cours 12 Flashcards
(77 cards)
1
Q
Combien d’AA chez les eucaryotes?
A
20 AA classisques
2
Q
combien d’AA chez les procaryotes?
A
- 20 AA classiques
- parfois un AA supplémentaire (biosynthèse du peptidoglycane)
- parfois conformation D
3
Q
Combien de précurseurs sont nécessaire pour l’anabolisme des AA?
A
8 des 12 précurseurs
4
Q
Par quoi se fait le transfert des groupement NH4?
A
Par l’ajout de groupement libres ou la transamination via le glutamate et parfois la glutamine
5
Q
Quels sont les deux géométries des voies anaboliques? Et donner un exemple pour chacun
A
- rx linéaires: précurseur –e–> AA ou précurseur –e1–> intermédiaire –e*2–> AA
- rx bifurquée: deux cas: 1. deux précurseurs ensemble pour former un AA. 2. un précurseur qui forme 2 AA
6
Q
Est-ce que les enzymes de type synthase requiert l’hydrolyse d’ATP pour sa rx? Donner un exemple de cette e*
A
- non , pas besoin d’hydrolyse d’ATP pour la rx
- ATP synthase
7
Q
Est-ce que les enzymes de type synthétase requiert l’hydrolyse d’ATP pour sa rx? Donner un exemple de cette e*
A
- oui
- aspargagine synthétase
8
Q
Quelle est l’équation de l’asparganine synthétase?
A
asparate + glutamine + ATP –> asparganine + ADP + glutamate
9
Q
Quels sont les trois cas d’implication de rx d’oxydoréduction dans l’anabolisme des AA?
A
A. pas d’oxydoréduction: pyruvate + glutamate –alanine aminotransferase–> alanine + a-cétoglutarate
B. rx de réduction pour obtenir le glutamate: a-cétoglutarate + NH4+ + NADPH –glutamate syntase–> glutamate + NADP+
C. rx d’oxydation: 3-phosphoglycérate + glutamate + NAD+ + H2O – glycerate déshydrogénase – aminotransférase – phoasphatase –> sérine + a-cétoglutarate + NADH + H+ + Pi
10
Q
Quelles sont les deux méthodes possibles pour l’ajout du groupement ammonium?
A
- Ajout d’un groupement ammonium libre
- transamination à partir d’une glutamine ou d’un glutamate
11
Q
Quels AA sont produits par l’ajout d’un groupement ammonium libre ?
A
synthèse de la glutamine et du glutamate (seuls eux sont capables de capter l’ammonium libre)
12
Q
Quels AA sont produits par la transamination à partir d’une glutamine ou d’un glutamate
A
tous les autres AA, sauf glutamine et glutamate
13
Q
Quels AA sont produit par le 3-phosphoglycérate?
A
- sérine
- glycine
- cystéine
- (métionine à partir de la cystéine)
14
Q
Quelle rx pour la sérine?
A
3-phosphoglycérate + glutamate + NAD+ + H2O – glycerate déshydrogénase – aminotransférase – phoasphatase –> sérine + a-cétoglutarate + NADH + H+ + Pi
15
Q
Quelle rx pour la cystéine?
A
à partir de la sérine, on ajoute un S (soufre) et on obtient la cystéine
16
Q
Quelles sont les 6 étapes de l’anabolisme de la sérine et de la cystéine?
A
- glycérate déshydrogénase (oxydation)
- aminotransférase ( ajout du groupement amine, on prend le groupement amine (ammonium du glutamate) et on ajoute à notre intermédiaire)
- phosphatase (on détache un phosphate, il y a un Pi dans l’environnement, on arrive à SÉRINE)
- hydroxyméthyl transférase ( c’est un transporteur de C. On arrive a la GLYCINE)
- sérine transacétylase (on prend de l’Acétyl-Coa, on garde seulement acétyl )
- cystéine synthase (ajout de sulfure, on arrive à CYSTÉINE)
17
Q
Quel est le rôle du soufre dans l’anabolisme?
A
de transformer la sérine en cystéine
18
Q
Qu’est-ce que peut produire la cystéine?
A
la méthionine
19
Q
Quels sont les AA formés à partir de l’oxaloacétate?
