Cours 1 Flashcards
Quelle est la définition de la biochimie?
L’étude des processus moléculaires qui sont à la base du vivant.
Qu’est ce que l’abiogénèse ou chimie prébiotique ?
Théorie qui dit que les premiers organismes proviennent de matière non vivante.
Vrai ou faux ? Y’a-t’il des caractéristiques communes à tous les organismes ?
Vrai
Expliquez la soupe primitive
Faire intéragir dans un milieu fermé de l’eau en vapeur + atmosphère (CH4, NH4, CO2, etc) + Éclairs (fortes décharges électriques, afin de créer des réaction chimiques entre les molécules. Apparition de composés organiques hydrosolubles: AA
Quelles sont les caractéristiques des cheminées hydrothermales?
- Températures extrêmes
- pH acide
- Enrichies en sels minéraux et en sulfure d’hydrogène
- Origine des premiers organismes: microorganismes thermophiles, crustacés, mollusqies, poissons,
Quelle est la différence entre hydrolyse et condensation ?
Condensation: formation d’une molécule plus complexe à partir de deux molécules plus simples. Une molécule d’eau est produite
Hydrolyse: le contraire, séparation d’une molécule en deux à l’aide d’une molécule d’eau
Ces deux réactions sont réversibles
Quels sont les avantages d’un systèmes auto-répiclatifs vs les systèmes statiques générés de manière aléatoire ?
Enrichir l’environnement de molécules aptes à se répliquer
Établissement d’un processus de sélection naturelle.
Composition du corps ?
96% à partir de 4 éléments:
- Oxygène (65%)
- Carbone (18%)
- Hydrogène (10%)
- Azote (3%)
Apparition de la compartimentation dans les premières cellules. Pourquoi ?
Protection et augmentation des concentrations internes. Enzymes capables de transformer l’intérieur de la cellule différemment que l’extérieur.
Origine possible de la première cellule eucaryote ?
Fusion entre deux cellules procaryotes
Caractéristiques procaryotes ?
- Unicellulaire
- Organisation simple
- Pas d’enveloppe autour du noyau (ADN diffus)
Caractéristiques eucaryotes ?
- Uni ou pluricellulaire
- Organisation complexte
- Noyau et des organites délimités par une membrane
3 formes caractéristiques des procaryotes ?
Coque, bacille et spirille
À quoi servent les plis et la flagelle sur une bactérie (procaryote) ?
Pli: échanges entre les bactérie (antigènes contre antibiotiques par exemple
Flagelle: déplacement
Prérequis aux lois thermodynamiques
Univers = un système + son environnement
Système ouvert vs système fermé vs système isolé
Ouvert: Échange de matière et d’énergie avec son environnement
Fermé: Échange d’énergie seulement
Isolé: aucun échange.
Premier principe de la thermo
L’énergie interne d’un système isolé est constante
Pour tout les systèmes, il y a conservation de l’énergie (ni produite, ni annihilée)
Pas d’énergie = pas de travail
Deuxième principe de la thermo
L’univers tend spontanément vers un désordre maximal.
Passage de l’ordre (glace) vers le désordre (gaz) = l’entropie
Définir les termes de l’équation de Gibbs
DeltaG = DeltaH - T DeltaS
DeltaG: variation d’énergie libre (joules)
= spontanéité
DeltaH: changement d’enthalpie
=chaleur
T: température (kelvin) de l’environnement
DeltaS: changement d’entropie, désordre
Si DeltaG est plus petit que 0, c’est….
Une réaction exergonique qui se déroule spontanément
Si DeltaG est plus grand que 0, c’est….
Une réaction endergonique qui a besoin d’un apport énergétique afin de se dérouler
Résumé: qu’est ce que les lois de la thermo décrivent-elles ?
Le flux, et les changements de chaleur, d’énergie et de matière
Presques tous les processus chimiques et biochimiques sont ……
le résultat de la transformation de l’énergie
Quelles sont les conditions de l’équilibre chimique ?
La vitesse de la réaction directe est égale à celle de la réaction inverse. Observé si deux réactions chimique opposées s’effectuent au même moment et à la même vitesse.
Structure de l’eau
- Angulaire
- Polaire
- Tétraédrique
Forces intermoléculaires de l’eau ?
Liaisons hydrogènes entre les molécules
Intéractions électrostatique entre les dipôles.
