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Détection d'agents infectieux > Cours 1 : Épidémiologie moléculaire > Flashcards

Cours 1 : Épidémiologie moléculaire Flashcards

1
Q

La source d’une toxi-infection alimentaire provient souvent d’une _____

A

Zoonose

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Q

Que veut dire EGCP

A

Électrophorèse en gel sur champ pulsé

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3
Q

Quelle est la question de base de l’épidémiologie moléculaire?

A

Suite à l’utilisation d’une technique moléculaire, les génotypes des isolats A et B sont-t-ils suffisamment similaires pour conclure qu’ils représentent la même souche ou l’inverse?

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4
Q

Qu’est-ce que des isolats reliés épidémiologiquement?

A

Des isolats cultivés dans le cadre d’une investigation épidémiologique qui suggère que les isolats pourraient provenir d’une souche commune

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5
Q

Est-ce que les isolats reliés épidémiologiquement ont le temps d’évoluer?

A

Non, car l’incident est arrivé récemment

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6
Q

Qu’est-ce qu’un isolat?

A

Une culture pure d’une bactérie provenant d’une colonie isolée sur une gélose primaire

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7
Q

Qu’est-ce qu’une souche?

A

Isolat ou groupe d’isolat différenciable d’autres isolats du même genre

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8
Q

De quoi une souche, qui est une subdivision descriptive d’une espèce, est dépendante?

A

De la méthode de typage moléculaire utilisée

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9
Q

Est-il possible que le même groupe d’isolats puisse être classé en des souches différentes par différents systèmes?

A

Oui

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10
Q

Qu’est-ce que des isolats reliés génétiquement?

A

Isolats non distinguables par des tests génétiques, qu’on présume qu’ils proviennent d’un précurseur commun

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11
Q

Quelle est la première chose à faire pour déterminer si un lien est relié épidémiologiquement?

A

Vérifier le lien génétique

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12
Q

Quels sont les 3 termes définissant les résultats de typage?

A
  1. Non différenciables
  2. Différents
  3. Similaires
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13
Q

Quel terme définissant les résultats de typage est la zone grise?

A

Similaires

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14
Q

Qu’est-ce qui augmente et devient supérieur au niveau de base et fait en sorte qu’on peut parler d’éclosion ou d’épidémie?

A

L’incidence d’une maladie infectieuse dans un endroit spécifique à un moment donné

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15
Q

Vrai ou faux : une éclosion implique que le groupe d’isolat provient de précurseurs différents

A

Faux, c’est d’un précurseur commun

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16
Q

De quoi s’agit-il ? :

Isolat reliés génétiquement et épidémiologiquement où le temps, l’endroit et la provenance sont une souche commune

A

Souches épidémiologiques

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17
Q

Qu’est-ce que le typage moléculaire démontre en laboratoire?

A

Que des isolats reliés épidémiologiquement sont aussi reliés génétiquement et proviennent donc de la même souche

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18
Q

Vrai ou faux : Le typage moléculaire remplace l’investigation épidémiologiquement et clinique de base

A

Faux, il le complète

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19
Q

Quels sont les 3 applications du typage moléculaire en épidémiologie?

A
  1. Épisodes d’infections chez un patient individuel
  2. Éclosions ou épidémies
    Surveillance épidémiologique
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20
Q

Quel est l’application du typage moléculaire en génétique bactérienne?

A

Évolution et structure des populations

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21
Q

Qu’est-ce qui est souvent utile pour identifier et classer les espèces bactériennes et qui varie excessivement lentement?

A

Les séquences ribosomales (ex : le gène 16S pour la bactérie)

22
Q

Est-ce que le typage moléculaire nécessite une échelle de temps lente ou courte au niveau des variations?

A

Courte pour identifier si deux souches sont génétiquement reliées ou non

23
Q

Quels sont les 7 critères d’évaluation des méthodes de typage moléculaire?

