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COURS 1: DIVERSITÉ MICROBIENNE Flashcards

1
Q

décrire le principe « une seule santé »

A

approche intégrée et unificatrice visant à équilibrer, et optimiser durablement la santé des pers. des animaux et écosystèmes

en gros reconnait que la santé des humains, animaux domestiques et sauvages, plantes et environnement en général est étroitement liée et interdépendante.

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2
Q

la diversité = les 3 domaines de la vie, soit

A

bacteria, archea et eukarya

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3
Q

définir la diversité microbienne

A

l’ensemble des espèces de MO existantes (à un moment)

souvent définie par un enviro, qui lui-même est défini par ses caractéristiques physico-chimiques

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4
Q

nommer un outil qui permet de visualiser la classification des organismes vivants et d’évaluer le lien évolutif entre eux

A

arbre phylogénétique

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5
Q

nommer des questions fondamentales de l’écologie microbienne et les concepts qui y sont associés

A

qui est là? (diversité)
combien sont là? (abondance)
qui fait quoi? (fonctionnalité)

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6
Q

MÉTHODES D’IDENTIFICATION ET DE QUANTIFICATION DES MO

méthodes classiques

A
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7
Q

nommer les 4 méthodes classiques d’identification/classification des MO vu en cours

A

-isolement direct
-examen au microscope
-dosage de substances spécifiques
-analyses physiologiques

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8
Q

décrire l’isolement direct (ou après enrichissement)

A

en gros choisir un milieu de culture et procéder

on peut faire des dilutions et mettre sur gélose

on peut faire des macro/micro galerie (ex: présence de catalase, ONPG, GLU etc)

permet de voir si gram+/-

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9
Q

quelle est la limitation de l’isolement direct?

A

cultivabilité des MO

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10
Q

nommer 4 méthodes d’examen au miscroscope

A

champ clair, champ noir, contraste de phase et fluorescence

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11
Q

laquelle des 4 méthodes classiques fait appel à l’hématimètre?

A

l’examen au microscope

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12
Q

nommer 2 limitations de l’examen au microscope

A

1) les divers types n’ont pas toujours une morphologie distincte

2)seulement les MO très abondants sont observables

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13
Q

décrire la microscopie à fluorescence non spécifique

A

les colorants fluorescents agissent sur une classe de biomolécules

coloration live dead: l’intercalant rouge entre dans les cellules perméabilisées, mortes (vert n’entre pas)

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14
Q

décrire la microscopies à fluorescence spécifique

A

les anticorps contre une molécule spécifique couplés à une molécule fluorescenete

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15
Q

décrire la microscopie à fluorescence spécifique directe vs indirecte

A

directe: un anticorps primaire à un fluorophore et il lie la cellule

indirecte: un anticorps secondaire à un fluorophore et cet anticorps secondaire lie un anticorps primaire qui lui lie la cellule

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16
Q

quel méthode permet de compter les cellules dans la microscopie à fluorescence?

A

cytométrie en flux

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17
Q

nommer 3 méthodes de dosage de substances spécifiques et décrire brièvement

A

-ATP: indique les cell vivantes;

-quantification des lipides: qt de phosopholipides des cellules procaryotes est stable en culture, leur compo change par contre (prob: bactéries mortes ont des phospholipides aussi)

-quantification des pigments: chlorophylle A

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18
Q

décrire comment quantifier via l’ATP?

A

bioessai luciférine-luciférase
sous l’action de la luciférase, la luciférine prod lumière quand y’a de l’ATP

limite de détection adéquate + bonne réplication

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19
Q

décrire comment quantifier les lipides?

