Cours 2: Épidémiologie, Surveillance et épreuve de détection des virus respiratoires émergents

Question 1

Nommez 4 virus contre lesquels nous avons des vaccins disponibles

Answer 1

• Oreillons
• Rougeole
• Rubéole
• Varicelle

Question 2

Nommez en ordre d’importance 7 virus qui sont des pathogènes respiratoires fréquents

Answer 2

1) Influenza A et B (grippe)
2) Respiratoire syncytial A et B
3) Métapneumovirus Humain
4) Parainfluenza 1-4
5) COronavirus communs
6) Rhinovirus/Entérovirus
7) Adénovirus

Question 3

Nommez en ordre d’importance 5 bactéries pathogènes respiratoires fréquentes.

Answer 3

1) Mycobacterium tuberculosis
2) Streptococcus pneumoniae (pneumocoque)
3) Staphylococcus aureus (staph doré)
4) Hemophilus influenza
5) Legionella pneumoniae

Question 4

V ou F
Il existe plus d’armes pour combattre les virus que les bactéries puisque ceux-ci ne font pas partie du domaine du vivant.

Answer 4

F. Nous avons plus d’armes pour combattre les bactéries

Question 5

V ou F

Il existe un vaccin contre le pneumocoque Streptococcus pneumoniae?

Answer 5

V

Question 6

V ou F

Il existe un vaccin contre le pneumocoque staphylococcus aureus?

Answer 6

F. Il n’existe pas de vaccin pour staphylococcus aureus et ce n’est pas un pneumocoque.

Question 7

Comment se nomme le vaccin contre les oreillons, la rougeole, la rubéole et la varicelle?

Answer 7

Vaccin RROV

Question 8

Dans la liste suivante, dites quels virus ont des traitement et/ou des vaccins.

1) Influenza A et B (grippe)
2) Respiratoire syncytial A et B
3) Métapneumovirus Humain
4) Parainfluenza 1-4
5) Coronavirus communs
6) Rhinovirus/Entérovirus
7) Adénovirus

Answer 8

1) Influenza A et B (grippe) : OUI! Il y a un vaccin annuel et 3 types de traitements, soit, oseltamivir, zanamivir et amantadine.
2) Respiratoire syncytial A et B: OUI! Il y a le palivizumab qui est utilisé en prophylaxie
3) Métapneumovirus Humain: NON
4) Parainfluenza 1-4: NON
5) Coronavirus communs : NON
6) Rhinovirus/Entérovirus: NON
7) Adénovirus: NON

Question 9

Stella parle avec Jean-Michel et lui explique que, lorsqu’elle était jeune, elle a eu la rougeole et que sa maman l’a guérie en lui donnant des huiles essentielles. Elle soutient que le vaccin de la rougeole n’était pas nécessaire et qu’elle n’a infectée aucun de ses camarades de classe. Elle dit aussi que tout le monde ayant eu la rougeole à cette époque était vacciné, prouvant que ce vaccin était inutile. Épuisé par tant de bêtise, Jean-Michel répond à Stella. Que pensez-vous qu’il a dit.

Answer 9

“TA GUEUUUULE”
Joke
Jean-Michel Explique à Stella qu’en fait, 80% des gens ayant eu la rougeole à cette époque n’étaient pas vaccinés alors que le vaccin fonctionne TRÈS bien et qu’avec une petite piqûre, elle aurait évité de contaminé entre 13 et 17 personnes puisque c’est le R0 du virus.

Question 10

Quelles sont les causes les plus fréquentes et les moins fréquentes d’une bronchiolite?

Answer 10

+ fréquentes: VRS

- fréquentes: Influenza, para-influenza, adénovirus, rhinovirus

Question 11

Quelles sont les causes les plus fréquentes et les moins fréquentes d’un rhume banal?

Answer 11

+ fréquentes: Rhinovirus, coronavirus

- fréquentes: Influenza, para-influenza, entérovirus, adénovirus, métapneumovirus humain, VSR

Question 12

Quelles sont les causes les plus fréquentes et les moins fréquentes d’une laryngite striduleuse?

