Cours 1 : Épidémiologie moléculaire Flashcards
Quelle est la question de base en épidémiologie moléculaire?
L’isolat A est-il identique ou différent de l’isolat B?
OU
En utilisant une technique moléculaire bien caractérisée, les génotypes de 2 isolats sont-ils suffisamment similaires pour conclure qu’ils représentent la même souche, ou suffisamment différents pour conclure qu’ils représentent des souches différentes?
Quelles sont les hypothèses de base en épidémiologie moléculaire?
Les isolats d’une espèce bactérienne démontrent généralement une diversité génétique substantielle suite à l’évolution de la population bactérienne.
ET
Les isolats reliés épidémiologiquement sont présumés provenir d’un précurseur commun et donc représenter un clone ou génotype distinct.
Définissez “isolat”
Culture pure d’une bactérie, obtenue par sous-culture d’une colonie isolée à partir de la gélose primaire et présumée provenir d’un seul organisme.
Définissez “souche”
Isolat ou groupe d’isolats pouvant être différenciés d’autres isolats du même genre et de la même espèce par des caractéristiques phénotypiques et/ou génotypiques.
Une «souche» est une subdivision descriptive d’une espèce qui est dépendante de la méthode de typage moléculaire utilisée.
Par conséquent, le même groupe d’isolats peut être classé en des souches différentes par différents systèmes.
Définissez ce que sont des “Isolats reliés épidémiologiquement
Isolats cultivés de spécimens de patients ou de l’environnement (aliments, eau, animaux, etc.) durant une période et à un endroit spécifiques, dans le cadre d’une investigation épidémiologique qui suggère que les isolats pourraient provenir d’une source commune.
Définissez ce que sont des “isolats reliés épidémiologiquement”
Isolats que l’on ne peut distinguer l’un de l’autre par une variété de tests génétiques, ou qui sont tellement similaires qu’on présume qu’ils proviennent d’un précurseur commun.
Ces isolats sont souvent référés comme ayant un «génotype» particulier, comme représentant une «lignée génétique» spécifique, ou une «souche».
Quels sont les 3 types de résultats de typage? Définissez les 3 types.
Non différenciables :
2 isolats qui donnent le même résultat par une méthode de typage donnée; ces isolats représentent une souche dans ce système.
Différents :
2 isolats qui donnent des résultats très différents par une méthode de typage donnée, selon des critères prédéfinis.
Similaires :
Isolats dont les résultats de typage ne rencontrent aucune des définitions ci-haut. Zone grise entre les 2 catégories précédentes qui peut varier selon les méthodes de typage et selon les espèces.
Qu’est-ce qu’une éclosion. Donnez un synonyme.
Une éclosion peut aussi être appelé Épidémie. Elle se définit comme l’Augmentation de l’incidence d’une maladie infectieuse dans un endroit spécifique durant une période donnée, qui est supérieure au niveau de base pour cet endroit et cette période.
Qu’est-ce qu’une souche épidémique?
Isolats de la même espèce qui sont reliés génétiquement et épidémiologiquement (dans le temps, l’endroit et provenant d’une source commune).
Qu’est-ce qu’implique une éclosion?
Une éclosion implique que le groupe d’isolats provient d’un précurseur commun.
Quels sont les rôles du typage moléculaire
Démontrer en laboratoire que des isolats reliés épidémiologiquement sont aussi reliés génétiquement, et qu’ils représentent par conséquent la même souche.
Il faut connaître à quoi sert la méthode de typage utilisée et sa capacité de discrimination pour interpréter correctement les résultats.
Le typage moléculaire complète mais ne remplace pas l’investigation épidémiologique et clinique de base; il est essentiel d’intégrer les données cliniques, épidémiologiques et moléculaires pour tirer des conclusions valides et utiles.
Quelles sont les 2 catégories de typage moléculaire et quelles en sont les applications
Épidémiologie:
- Épisodes d’infection chez un patient individuel
- Éclosions ou épidémies
- Surveillance épidémiologique
Génétique bactérienne:
- Évolution et structure des populations
Comment identifie-t-on et classe-t-on les espèces bactérienne?