A

1) extraire les lipides

2) phospholipides sont méthylés et purifiées pour produire des méthyle esters d’acides gras

3) séparation et quantification par chromatographie GAZEUSE

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20
Q

décrire comment quantifier les pigments

A

en quantifiant la chlorophylle A qui est une mesure pratique de la biomasse d’algues

analyse par HPCL: quantification relative de biomasse des différents groupes de MO producteurs de pigments

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21
Q

décrire la méthode d’analyse physiologique, ce qu’elle permet de déterminer

A

détermination d’un pouvoir métabolique spécifique à une communauté ou à un isolat

détermination du profil métabolique d’une communauté

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22
Q

nommer des exemples de ce qu’on peut observer par analyses physiologiques

A

-consommation de O2
-production de CO2
-fixation de CO2
-dégradation des xénobiotiques

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23
Q

nommer une méthode quantitative qui permet de faire des analyses physiologique

A

CLPP (community level physiological profile)

plaque 96 puits contenant différents substrats et sources d’énergie + un colorant redox + MO

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24
Q

que permet la méthode CLPP

A

caractériser le pouvoir métabolique et de le comparer avec celui d’un autre endroit, permet de relier un phénotype à un pouvoir métabolique

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25
nommer des avantages des méthodes classiques
avantages: peu couteuses, vrm dispo, permet de quantifier les MO, bonne indication de la diversité/complexité d'une communauté, études physiologiques/phénotypiques possibles
26
nommer des inconvénients des méthodes classiques
bcp de temps et de manip, échantillons doivent être analysés immédiat, sélection des milieux de cultures est cruciale, nécessite croissance MO
27
CULTUROMIQUE
28
qu'est-ce que la culturomique?
science qui a pour but de rendre possible la croissance du plus grand nombre de MO possible dans une communauté microbienne
29
nommer un exemple de MO découvert par culturomique et son importance
thermus aquaticus, pour faire la Taq Pol en PCR :)) note: on ne peut jamais savoir à l'avance quelles recherches seront importantes
30
MÉTHODES D'IDENTIFICATION ET DE QUANTIFICATION DES MO méthodes moléculaires
31
comment étudier l'ADN?
mesure de la quantité d'acide nucléiques techniques d'électrophorèse sur gel d'agarose technique de séquençage
32
nommer des techniques d'électrophorèse sur gel d'agarose
-hybridation ADN/ADN -DGGE et TGGE (denaturating/temperature gradient gel electrophoresis) -RFLP (restriction fragment length polymorphism) -AP-PCR (arbritrary primers-polymerase chain reaction) -profil des plasmides
33
nommer des techniques de séquençage
-séquençage de l'arn 16s ou 18s -phylogénie basée sur les gènes spécifiques -métagénomique
34
afin d'étudier l'ADN il est important de...?
l'isoler
35
nommer 2 façon d'isoler l'ADN
extraction d'une cellule bactérienne extraction in situ (direct lysis) et dans les 2 cas faut purifier avec colonne, extraction phénol/chloroforme et précipitation avec l'éthanol pour produire de l'ADN pure
36
MESURE DE LA QUANTITÉ D'ACIDES NUCLÉIQUES
37
nommer 2 méthode de quantification d'acides nucléiques
1) dosage de l'ADN par spectrophotométrie (courbe; ratio 260/280 = 1,8-2 et ratio 260/230 inf à 2 both = ADN pur) note 260= pic a. nuc 2) dosage de l'ADN par fluorescence: intercalants acides nucléiques, courbe standard, dosage fluviomètre au lieu de spectrophotomètre (ligne droite; fluorescence selon concentration ADN)
38
TECHNIQUES D'ÉLECTROPHORÈSE SUR GEL D'AGAROSE
39
décrire la méthode DGGE/TGGE
évaluer la dénaturation de l'ADN en fonction de concentrations variables en agents dénaturants les différences dans la séquence (mutations ou changements) causent des différences dans la migration possibilité d'exciser les bandes pour séquencer et identification
40
VRAI OU FAUX: dans le cas de DGGE/TGGE, il est possible d'exciser les bandes pour séquencer et identifier?
VRAI
41
donner une limitation de DGGE/TGGE
plusieurs copies des opérons 16S-rRNA dans le génome peuvent avoir des séquences différentes
