kanamycine.
Antibiotique.
Que font les tétracyclines?
Antibiotique qui empêche la phase d’élongation.
Les tétracyclines lient la sous-unités 30s, empêchant la liaison de l’aa-ARNt au site A (site accepteur).
Antibiotique.
Que fait la chloramphénicol ?
Antibiotique qui empêche la phase d’élongation.
La chloramphénicol se lie à la sous-unité 50s inhibitsng la peptidyltransférase.
Antibiotique.
Que font les macrolides ? Quels sont-ils ?
Antibiotique qui empêche la phase d’élongation.
Macrolides se lie à la sous-unité 50s inhibant la peptidyltransférase et la translocation.
On y compte érythromycine et clindamycine.
Antibiotique.
Que fait l’acide fusidique ?
Antibiotique qui empêche la phase d’élongation.
L’acide fusidique se lie à la protéine EF-G et empêche la dissocation du complexe EF-G-GDP, inhibant la translocation.
Nommer un antibiotique qui empêche la terminaison (phase 3 de synthèse protéique).
Il n’y a pas d’antibiotiques qui empêche la terminaison.
Antibiotique. Que font les sulfamides et triméthoprime ?
Bloquent la synthèse des précurseurs d’acides nucléiques : l’acide folique, qui est précurseurs de thymidine, purines et méthionine.
Antibiotique. Que font les Rifamycines ?
Rifampicine : fixation sur l’ARN polymérase bactérien, bloque la synthèse d’ARN.
Antibiotique. Que dont les quinolones ? (Acide nalixidique, ciprafloxacine)
Inhibition de l’ADN gyrase : bloque la réplication, transcription, inductiin de la fragmentation de l’ADN.
Antibiotique. Mode d’action des polymixines ?
Polymixines sont utilisées pour la traitement des infections à Gram -
Ils se lient au LPS et perturbent la structure de la membrane externe et interne en tuant la bactérie.
Définition de résistance aux antibiotiques.
Perte de sensibilité à l’activité tueuse ou inhibitrice de la croissance d’un agent antibiotique.
Qu’est-ce que la facteur R ? Et comment a-t-il éte découvert ?
C’est la facteur résistance.
Shigella est devenu multirésistante suite à plusieurs traitement antibiotique après la 2em guerre mondiale.
L’expérience d’Ochia et Akiba a fait remarqué E. coli devenait résistante suite à la co-culture de cette dernière avec Shigella, indiquant que le facteur R est transférable.
Résistance plasmidique vs chromosomique.
Plasmidique (plasmide): gènes spécifiques qui donnent résistance (pas une mutation d’un gène préexistant). Généralement transférable d’une espèce à l’autre.
Chromosomique : mutation chromosomique, transférable aux cellules filles seulement, 1 résistance à la fois, modifie la cible de l’antibiotique.
Quels sont les 4 modes d’actions de la résistance aux antibiotiques ?
- Modification de la cible
- Degradation de l’antibiotique
- Inactivation de l’antibiotique (par acétyltransférase, phosphoadényltransérase..)
- Changement de la perméabilité
Résistance.
Comment est inactivé le chloramphénicol ?
Par acétyltransférase.
Résistance.
Comment sont inactivés les aminosides ? (Kanamycine et streptomycine)
Par acétyltransférase, phosphotransférase et adénylyltransférase.
Qu’implique la résistance plasmidique à la tétracycline (TetA) ?
Un changement de la perméabilité.
- Implique des protéines membranaires : les pompes à efflux.
- Ne modifie pas l’antibiotique.
- Empêche son accumulation.
- Provoque la sortie de l’antibiotique.
Que sont les pompes à efflux ?
Un type de résistance impliquant un changement dans la perméabilité de la membrane.
Les pompes a efflux sont des transporteurs (MEX) actifs catalysant l’efflux (sortie) de l’antibiotique. Ils nécessitent de l’énergie (gradients protons, ATP)
Mex : multidrug exit system
Quelles sont les causes de la réistance aux antibiotiques ? (5)
- ursage excessif antibiotiques
- disponibilité des antibiotiques (pays du tiers monde)
- industrie agroalimentaire
- survie et traitement des patients avec des maladies chroniques
- migrationdes populations, toursimes, tourismes médical.
Souche résistante.
Nommer une cause de MDR-TB (mycobacterium tuberculosis multiresistante)
Un traitemenr interrompu de l’antibiothérapie causant la dominance de bactéries résistante ayant survecu.
Nommer un exemple de résistance inductible.
La résistance au beta-lactame.
En présence de beta-lactame, les bacteries de type enterobacter, serratia, citronscter, pseudomonas vont produire des beta lactamase.
Les bacteries ne sont dont pas initialement résistante, mais elle est induite par l’antibiotique.
Résistance.
Exemple de résistance due à du tourisme médical.
Indice : New Delhi
Associé avec des patients ayant eu des chirurgies en Inde et pakistan.
NDM-1 (New Delhi Metalho-beta-lactamase-1)
Transmissibles entre les enterobacteries, trouvé sur un plasmide
Résiste a toutes les beta lactames.
Les trois mécanismes d’acquisition de la résistance ?
Mutation (chromosomique?)
Échange génétique (plasmide et autres)
Résistance inductible (beta-lactamase)
Nommer quelques facons de controler la résistance.
