Classification des microorganismes Flashcards
Un groupe est défini comme un…
taxon.
On définit la hiérarchie comme basée sur…
des caractères communs. Elle est non-chevauchante.
Les trois domaines sont…
eubactéries, archaebactéries et eucaryotes.
Les 6 règnes sont…
animal, végétal, protiste, mycète (tous les 4 sous le domaine eucaryote), bactéries, archeas.
Les protistes sont des…
eucaryotes unicellulaires. Ils sont eucaryotes car leur noyau est isolé.
Les archea et bacteria sont des organismes…
procaryotes, par contre les archea se rapprochent des humains par la présence d’histones dans leur ADN.
Un isolat est…
la descendance d’une culture pure. Il a normalement conservé ses caractéristiques.
Une espèce est…
un groupe d’isolats provenant de différent environnements mais ayant les même caractéristiques.
Elle est la 1ère identifiée et définit l’espèce:
La souche type. On en conserve des représentations dans un centre de références.
Vrai ou faux. Pour identifier une culture, elle peut être mixte.
Faux. Elle doit être pure.
Les caractères morphologiques:
Taille, forme, structure, réactions aux colorants…
Les caractères de composition chimique (quantification):
Types de lipides/alcools dans la membrane, composition de la paroi cellulaire:
- Cellulose: algues et mycètes
- Peptidoglycanes: eubactéries
- Pseudomuréine: archae
- Autres polysaccharides, protéines
Les caractères physiologiques:
Éléments nutritifs du milieu de culture, conditions d’incubation (pH, T°, lumière)
Les caractères métaboliques:
Produits finaux de fermentation, enzymes extracellulaires (SOD, hémolysine, exotoxines).
Les caractères génétiques:
La composition G+C%, les séquences nucléotidiques, le nombre de chromosomes (plus élevé chez les eucaryotes), les plasmides
Explique la recherche de G+C%.
La température de fusion TM augmente avec le taux en G+C car ayant 3 ponts H plutôt que 2 avec A+T, ils sont plus difficiles à dissocier.
L’ADN absorbe les UV et ainsi l’absorbance du milieu peut-être mesurée avec l’augmentation de la température. Quand l’absorbance a doublé, c’est que tous les brins sont monocaténaires. Selon la température de dissociation, on peut déterminer le G+C%.
Un G+C% élevé est souvent vu chez les micro-organismes…
thermophiles. En général, les micro-organismes ont environ 25-80%, comparé aux plantes et animaux 30-50%.
V ou F. Le G+C% est spécifique.
Faux, mais il est typique d’une espèce.
Les caractères d’interaction avec l’hôte:
Pathogénicité (capacité à provoquer une infx, spécificité d’hôte ex: Virus d’Immunodéficience Féline), symbiose (avec plantes, poissons).
Le caractère écologique:
Habitat d’où provient l’isolat.
Les caractères moléculaires:
- Comparaison des séquences protéiques et nucléiques (gènes et protéines conservées, homologie des séquences)…
- Hybridation d’ADN: à partir d’un organisme de référence, on analyse la complémentarité des séquences chromosomiques. 1-Dissociation des brins par chauffage 2-Refroidissement permissif entraîne l’appariement A-B (hybridation partielle) 3-Niveau d’appariement de plus de 80%=même espèce, mais descend très vite (35-45% même genre)
Jacques Monod a dit: Tout ce qui est vrai pour le Colibacille est vrai pour l’éléphant. Signification?
Le métabolisme central est le même pour tous les êtres vivants.
Nommez les caractères pouvant servir à l’identification:
morphologie, composition chimique, physiologie, métabolisme, génétique, interactions avec l’hôte, écologie, moléculaire… On les compile puis on compare avec des espèces connues.
La nomenclature linéenne est…
binominiale et italique. ex: Clostridium lavalense
La classification naturelle…
utilise les normes biologiques comme l’anatomie.
La classification phénétique…
utilise les similarités phénotypiques: morphologie, métabolisme, génétique…
La classification numérique…
compare plusieurs organismes (2 par 2) et donne un coefficient d’appariement. Le %S (similarité) quantifie la comparaison et donne des dendrogrammes (arbres).
La limite est que le calcul repose sur 0,1. Il ne tient pas en compte l’importance des caractères.
La classification phylogénétique…
est la plus récente. Elle étudie les ancêtres communs selon les similarités des séquences génétiques ou protéiques.
Puisqu’il est difficile de trouver des fossiles procaryotes à étudier, les chercheurs étudient les mutations dans des séquences précises. Puisqu’elles arrivent au hasard, elles constituent un chronomètre moléculaire, en quelque sorte.
L’ARN ribosomique est très utilisé dans la méthode phylogénétique. Expliquez.
La classification phylogénétique. L’ARN ribosomal est essentiel au fonctionnement de la cellule. Les régions conservées sont nécessaires à la fonction tandis que les régions variables ne le sont pas. Ces régions, en fonction du nombre de mutation accumulées, peuvent donner une idée du temps depuis la divergence.
Ce n’est pas directement linéaire mais proportionnel. Si la mutation survient dans une zone essentielle, la mort peut survenir.
V ou F. Les pourcentages de similarité significatifs dans les séquences génétiques sont les mêmes pour les bactéries et les animaux.
Faux. Il y a 98% de la séquence génétique identique entre l’humain et le bonobo. Entre deux bactéries, 98% indique la même espèce.
La classification contemporaine est…
polyphasique (mélange de phénétique et phylogénétique). Elle est plus complète et crée des remaniements constants.
Par l’observation anatomique, Linnaeus déclare…
qu’il y a deux règnes. Animal et végétal.
Un 3e règne est ajouté par ce chercheur:
Haeckel et les protistes. (1865)
En 1969, Whittaker étudie…
la nutrition (ingestion, absorption et photosynthèse) et l’organisation cellulaire (uni, pluri, noyaux vrais) pour établir 5 règnes (les monères incluant les bactéries et les archea).
On dit de l’évolution qu’elle est…
originelle et unidirectionnelle.
Woese reforme la classification en établissant…
les trois domaines. Il distingue les archea des eubacteria et induit le concept de LUCA (last universal common ancestor).
Les mitochondries et les chloroplastes proviendraient de…
bactéries ayant des capacités de photosynthèse/respiration cellulaire ayant envahi une cellule eucaryote ancestrale sans être détruits. Favorisant sa survie, il y a eu échange de gènes et c’est ainsi qu’elle a évolué par la suite. C’est la théorie de l’endosymbiose.
Rickettsia prowasekii
Il serait l’endosymbiote bactérien ayant engendré les mitochondries.
Prochloron
Elle serait la cyanobactérie endosymbiote responsable de l’apparition des chloroplastes chez les eucaryotes.
Des noeuds sont des…
événements de divergence.
Les mitochondries/chloroplastes sont…
autoréplicatifs, ont des chromosomes circulaires et uniques et des ARNr semblables à ceux des eubactéries.
Cyanophora paradoxa…
est un cas d’endosymbiose récent.
V ou F. Les échanges bactéria vers eucaryota sont fréquents.
Vrai.