A
la famille asparate (aspartate, asparagine)
20
Q
Quelle rx est faite pour arriver à aspartate?
A
oxaloacétate + glutamate – aspartate aminotransférase–> ASPARTATE + a-cétoglutarate
- le glutamate est la source d’ammonium
21
Q
Quelle rx est faite pour arriver à asparganine?
A
aspartate + glutamine + ATP – asparagine synthétase–> ASPARAGINE + AMP + PPi + glutamate
22
Q
L’aspartate est le précurseur pour quels AA?
A
- thréonine
- lysine
- méthionine
- acide diaminopimélique (21e AA spécifique au peptidoglycane de certaines espèces bactériennes)
23
Q
Quel composé est requis pour l’anabolisme des AA, acide diaminopimélique et lysine?
A
la pyruvate
24
Q
Quels AA ont une synthèse directe à partir du pyruvate?
A
- alanine
- valine
- leucine
25
Comment arriver à alanine?
on ajoute un groupement azoté au pyruvate
26
Comment on arrive à la valine?
on utilise deux pyruvates
27
Comment on arrive à la leucine?
- on utilise deux pyruvates
- on utilise aussi un acétyl-CoA contrairement à la valine
28
Quels AA a besoin d'acétyl-CoA comme précurseur?
la leucine
29
Grâce à l'oxaloacétate et au pyruvate, quels AA sont formés?
- aspartate
- asparagine
- thréonoine
- lysine
- méthionine
- acide diaminopimélique
30
Comment est produit l'isoleucine?
cycle de Krebs --> oxaloacétate --> aspartate --> thréonine --> isoleucine
31
Le pyruvate est impliqué dans la synthèse de +s AA, lesquels?
- alanine
- valine
- leucine
- famille de l'aspartate ( lysine, acide diaminopimélique, isoleucine)
32
Quels AA sont synthétisés à partir du PEP et Erythrose-4P?
les aromatiques
- phénylalanine
- tyrosine
- tryptophane
33
Qu'est-ce qu'implique la biosynthèse des AA aromatiques?
- précurseurs érythrose-4P et PEP
- nécessite de l'énergie chimique sous forme d'ATP ou de PEP
- implqiue des rx d'oxydoréduction et de transamination
34
Quel précurseur est formé au cours de la biosynthèse des AA aromatique?
chorismate
35
à partir de tryptophane se fait à partir de quoi?
de l'anthranilate
36
Le chorismate est un intermédiaire requis dans la biosynthèse de quoi?
de d'autre composés bactériens (tryptophane, acide folique, B12, quinone
37
Comment se fait la biosynthèse de NAD+ et NADP+ à partir de tryptophane?
- passe par acide quinolique, NaMN, NAD+ et après phosphorylation pour NADP+
- utilisé chez les eucaryotes et chez quelques bactéries
38
Comment se fait la biosynthèse de NAD+ et NADP+ à partir de l'aspartate?
- utilisée chez la majorité des espèces bactériennes
- implqiue diff rx biochimique pour la synthèse de l'intermédiaire niacine mononucléotide (NaMN)
39
Pour les bactéries qui n'ont aucune des deux voies d'anabolisme pour la biosynthèse de NAD+/NADP+, comment leur besoin en NAD+/NADP+ est-il comblé?
Acquisition directe de NAD+/NADP+ ou d'intermédiaire à partir de l'environnement. pas capable de synthétiser, donc on va chercher ailleurs
40
Qu'est-ce que l'auxotrophie?
incapacité biochimique d'un organisme à synthétiser un composé organique qui lui est nécessaire, dépendance de la présence des composés ou d'intermédiaires de biosynthèse dans l'environnement
41
Qu'est-ce qu'implique la biosynthèse du FAD?
- implique le ribose-5P en tant que précurseur pour la biosynthèse de riboflavine
- on passe ribose-5P à riboflavine et finalement ça va en FAD
42
De quelle voie catabolique provient le ribose-5P?
voie des pentoses phosphate
43
Vrai ou faux. Les voies anaboliques identique pour les procaryotes et les eucaryotes.
Vrai
44
Dans la biosynthèse des acides nucléiques, quels sont les 3 éléments pour la formation d'acides nucléiques?
