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Diversité microbienne > cours 1 > Flashcards

cours 1 Flashcards

1
Q

Quelle affirmation est fausse?
A) les microbes jouent un rôle primordial dans les nombreux cycles nutritionnels
B) Les microbes n’affectent pas le climat de la planète
C) Les microbes intéragissent à la fois avec les plantes, mais aussi avec les animaux
D) Les microbes sont une portion majeure de ce qui est vivant sur la planète, une partie majeure du biota

A

C) Les microbes affectent directement le climat. En fait les cyanobactéries sont responsables d’une très grande partie de la respiration cellulaire dans les océans ce qui influence la température de la Terre

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Q

Quels critères expliquent que seulement un nombre approximatif de 30 000 espèces sont caractérisées parmis les billions d’espèces existantes?

A) L’intérêt scientifique penche vers les microbes pathogènes
B) La majorité des bactéries sont non cultivables à cause de l’accessibilité des techniques d’isolement et de croissance
C) Les microbes de l’environnement jouent un rôle minime en comparaison aux microbes pathogènes ou en symbiose avec l’humain

A

A et B,

Les recherches sont centrés sur les microbes qui affectent directement l’homme comme sur le microbiote et les différents pathogènes. De plus, les techniques de croissance ne sont pas accessibles dans tout les environnements, pays ou même certains m-o ont des conditions de croissances encore à ce jour inconnues ce qui rend leur mise en culture ardue

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3
Q

Vrai ou faux, la diversité d’un milieu peut toujours être mesurée?

A

Faux, certains environnement comme la mer qui contient 160 espèces par ml ou la terre qui contient de 6x10^3 à 4x10^4 espèces différentes par g contiennent une trop grande diversité pour quelle soit mesurée

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4
Q

La diversité signifit tout simplement la présence de plusieurs espèces différentes vrai ou faux?

A

Faux, la diversité englobe la diversité morphologique, structurelle, métabolique, écologique…

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5
Q

L’environnement a son rôle à jouer sur la diversité microbienne vrai ou faux?

A

Vrai, la diversité microbienne dépends directement de l’environnement dans lequel l’échantillon a été prélevé.

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6
Q

Vrai ou faux, aujourd’hui l’on considère qu’il y a 5 dogmes englobant l’ensemble du vivant soit le dogme des procaryotes, des plantes, des animaux, des fungi et des protistes?

A

Faux, cette hypothèse a été remise en question par analyse génomique. Autrement dit, le vivant a été divisé en trois domaines de la vie soit les bactéries, les archeas et les eucaryotes

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7
Q

Les archées sont phylogénétiquement plus proches de quelle branche de l’arbre phylogénétique établit aujourd’hui?

A

Les archées sont plus proches des eucaryotes que des bactéries (procaryotes)

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8
Q

Quel domaine de la vie englobe les animaux, les fungus et les plantes?

A

Les eucaryotes

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9
Q

Quels sont les trois domaines de la vie?

A
  1. Les bactéries
  2. Les archées
  3. Les eucaryotes
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10
Q

QUESTION BONUS: L’arbre phylogénétique du côté des bactéries peut être divisé en plusieurs groupes. Peux-tu me nommer certaines de ses groupes et énoncer certaines de leurs caractéristiques?

A
  1. Protéobactérie: divisée en groupes: alpha, bêta, epsilon et gamma
  2. Firmicute: Gram+ possédant un faible pourcentage de GC
  3. Actinobactérie: Gram+ possédant un haut pourcentage en GC
  4. Spirochaete
  5. Cyanobactérie

SI TU AS REUSSI BIEN JOUÉ ET TAPPE TOI SUR L’ÉPAULE!!

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11
Q

Sur quelle technique de classification se base majoritairement l’arbre phylogénétique?

A

Sur des techniques de séquencage de l’ARN 16S

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12
Q

Vrai ou faux, plus de la moitié des phyla du côté bactérien n’a pas été isolé en culture?

A

TRUE DAT

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13
Q

Associez la question à sa définition:

A) Combien sont là?
B) Qui est là?
C) Qui fait quoi?