Answer 12

+ fréquentes: para-influenza

- fréquentes: Influenza, VRS

Question 13

Quelles sont les causes les plus fréquentes et les moins fréquentes d’un syndrome pseudo-grippal?

Answer 13

+ fréquentes: influenza

- fréquentes: para-nfluenza, Adénovirus

Question 14

Quelles sont les causes les plus fréquentes et les moins fréquentes d’une pneumonie?

Answer 14

+ fréquentes: influenza, VSR, Adénovirus

- fréquentes: Para-influenza, Entérovirus, Rhinovirus, Métapneumovirus humain, Coronavirus.

Question 15

V ou F
Il est généralement très utile de faire des tests précis pour savoir le virus nous ayant infecté lorsqu’on a une maladie respiratoire.

Answer 15

F

Nous n’avons pas vraiment de traitements pour ces infections, ce qui rend l’identification du virus exact inutile.

Question 16

Quels sont les modes de transmission de l’influenza?

Answer 16

• Gouttelettes
• Contacts direct ou indirects
• Aérosols?

Question 17

Quel est le temps d’incubation de l’influenza?

Answer 17

1 à 3 jours

Question 18

Quelle est la période de contagiosité de l’influenza?

Answer 18

-1 à 7J (par rapport au début des symptômes)

Question 19

Quel est l’agent étiologique de la grippe?

Answer 19

le virus influenza

Question 20

Complétez:
L’Influenza est un ____viridae du genre _____. Il est composé de ___ segments pour les types ___ et ___ et de ___ segments pour les types ___ et ___.

Answer 20

L’Influenza est un ORTHOMYXOviridae du genre INFLUENZAVIRUS. Il est composé de 8 segments pour les types A et B et de 7 segments pour les types C et D.

Question 21

Dites quels énoncés sont vrai:

a) Le virus de l’Influenza est encapsulé mais pas enveloppé
b) Le virus de l’influenza est enveloppé mais pas encapsulé
c) Le virus de l’influenza est composé d’un génome d’ARN positif
d) Le virus de l’influenza est composé d’un génome d’ADN négatif
e) Le virus de l’influenza est composé d’un génome d’ARN négatif.

Answer 21

b et e sont vrais.

Question 22

Associés les énoncés aux types du virus influenza (A, B ou C&D)

1) Infecte les humains
2) Infecte les phoques
3) infecte les oiseaux sauvages
4) infecte les poulets
5) Infecte les baleines
6) Infecte les porcs (cochons)
7) infecte les bovins
8) infecte les chevaux
9) infecte les chiens

Answer 22

1) Infecte les humains: A, B, C&D
2) Infecte les phoques: A, B
3) infecte les oiseaux sauvages : A (C’est son réservoir)
4) infecte les poulets: A
5) Infecte les baleines: A
6) Infecte les porcs (cochons): A, C&D
7) infecte les bovins: C&D
8) infecte les chevaux: A
9) infecte les chiens: C&D

Question 23

Quel type de virus influenza a 2 lignées. Décrivez les brièvement.

Answer 23

Le type B a 2 lignées humaines, soit, les Yamagata et les Victoria. Elles sont connues depuis les années 70. Les deux lignées se ressemblent beaucoup. Pour les différencier, on doit faire un test PCR. Les mutations ne sont pas au même rythme que chez l’influenza A.

Question 24

Chez l’influenza A, quels sont les sérotypes des Ag de surface? Qu’est-ce que cela implique?

Answer 24

Il y a l’hémagglutinine qui peut être H1 à H18. Chez l’humain, on ne retrouve que des H1 à H3. Il y a aussi les neuraminidase qui sont N1 à N11 et on ne retrouve que N1 à N2 chez l’humaine.
Toutes les combinaisons des deux sont possibles. Cela mène à environs 200 virus différents qui ont des protéines de surface avec des combinaisons différentes.

