CHIPseq Flashcards
Que signifie Chipseq?
Chromatine immuno précipitation
Sur combien de ligne se trouve une donnée?
4
que retrouve-t-on sur chacune des lignes?
Nom
sequence
vide
degré de qualité des données
Quelle manipulation faut-il faire au degré de qualité pour le mettre en phred?
ASCII-33
Comment visualise-t-on la qualiter des données?
Avec un fichier FastQC
Les données sont dans quel type de fichier?
FastQ
Quelle est la différence entre un fichier SAM vs BAM?
SAM: sequence alignement mapping
BAM: SAM mais compressé en binaires
Que retrouve-t-on dans un fichier SAM?
Le nom, le flag, le chromosome ,la position, la qualité en phred…
A quoi sert CHIPseq
A trouver les domaine de liaison d’une protéine sur ADN, si elle lie.
Si j’ai un grand pic sur mon Chipseq, quest-ce que cela suggère?
Qu’il y a probablement un site de liaison la.
Que doit-on donné a un fichier BED ?
Le chromosome, le début et la fin
Quel outils nous permet de rogner les données?
Trimmomatic
on doit donnée 4 informations afin de rogner, quelles sont-elles?
1: de quel extrémiter on commence
2: le pas (fenetre)
3: le deplacement
4: le seuil
A quoi sert Bowtie?
Aligner notre séquence sur un génome de référence
