cours 1 (malik) Flashcards
quelle est la proportion de gènes codant pour des protéines ?
moins de 3% du génome
quels sont les 4 types généraux de transcrits d’ARN ?
- ARNm
- ARN ribosomaux (rRNA)
- petits non codant; pseudogènes (sRNA)
- long non codants (IncRNA)
quelle est la particularité en terme de base des longs ARN non-codants ?
> 200 bases
exemples de génomes d’ARN ?
SARS-CoV2, VIH, poliovirus, rhinovirus (rhume), virus de l’influenza, de l’hépatite C, etc.
exemples d’ARN de synthèse protéique ?
ARN messager (ARN), ARN de transfert (ARNt), ARN ribosomal (ARNr), ARN de la particule de reconnaissance du signal
exemples d’ARN faisant la réplications d’ADN ?
ARN télomérase, ribonucléase MRP (RNase MRP)
exemples d’ARN impliqués dans la modification d’ARN ?
petit ARN nucléolaire(snoRNA), ribonuclease (RNaseP), petit ARN nucléaire (snRNA)
exemples d’ARN régulateurs ?
ARN CRISPR, petit ARN interférant, microARN
exemples d’ARN parasites ?
viroïdes, virusoïdes, ARN satellites
quels sont les principaux rôles de l’ARN ?
- de stocker l’information génétique comme l’ADN
- de catalyser des réactions chimiques comme les protéines
L’ARN serait donc le précurseur de la vie sur terre
comment appelle-t-on des polymères de nucléotides ?
des acides nucléiques
quels sont les pyrimidines et les purines ?
Les pyrimidines
– Cytosine (ADN, ARN)
– Uracile (ARN)
– Thymine (ADN)
Les purines
– Adénine (ADN, ARN)
– Guanine (ADN, ARN)
le ribose se lie en quelle position chez les pyrimidines ?
en position 1 du monocycle
le ribose se lie en quelle position chez les purines ?
en position 9 du bicycle
chez quelle molécule retrouve-t-on le d-ribose et le d2-désoxyribose ?
d-ribose: chez l’ARN
d2-désoxyribose: chez l’ADN
ça affecte quoi la différence entre le 2’OH versus le 2’-H ?
- les structures secondaires et tertiares
- la stabilité
quelle est la structure du ribose et du désoxyribose ?
elle a une structure sous forme de furane: cycle à 5 carbones
de quoi sont composés les nucléosides ?
d’une base azotée liée à un pentose
par quelle type de liaison la base azotée est liée à un pentose ?
liaison glycosidique
qu’est ce qui est anomérique chez les nucléosides ?
le carbone de la liaison glycosidique
qu’est-ce qui permet une plus grande solubilité dans l’eau du nucléoside ?
le pentose
quels sont les 4 Nucléosides les Plus Communs de l’ARN ?
- cytidine
- uridine
- guanosine
- adénosine
comment appelle-t-on des nucléosides phosphorylés ?
des nucléotides
comment appelle-t-on la plupart des nucléotides cellulaires ?
des ribonucléotides
qu’absorbent les nucléotides ?
la lumière uv
quel type d’acide sont les nucléotides ?
des acides polyprotiques
quels sont les observations à pH neutre pour les NMPs (nucléotides monophosphates) ?
- Les bases des nucléotides (nucléobases) ne sont pas
chargées - Les riboses ne sont pas chargés.
- La charge nette du nucléoside monophosphate est de -2
pour quelles raisons les nucléosides et les nucléotides absorbent fortement la lumière ultraviolette (UV) ?
en raison de l’aromaticité de la structure des hétérocycles constituants les base
la propriété d’absorption de la lumière UV des nucléosides et des nucléotides est utile pourquoi ?
pour l’analyse quantitative des nucléosides et nucléotides
quels sont les constantes de dissociation des protons des nucléotides (valeur de pKa) du 5’-AMP ?
3,8 (N1)
0,9
6,1
quels sont les constantes de dissociation des protons des nucléotides (valeur de pKa) du 5’-GMP ?
9,4 (N1)
0,7
6,1
quels sont les constantes de dissociation des protons des nucléotides (valeur de pKa) du 5’-CMP ?
4,5 (N3)
0,8
6,3
quels sont les constantes de dissociation des protons des nucléotides (valeur de pKa) du 5’-UMP ?
9,5 (N3)
1,0
6,4
les acides nucléiques sont des polymères linéaires reliés comment et par quoi ?
