CM3-communautés microbiennes biofilms et microbiote Flashcards
Definition de communauté
Communauté: tous les organismes qui occupent un même site, les interactions entre ces organismes maintiennent le fonctionnement de la communauté
Definition de population
ensemble d’organismes possédant les mêmes caractéristiques et
provenant d’une même origine.
Definition de consortium
Association de plusieurs organismes ayant une fonction commune.
definition de facteurs biotiques
(O2, pH, salinity, light, H2O, temperature, nutrients, etc.)
déterminent quelles populations peuvent coexister dans une communauté.
Def d’interactions biologiques
déterminent la composition d’une communauté. Les
communautés ont tendance à être stables et à résister à l’introduction de nouvelles espèces.
Définition d’interactions biologiques peuvent etre positives ou négatives: quelles sont-elles?
Positives : phénomènes de coopérativités (principalement au sein de communautés à faible densité).
Négatives : phénomènes de compétitions (principalement au sein de communauté à forte densité)- Certains Biofilms font exception
Donnez def de interactions positives
Commensalisme
Symbiose
Mutualisme
Commensalisme -association entre des individus d’espèces différentes dans laquelle ils partagent de la nourriture et vivent ensemble, et où un des partenaires tire un bénéfice sans que cela nuise à l’autre.
Symbiose ou Mutualisme
* Interaction obligatoire entre deux
populations bénéfique pour les deux populations dans un environnement donné.
Def des interactions négatives:
amensalisme
parasitisme
predation
Amensalisme – une population produit une substance inhibitrice pour les autres populations
Parasitisme – une espèce a nécessairement besoin d’une autre pour se développer.
Predation -
Qu’est-ce qu’un biofilm?
Les biofilms sont définis comme des agrégats organisés de microorganismes pouvant contenir jusqu’à 100 millions (10^8 ) à 10 milliards (1010) cellules par gramme de matière déshydratée.
Au sein de ces structures, les cellules bactériennes sont entourées d’une
gangue appelée matrice , produite par les bactéries elles-mêmes et qui joue un rôle majeur en assurant la cohésion de l’ensemble, voire la fixation à la surface du substrat.
Comment est le cycle biphophasique des biofilms? Quelles sont les etapes?
Cycle biphasique (alternance planctonique/biofilm)
1.colonisation/invasion
–>buildop biofilm
=>multicellularité
2. Dispersion
–>breakdown biofilm
Quels sont les différents types d’architecture/structuration? (6)
- micro-agrégat
2.microcolonie - monocouche
- multicouche
- champignon et streamers
- tapis microbien
V/F: le nombre de microbes étant dans notre corps est le même que celui de nos propres cellules dans le corps humain
Vrai
Quelques biofilms sont-ils néfastes, donnez des exemples?
ex: Staph Infection
Former des biofilms ou nager il faut choisir?
OUI
Pour adhèrer, dans un biofilm il faut des organelles spécialisés, lesquels? Les mécanismes moléculaires ou voies de signalisation sont-ils différents chez les bactéries gram positives ou gram négatives?
-Des curli, fimbriae, pili
-différentes voies de signalisation pour les
gram -: SecYEG
et ghram +:SecYEG2
Quels sont les facteurs intervenant dans la formation d’un biofilm?
Support: rugosité, composition chimique, hydrophobicité, charges électriques
Bactérie: composition, hydrophobicité, charges électriques, pili ou flagelles, concentration bacteriennes, métabolisme cellualire
Environnement: rhéologie du fluide, composition en ions et nutriments, pH, température
Les biofilms sont-ils des structures hétérogènes? Des structures dynamiques?
Oui, parfois ils peuvent former des micro-colonies, il peut y avoir des canaux d’eau. Ce sont des structures dynamiques: “rolling, rippling, streaming, detaching, seeding dispersal”
Lors du développement, qu’est-ce que nécessaire?
Lors du développement LA communication cellulaire est nécessaire
Qu’est-ce que le quorum censing?
Le Quorum Sensing (QS) est un mode de signalisation bactérien qui repose sur la production de petites molécules médiatrices appelées « autoinducteurs » qui sont produites en phase de croissance bactérienne. Lorsqu’un seuil de concentration est atteint, ces autoinducteurs interagissent avec un régulateur transcriptionnel, permettant l’expression spécifique, en réponse à une forte concentration de cet autoinducteur,
d’un groupe de gènes
Quelles sont les étapes du quorum sensing?
- cellules plantoniques–>low bacteria density
- attachement
- prolifération et maturation –>high bacteria density
QS: chez les Gram-positives on utilise quoi?
Les TCS /oligopeptides
-oligopeptide sécrétés par la voie générale (SEc)
-le signal est transmis par un intermédiaire l’un TCS
QS: chez les Gram-négatives (Luxl-LuxR/HSL), comment est-ce que cela fonctionne?
LuxI–>AHL(diffuse passivemement membrane)–>LuxR (reg transcriptionnel activé par fixation de AHL)–>Luxr–>expression génique
Comment est la composition d’un biofilm?
-15% de cellules
-85% de matrice exocellulaire=glycocalyx
- Polyosides (Alginate, Cellulose, polysaccharides etc…)
-95 à 99% d’eau
-Acides nucléiques
-Protéines
+ autres substances piégées
Quelles sont les propriétés d’un biofilm?
-Résistance au UV
-Résistance à la dessication
-Hydrophobicité
-Résistance aux Antibiotiques
-Résistance aux désinfectants
Quels sont les méthodes d’étude d’un biofilm?
Avec SEM: scanning electron microscopy
TEM: transmissiom electron microscopy
Banque de mutansts obtebus par insertion de transposome: recherche de mutants biofilm négatif et de motilité
Pourquoi les biofilms peuvent-ils être un problème pour nous?
- formation de biofilms dans des appareils médicaux ou tissus du corps assoiciés à des effets chroniques et difficiles à traiter avec des agents antibacteriels
- resistance au système immunitaire
Quelles sont les moyens de lutte contre les biofilms?
-Inhiber l’adhésion initiale
-Piéger les cellules adhérantes
-Brouiller les communications pour éviter la maturation
-Diminuer la tolérance
-Favoriser la
dispersion
-Nanovecteurs antimicrobiens