A
  1. Résultat non ambigu pour chaque isolat
  2. Reproductivité
  3. Pouvoir de discrimination
  4. Facilité d’interprétation
  5. Facilité de la technique
  6. Étendue de l’utilisation
  7. Coûts
24
Q

Que détectent les méthodes phénotypiques?

A

Les caractéristiques exprimées par les microorganismes en réponse à un substrat

25
Q

Quelles sont les 4 méthodes de phénotypage?

A
  1. Biotypage
  2. Antibiogramme
  3. Typage des phages
  4. Sérotypage
26
Q

Est-ce que le biotypage et l’antibiogramme ont une haute ou faible reproductibilité?

A

Faible car les bactéries peuvent muter rapidement

27
Q

Les biotypages et antibiogrammes ont ____ de pouvoir discriminant entre des souches d’une même espèce

A

Peu

28
Q

Quels sont les deux principaux groupes des méthodes génotypiques?

A
  1. Basées sur des patrons de bandes d’ADN

2. Basées sur le séquençage d’ADN

29
Q

Que compare l’EGCP?

A

Elle compare le matériel génétique d’une même espèce

30
Q

Quel est le but de l’EGCP?

A

Confirmer ou infirmer une éclosion potentielle

31
Q

Est-ce que l’EGCP requiert l’utilisation d’enzymes de restriction?

A

Oui

32
Q

Vrai ou faux : l’électrophorèse unidirectionnelle peut séparer des molécules plus grande que 50kb

A

Faut, elle ne peut pas, d’où l’utilité de faire un EGCP

33
Q

Que permet la souche de reproductibilité lors d’un EGCP?

A

Que la procédure est appropriée et de valider les critères d’optimisation et de tolérance

34
Q

Pour quels types de souches les critères de Tenover sont-t-ils utilisés?

A

Nosocomiales

35
Q

Quels sont les deux avantages de l’EGCP?

A
  1. Très discriminant entre les souches

2. Nombreux protocoles standardisés

36
Q

Quels sont les 3 désavantages de l’EGCP?

A
  1. Besoin d’une culture pure
  2. Cher
  3. Comparaison entre lab difficile
37
Q

Qu’est-ce que la méthode MLVA?

A

De l’amplification des régions répétitives

38
Q

Les souches ayant le même ______ vont avoir le même type MLVA

A

Type moléculaire

39
Q

Le MLVA se base sur ___ alors que l’EGCP se base sur ___

A
  1. L’amplification

2. La digestion

40
Q

Quels sont les 5 avantages du MLVA?

A
  1. Rapide
  2. Pas cher
  3. Résultats clairs
  4. Base de donnée internationale
  5. Très discriminant
41
Q

Quel est le grand désavantage du MLVA et pourquoi?

A

Pas applicable pour l’épidémiologie à long terme car les bactéries évoluent trop dans le temps

42
Q

Le MLST est la méthode de référence pour _____________. Elle utilise environ ___ gènes et est basée sur les ______

A
  1. L’analyse de populations bactériennes
  2. 7
  3. Gènes de ménage (gènes métaboliques)
43
Q

Vrai ou faux : Cette méthode est inapproprié pour l’épidémiologie à long terme

A

Faux

44
Q

Quels sont les 4 avantages du MLST?

A
  1. Très reproductible
  2. Résultats facilement échangeables entre lab
  3. Très discriminant
  4. Matériel requis facilement transportable
45
Q

Quels sont les 3 désavantages du MLST?

A
  1. Ne détecte pas la variabilité des isolats proches
  2. Cher
  3. Long
46
Q

Qu’est-ce qu’un contig?

A

Un assemblage de lectures chevauchantes en une séquence plus grande et non redondante

47
Q

À quoi sert l’assemblage de novo?

A

À assembler les lectures quand on n’a pas le génome de référence

48
Q

Sur quoi va se baser le SNVphyl?

A

Sur les mutations

49
Q

Sur quoi va se baser le wgMLST?

A

Le génome complet

50
Q

Qu’est-ce qui est plus discriminant entre les méthodes conventionnelles ou le séquençage génomique?

A

Le séquençage génomique

Détection d'agents infectieux (3 decks)

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