- sucre à 5C (ribose pour ARN ou désoxyribose pour ADN)
- groupement phosphate formé de 3 Pi
- une base azotée
45
De quoi a besoin la biosynthèse des acides nucléiques?
- besoin d'énergie sous forme d'ATP et parfois GTP
- besoin de ribose-5P, d'acide floqie et d'aspartate
- besoin de cofacteurs d'oxydoréduction NAD+ et NADH
46
Dans la biosynthèse des acides nucléiques, via quoi le transfert des groupements NH3 se fait-il?
via la glutamine
47
Quelles voies pour la formation de purines et pyrimidines?
diverses voie
48
Quelles sont les deux étapes de la biosynthèse des purines?
1. formation de l'imtermédiaire IMP à partir de ribose-5P nécessitant de l'ATP, glutamine, asparartate et acide folique qui proviennent de la chorismate
2. formation de AMP et GMP à partir de IMP, nécessitant les acides AA aspartate et glutamine, le cofacteur NAD+, l'ATP et le GTP. (besoin d,aspartate et de GTP pour la formation d'AMP. Besoin de NAD+, de glutamine et d'ATP pour la formation de GMP)
49
Quelles sont les deux étapes de la biosynthèse des pyrimidines?
1. formation de UMP à partir du ribose-5P et des AA glutamine et aspartate, nécessitant 3 ATP et du NAD+
2. formation de CTP et dTMP à partir de UMP, nécessitant la glutamine (source d'azote), le NADH, l'ATP (2) et l'acide folique
50
Comment se fait la formation de dTMPà partir de UMP?
- UMP est transformé en DUMP via rx de réduction dépendant du NADH effectuée pat l'e* nucléotide réductase: mécanisme général de formation de désoxynucléotides pour l'ADN
- le DUMPest ensuite converti en dTMP par une rx dépendant du méthylène-THF provenant de l'acide folique
51
Quels sont les précurseurs requis pour les nucléotides?
- ribose 5-P
- erythrose 4-P --> chorismate --> acide folique
- PEP
- a-ketoglutarate --> glutamine
- oxaloacetate --> aspartate --> NAD+
52
Que forment les phospholipides?
- les deux faces de la membrane interne
- la face interne de la membrane externe des Gram -
53
Qu'est-ce qu'un phospholipide?
molécule amphiphile avec tête polaire et queue hydrophobe ayant la capacité de s'assembler en bicouche lipidique sans demande énergétique
54
De quoi sont typiquement formé les phospholipides?
- glycéride: deux chaines linéaires d'acides gras attachées à une molécule de glycérol par des liens esters
- groupement phosphate (charge - )
- parfois un groupement chargé + comme la choline ou éthanolamine
55
Quel phospholipide est le principal dans les membranes eucaryotes?
phosphatidycholine
56
De quoi est formé le phosphatidycholine?
- acide gras à 16C avec un degré d'insaturation
- acide gras à 18C, saturé
- les acides gras sont liés au glycérol
- le glycérol est lui-même lié à un groupement phosphate et le groupement phosphate est lié à la choline
57
Qu'est-ce qui forme la tête hydrophile de phosphatidycholine?
groupement phosphate et le cholone forme la tête hydrophile à caractère zwitterionique (charge + et charge - , donc neutre)
58
De quoi est formé le phosphatidylglycérol?
- d'un diglycéride
- d'un groupement phosphate
59
De quoi est formé la cardiolipine?
- de deux molécules de phosphatidylglycérol connectées entre elles par une molécules de glycérol
60
Le phosphatidylglycérol et la cardiolipne font partie des principaux composants de quoi?
des membranes bactériennes
61
Le phosphatidylglycérol et la cardiolipne ont une tête hydrophile de quelle charge?
anionique (-)
62
Quels sont les 3 étapes de la biosynthèse du phosphatidylglycérol?
1. formation des précurseurs d'acides gras liés à la CoA à partir du précurseur acétyl-CoA par l'enzyme acide gras synthase II (utilise ACP)
2. transfert des précurseur d'acides gras liés à la CoA au glycérol-phosphate par une rx d'estérification par l'e* glycérol-P acyltransférase, formation d'acide phosphatidique
3. maturation en phosphatidylglycérol
63
À partir de quoi sont formés les acides gras?
d'acétyl-CoA et de malonyl-CoA (quand chaine impaire des acides gras)
64
Dans quelle situation utilise-t-on la synthase II ou la synthase I?
