Cours 1-Historique et principes pharmacogénétique (2/2)

Question 1

qu’est ce qu’un génome

Answer 1

l’ADN d’un organisme

Question 2

qu’est ce qu’un gène

Answer 2

séquence de nucléotides d’une longueur donné qui code pour un trait donné

Question 3

pour chaque gènes, un individus a…

Answer 3

2 allèles
homozygote pour l’allèle majeur
homozygote pour l’allèle mineur
hétérozygote

Question 4

que sont des allèles

Answer 4

variantes/versions d’un gène

Question 5

quelle est la nature des différences génétiques/polymorphismes ?

Answer 5

SNPs (changements nucléotidiques)
indels (insertions/délétions)

Question 6

cest quoi un SNPs

Answer 6

changement d’un seul nucléotide (polymorphisme a/n d’un nucléotide)
une variation génétique

Question 7

quand on dit qu’un gène peut avoir plusieurs formes différentes, ca veut dire…

Answer 7

plusieurs allèles possibles
ce qui fait que c’est très varié dans une population (diversité)

Question 8

qu’est ce qu’un polymorphisme genetique?

Answer 8

variations de l’ADN qui peut exister sous forme de 2/multiple allèles

Question 9

génotype?

Answer 9

combinaison d’allèles pour 1 gène spécifique (1 allèle pour mère, 1 allèle pour père)

Question 10

haplotype?

Answer 10

groupe de variations génétiques liées sur un seul chromosome (reflète l’info d’un parent particulier)

Question 11

distingue moi chromosome, gène, allèle, génotype, haplotype

Answer 11

on a une paire de chromosome, 1 provenant du père, 1 provenant de la mère
la paire contient des gènes.
1 gène est un FRAGMENT de l’ADN qui se retrouve sur 1 chromosome
1 gène code pour un trait spécifique p.ex couleur des yeux
1 allèle est une variante, version spécifique du gène qui code pour la couleur des yeux. 1 allèle du père la couleur des yeux est verte. 1 allèle provient du père et 1 provient de la mère, ce qui constitue un GÉNOTYPE. le génotype en question tu as 1 allèle du père qui code pour couleur des yeux verts et 1 allèle de la mère qui code pour couleur des yeux bleus
1 haplotype constitue l’ensemble des allèles de différents gènes provenant d’un seul parent (couleurs des yeux, des cheveux…; de la mère seulement)

Question 12

que sont des polymorphismes fonctionnels?

Answer 12

variations génétiques qui affectent directement un gène qui code pour une fonction X
SNPs qui peuvent affecter l’effet/changer la conformation de la protéine

Question 13

vrai ou faux. les SNPs fonctionnels (polymorphismes fonctionnels) n’affectent pas directement la réponse au tx

Answer 13

FAUX. les SNPs fonctionnels peuvent affecter directement la réponse au tx car ils modifient la quantité mais aussi la qualité des produits du gène affecté

Question 14

comment appelle-t-on un groupe d’allèles (variantes d’un gène) des plusieurs SNPs rapprochés dans une région d’un chromosome?

Answer 14

haplotype

Question 15

qu’est-ce qu’un déséquilibre de liaison (LD)?

Answer 15

association entre 2 allèles (association entre 2 variants génétiques placés très proches sur une même section du chromosome, comme des SNPs) qui sont souvent hérités ensemble

Question 16

qu’est ce qu’un haplotype?

Answer 16

combinaison spécifiques de variants d’un gène (allèles) placés à proximité les uns des autres sur une même section d’un chromosome et qui sont souvent transmis (héritiés) ensemble d’une génération à l’autre

Question 17

vrai ou faux. un exemple de combinaison spécifiques de variants génétiques (haplotypes) pouvant être transmissibles peut être des SNPs (variants = SNPs)

Answer 17

vrai

Question 18

vrai ou faux. les SNPs (variantes génétiques) rapprochés sur un chromosome ont tendance à ne pas être hérités ensemble

Answer 18

FAUX. les SNPs rapprochés comme ça ont plus tendance à être hérités ensemble dû à leur proximité physique (plus de chances d’être ensemble lors de la recombinaison) = on appelle ça le déséquilibre de liaison quand ces SNPs sont transmis ensemble

Question 19

différence entre SNPs et allèle

Answer 19

SNPs; variation/variante génétique (polymorphisme)
allèle; représente les variantes possible d’un SNPs ou gène

Question 20

pourquoi on dit qu’un SNPs a 2 variantes possibles ?