  1. Diversité
  2. Fonctionnalité
  3. Abondance
A

A) Combien sont là?->abondance
B) Qui est là?->diversité
C) Qui fait quoi?->fonctionnalité

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14
Q

Les techniques fondammentales qui servent à mesurer l’abondance, la diversité et la fonctionnalité sont classées soit dans la catégorie des méthodes dites classiques ou bient les méthodes dites moléculaires Qu’elle est la différence majeure entre ses deux classes de méthodes?

A

Les méthodes classique sont dépendantes de la croissance bactérienne à l’opposé des méthodes moléculaires

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15
Q

Quelle est la différence entre un isolement direct et indirect?

A

L’isolement direct consiste en l’échantillonnage direct sur un milieu de culture sans aucune sélection, puis à l’analyse des populations présentes

L’isolement indirect consiste en la mise en culture sur un milieu sélectif afin de cibler une population précise, à l’enrichissement du milieu afin de déterminer la présence d’une population spécifique.

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16
Q

Quelle information nous transmet la méthode classique d’isolement?

A

Qui est présent dans l’échantillon, LA DIVERSITÉ

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17
Q

Quels sont les problèmes majeurs encombrant l’étude de la diversité par examen microscopique? (2 éléments)

A
  1. Les divers types n’ont pas toujours une morphologie distincte
  2. L’observation est possible uniquement si les micro-organismes sont très abondants
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18
Q

Deux énoncés sont véridiques et une seule énoncé est fausse laquelle?

A) Afin d’observer les m-o lors d’un examen microscopique, la densité microbienne doit s’élever à plus de 10^6 bactéries par ml

B) Parmis les méthodes dites physiologiques on retrouve l’analyse des phospholipides et l’analyse du profil métabolique

C) Plus de 10% des bactéries présentes dans un environnement peuvent approximativement être cultivées

A

C) moins de 1% des bactéries d’un milieu peuvent habituellement être cultivées

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19
Q

Quelle est l’embuche majeure à la croissance en laboratoire pour déterminer la diversité?

A

La majeure partie des bactérie ne peut être cultivée!

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20
Q

Pouvez-vous nommer quelques caractéristiques qui permettent de classifier les m-o lors d’un examen microscopique?

A
  1. La présence ou l’absence de flagelle
  2. La présence ou l’absence de pili
  3. La forme: coccus ou bacille
  4. La présence d’exospore ou d’endospores
  5. l’arrangement: chainette, grappe, di, solitaire
  6. La taille
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21
Q

Parmis les méthodes de microscopie possibles laquelle est l’intrue?

A) la microscopie à champ clair
B) La microscopie nichée
C) La microscopie à champ noir
D) La microscopie à contraste de phase

A

B) C’est une petite blague: seul le PCR niché existe

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22
Q

Quel est l’avantage principal de la microscopie à contraste de phase par rapport aux autres types de microscopie?

A

La microscopie à contraste de phase permet de visualiser les détails à l’intérieur de la cellule.

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23
Q

Quelle est la différence entre l’épifluorescence spécifique et non-spécifique?

A

La fluorescence dite non-spécifique utilise des colorants fluorescents qui s’intercalent dans l’ADN afin de détecter tous les organismes ayant de l’ADN tandis que l’épifluorescence spécifique utilise des anticorps qui sont dirigés contre des molécules spécifiques couplées à une molécule fluorescente

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24
Q 
Quelle biomolécule peut-être utilisée pour l'épifluorescence non-spécifique?
A) Anticorps couplés à HPR
B) Bleu de méthylène
C) Orange d'acridine
D)  Violet cristal
A

C) L’orange d’acridine qui est un intercalant de l’ADN

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25
Q

Quelle est la différence en l’épifluorescence directe et indirecte?

A

L’épifluorescence directe est une technique qui consiste en la reconnaissance d’une molécule cible par un anticorps directement couplé à une molécule fluorescence tandis que l’épifluorescence indirecte consiste en la reconnaissance d’une molécule cible par un premier anticorps qui lui, est reconnu par un deuxième anticorps couplé à une molécule fluorescente

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26
Q

Quelle technique permet l’énumération directe des individus d’un échantillon?