42
décrire la méthode RFLP (restriction fragment length polymorphism)
permet d'établir un profil de digestion de l'ADN à l'aide d'enzymes de restriction basée sur les différence en motifs de restriction sonde qui s'hybride pour cibler ADN intérêt
43
donner une limitation de la méthode RFLP
spécificité dépendante du choix des enzymes de restriction
44
décrire l'AP-PCR (arbitrary primes-PCR)
amplification non spécifique du génome MAIS empreinte spécifique à chaque échantillon basée sur la longueur des amplicons
45
décrire la méthode profils des plasmides
certains isolats bactériens contiennent 1 ou plusieurs plasmides le nombre et la taille des plasmides peuvent être uniques à une bactérie donnée
46
donner 2 limitations de la méthode profils des plasmides
faux négatifs: perte de plasmides par la bactérie faux positifs: transfert de plasmides entre les bactéries
47
PCR QUANTITATIVE décrire
amorces spécifiques dénaturation, appariement, extension CT; nombre de cycles qui permet la détection (+ t'as d'ADN au début, + CT est petit)
48
SPECTROMÉTRIE DE MASSE
49
que permet la spectrométrie de masse?
permet la séparation et l'identification d'ions moléculaires de poids moléculaires élevés (protéines, peptides, ADN, polymères synthétiques)
50
quel type de plaque est utilisée par la spectrométrie de masse?
plaque MALDI (les molécules à séparer s'y collent et migrent après afin d'atteindre le détecteur)
51
comment on « défini » les spectres obtenus?
analyse avec base de données
52
nommer des avantages de la spectrométrie de masse
rapide, peu couteuse, peu de gestes techniques, facilite l'échange des résultats et des expertises entre labo
53
nommer des inconvénients de la spectrométrie de masse
nécessité de culture bactérienne (pas vrm un inconv, imp pour diagnostic) difficulté d'identification en cas de contamination ou de cultures mixtes identification limitée aux MO présents dans les bases de données
54
TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE
55
quel gène est souvent séquencé et pourquoi?
le gène de l'rARN 16S/18S (18S= euca) trouvé dans tous les organismes (bactérie, archée, eucaryote 18s) régions hautement conservées pour observer des relations distantes régions variables pour observer les relations proches (dernier événement de l'évolution)
56
décrire la méthodologie du séquençage via ARNr 16S
biomasse ➡️ ADN ➡️ PCR qui donne gènes ARNr 16S OU clonage qui donne banque génomique qui donne ARNr 16S ➡️ séquençage automatique qui permet caractérisation phylogénétique de chaque membre de la population séquençage automatisé = rapide, efficace, fiable comparer avec banque de données
57
décrire la méthode de séquençage basée sur la phylogénie en lien avec les gènes spécifiques
identifier les MO avec un pouvoir métabolique spécifique exemple fixation de l'azote, opérons nif
58
décrire la méthode de séquençage basée sur la métagénomique
séquençage complet des génomes pas besoin d'isoler la bactérie!!! selon le nombre de morceau de chaque bactérie on peut dire celle-là était plus abondante
59
comment le séquençage permet de répondre à ces questions: qui est là? combien sont là? qui fait quoi?
qui est là?: nombre de séquences différentes et leur distance relative pour un même gène combien sont là? nombre de fois où une séquence d'un gène est retrouvée qui fait quoi?: identification de gènes spécifiques ayant un rôle défini
60
le séquençage permet de voir les fonction des gènes récupéré par extraction d'ADN et séquencés?
OUI
61
on peut faire un regroupement bidirectionnel d'échantillons et de fonctions codées basé sur un enrichissement relatif des processus fonctionnels KEGG?
OUI
62
nommer des avantages des techniques de séquençage
analyses haut-débit avec des temps courts, aucune croissance bactérienne et aucune expertise est requise, congélation pour analyse tardives: facilite donc transfert, facilite échanges de résultats, seuils de détection faibles :)
63
nommer des inconvénients des techniques de séquençage
difficulté de standardisation des méthodes d'extraction, méthodes dispendieuses (certaines), sélection des amorces et sondes est cruciale (biais de détection)

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