Answer 20

car 1 provient du père (allèle père) et 1 de la mère (allèle mère)

Question 21

c’est quoi un TagSNP?

Answer 21

c’est 1 SNP choisi pour représenter l’ensemble des SNPs qui sont proches sur un même chromosome et en déséquilibre de liaison (vont être hérités ensemble du au LD) pour réduire la complexité des analyses

Question 22

vrai ou faux. quand on parle de TagSNPs choisi, c’est un SNPs ‘‘élu’’ parmi l’ensemble de l’haplotype en question

Answer 22

VRAI. un TagSNPs est choisi parmi les autres SNPs à proximité et souvent hérités ensemble (dû au LD) présents sur l’haplotype
l’ensemble des SNPs forment l’haplotype
le TagSNP choisi représente cet ensemble

Question 23

avantage de choisir un TagSNP?

Answer 23

permet de capturer la variation génétique sans avoir besoin d’étudier tous les SNPs présents qui forment l’haplotype (étudier l’ensemble de l’haplotype)

Question 24

vrai ou faux. les SNPs d’un parent composent un haplotype

Answer 24

VRAI

Question 25

vrai ou faux. l'enfant recoit l'haplotype de son père mais aussi l'haplotype de sa mère

Answer 25

VRAI. le père transmet son haplotype composés de SNPs très proches et qui seront tous hérités ensemble par déséquilibre de liaison (présent sur l'un des chromosomes) à son enfant. la mère transmet son haplotype avec ses propres SNPs qui le composent. donc l'enfant l'haplotype de chq de ses parents

Question 26

vrai ou faux. personne ne peut avoir un même haplotype (parmi tant d'autres)

Answer 26

FAUX. justement, certains haplotypes spécifiques peuvent être associés à des gènes ou à des régions génétiques impliquées dans des maladies.

Question 27

dans un SNP on a 2 versions possibles du SNP (2 allèles possibles). quelle variante est la plus importante/plus étudiée dans le cadre d'une étude Pgx?

Answer 27

la variante mineure car elle est souvent associée à des effets pharmacologiques rares mais significatifs/ des rxn indésirables des tx.

Question 28

dans une population, combien de génotypes peut avoir un SNP?

Answer 28

3 génotypes possibles -homozygote majeur (2 copies de SNP ont les allèles identiques et ont la variante majeure) -homozygote mineur (2 copies de SNP ont les allèles identiques et ont la variante mineure) -hétérozygote (différentes copie de SNP et portent 1 allèle majeure et 1 mineure)

Question 29

combien d'allèles a un SNP

Answer 29

2 (un du père, un de la mère)

Question 30

quelles sont les données phénotypiques fréquemment utilisées dans les études Pgx?

Answer 30

données pharmacologiques et cliniques (réponse au tx, EI, toxicité, paramètres mesurables...) dose du tx, niveau du tx, métabolites...

Question 31

vrai ou faux. un polymorphisme dans la région non codante peut être directement responsable de la réponse au tx

Answer 31

VRAI. un polymorphisme a/n de la région non codante va affecter la qté de protéines produites, l'expression du gène ce qui pourrait influencer la réponse au tx aussi (sans que le polymorphisme n'affecte la protéine directement) un polymorphisme a/n de la région codante peut changer la séquence d'acide aminés et donc la structure/fonction de la protéine. cela peut influencer comment la protéine interagit avec le tx, ce qui peut affecter son action, efficacité, les risques d'EI/toxicité. cela peut altérer la fonction de la protéine cible du tx

Question 32

pourquoi veut-on étudier les SNPs liés au LD (déséquilibre de liaison) ?

Answer 32

avec des SNPs en LD, on peut cibler des SNPs spécifiques (TagSNP) qui représentent l'haplotype (l'ensemble des SNPs) pour éviter d'étudier tous les SNPs composant l'haplotype donné et donc réduire la compléxité et ainsi capturer la variation génétique dans des régions spécifiques. avec le LD, on peut identifier des associations entre variations de SNPs (entre allèles) pouvant être liés à des maladies/EI/réponse au tx

Question 33

qu'est-ce qu'un interaction gène-gène?

Answer 33

interaction dans laquelle des polymorphismes pourraient amplifier l'effet du tx sur la cible voulue. combinaison de variantes qui pourraient affecter la réponse (augmenter la tox, diminuer davantage l'efficacité, les enzymes impliqués dans le métabolisme du tx p.ex)