A

Lecture au microscope (style hématimètre)

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27
Q

Quelle sont les deux techniques indirectes qui permettent l’énumération des microbes?

A
  1. La croissance sur milieu solide

2. La quantification moléculaire par PCR quantitatif ciblant l’ARN 16S

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28
Q

En quoi consiste la technique indirecte d’énumération par croisance sur milieu solide (UFC)?

A

«Chaque bactérie isolée donne naissance à une colonie ou UFC pour «unité formant colonie» ou « unité formatrice de colonies ».

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29
Q

Qu’est-ce que la biomasse?

A

Dans le domaine de l’énergie, la biomasse est la matière organique d’origine végétale (microalgues incluses), animale, bactérienne ou fongique (champignons), utilisable comme source d’énergie.

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30
Q

Donnez des exemples de substance dosées afin de déterminer la biomasse

A
  1. L’ATP
  2. Le peptidoglycane
  3. Les pigments photosynthétiques
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31
Q

Quels sont les avantages du dosage de l’ATP afin de déterminer la biomasse?

A
  1. L’ATP a une demi-vie très courte après la mort de la cellule donc seule l’ATP des cellules vivantes est quantifiée
  2. Peu importe les conditions physiologiques, la quantité d’ATP demeure généralement la même chez la cellule
  3. C’est une méthode très reproductible
  4. La limite de détection est adéquate
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32
Q

Quelle est la réaction chimique qui permet de doser l’ATP?

A

Luciférine+ATP+O2—luciférase +Mg2+——> oxyluciférine+AMP+ PP+CO2+lumière

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33
Q

Vrai ou faux, lors du dosage de l’ATP, les bactéries mortes produisent de la lumière suite à la réaction chimique catalysée par la luciférase?

A

Faux, seules les bactéries vivantes produisent de la lumière

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34
Q

Quel est le processus requis pour doser les lipides afin de calculer la biomasse?

A

Les phospholipides sont méthylés et purifiés pour produire des méthyles esters d’acides gras. Ensuite, ils sont séparés et quantifiés par chromatographie gazeuse

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35
Q

Quelle précaution faut-il prendre afin de s’assurer d’un dosage des phospholipides reproductible et fiable chez les procaryotes?

A

En culture peu importe les conditions de croissance, la quantité de phospholipides est stable TOUTEFOIS, en moment de stress, en manque d’oxygène ou lors d’une différence de température, la composition peut changer

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36
Q

Donnez des exemples de pigments dosés afin d’estimer la biomasse

A
  1. La chlorophylle
  2. Les bactériochlorophylles
  3. Les caroténoïdes et xanthophylles
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37
Q

Qu’est-ce que le “coastal zone scanner”?
A) Une quantification des déchets sur la plage
B) L’analyse de l’écart entre les côtes d’un individu
C) le dosage par satellite de la quantité de chlorophylle

A

C) EASY PEASY

38
Q

À quoi servent les analyses physiologiques?

A

À déterminer qui fait quoi dans un communauté ou un environnement

39
Q

Qu’est-ce que les analyse physiologiques peuvent mettre en évidence?

A
  1. La consommation d’O2 (respiration)
  2. La production de CO2 (respiration ou fermentation)
  3. La fixation du CO2 (photosynthèse)
40
Q

Vrai ou faux, les analyses physiologiques peuvent mettre en évidence un pouvoir métabolique spécifique des individus d’une communauté aussi bien que d’une isolat pur?

A

TRUE

41
Q

En quoi consiste la technique CLPP? Et que signifit l’acronyme?

A

La technique CCLP consiste en une plaque de 96 puits contenant différents substrats et sources d’énergie additionnée d’un colorant rédox et d’une échantillon bactérien afin de déterminer les différentes capacité métaboliques des l’échantillon.

CCLP est définit par “Community Level Physiological Profile”

42
Q

En quoi la croissance bactérienne peut impacter la technique CCLP?

