Cours 1 : Épidémiologie moléculaire Flashcards
La source d’une toxi-infection alimentaire provient souvent d’une _____
Zoonose
Que veut dire EGCP
Électrophorèse en gel sur champ pulsé
Quelle est la question de base de l’épidémiologie moléculaire?
Suite à l’utilisation d’une technique moléculaire, les génotypes des isolats A et B sont-t-ils suffisamment similaires pour conclure qu’ils représentent la même souche ou l’inverse?
Qu’est-ce que des isolats reliés épidémiologiquement?
Des isolats cultivés dans le cadre d’une investigation épidémiologique qui suggère que les isolats pourraient provenir d’une souche commune
Est-ce que les isolats reliés épidémiologiquement ont le temps d’évoluer?
Non, car l’incident est arrivé récemment
Qu’est-ce qu’un isolat?
Une culture pure d’une bactérie provenant d’une colonie isolée sur une gélose primaire
Qu’est-ce qu’une souche?
Isolat ou groupe d’isolat différenciable d’autres isolats du même genre
De quoi une souche, qui est une subdivision descriptive d’une espèce, est dépendante?
De la méthode de typage moléculaire utilisée
Est-il possible que le même groupe d’isolats puisse être classé en des souches différentes par différents systèmes?
Oui
Qu’est-ce que des isolats reliés génétiquement?
Isolats non distinguables par des tests génétiques, qu’on présume qu’ils proviennent d’un précurseur commun
Quelle est la première chose à faire pour déterminer si un lien est relié épidémiologiquement?
Vérifier le lien génétique
Quels sont les 3 termes définissant les résultats de typage?
- Non différenciables
- Différents
- Similaires
Quel terme définissant les résultats de typage est la zone grise?
Similaires
Qu’est-ce qui augmente et devient supérieur au niveau de base et fait en sorte qu’on peut parler d’éclosion ou d’épidémie?
L’incidence d’une maladie infectieuse dans un endroit spécifique à un moment donné
Vrai ou faux : une éclosion implique que le groupe d’isolat provient de précurseurs différents
Faux, c’est d’un précurseur commun
De quoi s’agit-il ? :
Isolat reliés génétiquement et épidémiologiquement où le temps, l’endroit et la provenance sont une souche commune
Souches épidémiologiques
Qu’est-ce que le typage moléculaire démontre en laboratoire?
Que des isolats reliés épidémiologiquement sont aussi reliés génétiquement et proviennent donc de la même souche
Vrai ou faux : Le typage moléculaire remplace l’investigation épidémiologiquement et clinique de base
Faux, il le complète
Quels sont les 3 applications du typage moléculaire en épidémiologie?
- Épisodes d’infections chez un patient individuel
- Éclosions ou épidémies
Surveillance épidémiologique
Quel est l’application du typage moléculaire en génétique bactérienne?
Évolution et structure des populations
Qu’est-ce qui est souvent utile pour identifier et classer les espèces bactériennes et qui varie excessivement lentement?
Les séquences ribosomales (ex : le gène 16S pour la bactérie)
Est-ce que le typage moléculaire nécessite une échelle de temps lente ou courte au niveau des variations?
Courte pour identifier si deux souches sont génétiquement reliées ou non
Quels sont les 7 critères d’évaluation des méthodes de typage moléculaire?
- Résultat non ambigu pour chaque isolat
- Reproductivité
- Pouvoir de discrimination
- Facilité d’interprétation
- Facilité de la technique
- Étendue de l’utilisation
- Coûts
Que détectent les méthodes phénotypiques?
Les caractéristiques exprimées par les microorganismes en réponse à un substrat
Quelles sont les 4 méthodes de phénotypage?
- Biotypage
- Antibiogramme
- Typage des phages
- Sérotypage
Est-ce que le biotypage et l’antibiogramme ont une haute ou faible reproductibilité?
Faible car les bactéries peuvent muter rapidement
Les biotypages et antibiogrammes ont ____ de pouvoir discriminant entre des souches d’une même espèce
Peu
Quels sont les deux principaux groupes des méthodes génotypiques?
- Basées sur des patrons de bandes d’ADN
2. Basées sur le séquençage d’ADN
Que compare l’EGCP?
Elle compare le matériel génétique d’une même espèce
Quel est le but de l’EGCP?
Confirmer ou infirmer une éclosion potentielle
Est-ce que l’EGCP requiert l’utilisation d’enzymes de restriction?
Oui
Vrai ou faux : l’électrophorèse unidirectionnelle peut séparer des molécules plus grande que 50kb
Faut, elle ne peut pas, d’où l’utilité de faire un EGCP
Que permet la souche de reproductibilité lors d’un EGCP?
Que la procédure est appropriée et de valider les critères d’optimisation et de tolérance
Pour quels types de souches les critères de Tenover sont-t-ils utilisés?
Nosocomiales
Quels sont les deux avantages de l’EGCP?
- Très discriminant entre les souches
2. Nombreux protocoles standardisés
Quels sont les 3 désavantages de l’EGCP?
- Besoin d’une culture pure
- Cher
- Comparaison entre lab difficile
Qu’est-ce que la méthode MLVA?
De l’amplification des régions répétitives
Les souches ayant le même ______ vont avoir le même type MLVA
Type moléculaire
Le MLVA se base sur ___ alors que l’EGCP se base sur ___
- L’amplification
2. La digestion
Quels sont les 5 avantages du MLVA?
- Rapide
- Pas cher
- Résultats clairs
- Base de donnée internationale
- Très discriminant
Quel est le grand désavantage du MLVA et pourquoi?
Pas applicable pour l’épidémiologie à long terme car les bactéries évoluent trop dans le temps
Le MLST est la méthode de référence pour _____________. Elle utilise environ ___ gènes et est basée sur les ______
- L’analyse de populations bactériennes
- 7
- Gènes de ménage (gènes métaboliques)
Vrai ou faux : Cette méthode est inapproprié pour l’épidémiologie à long terme
Faux
Quels sont les 4 avantages du MLST?
- Très reproductible
- Résultats facilement échangeables entre lab
- Très discriminant
- Matériel requis facilement transportable
Quels sont les 3 désavantages du MLST?
- Ne détecte pas la variabilité des isolats proches
- Cher
- Long
Qu’est-ce qu’un contig?
Un assemblage de lectures chevauchantes en une séquence plus grande et non redondante
À quoi sert l’assemblage de novo?
À assembler les lectures quand on n’a pas le génome de référence
Sur quoi va se baser le SNVphyl?
Sur les mutations
Sur quoi va se baser le wgMLST?
Le génome complet
Qu’est-ce qui est plus discriminant entre les méthodes conventionnelles ou le séquençage génomique?
Le séquençage génomique