Pouquoi l’eau est le solvant universel ?
Parce que les liaisons sont faibles, ce qui permet aux molécules d’être en constant mouvement.
Pour qu’un composé soit soluble…
il faut que les interactions entre le solvant et le soluté soient plus forte que celles entre les molécules de solvant.
Décrire l’effet hydrophobe
Chez les substances apolaire (CO2). Les molécules préfères rester entre elles plutôt que de se mélangé avec l’eau.
Cet effet est utilisé dans le processus de repliment des protéines (zones hydrophobes au centre et zones hydrophiles à l’extérieur)
Qu’est-ce qu’une molécule amphiphile?
Molécule qui possède à la foir un grpt hydrophile et un groupement hydrophobe.
Définition osmose
Mouvement du solvant à travers une membrane semi-perméable dans le sens du moins concentré vers le plus concentré.
Qu’est-ce que la pression osmotique?
La pression qu’il faut appliquer à une solution concentrée pour éviter l’entrée du solvant.
Décrire l’ionisation de l’eau
L’eau se sépare en ions H+ et OH-.
L’ion H+ est toutefois immédiatement réassocié à une molécule d’eau (H3O+) : l’ioon hydronium
Quelle est la Ke (constante de dissociation) de l’eau ?
10^-14
Concentration H+ x OH-
Convertion : concentration H+ avec pH
pH = - log(H+) H+ = 10^-pH
Acide vs base, qui est donneur et qui est receveur de protons ?
Acide: Donneur de proton
Base: accepteur de proton
La force d’un acide ou d’une base se détermine par …
le % d’ionisation de la substance lorsqu’elle est mise en solution aqueuse.
Si Ka est petit, l’acide est…
Faible
Si ka est grand, l’acide est…
Fort
Expliquer l’effet de la solution tampon.
Solution aqueuse capable de maintenir le pH malgré l’ajout d’un acide ou d’une base. Adaptation permettant de résister aux variations de pH (pour le vivant).
Est habituellement composée d’un acide faible et de sa base conjuguée.
Efficace seulement dans une certaine gamme de pH
Composition des nucléotides.
Base azotée
Sucre
Grpt phosphate.
Base azotées sont dérivées de…
purine (A et G) et de pyrimidine (C, T et U)
ADN vs ARN
Désoxyribose vs Ribose
Thymine vs Uracile
2 brins vs 1 brin
Comment est déterminé le sens ( 5’, 3’)
Carbone sur lequel est lié le premier grpt phosphate (5’) et le grpt alcool (3’)
Lien entre nucléotites ?
liaisons phosphodiesters
A et T forme une liaison…
Double, contrairement à triple pour G et C
Définition promoteur
Séquence essentielle de l’ADN servant de liaison aux facteurs de transcription.
Définition ARN polymérase
Enzyme, associée aux facteurs de transcription, qui assure la conversion de l’ADN et ARN
Définition facteurs de transcription
Protéines qui activent ou répriment l’initiation de la transcription selon les besoins de l’organisme.
Définition séquence de terminaison
Séquence spécifique du brin matrice mettant fin à la transcription
Dans quel sens se fait la transcription de l’ADN en ARN?
5’ vers 3’
Définition codon
Triplet de nucléotides codant pour 1 acide aminé (ou codon stop)
ADN est … en ARN, et l’ARN est … en protéine
Transcrit et traduit
La synthèse peptidique se fait dans quel sens ?
Nterminale vers Cterminale
Réplication de l’ADN:
Processis semi-conservatif aboutissant à une nouvelle molécule constitué d’un brin parental et d’un brin néoformé
Structure des AA
- Grpt amine primaire
- Grpt carboxyle
- Un atome d’hydrogène
- Une chaîne latérale R
Le carbone alpha est celui lié à ces quatres composantes. Il est toujours asymétrique sauf pour la glycine (R = un atome d’hydrogène)
Où se fait la liason peptidique ?
CO - NH
Infos sur ponts disulfure
Formé avec deux S (libération H2O),
Réaction de 2 grpt thiol permet la formation du pont
Stabilise la structure des protéines
Configuration L ou D ?
le grpt amine se trouve a droite (D) où à gauche (L).
Stéréoisomère en pharmaco.
On peut obtenir 2 isomères lors de la synthèse d’un molécule : mélange racémique. Les deux formes peuvent avoir des effets différents sur le corps !!!