A

Si la bactérie est incapable de pousser dans les conditions nécessaires pour effectuer le CCLP, ses capacité métaboliques ne peuvent guère être déterminées

43
Q 
Que signifit l'acronyme VBNC?
A) Very big noodle colorless
B) Vibrio bastro non croissant
C) Viable but non cultivable
D) Very big non-homogenous
A

C) Viable but non cultivable

44
Q

Quels, parmis les choix, sont des avantages des techniques classiques d’identification des espèces?
A) Rapidité
B) Disponibilité
C) Études biochmiques possibles
D) Identification de tous les êtres vivants
E) Délais entre le prélevage les échantillons et le moment où les test sont effectués possible

A

B) Disponibilité et accessibilité des tests
C) Étude biochimique possible

A), D et E sont faux, car:

A) les tests nécessites parfois énormément de temps
D) Seule une infime partie des être vivants peuvent être cultivés
E) Les teste doivent généralement être effectués au moment de l’échantillonage sinon les risques de contamination et les risques de changer la biodiversité au cours du transport sont trop élevés

45
Q

Vrai ou faux, les techniques classique d’identification sont plus courantes dans les pays en développement que les techniques moléculaires?

A

Vrai, car elles sont peu couteuses, d’accès facile et peu de qualification est nécessaire afin de les utiliser

46
Q

Les méthodes moléculaire d’analyse d’une population microbienne passe obligatoirement par l’extraction de l’ADN qui peut être faite de deux façons, en quoi consitent-elles?

A
  1. Extraction des cellules bactériennes suivie de l’extraction de l’ADN
  2. Extraction directement de l’ADN par une lyse in situ
47
Q

Associez les différentes caractéristiques aux deux méthodes d’extraction : A) Extraction des cellules bactérienne suivie de l’extraction de l’ADN
B) Extraction directement de l’ADN par une lyse in situ

  1. Méthode qui minimise l’interférence de substances avec l’ADN
  2. Méthode qui est la plus efficace et donne le meilleur rendement
  3. Technique effectuée avec l’échantillon directement du milieu
  4. Technique qui nécessite de centrifuger à plusieurs reprises
A

A) 1.4.

B) 2.3.

48
Q 
Parmis ces techniques lesquelles permettent d'analyser un mélange complexe d'ADN soit de déterminer la diversité d'un échantillon?
A) DGGE
B) TGGE
C) RFLP
D) AP-PCR
E) PROFIL DES PLASMIDES
F) TOUTES SES RÉPONSES
A

F) TOUTES SES RÉPONSES

49
Q

Vrai ou faux, les techniques pour analyser un mélange complexe d’ADN peuvent être séparées en deux catégories soit les techniques spéciales d’électrophorèse sur gel d’agarose et les techniques de séquencage?

A

Vrai

50
Q

En quoi consiste la technique d’électrophorèse DGGE?

A

La technique DGGE débute par une amplification par PCR de gènes cibles tel que l’ARN16S, puis une gradient dénaturant de concentration croissante en urée ou en formamide est préparé et les produits de PCR sont migrés. Selon la séquence du brin d’ADN la dénaturation diffère ainsi que la migration des brins. Ce “pattern” de migration peut être visualié par électrophorèse grâce à du bromure d’éthidium, un agent intercallant de l’ADN.

51
Q

Vrai ou faux la technique d’électrophorèse DGGE permet d’identifier directement un espèce d’un échantillon?

A

Faux, la technique DGGE ne permet pas de déterminer quelles espèces ou individus sont présents dans un échantillon, mais bien de comparer les différentes populations entre elles ou à une bactérie “marqueur”

52
Q

Qu’est-ce que la technique DGGE mesure?

A

La dénaturation de l’ADN en fonction de concentrations variables en agents dénaturants

53
Q

Qu’est-ce qui différencie la technique DGGE de la technique TGGE et qu’est-ce que ses acronymes signifient?

A

La technique DGGE utilise un gradient d’agents chimiques tandis que la technique TGGE utilise un gradient de température pour mesurer la dénaturation de l’ADN

DGGE: Denaturing gradient gel electrophoresis
TGGE: Temperature gradient gel electrophoresis

54
Q

Quels sont les désavantages des techniques DGGE et TGGE?