Question 25

V ou F

Tous les types d’influenza A avec H1 à 18 et N1 à 11 sont transmissible? Expliquez

Answer 25

F.
Seul certains sous-types sont transmissions, c’est-à-dire qu’ils sont capables d’infecter l’humain et faire des épidémies ou éclosions.

Seul les sous-types H1N1, H3N2, H1N2 et H2N2 sont transmissibles entre humain ou via le porc.

Seul les sous-types H5N1, H9N2, H7N7, H7N3, H7N9 et quelques autres sont transmissibles de l’oiseau à l’humain.

Question 26

Dites quels énoncés sont vrais concernant l’influenza A

a) Il y a 18 sérotypes d’hémagglutinine
b) Il y a 10 sérotypes de neuraminidase
c) La souche H3N2 revient chaque année
d) Il y a 4 souches qui sont transmissibles entre humains, soit, H1N1, H3N2, H1N2 et H2N2

Answer 26

Ils sont tous vrai!! C’était un piège ;)

Question 27

Comment nomme-t-on une souche d’influenza?

Answer 27

Type/lieu de l’isolement/ID # original/année d’isolement (sous-type si applicable)-like

où Like veut dire: analogue antigéniquement, même si c’est pas le prototype en tant que tel.

Ex: A/Fujian/411/2002 (H3N2)-like
Ex2: A/California/7/2004(H3N2)-like
Ex: 3:
B/Shandhai/361/2002-like

Question 28

Nommez la souche décrite ci-dessous:

C’est un influenza isolé en Nouvelle Calédonie en l’an 99. Elle est de type A et a un sous-type analogue antigéniquement à H1N1. Son numéro est 20.

Answer 28

A/New Caledonia/20/99 (H1N1)-like

Question 29

V ou F

Pour acquérire de nouveaux caractères antigéniques, un virus doit soit le faire par drift ou par shift, mais pas les 2.

Answer 29

F. Les deux méthodes peuvent fonctionner en parallèle, c’est pas un ou l’autre.

Question 30

Qu’est-ce qu’un drift? Que cause-t-il?

Answer 30

C’est une dérive ou un glissement antifénique. C,est causée par des erreurs dans le processus de réplication (mutations ponctuelles). Cela amène a une changement graduel des gènes codant pour l’hémaglutinine, la neuraminidase, etc.
Les drifts sont responsables des réinfections par le même sous-type au cours d’une vie. Ils sont aussi responsable des épidémies annuelles.

Question 31

Qu’est-ce qu’un shift? Que cause-t-il?

Answer 31

Un shift est une cassure ou un saut antigénique. C’est un changement majeur ou un remplacement complet des gènes codant pour l’hémaglutinine et/ou la neuraminidase. Ces changements étant abrupte et relarivement peu fréquents sont très imprévisibles. Ils peuvent causer des pandémies.

Question 32

V ou F

Le virus, de par ces “drift”, devient une entité très différente en se déplaçant d’un hémisphère à l’autre?

Answer 32

V

Question 33

Comment l’humain peut-il être infecté par l’influenza venant d’un réservoir aviaire?

Answer 33

1) L’humain peut être infecté directement par le virus aviaire qui aurait subit un shift.
2) Il est aussi possible que le virus aviaire infecte un porc en même temps que le virus humain, qu’ils recombinent et qu’ils infectent de nouveau l’humain

Question 34

Quels sont les 3 points importants qui mènent à une pandémie de grippe?

Answer 34

1) Il y a émergence d’un nouveau variant antigéniquement distinct pour l’humain
2) Réplication du virus chez l’humain, créant une maladie grave
3) Transmission interhumain.

Question 35

Quels sont les types d’échantillons qu’on peut récolter pour diagnostiquer un influenza?

Answer 35

1) Échantillon respiratoire

2) Sérum-Plasma

Question 36

Quels types de techniques diagnostic peut-on faire et donnez quelques exemples.