3’ en 5’ par des liaisons phosphodiesters
comment se forment les acides nucléiques ?
généralement in vivo par l’addition successive d’un nucléotide 5’-phosphate au groupe 3’-OH du nucléotide précédent
comment appelle-t-on les polymères de ribonucléotides et de désoxyribonucléotides ?
acide désoxyribonucléique
acides riboniucléique
comment s’inscrit la séquence des acides nucléiques ?
toujours de l’extrémité 5’ à l’extrémité 3’.
quelles structures sont prépondérantes chez l’ARN et l’ADN ?
les structures hélicoïdales
par quoi est normalement déterminée la capacité d’un ARN à exercer sa fonction physiologique ?
par sa structure tridimensionnelle/sa conformation
chez les protéines quelles sont les angles qui définissent totalement le trajet du squelette ?
les angles phi et psi
chez les a.n quels sont les angles de torsions qui définissent le trajet de la chaîne ?
les 6 angles de torsions: (alpha, beta, gamma, delta, epsilon, zheta)
par quoi peut être définie la conformation du ribose ?
par les cinq angles de torsion endocycliques: nu 0, nu 1, nu 2, nu 3, nu 4
quel est le rôle de l’angle glycosidique ?
de nous donner l’orientation de la base par rapport au ribose
c’est quoi le cycle de pseudo rotation ?
une manière simplifiée de décrire comment le cycle du ribose change de forme, en évitant d’utiliser 5 angles différents qui sont interdépendants
quels sont les angles de torsions en trans, gauche - et gauche + ?
Trans (t): 180˚± 30˚
Gauche- (g-): -60˚± 30˚
Gauche+ (g+): +60˚± 30˚
vrai ou faux ? le ribose est planaire
faux, le Ribose n’est pas Planaire: Il Peut Adopter des Conformations Variées
quels sont les 2 conformations que le ribose peut avoir ?
- la forme enveloppe (E)
- la forme roue “twist” (T)
c’est quoi la Forme Enveloppe (E) ?
4 atomes dans un même plan, le 5ème dépasse d’environ 0.5 Å
Quand ce 5ème atome est du même côté que le carbone 5’ (C5’), on dit que c’est endo. Exemple courant : C3’-endo
Quand il est du côté opposé à C5’, on dit que c’est exo.
(un seul atome hors du plan)
c’est quoi la forme twist ? et donne-moi un exemple typique
Ici, 3 atomes adjacents sont dans un plan, tandis que les 2 autres sont placés de part et d’autre de ce plan
Exemple typique : C2’-exo-C3’-endo, une forme intermédiaire souvent observée
(deux atomes hors du plan, chacun d’un côté)
quelle est la différence entre la forme enveloppe et la forme twist ?
E: un seul atome hors du plan
T: deux atomes hors du plan, chacun d’un côté
quelle est la conformation idéale de l’ARN de type A et de l’ADN de type B ?
ARN type A: C3’ -endo (Nord)
ADN type B: C2’ -endo (Sud)
quelles sont les 2 grandes conformation de l’angle glycosidique χ ?
anti: 180 ± 90˚
dominant, base éloignée du ribose (hélices A et B)
syn: 0 ± 90˚
plus rare, base proche du ribose (cas particuliers)
par quoi sont stabilisés les paires de bases ?
par la formation de ponts hydrogène, quoique dans les structures hélicoïdales, l’empilement des bases domine énergétiquement.
dans certaines structures on retrouve aussi d’autres types d’associations entre bases, comme quoi ?
comme les triplets et les quadruplets de bases
quels sont les paires de bases canoniques ?
- Watson-Crick A-U
- G-C et G-U (G-U wobble)
quelles sont les paires de bases non canoniques ?
toutes les paires non-Watson-Crick ou G-U wobble
exemple de paires de bases non-canoniques ?
Hoogsteen (structure cristalline de 1963) et « sheared » G-A
quelle est la définition de la compilation Géométrique de Leontis et Westhof ?
une classification des paires de bases selon la géométrie d’interaction des bases tel qu’observé dans les structures d’ARN
cette classification (Compilation Géométrique de Leontis et Westhof) met l’emphase sur quoi ?
à l’isostéricité (occupation similaire d’espace 3D) à des fins d’analyses évolutives.
elle sert à quoi la nomenclature de la classification de Leontis et Westhof ?
- décrire précisément et sans ambiguïté les structures d’ARN (paires de bases, triplets de bases, quadruplets de bases, motifs d’ARN, etc.) et;
- pour l’identification de motifs basée sur les séquences d’ARN
quels sont les paramètres important pour spécifier la géométrie pour la Compilation Géométrique de Leontis et Westhof ?
- Les faces d’interaction des deux bases (3 faces);
- L’orientation relative des liaisons glycosidiques (cis ou trans).
quels sont les paramètres accessoires pour spécifier la géométrie pour la Compilation Géométrique de Leontis et Westhof ?
