Alignement sequence Flashcards
Quelle est la différence entre l’alignement globale et local?
Global: Alignement entre des sequences complete
Local: Alignement entre des sequences conservées
Est-ce que Similarité=homologie?
Non, homologie veut dire viens du même ancètre
Quelle est la différence entre le P-value et le E-value calculer par BLAST?
P-Value; probabiliter d’obtenir un score X au hasard
E-value: nombre attendu d’une séquence ayant au minimum un score de X en cherchant aléatoirement un séquence de la même taille
Comment se nomme la saveur de BLAST pour les nucléotides?
BLAST n
Que signifie un E-value très petit?
Que le nombre d’alignement aussi bon au hasard dans la base de donnée est très faible. ex:2.3 x 10-6 , veut dire:on trouverait 2.3 x 10-6 séquences ayant un score aussi bon que X avec notre séquence dans une BD de même taille que celle utiliser et composée de séquence aléatoires
entre un e value de 2,3 et de 2,3e-4, lequel est le meilleur?
Le plus petit, car on s’attend a trouver au hasard seulement 2,3e-4 vs 2,3 fois le score X.
A quoi correspond le Max score vs le total score?
Max: l’exon le plus long
Total: somme des exons
Que fait le Boostraping?
Il évalue la rigidité des branches d’un arbre phylogenetique
Que signifie le niveau d’identité?
La fraction de residus identiques entre les 2 sequences
Un gène peut-il être un petit peu homologue a un autre?
Non, il l’est ou pas
De quoi dépend le E-value?
Du nombre de séquences dans la BD et de la longueur de la séquence.
Quelle information manque-t-on dans les sequence concensus?
La diversité est mal représentée. On va donc faire une matrice de fréquence (compte).
Avec quel outil peut-on visualiser une matrice de compte?
Meme et weblogo
Quel est la différence entre l’outil Groomer et Trimmomatic?
Groomer: transforme les données de nucléotide en phred+33
Triommomatic: Rogne les extrémitées
A quoi sert MACS
trouver les region enrichies