- II: bactéries, mitochondries, plantes, champi, parasites.
- I: aminaux et certains champi. moins efficace mais peut mener à la synthèse d'une plus grande variété d'acides gras
65
Quel est le type de rx de l'acide gras synthase II?
réduction
66
Qu'est-ce que la désaturation des acides gras? Et quel est le type de la rx?
- Formation des acides gras insatur.s avec une ou +s liaisons doubles entre les atomes de C de la chaine acyle pour générer les acides gras monoinsaturés ou polyinsaturés.
- rx d'oxydation
67
Quelles sont les deux voies de la désaturation des acides gras. Expliquer.
- Voie ana: médiée par FabA et FabB qui agissent pendant la biosynthèse des acides gras
- Voie aé: implique l'O moléculaire, le NADPH, le cytochrome B5 et une e* desaturase espèce-spécifique qui agit sur les acides gras matures
68
Dans la désaturation ana, qu'est-ce que FabA et que fait-elle (2 rx) ?
- FabA: e* de type déhydratase/isomérase qui effectue 2 rx successives
1. FabA reconnait l'intermédiaire à 10C beta-hydroxydécanoyl-ACP de la voie biosynthèse des acides gras et catalyse une rx de séshydratation pour former une liaison double et relacher une molécule d'eau
2. procède ensuite à une rx d'isomérisation afin de déplacer la liaison double à la location requise sur la chaine acyle
69
Dans la désaturation ana, qu'est-ce que FabB et que fait-elle?
- FabB: deux fonctions possibles pour l'Adaptation métabolique
1. FabB peut diriger des produits de la première rx de FabA vers la voie normale de biosynth;se des acides gras via l'acide gras synthase II où la liaison double va être hydrolysée pour la synthèse d'acides gras saturés
2. FabB peut alternativement compléter la phase d'élongation des produit de la seconde rx de FabA de par son activité beta-ketoacyl-ACP synthase avant de diriger les produits à l'acide gras synthase II pour la synthèse d'acides gras insaturés
70
Comment se fait la désaturation aé?
- la désaturation est effectuée par l'e* acide gras-CoA desaturase sur les acides gars matures
- la rx enzymatique implique l'O moléculaire, le NADPH et le cytochrome B5 dans une cascade de transfert d'électrons
71
Comment se fait la désaturation chez les bactéries (qui fait ana, aé ou les deux) ?
- en général, les bactéries utilisent une seule voie pour la désaturation des acides gras
- la voie ana est utilisée par la majorité des espèces bactérienes dont E. coli
- la voie aé est utilisée par les eucaryotes et certaines espèces bactériennes (Bacillus subtilis)
- Pseudomonas aeruginosa fait les deux
72
Quelles sont les 3 étapes de biosynthèse du peptidoglycane?
1. étape cytoplasmique, implique MurA à MurF pour la symthèse de l'acide UDP-MurNac pentapeptide à partir de UDP-GlcNac et de 5 AA
2. étape membranaire implique le transporteur lipidique undecaprényl-P
3. étape extra-cytoplasmique pour l'assemblage
73
Quels sont les précurseurs pour l'étape cytoplasmique?
UDP-N-acétylglucosamine, G-Glu, alanine 9synthétisé à partir de pyruvate), DAP ou lysine, D-Ala-D-ala
74
Comment est formé le UDP-GlcNac?
à partir de fructose-6P, avec glutamine, actyl-CoA et UTP
75
Comment est la formation de G-Glu et D-Ala-D-Ala?
les AA de conformation S sont uniques à l'enveloppe bactérienne
L-Glu --glutamate racémase--> D-Glu
L-Ala --alanine racémase--> D-Ala --D-Ala D-Ala ligase--> D-Ala-D-Ala
76
Comment est l'étape cytoplasmique de la biosynthèse du peptidoglycane?
les e* MurA et MurB synthétisent l'Acide UDP-N-acétylmuramique à partir de l'UDP-GlcNac
Cette étape requiert du PEP et NADPH
77
L-lysine ou acide diaminopimélique?
DAP: Gram-, Bacilli, mycobact.ries
L-Lys: majorité des Gram +