Answer 36

1) Directes:
Ex: Culture virale, détection d’antigènes par immunofluorescence ou test rapide (POC/RIDT) et détection d’acides nucléiques (TAAN).
2) Indirect
Ex: Sérodiagnostic

Question 37

Quelle est la seule méthode qui nous permet de voir si un virus est infectieux ou non?

Answer 37

La culture virale.

Question 38

Quelle est la méthode “gold standard” pour diagnostiquer un virus?

Answer 38

La culture virale.

Question 39

Je suis une technique de diagnostique qui permet de donner l’infectiosité d’un virus et ce, avec un temps de réponse d’environs 2 à 15 jours. Qui suis-je?

Answer 39

La culture virale.

Question 40

Quels sont les avantages de la culture virale?

Answer 40

1) Isolement pour caractérisation antigénique est possible

2) Sensibilité aux antiviraux par épreuves phénotypiques aussi est possible.

Question 41

Quels sont les désavantages de la culture virale?

Answer 41

1) Ce ne sont pas tous les virus qui sont cultivables.
2) Technique qui est longue
3) Nécessite des infrastructures et une expertise importante (ex: NC3 pour les virus émergeants)

Question 42

Je suis une technique qui permet de détecter des antigènes viraux à l’intérieur des cellules présentes dans un échantillon respiratoire. Le temps de réponse qui est nécessaire est l’environ 2h. Qui suis-je?

Answer 42

La détection d’Ag par immunofluorescence.

Question 43

Quels sont les avantages de la détection d’Ag par immunofluorescence?

Answer 43

C’est une technique qui:

1) Est rapide
2) Permet d’évaluer la qualité du spéciment

Question 44

Quels sont les désavantages de la détection d’Ag par immunofluorescence?

Answer 44

C’est une technique qui:

1) Est moins sensible que la culture
2) Requiert du personnel expérimenté.

Question 45

Expliquez ce que permet la détection d’Antigènes par tests rapides. Donnez les temps de réponse.

Answer 45

Cette technique permet la détection des antigènes du virus dans un lysat préparé à partir de l’échantillon clinique. Il nécessite 20 à 30 minutes

Question 46

Quels sont les avantages et désavantages de la détection d’Ag par tests rapides?

Answer 46

Avantages: Très rapide et exécution simple

Désavantages: Sensibilité et spécificité variable

Question 47

Expliquez la méthode TAAN, ses avantages et ses inconvénients.

Answer 47

La détection d’acides nucléiques, ou TAAN, prend 1 à 5h à effectuée. C’est une technique très sensible et spécifique qui permet l’Identification des sous-types de virus, si applicable. Elle nécessite un équipement et une expertise spécialisés ce qui la rend moins accessibles pour les hôpitaux malheureusement. Par contre, son VPP et VPN sont présumées très élevées.

Question 48

Quelles sont les 2 méthodes de caractérisation antigénique des souches circulantes d’influenza?

Answer 48

1) Phénotypique par inhibition de l’hémagglutination

2) Génotypique par séquençage

Question 49

Qu’est-ce qu’un test d’inhibition de l’hémagglutination?

Answer 49

C’est une méthode phénotypipque de caractérisation antigénique des souches circulantes d’influenza. C’est une méthode de référence qui nécessite l’isolement de la souche et donc, pour les souches hautement pathogènes, un NC3 est requis. Le temps de réponse est d’environs 7 jours et ce test est hautement spécialisé. Les réactifs sont très précieux.

Dans les puits contrôles : juste des GR. On voit un point rouge car ils s’accumulent au fond.

On mélange des GR avec le virus. Les virus se collent avec plusieurs GR, et il y a création d’un réseau. Dans le fond du tube, genre de filet qui se reposent en treillis d’hématie qui sont agglutinées.

Si on ajoute aussi des Ac contre la souche du virus, s’il sont neutralisant, ils vont s’agglomérer autour du virus et prévenir l’hémagglutination.

Question 50

Définissez la méthode génotypique par séquençage de caractérisation antigénique des souches circulantes en ce qui a trait au temps de réponse, la spécialisation et comparer le au test d’inhibition de l’hémagglutination.

