Cours 1 : Introduction et méthodes d'identification Flashcards
Combien y a-t-il d’espèces de microorganismes différentes sur Terre?
1 trillion, alors que seulement 30 000 sont connues.
Pourquoi y a-t-il un aussi grand nombre de microorganismes?
Car les bactéries évoluent depuis très longtemps. Plus l’évolution est longue, plus le nombre d’espèces est grand.
Vrai ou faux. Les microorganismes affectent directement le climat.
Vrai! Ils ont un rôle important dans les cycles biogéochimiques et peuvent interagir avec les animaux et les plantes, ce qui apporte des conséquences directes sur le climat.
Pourquoi n’utilise-t-on plus autant qu’avant le dogme des 5 royaumes pour illustrer la diversité?
Car il est peu représentatif de la diversité. Lorsqu’on utilisait ce principe, c’était surtout pour étudier les macroorganismes. Ainsi, avec l’apparition des études de génomique, on considère ce dogme erroné ou incomplet.
Comment se nomme la classification actuelle du vivant?
Les trois domaines de la vie.
Vrai ou faux. On retrouve des microorganismes dans les trois branches de l’arbre de la vie.
Vrai.
Vrai ou faux. Les virus sont inclus dans l’arbre de la vie.
Faux! La classification se base sur l’analyse de l’ARN 16S ou 18S, qui sont présents dans les cellules. Les virus n’étant pas des organismes cellulaires n’en possèdent donc pas.
Je décide de faire un échantillonnage dans le lac Ouareau pour voir quels microorganismes sont présents. Est-ce que les microorganismes seront les même à la surface et dans le fond du lac?
Non! Les caractéristiques physico-chimiques peuvent varier selon la profondeur, ce qui peut modifier la composition des espèces des microorganismes à la surface et dans le fond du lac.
Nommez les différents niveaux en ordre de la classification biologique hiérarchique.
Domaine Règne Phylum Classe Ordre Famille Genre Espèce
Quelles sont les questions fondamentales de l’écologie microbienne?
- Qui est là? (diversité)
- Combien sont-là? (Abondance)
- Qui fait quoi? (Fonctionnalité)
Quel est le pourcentage de microorganismes qui sont cultivables?
1%
Comment peut-on répondre à la question combien sont-là avec un examen au microscope?
Avec un hémacimètre.
Si on veut observer la sporulation au microscope, quel microscope doit-on utiliser?
On peut utiliser le microscope à contraste de phase.
Avec quel instrument peut-on faire une énumération cellulaire à l’aide d’un microscope?
Avec un hémacimètre.
Nommez deux limitations à l’utilisation du microscope pour identifier les microorganimes.
- Les divers types n’ont pas toujours une morphologie distincte.
- Seulement les microorganismes abondants (>10^6/mL) sont observables. Donc, si on en a pas assez, les microorganismes apparaissent moins souvent au microscope.
À quelles question de l’écologie microbienne on peut répondre en utilisant un microscope à fluorescence?
Combien sont-là? Car on peut associer la fluorescence et numéroter les cellules avec la cytométrie en flux.
Qui est là? Car on peut dans une certaine mesure identifier les microorganimes par leur morphologie et leur taille.
Quels sont les deux types de microscopie à fluorescence? Nommez et expliquez-les.
Non spécifique : Les colorants fluorescents agissent sur une classe de biomolécules spécifiques : comme les acides nucléiques.
Spécifique : Les Ac contre une molécule spécifiques sont couplés à un fluorophore, ce qu’on nomme l’immunofluorescence, qui peut être directe ou indirecte.
Pourquoi l’ATP est un bon indicateur de toutes les cellules vivantes?
Car l’ATP a une courte demi-vie après la mort de la cellule. Ainsi, on peut doser seulement les cellules vivantes. De plus, la concentration intracellulaire en ATP est assez stable peut importe le stade de croissance ou l’état physiologique.
Comment peut-on faire un dosage de l’ATP?
En ajoutant de la luciférine dans un milieu avec présence d’oxygène et d’ATP, en présence de luciférase et de Mg2+, il y a formation d’oxyluciférase, qui émet de la lumière. Plus il y a d’ATP dans le milieu, plus la production de lumière est grande.
Comment peut-on quantitifier les lipides?
Les lipides peuvent être extraits avec du chloroforme, après sonication pour éclater les cellules. Il y a alors séparation de l’eau qui contient les protéines et les acides nucléiques, et du chloroforme contenant les lipides.
Les phospholipides sont ensuite méthylés et purifiés pour produire des méthyles esters d’acides gras.
Il y a ensuite séparation et quantification par chromatographie gazeuse.