A
  1. Les erreurs durant l’extraction initiale de l’ADN sont très possibles
  2. Plusieurs copies des opérons rRNA dans le génome qui peuvent avoir des séquences différentes
55
Q

En quoi les techniques DGGE et TGGE sont-elles avantageuses?

A

LEs techniques DGGE et TGGE permettent de séparer l’ADN d’une souche bactérienne et de procéder à des analyses plus poussées tel que le séquençage

56
Q

En quoi consiste la technique RFLP?

A

La technique RFLP consiste à la digestion de l’ADN par des enzyme de restriction suivi d’une électrophorèse afin d’obtenir des patrons différents

57
Q

Quelles simplifications peuvent être apportées afin de simplifier la compréhension des patrons parfois bien trop complexes?

A

Faire un PCR avec des amorces ciblant des fragments spécifiques tel que l’ARN16S ou en utilisant des sondes spécifiques pour détecter seulement certains fragments

58
Q

Quels sont les avantages de la technique RFLP?

A
  1. Les patrons obtenus de la digestion des enzymes de restriction sont reproductibles
  2. Les patrons sont non ambigus, ne laissent place à tout doute
59
Q

Que signifit l’acronyme RFLP?

A

RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism

60
Q

Quels sont les désavantages du RFLP?

A
  1. Technique assez laborieuse

2. La spécificité est dépendante du choix des enzymes de restriction

61
Q

En quoi consiste l’AP-PCR?

A

Technique qui consiste en l’amplification du génome non-spécifique soit dit, une amorce non spécifique qui sybride à différents endroits selon la séquence et ce, à base température. Cela donne un patron d’hybridation détectable lors de la migration des fragments unique à chaque bactérie

62
Q

À quoi correspond l’acronyme AP-PCR?

A

AP-PCR: Arbritrary Primers Polymerase Chain Reaction

63
Q

Quel est le principal désavantage de la technique AP-PCR?

A

Elle ne permet pas d’identifier les différentes souches d’un mélange

64
Q

Quels sont les 3 avantages de l’AP-PCR?

A
  1. Comparaison de l’ADN au niveau génomique
  2. Permet d’obtenir une empreinte spécifique à un échantillon
  3. Comparaison rapide d’échantillons
65
Q

En quoi consiste la technique de profil plasmidique?

A

Le profil plasmidique consiste à faire migrer les plasmides de plusieurs isolats bactériens afin d’obtenir un patron selon le nombre et la taille des plasmides

66
Q

De quoi est-il question lorsqu’on parle de faux positif pour un test de profil plasmidique?

A

Le test de profil plasmidique peut informer de la présence d’un plasmide chez une bactérie qui ne lui appartient par réellement, mais qui est seulement le produit du transfert des plasmides entre bactéries

67
Q

De quoi est-il question lorsqu’on parle de faux négatif pour un test de profil plasmidique?

A

Le test de profil plasmidique peut informer de l’absence d’un plasmide, quand en temps réel la bactérie le possède. La bactérie a seulement perdu son plasmide.

68
Q

Pourquoi une bactérie aurait-elle perdu son plasmide?

A

Garder un plasmide pour la bactérie est une demande d’énergie énorme. Si les conditions environnementales ne dicte pas que le plasmide est essentiel afin de combler tous les besoins physiologiques de la bactérie, celle-ce s’en débarasse.

69
Q

Quels sont les avantages du profil des plasmides? (3 éléments de réponse)

A
  1. Rapidité
  2. Peut identifier jusqu’à la souche
  3. Les plasmides sont souvent associés à des pouvoirs métaboliques
70
Q

Vrai ou faux, la technique de profil des plasmides comporte un haut taux d’erreur?

A

Vrai

71
Q

Vrai ou faux, l’ARN 16S est retrouvé chez tous les organismes?

A

Faux, les eucaryotes possèdent l’ARN 18s

72
Q

Complétez la phrase:

__A__retrouvé chez les procaryotes et les archeas est un région hautement__B__, mais tout de même assez __C__ pour différencier les différents organismes.