En utilisant les séquences ribosomales qui varient excessivement lentement. Cela permet de définir la divergence initiale des arbres d’évolution des populations bactériennes.
À quoi sert le typage moléculaire?
Typage moléculaire pertinent nécessite des caractéristiques qui démontrent des variations sur une échelle de temps beaucoup plus courte, tel que le changement en nombre et séquence d’éléments répétitifs ou mutations ponctuelles menant à un polymorphisme des fragments de restriction.
Vise la définition des branches les plus périphériques de l’arbre phylogénétique, représentant une divergence récente à l’intérieur de l’espèce.
Quels sont les critères d’évaluation des méthodes de typage moléculaire. Quelle méthode rempli tous ces critères?
1) Résultat non ambigu pour chaque isolat
2) Reproductibilité
3) Pouvoir de discrimination
4) Facilité d’interprétation
5) Facilité de la technique
6) Étendue de l’utilisation
7) Coûts
Présentement, aucune méthode disponible ne rempli tous ces critères.
Définissez ce qu’est une méthode de typage phénotypique et donnez des exemples
Détectent les caractéristiques exprimées par les microorganismes en réponse à un substrat, aux antibiotiques ou à d’autres inhibiteurs, comme un produit d’un de leurs enzymes, ou une protéine à leur surface cellulaire.
Ex:
-Biotypage (profil de réactions biochimiques produites par un isolat; ex: galerie API)
-Antibiogrammes
-Typage des phages (lysotypie)
-Sérotypage
Donnez les caractéristiques du biotypage et des antibiogrammes
- Peu de pouvoir discriminant entre des souches d’une même espèce.
- Faible reproductibilité
- > Profils de sensibilité peuvent changer rapidement (mutation, perte ou acquisition de plasmides, non expression d’un gène)
- Faits de routine par les laboratoires de microbiologie et utilisés surtout comme tests de dépistage (surtout si isolat avec biotype ou antibiogramme particulier).
Autre que le biotypage et les antibiogrammes, nomme 2 autres méthodes phénotypiques et donnez 3 problèmes les concernant.
1) Typage de phages (lysotypie): Surtout utilisé dans le passé pour investiguer l’épidémiologie du S. aureus. Encore utilisé pour Salmonella spp.
2) Sérotypage: Surtout utilisé pour étudier l’épidémiologie de Salmonella spp., Legionella pneumophila et Streptococcus pneumoniae
Problèmes:
1- Méthodes peu discriminantes
2- Plusieurs souches non typables
3- Problème de conservation des stocks de phages et d’antisérums
Quels sont les 2 principaux groupes de méthodes génotypiques
1) Méthodes basées sur des patrons de bande d’ADN
2) Méthodes basées sur le séquençage de l’ADN
Définissez ce qu’est l’Électrophorèse sur gel en champs pulsé (EGCP). Donnez quelques exemples de bactéries pour lesquelles on l’utilise beaucoup.
Technique de caractérisation moléculaire qui compare le matériel génétique (ADN chromosomique et plasmidique) d’une même espèce.
Largement utilisée au LSPQ pour le typage moléculaire
Salmonella, Shigella, Campylobacter, E. coli, Mycobacterium, Enterococcus. etc.
Quel est le but de l’EGCP
Confirmer ou infirmer une éclosion potentielle dans la communauté régionale, provinciale ou nationale.
V ou F L’enquête épidémiologique est remplaçable par la méthode de génotypage
FAUX
L’enquête par méthode de génotypage est un complément à l’enquête épidémiologique qui est elle, non remplaçable.
Expliquez les 6 étapes de l’EGCP.
1) Incorporation des bactéries dans une carotte d’agarose pour empêcher la dégradation de l’ADN génomique.
2) Lyse bactérienne avec détergents et enzymes protéolytiques.
3) Lavages avec des tampons.
4) Digestion de l’ADN avec une enzyme de restriction.
5) Électrophorèse en champ pulsé d’une tranche d’agarose pour chaque isolat pour 20-23 h.
6) Coloration du gel et photographie en lumière UV.