Answer 50

Temps de réponse: 2-3j
Spécialisation: Très spécialisé
Équivalence à inhibition de l’hémagglutination: Non équivalent.

Question 51

Quels sont les 2 méthodes pour déterminer la résistance aux antiviraux?

Answer 51

1) Méthode phénotypique par culture en présence d’antiviraux ou tests d’inhibition enzymatique
2) Génotypique par séquençage

Question 52

Associez les caractéristiques suivantes à la méthode phénotypique et génotypique de détermination de la résistance aux antiviraux.

a) Temps de réponse 2-3 jours
b) Méthode de référence (gold standard)
c) NC3 nécessaire pour les souches hautement pathogènes
d) Hautement spécialisé
e) Temps de réponse d’environ 7 jours
f) Ne cherche que les mutations qui sont connues pour conférer la résistance aux antiviraux
g) Isolement de la souche est nécessaire

Answer 52

Phénotypique: b, c, d, e, g

Génotypique: a, d, f

Question 53

Pourquoi est-il imp de surveiller l’influenza?

Answer 53

1) Des vaccins et des traitements sont disponibles
2) Cela permet d’informer les responsables de la sélection de souches vaccinales (OMS)
3) Informer sur les succès du programme de vaccination, sur son coût-efficacité
4) Surveillance et réponse aux virus émergents ou pandémiques.

Question 54

Expliquez le processus de sélection de la formulation du vaccin trivalent-inactivé annuel.

Answer 54

100 laboratoires dans 80 pays participent à la caractérisation d’isolats cliniques par IH pour détecter la présence et la dominance de souches émergentes.
Dans l’hémisphère nord, les composantes du vaccin (A/H1, A/H3 et B) sont recommandées par l’OMS en fécrier pour la formulation de vaccin utilisée la saison suivante (novembre à avril)
Il est impossible de prétester l’efficacité d’une nouvelle formulation annuelle.
Plusieurs configuration possibles: Injection (tri- ou tétravalent, doses augmentées, spay nasal pour les enfants.

Question 55

Comment détermine-t-on l’efficacité vaccinale?

Answer 55

Auparavant établie a posteriori, en mesurant la réduction générale de syndromes d’allure grippal, sans considération des composantes spécifiques du vaccin trivalent - contribution de l’immmunité croisée.
Dépend du degré d’identité de chq composante par rapport aux souches circulantes, et de la proportion relative des différents sous-types.
Varie de 0% à 95%, selon les années.

Question 56

Quels sont les objectifs du programme VE?

Answer 56

Informer les acteurs de santé publique de l’utilité relative du vaccin influenza, en temps opportun.
Mesurer l’efficacité relative de chq composante de la formulation annuelle du vaccin tricalent par la surveillance de laboratoire
Régionaliser l’estimation de l’efficacité vaccinale.

Question 57

Décrivez brièvement le virus de l’influenza A(H1N1) durant la pandémie de 2009.

Answer 57

C’est un virus réassorti - variation sur une même thème
Origine Nord-Américaine
Très contagieux, relativement peu virulent
2 vagues successives hors de la saisonnalité habituelle
Dispersion rapide dans le monde

Question 58

Comment la grippe A (H1N1) était diagnostiqué au Québec en avril 2009?

Answer 58

1) Culture virale: efficacité inconnue puisqu’on ne connait pas la lignées. Long et demande un NC3
2) DFA: Efficacité inconnue (plusieurs trousses)
3) Test rapides (POC): efficacité inconnue - sensibilité probablement faible (plusieurs trousses)
4) TAAN: Sensible et facilement adaptable.

Question 59

Décrivez ce qui a eu lieu lors de la saison endémique de l’influenza en 2009-2010

Answer 59

Deuxième vague pandémique au canada.

La grippe épidémique devait arriver, et il n’y a rien eu! Pas 1 cas positif au Canada. Déplacement complet de la grippe épidémique par la grippe pandémique, et ce n’est même pas parce que c’était apparent, parce qu’il y n’y a même pas eu d’influenza B