A

A) l’ARN16S
B) Conservée
C) Variable

73
Q

Vrai ou faux, l’ARN16S peut servir d’horloge d’évolution moléculaire?

A

Vrai

74
Q

Vrai ou faux, l’ARN16S n’est pas modifié à travers le temps?

A

Faux, l’ARN16S est susceptible aux changements lents

75
Q

Qu’est-ce que le niveau royaume signifit chez l’ARN16S

A

Le niveau royaume représente la partie hautement conservée de l’ARN16s

76
Q

Quel terme est utilisé pour définier la partie variable de l’ARN16S qui définit les différentes espèces?

A

Niveau espèce

77
Q

Le but des banques de données moléculaire est de garder un grand nombre de séquence des différents organisme à titre comparatif afin d’établir l’identité et la phylogénie d’un organisme en question VRAI OU FAUX?

A

VRAI

78
Q

Quelle approche peut être une alternative à la phylogénie basée sur l’ARN16S?

A

La phylogénie basée sur des gènes spécifiques. Autrement dit, il est possible de détecter la présence via des amorces spécifiques de certains gènes caractéristiques à certains organismes, de détecter certains pouvoirs métaboliques précis

79
Q

Vrai ou faux la biomasse peut-être estimée par la quantité d’acides nucléiques?

A

Vrai

80
Q

En quoi consiste le processus d’estimation de la biomasse via la quantité d’acides nucléiques?

A

L’estimation de la quantité d’acides nucléiques débute par l’extraction de l’ADN donc de la séparation des cellules du sol ou sédiment par centrifugation différentielle suivi par la lyse et l’extraction de l’ADN par une solution alcaline ou des cycles de congélation (azote liquide) pour éclater les cellules suivi par extraction phénol/chloroforme et pour terminer de la purification par chrmatographie

81
Q

Comment l’ADN cellulaire est-elle mesurée?

A

Par fluorescence à l’aide d’un agent intercalant ou par spectrophotomètre selon le ratio 260/280

82
Q

Nommez des avantages des techniques moléculaires.

A
  1. Il n’est pas nécessaire d’adapter les conditions des tests afin d’étudier des bactéries anaérobie et peu d’expertise est requise
  2. Les échantillons peuvent être congelés pour plus tard
  3. l’ADN peut-être transportée entre les différents laboratoires
  4. Les espèces non cultivables peuvent être détectées
  5. En thérie une aussi peu que une seule molécule d’ADN peut-être quantifiée
83
Q

Nommez des désavantages des techniques moléculaires.

A
  1. Standardisation d’une extraction de l’ADN spécifique à chaque espèce ardue
  2. Coût élevé
  3. sélection des amorces peut biaiser la détection
  4. Impossiblité de modéliser l’écosystème
  5. Disparité entre la sensibilité des méthodes
84
Q

Vrai ou faux, la métagénomique permet de déterminer l’abondance, la diversité et la fonctionnalité dans une communauté microbienne?

A

Vrai

85
Q

Qu’est-ce que la métagénomique observe?

A

La métagénomique obser l’ADN de communautés entières de microbes pour mieux comprendre le monde microbien

86
Q

La métagénomique est synonyme de quel mot?

A

Séquençage de l’ADN

87
Q

Comment la métagénomique mets-elle en évidence la diversité?

A

En déterminant le nombre de séquences et leur distance relative pour le même gène

88
Q

Comment la métagénomique mets-elle en évidence l’abondance?

A

La métagénomique détermine le nombre de fois qu’une séquence spécifique d’un gène est trouvé

89
Q

Comment la métagénomique mets-elle la fonctionnalité en évidence?

A

La métagénomique détermine la présence de gènes encodant diverses enzymes

90
Q

Quelles sont les étapes d’une analyse métagénomique?

A
  1. L’ADN de tous les microbes vivants dans un échantillon d’un environnement donné est extrait
  2. L’ADN est fragmetée et clonée pour donner une bibliothèque qui inclus les génomes de tous les microbes trouvés dans l’habitat donné
  3. Les fragments sont séquencés et des logiciels et ordinateurs reconstruisent les séquences

Diversité microbienne (4 decks)

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