- Utiliser l’antibiotique recommandé
- Spectre étroit si possible
- Éviter l’utilisaton de combinaisons
- Durée de traitement suivi à la lettre
- Utiliser des procédures aseptiques
- Éviter la contamination environnementale
- Mettre les patients infectés avec les microbes résistants en isolation.
- Etc.
Que veut-on dire par l’ADN doit être compacté ?
La longueur d’un chromosome bactérien est de 1mm et la bactérie est d’une taille de 1um.. l’ADN doit être compacté pour rentrer dedans.
Comment se fait la compaction de l’ADN bactérien ?
Par surenroulement
Est-ce que l’ADN procaryote possède des histones ?
Non. Mais il y a des proténes avec des propriétés similaires.
De quel longueur sont les boucles de l’ADN chromosomique bactérien ?
Quels sont les protéines structurales du chromosome bactérien ?
Hu (la plus abondante) : liaisons non spécifiques, déformation de l’ADN
IHF : similaires à Hu en a.a, liaisons spécifiques, déformation de l’ADN.
SMC : condensines, structural maintenance
H-NS : dans le nucléoide, se lie a region riche en A et T. Role inconnu dans la structure mais regule certains genes de repression de l’ARN polymérase par blocage.
Quel est l’effet d’un mutant HU ?
Hu : proteine structurale du chromosome bacterien.
Mutant = cellule devient plus petite car nucleoide devient plus compacté.
La liaison de l’IHF à l’ADN peut courber l’ADN de ….
180 degré
Quelles sont les proteines du complexe SMC (proteine structurale du chromosome) ? Que permettent-elles ?
Muk-B/E/F
Permettent la condensation de l’ADN par une liaison non-spécifique.
Qu’est-ce que H-NS ?
Protéine structurale du chromosome. Rôle inconnu mais liaison à des séquences riches en A et T.
Histone-like Nucleoid Structuring Protein
Quel est le mode de duplication de l’ADN bactérien ?
Duplication semi-conservative
Commense s’appelle le site où commence la réplication du chromosome bactériennchez E. coli ? Quels séquences sont reconnus et par quelle protéine ?
OriC.
DnaA reconnait des séquences répétées riches en AT.
Comment s’ouvre la fourche dé réplication lors de la réplication de l’ADN bactérien ?
Au départ, plusieurs molécules de DnaA intéragissent avec l’ADN (reconnait OriC).
La double hélice se sépare suffisament pour que DnaB (hélicase) et DnaC se lie à l’ADN et ouvre les fourches de réplications.
À quoi sert DnaG ? (Fourche de réplication)
C’est une prinase qui synthétise l’amorce en ARN pour permettre l’activité de l’ADN polymérase III
À quoi servent les protéines SSB (Single strand binding) ? (Fourche de réplication)
Elles servent à éviter que les deux brins originales se referment pendant la réplication. Stabilisent les brins d’ADN simples)
Quel modèle de réplication de l’ADN bactérien est le mieux représentatif pour E. coli ?
Le factory model. Les réplisomes restent proches et au centre de la cellule pendant que les origines se séparent
Le train on track model a été abandonné. (Origines et réplisomes libres de bouger dans la cellule)
À quoi servent les séquences Ter ?
Les séquences Ter servent à arrêter et coordiner la progression des fourches de réplication pour assurer une terminaison précise et ordonnée de la réplication de l’ADN bactérien.
Quelles protéides aident à tirer les chromosomes vers les deux pôles (partition) lors de la division cellulaire ?
Les protéines Par
Comment se déroule la ségrégation des chromosomes lors de la division cellulaire ?
Les OriC migrent vers les extrémités de la cellule pendant la réplication.
Les protéines SMC (protéines de structure aidant la condensation) aide la migration en condendant l’ADN autour des OriC.
Le réplisome reste au centre de la cellule.
À la fin de la réplication, ce sont les séquences Ter qui restent en dernier proches du centre.
Conment se passe la ségrégation des chromosomes lors de la division cellulaire chez Caulobacter crescentus ?
Une des OriC est ancré à un pôle de la cellule pendant que l’autre OriC se déplace vers le pôle opposé.
Les protéines ParA et B permettent ce mouvenent en se liant à des séquences ParS.
Quels sont les problèmes que peuvent survenir à la fin de la duplication du chromosome lors de la séparation ?
Comment fixer?
1) les deux chromosomes restent unies (Dimères)
Fix : Protéine XerCD séparent les deux.
2) les deux chromosomes s’entrelacent (concatènes)
Fix : topoisomérase coupe l’ADN.
Quelle protéine s’occupe de créer un septum entre deux cellules filles nouvellement dupliquer ?
FtsZ
À quoi sert SeqA ?
C’est une protéine essentiel permettant d’empêcher la formation de nouvelles fourches de réplication au site OriC lors de la division cellulaire.
Elle permet une bonne coordination entre réplication du chromosome et division cellulaire.
SeqA est enlevé seulement lorsque les deux cellules sont bien divisé et un autre cycle peut recommencer.
Coordination entre réplication du chromosome et division cellulaire. Différence entre milieu pauvre et milieu riche.
Milieu pauvre : temps de génération = temps de duplication + division.
Milieu riche : temps de génération raccourci, donc plus cours que le temps de duplication et division. On retrouve donc plusieurs fourches de replication. Croissance plus rapide.