1) L’orientation syn ou anti des liaisons glycosidiques;
2) L’orientation locale relative des brins.
dans la compilation de L&W, les bases interagissent par l’entremise de quoi ?
d’une ou plusieurs faces
Les bases azotées (purines : adénine A et guanine G) peuvent former des interactions par différentes « faces » ou côtés. Selon la classification de Leontis et Westhof, quels sont ces faces distingués ?
- Face Watson-Crick (WC)
- Face Hoogsteen
- Face du Sucre
Les bases azotées (pyrimidines : uridine U et cystidine C) peuvent former des interactions par différentes « faces » ou côtés. Selon la classification de Leontis et Westhof, quels sont ces faces distingués ?
- Face Watson-Crick (WC)
- Face “C-H” ou Hoogsteen
- Face du Sucre
où se retrouve les paires de bases dans la structure hélicoïdale ?
au centre
où se retrouve le squelette ribose-phosphate ?
en périphérie
quelle est la différence entre l’hélice alpha des protéines et des acides nucléiques ?
chez les protéines où les chaînes
latérales se retrouvent en périphérie et la chaîne
principale est stabilisée au centre par des ponts H!
quelles sont les caractéristiques de la structure hélicoïdale de l’ARN ?
Gros et trapu
quelles sont les caractéristiques de la structure hélicoïdale de l’ADN ?
Long et mince
quelles sont les similitudes et les différences quant aux hélices, angles chi et les riboses pour les hélices d’ADN de type B et d’ARN de type A ?
ADN de type B:
hélice droite
angle chi anti
ribose C2’ endo
ARN de type A
hélice droite
angle chi anti
ribose C3’ endo
quelles sont les similitudes et les différences quant aux sillons pour les hélices d’ADN de type B et d’ARN de type A ?
ADN de type B:
largeur du sillon majeur plus grande
ARN de type A
profondeur du sillon majeur plus grande
quel sillon possède un plus grand potentiel pour la reconnaissance spécifique de la séquence de l’acide nucléique ?
sillon majeur
L’hélice alpha et le feuillet beta à 2 brins pénètrent facilement dans quel sillon de l’ADN pour permettre la reconnaissance d’une séquence spécifique de l’ADN ?
le sillon majeur
vrai ou faux ? le sillon majeur de l’ARN est trop étroit pour permettre la même pénétration de l’hélice alpha ou du feuillet beta
oui
qu’est-ce qui permet un élargissement du sillon majeur pour la reconnaissance par une hélice alpha ou même un feuillet beta ?
des perturbations dans l’hélice de l’ARN (Paires de bases non canoniques, bulge, boucle terminale, boucle interne)
c’est quoi la structure primaire des ARN ?
une liste des nucléotides liés de façon covalente de l’extrémité 5’ à l’extrémité 3
c’est quoi la structure secondaire des ARN ?
c’est la manière dont la molécule d’ARN se replie localement sur elle-même, grâce à la formation de paires de bases (typiquement A–U, G–C, et parfois G*U).
Une structure secondaire est habituellement inférée dès que l’on observe au moins 2 ou 3 paires de bases adjacentes, formant ainsi des hélices.
c’est quoi la structure tertiaire des ARN ?
formée par des interactions spécifiques entre les éléments de la structure secondaire, ce qui permet de former des motifs complexes et fonctionnels (ex. ribozymes, ARNt, etc.)
C’est la structure globale, tridimensionnelle, de l’ARN
quelles sont les façons de représenter la structure secondaire ?
- graphe planaire
- diagramme en forme d’arc
- chaînes de caractères
comment est défini la structure tertiaire ?
généralement définie comme étant l’arrangement tridimensionnel de motifs d’ARN, incluant la double hélice et les autres motifs qui s’assemblent pour former des interactions tertiaires .
comment se forme les interactions tertiaires dans le diagramme en forme d’arc ?
lorsque deux lignes se croisent dans le diagramme en forme d’arc
que contiennent les régions non appariées ?
des motifs structuraux
pourquoi les régions non-appariées sont importantes ?
- pour la formation de la structures tertiaires
- pour les interactions intermoléculaires
quels sont les éléments de structure secondaire ?
simple brins
hélices à 2 brins
double hélices avec extrémités 5’ simple brin
bulge
renflement à 3 nucléotides
épingle à cheveux
quels sont les Éléments de Structure Secondaires: Boucles internes et jonctions ?
Boucle interne symétrique à 2 nucléotides
Boucle interne symétrique ou asymétrique
Jonction de 2 tiges ou 3 tiges ou 4 tiges
quels sont les éléments de structures tertiaires de l’ARN ?
Pseudonoeud
Interactions boucle - boucle
